AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i RP/RP_operons004_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237304 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 RP029 300 RECF PROTEIN (recF) #1 RP047 198 unknown #2 RP048 148 60 KD INNER-MEMBRANE PROTEIN (yidC) #3 RP064 249 DEOXYGUANOSINETRIPHOSPHATE TRIPHOSPHOHYDROLASE (dgtP) #4 RP066 62 unknown #5 RP067 122 TOPOISOMERASE IV SUBUNIT A (parC) #6 RP114 71 PROTEIN-EXPORT MEMBRANE PROTEIN SECF (secF) #7 RP115 163 NADH DEHYDROGENASE I CHAIN F (nuoF) #8 RP116 169 SIGNAL PEPTIDASE I (lepB) #9 RP206 300 DNA GYRASE SUBUNIT A (gyrA) #10 RP224 204 OUTER MEMBRANE PROTEIN TOLC PRECURSOR (tolC) #11 RP226 92 unknown #12 RP227 194 DNA GYRASE SUBUNIT B (gyrB1) #13 RP415 300 DIAMINOPIMELATE EPIMERASE (dapF) #14 RP417 106 PHENYLALANYL-TRNA SYNTHETASE ALPHA CHAIN (pheS) #15 RP521 249 30S RIBOSOMAL PROTEIN S1 (rpsA) #16 RP522 300 CYTIDYLATE KINASE (cmk) #17 RP528 105 SINGLE-STRANDED-DNA-SPECIFIC EXONUCLEASE RECJ (recJ) #18 RP529 179 PEPTIDE CHAIN RELEASE FACTOR 1 (prfA) #19 RP530 125 DIHYDROLIPOAMIDE ACETYLTRANSFERASE COMPONENT (pdhC) #20 RP531 49 TRANSLATION INITIATION FACTOR IF-3 (infC) #21 RP532 300 unknown #22 RP580 114 DNA GYRASE SUBUNIT B (gyrB2) #23 RP600 195 unknown #24 RP608 149 50S RIBOSOMAL PROTEIN L35 (rpmI) #25 RP610 129 50S RIBOSOMAL PROTEIN L34 (rpmH) #26 RP672 125 DIMETHYLADENOSINE TRANSFERASE (ksgA) #27 RP673 183 unknown #28 RP674 196 unknown #29 RP677 300 unknown #30 RP684 300 THYMIDYLATE KINASE (tmk) #31 RP759 82 POSSIBLE THIOPHENE AND FURAN OXIDATION PROTEIN THDF (thdF) Motif 1 TTACCTATTATTATTATTATAAAATACAAA 1 175 0 TATAATAACTTTATTATTATTCTAGAGAAA 31 13 0 TTTGTTGCAATTATTATTATGCAGTAGTGT 18 149 0 ACTAAGAATTTTATTTTTATCAATAATTTT 1 129 0 TTATTAATAGTTATTTTTATACTGGATTGC 26 41 1 TAGCAAGCTATTATTAATATAGCAAATATT 28 139 0 GGTGTATTTATTATTAATATGTTGTATATA 29 217 0 GAGATTTATGTTATTATTTTTTTTGCATAA 19 97 0 TCATAGAACCTTATTATTTTAATAATATTA 23 39 0 CTTAGGATACTTATTTATATATCAATTAAA 13 99 1 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ACCTATTATTATTATTATAAAATACAAATCATTT 1 169 0 TTAAAGATTTATAACTATAAAATATAGTTATCAT 10 43 1 TGTGTTGTGGATATACATAAAATAACCTTCCACT 28 82 1 GATACATAATATCACAATAAAATATTGTACATTA 10 125 0 GTCATGCAATAACGCAATAAAATAACAGAGCACT 15 13 0 CAATTAATTGATTATTTTAAAATAGTTGAAAGTA 21 240 1 TTTTATAATAATATTATTAAAATAATAAGGTTCT 23 31 1 AGATACCGAAATCATTTTAAAATACTTGAATAAT 23 95 1 GTGAAGGCTTATGCAAAAAAAATAATAACATAAA 19 89 1 ACTATAACGTAACTTATTAAAATAGTAAAGTTTC 22 38 0 TTATTTATGTAAACGTTTAAAATAAATCC 26 106 1 TCTTACTGCAAATTTTTTAAAATACTAGTTATTG 13 164 1 AAAATTATTGATAAAAATAAAATTCTTAGTAATA 1 129 1 CTATAATGAATTGAGGATAAAATATAGACTATTA 13 226 0 TTACTTGTAATTTTAAATAAAATAAGTTAAATGC 20 24 1 GATAAAATCTAAAAACAAAAAATAATT 14 89 1 CAGGATGTCTATTGCAATAAATTAAATAATGCTA 21 58 1 TATTCATTTGATTGAGTAAAAATAGAATGTTTTT 5 42 0 TATGTCAGGGAAACTAATAAAATTTTATGAGAAA 29 49 1 AAAGAAACAATATACAATAAAATATTACAGGAAA 30 99 0 AGATATATAATATAATATAAAATATAATAACTTT 31 31 0 ACCTTGTAAAAATCTTATAAATTATATAATATAT 3 18 1 TCGAAGGAAAAATAACTAAAAATACTAGTATTTT 7 55 0 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84 0 TAGCACGTAATATAACAAAAATTAATCTCAAGGG 