AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i RP/RP_operons004_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237263 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 RP029 300 RECF PROTEIN (recF) #1 RP048 148 60 KD INNER-MEMBRANE PROTEIN (yidC) #2 RP067 122 TOPOISOMERASE IV SUBUNIT A (parC) #3 RP116 169 SIGNAL PEPTIDASE I (lepB) #4 RP206 300 DNA GYRASE SUBUNIT A (gyrA) #5 RP227 194 DNA GYRASE SUBUNIT B (gyrB1) #6 RP417 106 PHENYLALANYL-TRNA SYNTHETASE ALPHA CHAIN (pheS) #7 RP521 249 30S RIBOSOMAL PROTEIN S1 (rpsA) #8 RP522 300 CYTIDYLATE KINASE (cmk) #9 RP528 105 SINGLE-STRANDED-DNA-SPECIFIC EXONUCLEASE RECJ (recJ) #10 RP580 114 DNA GYRASE SUBUNIT B (gyrB2) #11 RP600 195 unknown #12 RP610 129 50S RIBOSOMAL PROTEIN L34 (rpmH) #13 RP672 125 DIMETHYLADENOSINE TRANSFERASE (ksgA) #14 RP677 300 unknown #15 RP684 300 THYMIDYLATE KINASE (tmk) #16 RP759 82 POSSIBLE THIOPHENE AND FURAN OXIDATION PROTEIN THDF (thdF) Motif 1 TATGAAAGAATAATAGTATAATTATTGATATATTGC 0 272 0 TTCTCTAGAATAATAATAAAGTTATTATATTTTATA 16 14 1 CATTATATATTGATATTAAATTAATTTTTATTTTCG 12 90 1 CTGTAATATTTTATTGTATATTGTTTCTTTTACCAT 15 103 1 GATACCGAAATCATTTTAAAATACTTGAATAATTAA 11 96 1 ACAATAATTCTCATATTATATTCTATAAAAATTTTA 1 10 0 AATTATAGAGACATAATAAATTTCTTTCAAGAATTG 4 242 0 ATTGTAGATTTTAAAGTAAAGTATTTGCTAATAATT 15 173 1 TGATCCAGTAAAATACTAAACTGATTACTGTTTTAG 7 83 1 TTATTATATTTTATATTATATTATATATCTAACTTA 16 35 1 TTTGATTGAGTAAAAATAGAATGTTTTTCTAGATAG 2 34 0 TTTTCATTGTTCATAGTACAGTATATCAATTGCATG 0 126 1 CTTTAGTTTTTAAAATTGCAATTTTTA 15 283 1 ATAATTATTGATATATTGCATTTATTCTGTATAGAA 0 255 0 TTCATTTTCAACATAATGGAATGCTTCTAACATTTA 4 10 0 ATAGTTATTTTTATACTGGATTGCATGATTTTGGTT 13 47 1 TATCATTATTTAAATCTATATTTATTGTAGATTTTA 15 150 1 GTTCAATGTACAATTTTTAGAGCATTTA 0 2 1 AGATTTTGATTGATTCTACATTTAATTTTTTCCTGT 15 71 1 ATAATAGGCTTAATTCTGTATTAAATATAAATAATT 8 240 1 CAAAATTTTTTTATAATAATATTATTAAAATAATAA 11 23 1 AATACATATACATATTGAACTTTATTACTTGTTGC 10 89 0 GCGAATATCCAAAATGTACAATAATTCTCATATTAT 1 27 0 TTTAAAGATATGATTATGCTTTAGTTTTTAAAATTG 15 265 1 TGCAGAAAGGTGATTTTGATGTTGTTACAAAATGTT 8 99 1 TATTAATATATTATTATGGTTAAGAGAAGAA 14 279 0 TTGAGTGCTTACAAAATATAATAAATAATTTTT 3 146 1 AAACGTATCAAGAAAATGGAATTTATACTTTTTTAA 8 43 1 