AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i RP/RP_operons005_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237364 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 RP111 300 TRNA (GUANINE-N1)-METHYLTRANSFERASE (trmD) #1 RP123 143 HFLC PROTEIN (hflC) #2 RP124 30 PROBABLE PERIPLASMIC SERINE PROTEASE DO-LIKE PRECURSOR (htrA) #3 RP173 300 SIGNAL RECOGNITION PARTICLE PROTEIN (ffh) #4 RP186 287 PROTEASE DO (htrA) #5 RP202 286 RIBONUCLEASE HII (rnhB) #6 RP274 173 PEPTIDE CHAIN RELEASE FACTOR 2 (prfB) #7 RP348 65 unknown #8 RP456 171 RIBOSOMAL PROTEIN L36 (rpmJ) #9 RP529 179 PEPTIDE CHAIN RELEASE FACTOR 1 (prfA) #10 RP765 116 GUANYLATE KINASE (gmk) #11 RP775 191 CELL DIVISION PROTEIN FTSY (ftsY) #12 RP847 300 POSSIBLE PROTOPORPHYRINOGEN OXIDASE (hemK) #13 RP879 137 50S RIBOSOMAL PROTEIN L33 (rpmG) Motif 1 CAATAAAATTATAATTGCATTATTGACTACACTTC 0 243 0 TATTCCTTATTATTTTATAATATCATACTAAAAAA 1 114 0 TTTATAATAAAAATGTTCATTATAAAGAACACAGT 3 55 0 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179 1 CTGCTAGACCACAAAAAAATATACTAATGAAGTGTAGT 0 215 1 TAAAATTATAATTGCATTATTGACTACACTTCATTAGT 0 237 0 CTTTTTTAGTATGATATTATAAAATAATAAGGAATATT 1 113 1 GTTCTTAGATAATCATTTATTCAATAATCAAAATTATA 3 99 1 TAGCGGAATGAGTTTATTAATAAGTAATGCAATTTCTG 3 213 0 TCATTCCGCTATCGCAATATTGTTTATTGATAAAACAC 3 240 1 ATAAAGTTCTAATACAATATTGTGTTTTATCAATAAAC 3 261 0 GCAAATAATTTATAAAGTTCTAATACAATAT 3 279 0 GTTTATTATTAGCGTTGTATTCTATATTATTCCAGTGT 4 31 1 TCAAAAAAACAACTTATAATTTATTTCTAGATCCTGGG 4 104 0 CTTCCACAAGAGTATAATATTGATTTAAAAATATTAGA 5 26 0 GGAAGTTCTAATAATTGAAAATAATTTTGCACTTTAGA 5 59 1 ATAATTTTGCACTTTAGAATTCTATATTTATTTAGGTT 5 79 1 CCATGCAAGAAAGATATTATTATATACATTAAAAATTT 5 245 1 TATATACATTAAAAATTTATAAAATACAATT 5 265 1 TCCCTGTTCTAAATTTCAATTTTGTATTATGGTGATTA 6 139 0 ATTATTATATAATAATATATTTATTTAAAACTTTTTAC 7 14 0 TTAAGAATTTATAAATTAATTTTAATTAAT 8 2 1 GTTTTAATGTATTAAACTATTAATTAAAATTAATTTAT 8 20 0 CGAGCTTTAAATAGCATTAATTATTAATTCTATTAAAA 8 69 1 TTTTTATCTAATCAGTCAATTAAGTTCTGTATAGTTTT 8 103 0 ATTAATCCCAATTAATGTAATAAGTATATTGT 8 149 1 