AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i RP/RP_operons003_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237214 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 RP114 71 PROTEIN-EXPORT MEMBRANE PROTEIN SECF (secF) #1 RP115 163 NADH DEHYDROGENASE I CHAIN F (nuoF) #2 RP282 300 NADH DEHYDROGENASE I CHAIN N (nuoL3) #3 RP283 51 NADH DEHYDROGENASE I CHAIN L (nuoL2) #4 RP284 300 NADH DEHYDROGENASE I CHAIN N (nuoN2) #5 RP287 300 VIRB8 PROTEIN (virB8) #6 RP353 66 NADH DEHYDROGENASE I CHAIN E (nuoE) #7 RP354 209 NADH DEHYDROGENASE I CHAIN D (nuoD) #8 RP357 130 NADH DEHYDROGENASE I CHAIN A (nuoA) #9 RP359 300 unknown #10 RP537 300 NADH DEHYDROGENASE I CHAIN N (nuoN1) #11 RP780 245 unknown #12 RP782 175 unknown #13 RP784 254 VIRB4 PROTEIN PRECURSOR (virB4) #14 RP785 112 unknown #15 RP787 55 unknown #16 RP789 87 unknown #17 RP790 72 NADH DEHYDROGENASE I CHAIN J (nuoJ) #18 RP793 149 NADH DEHYDROGENASE I CHAIN M (nuoM) #19 RP796 143 NADH DEHYDROGENASE I CHAIN H (nuoH) #20 RP798 173 unknown #21 RP799 152 ACONITATE HYDRATASE (acnA) #22 RP800 113 ATP SYNTHASE EPSILON CHAIN (atpC) #23 RP801 108 ATP SYNTHASE BETA CHAIN (atpD) #24 RP802 86 ATP SYNTHASE GAMMA CHAIN (atpG) #25 RP803 136 ATP SYNTHASE ALPHA CHAIN (atpA) #26 RP804 118 ATP SYNTHASE DELTA CHAIN (atpH) #27 RP805 249 DIHYDROLIPOAMIDE DEHYDROGENASE (pdhD) #28 RP806 300 unknown Motif 1 TGATATACAGAATTTTTAAATTTTTCTATATTACTAAGT 4 76 1 AAATATCAATAATATTGATATTTTTAACTAAATGCTGTG 7 118 0 TATAAATAATAAGGTAAAGTTTTTTGTATAATAGTTTAA 13 22 1 AACCTGATTTAAATTATAGATTTTTTACTATATTATTGC 13 221 0 AAATTTGTAGAAGTTAAAATTTTTTACGTGAATAAGTTA 14 24 0 TTTATTTGAAAAATCTACATTTTTGTGTAAAGTTAAGT 21 9 1 TATTCCTTTGTATTTAAAAATTTTTAATTAAATAATTAA 28 181 1 AAAAATTCTGTATATCATCATTTTTTACTGTATTGCTGA 4 54 0 ATAAAGGGGATATATAATGTTTTTTTTATTTTGTAAGCA 15 20 1 TTCCTATATCAAGATTAAAGTTATTTTTTTGAATTCCAA 20 67 0 TTTATTTTTATTTTATTGGTTCTATTTTAAG 27 228 0 CGTTGTTTTATATTTTTTAGTTTTTAAGTACTAGTATGT 27 26 1 TTGTAGCAACAATATATAAGTTATTTTTTAACTGAAATA 5 233 1 TTATTATGGGAACATAGATTTTATTGAATAAAGCATTTT 10 260 0 ATTTTAAGCAATTATTGAATTTTTTATATTAAAAA 9 6 0 GTTTTCTATTTTTTTTCAAATTTTTTTTTGTCAAATTCT 