TTTAAAAAGCTTATTTTAATCTTGATGCAGAAAGGT 8 74 1 ATTAGGTCTTAAATTTTGATATTTTTGAAGCTTAAA 1 117 0 TCTATATCATTGAAAATGATGTTCATAGAACCTTAT 11 55 0 AAGTATTTGCTAATAATTAAGTGGTTATTCAAGTAA 15 191 1 GTATTTATTATTAATATGTTGTATATAAGCCAATTA 14 208 0 AATTGTGTAAAGATTTTGTTGTATATTTGTTTATCT 4 103 1 ATATTTCTCATAAAATTTTATTAGTTTCCCTGACAT 14 50 0 TTGTTTATTTTTTACTATATCAGGTCATTA 9 85 0 TGCAAATAATTAATTTTTGATTATATAATAGGCTTA 8 216 1 TTTTAAATCAAGAAACTTTACTATTTTAATAAGTTA 10 27 1 * *** ** * * ** MAP Score: 35.9475 Motif 2 CAATCAAATGAATAAATTTTTCTATGTAAAGAG 2 62 1 AATTATTTTTTGTTTTTAGATTT 6 93 0 ATTGATATTAAATTAATTTTTATTTTCGTTAGG 12 98 1 GCATTATATCAAACACTTTTTGTAAAAAATATA 14 18 1 AAATAATAGTAAATATTTTTTTTAAAGATATGA 15 245 1 ATTAACCTTTAAAAAATTTTTATTAGCTTATGC 7 199 1 AGTCTTTCCAAATTATTTTTGATCACGTTGTCA 5 59 1 GCAATTTAATAATGAGTTTTGTTATTTATGTAA 13 85 1 ATTTAGAGTTAATTAATTATTTTCGCTCCTAAA 5 169 0 AAAAATTATTTATTATATTTTGTAAG 3 153 0 ATGGAGTTCTATAAAATTTTTGTAATACTTGAA 0 75 0 ATTGTTTATGAAATAATTTTGATGCAATTACCA 9 44 0 CAAAAAAGTTATTATCAAACACCCA 8 2 1 TATTAAATATAAATAATTATTATTTGTAACTTG 8 258 1 ACTGCAAATAATTAATTTTTGATTATATAATAG 8 214 1 AAGTTATTTAATTTTGTTATTATAACTC 2 104 0 AACATCTTGCAAAATTTTTTTATAATAATATTA 11 14 1 TAGAATAATAATAAAGTTATTATATTTTATATT 16 19 1 TCATTACACAAAAAATTGTTTATGAAATAATTT 9 58 0 AATATTTACTATTATTTTTTTATTGCATGATAT 15 229 0 TTTTTAGAGCATTTAATGTTTATTATCACTCCT 0 23 1 TAATCATGACATTAACTGTTTTTAGCAATTACA 4 66 0 TATTAATATATTATTATGGTTAAGAGA 14 283 0 TTTTTCCTGTAATATTTTATTGTATATTGTTTC 15 97 1 GGTTTTTGATAATGTTTTATTATTAATAGTTAT 13 22 1 TTGAGTAAAAATAGAATGTTTTTCTAGATAGCG 2 32 0 ATCAATAATTATACTATTATTCTTTCATAAA 0 279 1 ACTTGAAGAGAAAATCTTATGATCAAGCTACAG 12 57 1 TATACAAGATATATATTGATTATTTTCTCTAAA 1 72 1 *** * ***** * MAP Score: 35.8366 Motif 3 TAATAAACATTAAATGCTCTAAAAATTGTACATTGAAC 0 8 0 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TGCATCAAAATTATTTCATAAACAATTTTTTGTGTAATGA 9 51 1 CTTGCAAAATTTTTTTATAATAATATTATTAAAATAATAA 11 19 1 ATTTACGTTTTTTTCTATTATTGATAATAAAA 11 173 0 GATAATGTTTTATTATTAATAGTTATTTTTATACTGGATT 13 29 1 CAATAGTCATATATTTCTCATAAAATTTTATTAGTTTCCC 14 56 0 TGTATATAAAACATAAAATTGCCAATTGTACCGACAATAG 14 90 0 ACATCTATTATAATAGGTGTATTTATTATTAATATGTTGT 14 222 0 ATAGATGTAGTTATCAGAGAATTAATTCTTCTCTTAACCA 14 254 1 