CTACATGATGACGCTTATAAAAACTAGATTACAGTCTA 9 47 0 ATTCAAGAAAATAACTTAAATTACTAATATTTTAGATC 9 95 0 ATGCATTAATAATACAAAATTCACTTGTATAAAGCT 10 8 0 ATTGGGATCAAAAATACTAAATATTTTTTATGCACCTA 11 43 1 TTCTGGCTTAAATCTTAAAATCTGTAGTAAGGTTGATA 12 61 1 TGTGCTAAGGAAACGTTTATTATCTATACGGTATATTG 12 231 0 * * **** * ** * MAP Score: 10.2346 Motif 9 TGTGTTTACAAAAGTATTTACTATTTACAGCTGCTG 0 182 1 TCAATAATGCAATTATAATTTTATTGCATTAATTGG 0 252 1 TACAAGGCTTTTTTAGTATGATATTATAAAATAATA 1 106 1 GTTCTTTATAATGAACATTTTTATTATAAAATAAGC 3 60 1 TAAAGTTCTAATACAATATTGTGTTTTATCAATAAA 3 262 0 CAACAAGCCCTTTAATTATTGTATTATGACTTTTTA 4 241 1 TTCTATATTTATTTAGGTTTTTATTAACAAGGTTTT 5 98 1 TAGTTATTGCATGGAGCATTATATTACGTAGCAATC 5 201 0 GAATCCATGCAAGAAAGATATTATTATATACATTAA 5 241 1 ATTGTGATATAACTTGTATTTTATTATCCATGTGAT 6 14 1 CTGTTCTAAATTTCAATTTTGTATTATGGTGATTAT 6 138 0 AAAAGTTTTAAATAAATATATTATTATATAATAATA 7 17 1 TTACCTTTAAATTTTGATTATTATTATATAATAATA 7 35 0 TAACGTTTTAATGTATTAAACTATTAATTAAAATTA 8 26 0 AATAGCATTAATTATTAATTCTATTAAAACTATACA 8 78 1 GCTTTATACAAGTGAATTTTGTATTATTAATGCATT 10 11 1 ATTTGGATCTAACAAGTATTGTATTGGGATCAAAAA 11 21 1 TTTTTGTTTTATGTATGTTGGTGTTATTTTTACTTC 11 156 0 AATTTAATAGATGATGTGTACTATTATCCGTGTTAA 12 171 1 CTTTTTTAAGTAATAAGTTAGTATTAATTAAGTATA 13 12 1 TGACACCTTAAATTAAGATATTATTTTCCTTAAGGA 13 107 0 ** * ** ***** MAP Score: 6.06481 Motif 10 GCAGGATTACAAAAATTTTAAAGCAATCAAGTTCA 0 142 1 TGTTTACAAAAGTATTTACTATTTACAGCTGCTGC 0 184 1 TTTTTTAGTATGATATTATAAAATAATAAGGAATA 1 114 1 GTACCACTGTGTTCTTTATAATGAACATTTTTATT 3 50 1 AGAACTGTGCTTATTTTATAATAAAAATGTTCATT 3 69 0 CAGAAATTGCATTACTTATTAATAAACTCATTCCG 3 213 1 TATTGTATTAGAACTTTATAAATTATTTGC 3 280 1 TTGCTTTTCTAATATTTTTAAATCAATATTATACT 5 19 1 TATTTATTTAGGTTTTTATTAACAAGGTTTTTCCT 5 103 1 CATGCAAGAAAGATATTATTATATACATTAAAAAT 5 246 1 ATATACATTAAAAATTTATAAAATACAATT 5 266 1 GTCTGTAAAAAGTTTTAAATAAATATATTATT 7 7 1 TTTTAAATAAATATATTATTATATAATAATAATCA 7 22 1 TTAAGAATTTATAAATTAATTTTAATTA 8 3 1 ATTAGATAAAAATGTTTATTATTAATCCCAATTAA 8 129 1 ATACAAGTGAATTTTGTATTATTAATGCATTTGAC 10 16 1 AAAAATACTAAATATTTTTTATGCACCTAATCAAC 11 52 