9 83 1 ATATCTGAATATTATAAACCTTTTTTAATAATTG 12 5 0 AAAAACGCTGTAAATTAAAAATTTTTACTGGATTACTTC 13 149 1 TAAGGAAAGCAATTTACAAAATTTTGAATAAT 18 127 1 AAGCGATATTAAATTATATAATTTTCTATTATATATTAA 28 216 0 AAAAATTCTCGTTATTGCTTTAATAAGTTC 1 143 0 AAATTTGCTCTATATCATCCTTATTGATTACATGTGAGT 20 29 1 ATGGCGAAATAATTTTATTTTTATTGTATGTAGTATTAA 10 190 1 AATACTAGTATTTTTAGTTATTTTTCCTTCGATACCGTG 1 57 1 ATAGCACTTTATATTAATGTTTTTTGTATAATCGTTTTT 10 151 1 AATTTTTTGTGATTTTTATATTAAATTTTTA 11 2 1 AGTATTATCCTATTTGAAGCATATTAATTTAGCTATAAT 28 103 1 TTTAATTTTAAAGCTAAACAATATTTGGTATTGTAGCAA 5 203 1 TGTGTAAAGTTAAGTATAAGTTTTAAGTTCTCATTAAGT 21 33 1 ATATTATATATATTTATATATTTTAATTTTAAAGCTAAA 5 182 1 AGTTTTATAAAACTTTTAGCTTTTAGAATATGTAAAAAC 2 91 1 TTAAAAGAGCTAAATGTTTTATATTTCTTAACTGCAATA 27 64 0 GATCATCTACTAAATTCTATATATTTTTTCAGTAAAGGT 27 104 1 AGATCAAAATATATTTTAAATATTATATACTATAGGCC 9 272 0 GTCGATTTTGTATCTTGTCAATATTATTTTATCACTAAA 10 71 0 TTTTTGTTATTTATTTCTAGATTTTCTATACTTATATTT 7 176 0 AATGTTATTTGATTTTTAATTAATCATCAT 19 123 0 TATCAATAAATTGATATATCATATTGTATTTTAATACTA 10 220 0 ATTTTATCACTAAATGTTAATTTTATTATTGCTGATAAC 10 46 0 TTTTATATTAAATTTTTAAATTATACGTTATATTCCAAG 11 23 1 TCTGAAGTAACAGCTTCAGCTTTTTATATTATGGATCTT 11 116 0 AATTATTATATTATGATTATAATTTGTTAATTTAA 5 275 0 ACATTGAACAATCTTACTTCTTTTATCCTTGTTATGTGA 4 235 0 ATGTTTTTATTATTTATATGTTACTACGTAGC 8 108 0 TATTAATTAATAGTTAATTTATATATCATTTTGCTATTC 28 147 1 ** * * ***** * MAP Score: 40.3143 Motif 2 AATATTAAAAAGATTGTAAAT 5 0 1 ATACTTGTTTAATATGAAAAATTGATACCAA 12 42 1 TTTTTAATATAAAAAATTCAATAATT 9 5 1 TCTAGAAATAAATAACAAAAATACT 7 194 1 TTGCTTACAAAATAAAAAAAACATTATATAT 15 29 0 TAAGTGTAGTAATAATAAAAACTATAAATGC 18 78 0 GTAACATATAAATAATAAAAACAT 8 116 1 TATAGTATATAATATTTAAAATATATTTTGA 9 276 1 TAGCTTTTAGAATATGTAAAAACTTTTTTCA 2 107 1 ATACTCGTGGAATTTTAAAAATTTGCTGCGT 17 48 0 GACAAAAAAAAATTTGAAAAAAAATAGAAAA 9 84 0 GTGACTTAGTAATATAGAAAAATTTAAAAAT 4 87 0 TTAAAAATTTAATATAAAAATCACAAAAAAT 11 11 0 AATCTATTGAAATATGATAAAAGCTTTCTAT 11 213 0 AGTATATCTGAATATTATAAACCTTTTTTAA 12 16 0 TCGAAGGAAAAATAACTAAAAATACTAGTAT 1 58 0 GTTTATTATGAATTATAAAAACAACGAGCAT 14 77 1 AATAAGTAAATAATGAAAAGTAGATAGGT 12 156 0 