AAGATATATCTAAGCCTTTTGCTTATTCTTCTCAGATTTT 15 38 1 AGATTTTGATTGATTCTACATTTAATTTTTTCCTGTAATA 15 71 1 TTTTCCTGTAATATTTTATTGTATATTGTTTCTTTTACCA 15 98 1 ATATCATTATTTAAATCTATATTTATTGTAGATTTTAAAG 15 149 1 ATATCTTTAAAAAAAATATTTACTATTATTTTTTTATTGC 15 236 0 TATGCTTTAGTTTTTAAAATTGCAATTTTTA 15 279 1 ATAAAATATAATAACTTTATTATTATTCTAGAGAAAATC 16 9 0 TAAAGTTATTATATTTTATATTATATTATATATCTAACTT 16 30 1 * * * * **** ** MAP Score: 32.6091 Motif 4 ACCTTTAAAAAATTTTTATTAGCTTATGCACTTTCAGCTA 7 203 1 ACTTTTTTAAAAAGCTTATTTTAATCTTGATGCAGAAAGG 8 69 1 GTGTAGGCCCAAATCTTATTAGCCTGTATATAAAACATAA 14 114 0 CCTTCAATATAAGTGTTATTGCTTTTTGTAATTGGCTTAT 14 180 1 AGAATAATAATAAAGTTATTATATTTTATATTATATTATA 16 20 1 AAGCAATTGTTAGTATTATTGTATTATATAAACACGCATC 5 93 0 TTCATGATAATATCATTATTTAAATCTATATTTATTGTAG 15 140 1 TAACGAAAATAAAAATTAATTTAATATCAATATATAATGC 12 89 0 CAATTGCTTTAAAGCTTAATTGCTTTTCTACGTTAAATAG 5 124 1 TTTGAGTTTGAATTATTAATCAAATTTGCACATTCTTGTG 0 163 0 TAGGAGCGAAAATAATTAATTAACTCTAAATAT 5 171 1 GATTATATAATAGGCTTAATTCTGTATTAAATATAAATAA 8 234 1 TAGGTGTATTTATTATTAATATGTTGTATATAAGCCAATT 14 209 0 AGAATAATAGTATAATTATTGATATATTGCATTTATTCTG 0 262 0 AAAAAATATTTACTATTATTTTTTTATTGCATGATATACT 15 226 0 TGCATCGAATAATCTTTAATGTCATATGGCAACTTTATCA 3 86 0 CAATAACATCCAATTTTATTAACCTTTAAAAAATTTTTAT 7 182 1 TTTTTTATAATAATATTATTAAAATAATAAGGTTCTATGA 11 29 1 ATACAAGATATATATTGATTATTTTCTCTAAATGCTTTAA 1 73 1 TCAAGTATTTTAAAATGATTTCGGTATCTAGGCTCTATAT 11 84 0 AATTGCTAAAAACAGTTAATGTCATGATTATGTCAATTGT 4 69 1 TGGTTAAGAGAAGAATTAATTCTCTGATAACTACATCTAT 14 254 0 CCCAATGTAGAATGGTTATTAGAGTGCTTAATTATTCAAG 11 119 0 AATTATTTTTTGTTTTTAGATTTTATCTCA 6 86 0 AAAAATTATTTATTATATTTTGTAAGCACTCAAT 3 145 0 ** ***** * * * MAP Score: 32.2465 Motif 5 ATATTTAGAGTTAATTAATTATTTTCGCTCCTA 5 171 0 TACATATTGAACTTTATTACTTGTTGCTAGAAACA 10 81 0 TTCCTGTAATATTTTATTGTATATTGTTTCTTTTA 15 100 1 AAGTTATTTAATTTTGTTATTATAACTCCT 2 102 0 TTAAGAGAAGAATTAATTCTCTGATAACTACATCT 14 256 0 GTGCTCTGTTATTTTATTGCGTTATTGCATGACGC 7 14 1 TTAGCTAGGAATTTAATTGAGTGCTTACAAAATAT 3 130 1 TTGATTCTACATTTAATTTTTTCCTGTAATATTTT 15 80 1 TATTAATTAGGTCTTAAATTTTGAT 1 133 0 AAAAATTATTTATTATATTTTGTAAGCACTC 3 148 0 TACTATTATTTTTTTATTGCATGATATACTTACTT 15 221 0 CTTTAAAAAATTTTTATTAGCTTATGCACTTTCAG 7 205 1 