1 TATCCGTGTTAAAGCTTATAATAAAAATATTCAGA 12 195 1 TTTTTAAGTAATAAGTTAGTATTAATTAAGTATAT 13 14 1 * * ******* * MAP Score: 2.23891 Motif 11 GCAATAAAATTATAATTGCATTATTGACTACACTTCATTA 0 239 0 TCACATCATTTAGGATAAGATTTTATCTCATTGGATCTTT 1 43 1 TAATATTCCTTATTATTTTATAATATCATACTAAAAAAGC 1 112 0 GTGCTTATTTTATAATAAAAATGTTCATTATAAAGAACAC 3 58 0 TATTGGAGTTTAATGCTATAATTTTGATTATTGAATAAAT 3 113 0 CTCATTCCGCTATCGCAATATTGTTTATTGATAAAACACA 3 239 1 TGTTTATTGATAAAACACAATATTGTATTAGAACTTTATA 3 260 1 TGTTTATTATTAGCGTTGTATTCTATATTATTCCAGTGTG 4 30 1 TCCCAGGATCTAGAAATAAATTATAAGTTGTTTTTTTGAA 4 103 1 CTATATCAAATAAAAAGTCATAATACAATAATTAAAGGGC 4 247 0 AATTCTAAAGTGCAAAATTATTTTCAATTATTAGAACTTC 5 60 0 TTTTGCACTTTAGAATTCTATATTTATTTAGGTTTTTATT 5 83 1 ATTATTATTATATAATAATATATTTATTTAAAACTTTTTA 7 15 0 TTAAGAATTTATAAATTAATTTTAATTAATAGTTTAATA 8 9 1 TTGGGATTAATAATAAACATTTTTATCTAATCAGTCAATT 8 120 0 ACAATATACTTATTACATTAATTGGGATTAATAATAAACA 8 141 0 AGCTTTATACAAGTGAATTTTGTATTATTAATGCATT 10 7 1 ATAATAACTGTATGATGGAATTATAATGAAGTAAAAATAA 11 129 1 CTTTTTTAAGTAATAAGTTAGTATTAATTAAGTATATGCT 13 12 1 CACCTTAAATTAAGATATTATTTTCCTTAAGGAAGGTAGA 13 100 0 ** * *** * *** MAP Score: 2.09617 Motif 12 AGCAGCTGTAAATAGTAAATACTTTTGTAAACACAT 0 181 0 ACTACACTTCATTAGTATATTTTTTTGTGGTCTAGC 0 217 0 TCTAGAAATAAATTATAAGTTGTTTTTTTGAATACC 4 111 1 TTGTATTATGACTTTTTATTTGATATAGTGCTGCTT 4 259 1 CTTTTCTAATATTTTTAAATCAATATTATACTCTTG 5 22 1 AAGTTCTAATAATTGAAAATAATTTTGCACTTTAGA 5 61 1 TGCACTTTAGAATTCTATATTTATTTAGGTTTTTAT 5 86 1 CAAGAAAGATATTATTATATACATTAAAAATTTATA 5 250 1 TTGTGATATAACTTGTATTTTATTATCCATGTGATT 6 15 1 CCTGTTCTAAATTTCAATTTTGTATTATGGTGATTA 6 139 0 GTCTGTAAAAAGTTTTAAATAAATATATTATTATAT 7 10 1 AATTTTGATTATTATTATATAATAATATATTTATTT 7 26 0 TTAAGAATTTATAAATTAATTTTAATTAATAG 8 6 1 AGTTTAATACATTAAAACGTTATTAATTCCGAGCTT 8 40 1 AAATAGCATTAATTATTAATTCTATTAAAACTATAC 8 77 1 GATCTAAAATATTAGTAATTTAAGTTATTTTCTTGA 9 95 1 TGGGATCAAAAATACTAAATATTTTTTATGCACCTA 11 45 1 TTCTTTTTTAAGTAATAAGTTAGTATTAATTAAGTA 13 10 1 CCTTAAGGAAAATAATATCTTAATTTAAGGTGTCAT 13 108 1 * ** *** * *** MAP Score: 0.943959