AGTTATCAGCAATAATAAAATTAACATTTAG 10 45 1 AAATAGAACCAATAAAATAAAAATAAA 27 232 1 GGTGGAGTTTAATTTGGAAAATAGTAATCAG 12 128 0 TTAAAATTAAAATATATAAATATATATAATA 5 183 0 TATAACGTATAATTTAAAAATTTAATATAAA 11 24 0 TCGGTGCAATAATATAGTAAAAAATCTATAA 13 216 1 TTATAATCATAATATAATAATT 5 288 1 CAATTATTAAAAAAGGTTTATA 12 1 1 AAATATAAATAATAAGGTAAAGTTTTTTGTA 13 19 1 ACTATTAATTAATAATATAATTATAGCTAAA 28 130 0 TTTAATTAAAAATTTTTAAATACAAAGGAAT 28 182 0 TGATATACAGAATTTTTAAATTTTTCTATAT 4 76 1 ATTATTCAAAATTTTGTAAATTGCTTTCCT 18 129 0 AAAAATTTTTAATTAAATAATTAATATATAA 28 196 1 AGCGATATTAAATTATATAATTTTCTATTAT 28 223 0 ATAGTGATTTAATTAAATAATCAAATAAAAA 18 44 1 TTATGATTATAATTTGTTAATTTAATGTTAT 5 269 0 ***** ***** MAP Score: 35.8478 Motif 3 AATTTACTATATAATACAAATATAACTTTTATT 0 32 1 TAACATATAAATAATAAAAACAT 8 117 1 CTATTAATTAATAATATAATTATAGCTAAATTA 28 127 0 AATTATAATCATAATATAATAATT 5 286 1 GATGATAGCAATAATACAATGATATAAGGAAAA 16 61 1 GTTATCAGCAATAATAAAATTAACATTTAGTGA 10 46 1 AACATGTGATAAAATATAAGTATAGAAAATCTA 7 165 1 ACTAAAAAATATAAAACAACGATACAAATTTTT 27 14 0 AATAGAACCAATAAAATAAAAATAAA 27 233 1 ACATACAATAAAAATAAAATTATTTCGCCATAA 10 188 0 TGCTTACAAAATAAAAAAAACATTATATATCCC 15 26 0 TACGGTACCTATAAAACAATCAATAATTTAGTA 4 182 1 CATAAAAACGATTATACAAAAAACATTAATATA 10 160 0 CATAACAAGGATAAAAGAAGTAAGATTGTTCAA 4 238 1 ACATTAAACTATTATACAAAAAACTTTACCTTA 13 31 0 TTTATTATGAATTATAAAAACAACGAGCATCAA 14 78 1 GTGACTTAGTAATATAGAAAAATTTAAAAATTC 4 85 0 TTAAAATTAAAATATATAAATATATATAATATC 5 181 0 AATTTTTCATATTAAACAAGTATATCTGAATAT 12 32 0 CGGGATTCATAAAAAATAAAAAAGACTGGCCCC 23 46 0 AAAATTTTTAATTAAATAATTAATATATAATAG 28 197 1 TAGTGATTTAATTAAATAATCAAATAAAAATGC 18 45 1 GGAAAGTAACATAATAATATCAACAGCAATGAA 26 21 1 TTCAAATAGGATAATACTAAGAAAATTATCTAA 28 88 0 TATCACGTAAATAATTAAAGTATGGCATAATAC 9 216 1 AATATAACGTATAATTTAAAAATTTAATATAAA 11 24 0 GATTCAGTTCAAAATACTAGTATTTTTAGTTAT 1 45 1 AAAATCTAGAAATAAATAACAAAAATACT 7 190 1 ACGGGAGCCAATAAAAGTAACAATATTAGATCC 25 71 1 AAAATGATATATAAATTAACTATTAATTAATAA 28 146 0 TTTAATATAAAAAATTCAATAATTGCTTAAAAT 9 12 1 TGTATGTAGTATTAAAATACAATATGATATATC 10 214 1 CTGAAATAACATTAAATTAACAAATTATAATCA 5 264 1 TCGGTGCAATAATATAGTAAAAAATCTATAATT 13 