TTGTTTATTTTTTACTATATCAGGTC 9 89 0 ATATATTGATATTAAATTAATTTTTATTTTCGTTA 12 94 1 TAATAAAGTTATTATATTTTATATTATATTATATA 16 27 1 CATACCGTATAATATATTGTGTCCTGTGAGTGATA 3 56 1 TTTAAAAAAGTATAAATTCCATTTTCTTGATACGT 8 45 0 AGAAACTCGTACTTTTTTATATCATACCGTATAAT 3 34 1 TTTCATAAACAATTTTTTGTGTAATGACCTGATAT 9 64 1 AACTGCAAATAATTAATTTTTGATTATATAATAGG 8 213 1 AAAAGCAGGAATTTAATTTTAGCTTGCTTACCACT 4 157 0 GTATACAAGATATATATTGATTATTTTCTCTAAAT 1 71 1 TGTGTCTTGATATATATTTGTTCTTTTGAGTTTGA 0 192 0 TTTGTTAATTTTTAAATTATGTAATTGCTAAAAAC 4 47 1 AAGATTTTGTTGTATATTTGTTTATCTCATGCCAA 4 112 1 TATTATTAATAGTTATTTTTATACTGGATTGCATG 13 39 1 AATGTAATTCATTTAATTTAAGGCTAGTATA 4 279 1 CATAGAACCTTATTATTTTAATAATATTATTATAA 11 33 0 CAGTATTATTTAAGTAATTTCCATCCTA 5 3 1 TTTAAATCTATATTTATTGTAGATTTTAAAGTAAA 15 158 1 AATTATTTTTTGTTTTTAGATTTTAT 6 90 0 TTACTGTTTTAGTTATTTTATGGATGTATTGAACA 7 107 1 * ****** * ** MAP Score: 27.2119 Motif 6 ATAATTCTCATATTATATTCTATAAAAATTTTA 1 10 0 ACAAGATATATATTGATTATTTTCTCTAAATGC 1 75 1 TAATTTAGTGTTATCTTGTCAACG 2 1 1 ATTGAGTAAAAATAGAATGTTTTTCTAGATAGC 2 33 0 CAATCAAATGAATAAATTTTTCTATGTAAAGAG 2 62 1 AAGTTATTTAATTTTGTTATTATAACT 2 105 0 TATCATACCGTATAATATATTGTGTCCTGTGAG 3 53 1 AAAAATTATTTATTATATTTTGTAAGCACTCAA 3 146 0 ATAGAGACATAATAAATTTCTTTCAAGAATTGC 4 241 0 ATTTAGAGTTAATTAATTATTTTCGCTCCTAAA 5 169 0 CCAGTGAATCAATACAATATTGTTGATCCTGTA 6 22 0 AATTATTTTTTGTTTTTAGATTT 6 93 0 TGCATAAGCTAATAAAAATTTTTTAAAGGTTAA 7 200 0 AAGAAAATGGAATTTATACTTTTTTAAAAAGCT 8 52 1 TAAAACTGCAAATAATTAATTTTTGATTATATA 8 210 1 CTGTATTAAATATAAATAATTATTATTTGTAAC 8 255 1 TTGTTTATTTTTTACTATATCAGGTCAT 9 87 0 TTAATATCAATATATAATGCTGTAGCTTGATCA 12 76 0 ATTGATATTAAATTAATTTTTATTTTCGTTAGG 12 98 1 AATGTTTTATTATTAATAGTTATTTTTATACTG 13 32 1 TACAATTGGCAATTTTATGTTTTATATACAGGC 14 100 1 GTTATCAGAGAATTAATTCTTCTCTTAACCATA 14 263 1 TATTAATATATTATTATGGTTAAGAGA 14 283 0 TTCTACATTTAATTTTTTCCTGTAATATTTTAT 15 84 1 TTTTTCCTGTAATATTTTATTGTATATTGTTTC 15 97 1 TTTTATTGTATATTGTTTCTTTTACCATATTCA 15 111 1 ATAATATCATTATTTAAATCTATATTTATTGTA 15 146 1 ATTATTAGCAAATACTTTACTTTAAAATCTACA 15 175 0 AAAGTTATTATATTTTATATTATATTATATATC 16 31 1 **** *** ** * MAP Score: 23.5271 Motif 7 AGTTCTATAAAATTTTTGTAATACTTGAATTTTAG 0 69 0 TTTGAGTTTGAATTATTAATCAAATTTGCACATTC 0 168 