AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i RP/RP_operons005_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237394 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 RP111 300 TRNA (GUANINE-N1)-METHYLTRANSFERASE (trmD) #1 RP122 98 HFLK PROTEIN (hflK) #2 RP123 143 HFLC PROTEIN (hflC) #3 RP124 30 PROBABLE PERIPLASMIC SERINE PROTEASE DO-LIKE PRECURSOR (htrA) #4 RP173 300 SIGNAL RECOGNITION PARTICLE PROTEIN (ffh) #5 RP186 287 PROTEASE DO (htrA) #6 RP202 286 RIBONUCLEASE HII (rnhB) #7 RP274 173 PEPTIDE CHAIN RELEASE FACTOR 2 (prfB) #8 RP348 65 unknown #9 RP456 171 RIBOSOMAL PROTEIN L36 (rpmJ) #10 RP529 179 PEPTIDE CHAIN RELEASE FACTOR 1 (prfA) #11 RP530 125 DIHYDROLIPOAMIDE ACETYLTRANSFERASE COMPONENT (pdhC) #12 RP531 49 TRANSLATION INITIATION FACTOR IF-3 (infC) #13 RP532 300 unknown #14 RP765 116 GUANYLATE KINASE (gmk) #15 RP766 300 unknown #16 RP774 93 unknown #17 RP775 191 CELL DIVISION PROTEIN FTSY (ftsY) #18 RP847 300 POSSIBLE PROTOPORPHYRINOGEN OXIDASE 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