216 1 AAAAATTTGAAAAAAAATAGAAAACGAATATAA 9 75 0 TGCAATGATGATTAATTAAAAATCAAATAACAT 19 119 1 ****** ** ** MAP Score: 34.2299 Motif 4 TATTTTAATTTTAAAGCTAAACAATATTTGGTATT 5 200 1 TTTTTAATATAAAAAATTCAATAATTG 9 2 1 TTCTTTATTAAATATAAATAATAAGGTAAAGT 13 7 1 TTTAATGTTATTTCAGTTAAAAAATAACTTATATA 5 245 0 ATTTAAAAATTTTTAATTAAATAATTAATATATAA 28 192 1 AGCTACGTAGTAACATATAAATAATAAAAACAT 8 107 1 TAATGTAGTTTATCACGTAAATAATTAAAGTATGG 9 206 1 CTCGTAACTTATTCACGTAAAAAATTTTAACTTCT 14 20 1 CTACATAGTGATTTAATTAAATAATCAAATAAAAA 18 40 1 TACTAGTACTTAAAAACTAAAAAATATAAAACAAC 27 27 0 TTAATCATCATTGCAATTAAACATTTCATACGTAG 19 99 0 GAATATAACGTATAATTTAAAAATTTAATATAAAA 11 23 0 CTAAGCAATACAGTTAAAGATTCTGTAAATTA 19 7 1 AATCTTGATATAGGAAGTAAATATTTGTTTTACTA 20 90 1 AGTAATATAGAAAAATTTAAAAATTCTGTATATCA 4 76 0 CTGAGTGTGGATCCACTTATACAATAAGCTACGTA 8 81 1 TTCAAGCGATATTAAATTATATAATTTTCTATTAT 28 223 0 ATTAAAATATATAAATATATATAATATCAACTTCT 5 174 0 TGTCTTGAATTACCATATATAAAATAATATGACGG 28 38 0 CCTTTACTGAAAAAATATATAGAATTTAGTAGATG 27 107 0 AATAACCTGATTTAAATTATAGATTTTTTACTATA 13 228 0 TTGGTTCTATTTTAAGGTATAAATTATTCCAAAAA 27 209 0 GGAATAGCAAAATGATATATAAATTAACTATTAAT 28 152 0 TATTGTTGCTTACAAAATAAAAAAAACATTATATA 15 30 0 ATATCGCTTGAAGTATCTAAAGAAATGTTATAAAC 28 246 1 TTATCACATGTTTTAGTTAAAAATATCAATAATAT 7 142 0 TATACACAGCATTTAGTTAAAAATATCAATATTAT 7 114 1 ATCGAAGGAAAAATAACTAAAAATACTAGTATTTT 1 55 0 AAATAGAACCAATAAAATAAAAATAAA 27 232 1 GATAGTTTATTATGAATTATAAAAACAACGAGCAT 14 73 1 ATGTGATAAAATATAAGTATAGAAAATCTAGAAAT 7 168 1 ** * **** *** MAP Score: 31.5628 Motif 5 TATAACTTTTATTCAACATAATTATAATA 0 52 1 TGACTTAGTAATATAGAAAAATTTAAAAATTCTGTATAT 4 78 0 TGACTACGGTACCTATAAAACAATCAATAATTTAGTATT 4 178 1 ATCACATAACAAGGATAAAAGAAGTAAGATTGTTCAATG 4 234 1 ATGTTATTTCAGTTAAAAAATAACTTATATATTGTTGCT 5 237 0 TTTTTAACTGAAATAACATTAAATTAACAAATTATAATC 5 257 1 TAAGAATTTGACAAAAAAAAATTTGAAAAAAAATAGAAA 9 85 0 GTAAGTTATCAGCAATAATAAAATTAACATTTAGTGATA 10 42 1 TCGCCATAAAAACGATTATACAAAAAACATTAATATAAA 10 158 0 TTTTAATACTACATACAATAAAAATAAAATTATTTCGCC 10 192 0 AATAAGTAAATAATGAAAAGTAGATAGGT 12 156 0 CGGTGCAATAATATAGTAAAAAATCTATAATTTAAATCA 13 217 1 TGCTTACAAAATAAAAAAAACATTATATATCCCCTTTAT 