0 TGTCTTGATATATATTTGTTCTTTTGAGTTTGAAT 0 190 0 ATAATAGTATAATTATTGATATATTGCATTTATTC 0 264 0 ATAATTATACTATTATTCTTTCATAAA 0 283 1 TAAAATTTTTATAGAATATAATATG 1 0 1 ATAATATGAGAATTATTGTACATTTTGGATATTCG 1 27 1 ATTAGGTCTTAAATTTTGATATTTTTGAAGCTTAA 1 118 0 CTTTACATAGAAAAATTTATTCATTTGATTGAGTA 2 58 0 AAGTTATTTAATTTTGTTATTATAACTCCTGTA 2 99 0 CTGCATCGAATAATCTTTAATGTCATATGGCAACT 3 92 0 AAAAATTATTTATTATATTTTGTAAGCA 3 151 0 TGAAATTTGTTAATTTTTAAATTATGTAATTGCTA 4 42 1 GATTTTGTTGTATATTTGTTTATCTCATGCCAAGG 4 114 1 AAGTACAAGCAATTCTTGAAAGAAATTTATTATGT 4 233 1 CAGTATTATTTAAGTAATTTCCATCCTA 5 3 1 CTTTCCAAATTATTTTTGATCACGTTGTCAGGATG 5 62 1 CAATTGTTAGTATTATTGTATTATATAAACACGCA 5 95 0 TAGGAGCGAAAATAATTAATTAACTCTAAATAT 5 171 1 ATCAATACAATATTGTTGATCCTGTATACAATATA 6 13 0 AATTATTTTTTGTTTTTAGATTTTA 6 91 0 AAATGGAATTTATACTTTTTTAAAAAGCTTATTTT 8 56 1 AAGCTTATTTTAATCTTGATGCAGAAAGGTGATTT 8 80 1 TTATATAATCAAAAATTAATTATTTGCAGTTTTAG 8 209 0 TACAAATAATAATTATTTATATTTAATACAGAATT 8 251 0 GTTTATGAAATAATTTTGATGCAATTACCATACAA 9 39 0 TCATTACACAAAAAATTGTTTATGAAATAATTTTG 9 56 0 TTAAAATAGTAAAGTTTCTTGATTTAAAATTAGCG 10 21 0 CAACAAGTAATAAAGTTCAATATGTATATGTATT 10 90 1 ACATCTTGCAAAATTTTTTTATAATAATATTATTA 11 15 1 TTTATAATAATATTATTAAAATAATAAGGTTCTAT 11 32 1 TAGAGTGCTTAATTATTCAAGTATTTTAAAATGAT 11 105 0 CGTTTTTTTCTATTATTGATAATAAAAGTTAATAG 11 165 0 TAACGAAAATAAAAATTAATTTAATATCAATATAT 12 94 0 GATAATGTTTTATTATTAATAGTTATTTTTATACT 13 29 1 CCCTGACATATATTTTTTACAAAAAGTGTTTGATA 14 24 0 TTTTTCCTGTAATATTTTATTGTATATTGTTTCTT 15 97 1 ATTATTAGCAAATACTTTACTTTAAAATCTACAAT 15 173 0 AAATATTTACTATTATTTTTTTATTGCATGATATA 15 228 0 TAATAGTAAATATTTTTTTTAAAGATATGATTATG 15 248 1 ATAATAACTTTATTATTATTCTAGAGAAAATC 16 7 0 ATAAAGTTATTATATTTTATATTATATTATATATC 16 29 1 **** ** ** * * MAP Score: 6.90609 Motif 8 ACAGTATATCAATTGCATGACACAAGAATG 0 143 1 GCAGAACTACTATTGCAATTTCTATACAGA 0 236 1 ATTATTGATATATTGCATTTATTCTGTATA 0 258 0 TATTTTCTCTAAATGCTTTAAAAGCTTTAA 1 92 1 AAAAATTATTTATTATATTTTGTAAGCACT 3 149 0 AAAATTAACAAATTTCATTTTCAACATAAT 4 29 0 TTCTTTCAAGAATTGCTTGTACTTATAATC 4 227 0 AAATTAAATGAATTACATTTAATTATAGAG 4 268 0 TAATACTAACAATTGCTTTAAAGCTTAATT 5 115 1 TTTAAAGCTTAATTGCTTTTCTACGTTAAA 5 131 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