10 79 0 GTAAAGTTTCTTGATTTAAAATTAGCGGGATAAT 22 14 0 TATCTAATAATAAGAAATAAATTTT 10 1 0 TATTAATTAGGTCTTAAATTTTGATATTTTT 2 127 0 AAAATTCAAGTATTACAAAAATTTTATAGAACTC 0 71 1 ** ******** MAP Score: 40.3178 Motif 3 TAATTAATACAGTTTTTTATAGATTGATGCAATGG 1 33 1 AAAATACAAATCATTTTTTTATTATTACTAAGAAT 1 150 0 TTACCTATTATTATTATTATAAAATACAAATCATT 1 170 0 TAAAATTTTTATAGAATATAATATGAG 2 2 1 TTAAATTTTGATATTTTTGAAGCTTAAAGCTTTTA 2 110 0 GTAGCTCCAATTTTTATTGCAGCTTAATCACAGTA 3 192 0 TAAAAATAGAATGTTTTTCTAGATAGCGTTGACAA 5 25 0 TCAAATGAATAAATTTTTCTATGTAAAGAGTATAT 5 65 1 AAGTTATTTAATTTTGTTATTATAA 5 107 0 AAAACGTTTAACCTTTTTGAATTTACTATATAATA 6 13 1 ACTAAACATGAACTTATTAAAGCAATAACGAGAAT 7 134 1 AGAAACTCGTACTTTTTTATATCATACCGTATAAT 8 34 1 AAAAATTATTTATTATATTTTGTAAGCACTC 8 148 0 TGAAATTTGTTAATTTTTAAATTATGTAATTGCTA 9 42 1 AATTTATTTCTTATTATTAGATAAATTAAGCTTAA 10 12 1 AAAATATTGTACATTATTGTAGCAATGTTAGCACG 10 106 0 GATATTATGTATCTTATTGAAAGATTAAATTAATC 10 146 1 AAATTTTTTGAATAATTGATACGATG 10 188 0 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TACTATTATTTTTTTATTGCATGATATACTTACTT 30 221 0 AATAGTAAATATTTTTTTTAAAGATATGATTATGC 30 249 1 AATAATAATAAAGTTATTATATTTTATATTATATT 31 22 1 * ***** ** ** MAP Score: 39.0411 Motif 4 ATTTTAACTCAAAAGCATTTGGTATTACTAAGCAAATAT 1 95 0 TATAAAATACAAATCATTTTTTTATTATTACTAAGAATT 1 149 0 TATCTTTAAAAAAAATATTTACTATTATTTTTTTATTGC 30 236 0 AAAAATTATTTATTATATTTTGTAAGCACT 8 149 0 ACGAAAATAAAAATTAATTTAATATCAATATATAATGCT 25 88 0 GCAATTCTTGAAAGAAATTTATTATGTCTCTATAATTAA 9 241 1 AAAATTTATTTCTTATTATTAGATAAATTA 10 1 1 AAAAGTAGATAATAGTTTTTTTTATTAGTTATTGCAAGA 24 38 0 CAAAGTAATTAATACAGTTTTTTATAGATTGATGCAATG 1 28 1 GCAATTTAATAATGAGTTTTGTTATTTATGTAAACGTTT 26 85 1 AACATCTTGCAAAATTTTTTTATAATAATATTATTAAAA 23 14 1 TAGTAAATTTAAAGAAATTTGCTATAATACAAATTTTTA 13 257 1 TAGGTTTTTGATAATGTTTTATTATTAATAGTTATTTTT 26 20 1 AAGAATAAGCAAAAGGCTTAGATATATCTTCTCCTGATC 30 29 0 TTATGTTGAAAATGAAATTTGTTAATTTTTAAATTATGT 9 30 1 CAATCAAATGAATAAATTTTTCTATGTAAAGAGTATATA 5 62 1 GGAAAGTTCTATTAACTTTTATTATCAATAATAGAAAAA 23 157 1 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AAGTAAAATTTTAAATATTTGCTATATTAATAATAGCTT 28 126 1 *** *** *** * MAP Score: 35.3077 Motif 5 TAGTATTTTTAGTTATTTTTCCTTCGATACCGT 7 62 1 AGTCTTTCCAAATTATTTTTGATCACGTTGTCA 12 59 1 AATTATTTTTTGTTTTTAGATTT 14 93 0 AGATTTATGTTATTATTTTTTTTGCATAAGCCT 19 93 0 TAGAAAAACATTCTATTTTTACTCAATCAAATG 5 39 1 AAATATAAATAATTATTATTTGTAACTTGCTAT 16 262 1 ATTTTACCTATTATTATTATTATAAAATACA 1 177 0 TAATAGGTGTATTTATTATTAATATGTTGTATA 29 219 0 TTGTGTGGATAGTTATTATTGTTAAGCAATTTA 27 24 1 TTTGATAATGTTTTATTATTAATAGTTATTTTT 26 26 1 CAAATCATTTTTTTATTATTACTAAGAATTTTA 1 146 0 TGCCCTTGAGATTAATTTTTGTTATATTACGTG 10 77 1 ACTGCAAATAATTAATTTTTGATTATATAATAG 16 214 1 GACATCCTGTAATAATTTTTACTGCCTAATCAT 21 34 0 TTGATATTAAATTAATTTTTATTTTCGTTAGGT 25 99 1 AAAAAATATTTACTATTATTTTTTTATTGCATG 30 233 0 TCAATAATTATACTATTATTCTTTCATAAA 0 280 1 AACTATAGCAAGCTATTATTAATATAGCAAATA 28 141 0 TTACGTTTTTTTCTATTATTGATAATAAAAGTT 23 170 0 TATAGGACTTTACAATTTTTCATTGTTCATAGT 0 110 1 TTATTTCATAAACAATTTTTTGTGTAATGACCT 17 61 1 CCCATGTAGCTCCAATTTTTATTGCAGCTTAAT 3 199 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