15 20 0 TACAAAGATGACGCAGCAAATTTTTAAAATTCCACGAGT 17 38 1 TAGTGATTTAATTAAATAATCAAATAAAAATGCGCATTT 18 45 1 CAATAAGTGTAGTAATAATAAAAACTATAAATGCGCATT 18 73 0 AAGGAAAGCAATTTACAAAATTTTGAATAAT 18 128 1 GGACATTTCAATCTAGAAAAATAAATACAATGCTAATTT 19 36 0 GTTTAATTGCAATGATGATTAATTAAAAATCAAATAACA 19 112 1 TAAGGATGATATAGAGCAAATTTTCTATACACACAGATA 20 13 0 ACTCCTGCAAAAGGATAAATCTAGTAAAACAAATATTTA 20 107 0 AAACCACGGGATTCATAAAAAATAAAAAAGACTGGCCCC 23 46 0 AGTACTTAAAAACTAAAAAATATAAAACAACGATACAAA 27 19 0 TATGTATTGCAGTTAAGAAATATAAAACATTTAGCTCTT 27 60 1 CTTAAAATAGAACCAATAAAATAAAAATAAA 27 228 1 GATTGTCTTGAATTACCATATATAAAATAATATGACGGA 28 37 0 AATATGCTTCAAATAGGATAATACTAAGAAAATTATCTA 28 89 0 TTAATTATTTAATTAAAAATTTTTAAATACAAAGGAATA 28 181 0 * * *** ** ** * MAP Score: 29.6964 Motif 6 AAGTTCATGTTTAGTGCAGGTAAAGCAATACTT 1 116 0 AAAATTCTCGTTATTGCTTTAATAAGTTCATGT 1 139 0 TATTGAGTCATTATTGCACACAAAATTACCTAG 4 12 1 ATCAGTTTATCATTGATCTTAATTACGAAGAT 4 278 0 AACTTATATATTGTTGCTACAATACCAAATATT 5 222 0 AGATATGAGATCAGTGCTCGAATATCATAACGC 8 29 1 AAAAATTCAATAATTGCTTAAAATATGGTTAAT 9 21 1 GTAATATTAGTTACTGCTGTTAATTAATGTAGT 9 182 1 CTGTAAATTATTATTGCCATCAATGGCCTATAG 9 248 1 GTTAATTTTATTATTGCTGATAACTTACTAATT 10 37 0 AAATTAACATTTAGTGATAAAATAATATTGACA 10 62 1 ATATATCAATTTATTGATAAAAAATGCTTTATT 10 240 1 ACCTAAACCATCATTGCAAACAATCATATACTA 13 92 1 TTTTACTATATTATTGCACCGATACCTAGTCAT 13 205 0 TATTGTTGCTTACAAAATAAAAAAA 15 40 0 TATCATTGTATTATTGCTATCATCATATTAATC 16 52 0 TACCAAGTCTTCATTGCACGAAAGGACATTTCA 19 65 0 TAATTAATCATCATTGCAATTAAACATTTCATA 19 104 0 TATATCATCCTTATTGATTACATGTGAGTTGGA 20 39 1 TATTTTTATTTTATTGGTTCTATTTTAAGGTAT 27 224 0 ******** ** MAP Score: 13.8231 Motif 7 ACAACTAATTATACCGTAATTTGTTCATTAG 1 15 1 TTTTCCTTCGATACCGTGGACAAGTTACTGT 1 78 1 AACTATCGTCATCCCGTAAATTTGTAGAAGT 14 49 0 GTATTGTCATCCTGTGCTTAAATTATTGT 22 8 1 ATGCTGTGTTATCCCGTGTTTATTGATCACG 23 15 1 AAAAGACTGGCCCCCGTGATCAATAAACACG 23 29 0 TTTTTTATGAATCCCGTGGTTTACACACGGG 23 63 1 AAGGTTTATAACCCCGTGTGTAAACCACGGG 23 75 0 ATTTTACCGCATACCGTGATCAAG 24 3 0 CTTTTATTGGCTCCCGTGGTTTCATATACGA 25 57 0 ACAATATTAGATCCCGTGGTTCATACATTGG 25 90 1 ******** ** MAP Score: 10.2285