AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i RP/RP_operons006_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237439
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	RP008	190	(3R)-HYDROXYMYRISTOYL-[ACYL CARRIER PROTEIN] DEHYDRATASE (fabZ)
#1	RP009	300	UDP-3-O-[3-HYDROXYMYRISTOYL] GLUCOSAMINE N-ACYLTRANSFERASE (lpxD)
#2	RP035	300	ACETOACETYL-COA REDUCTASE  (phbB)
#3	RP055	162	NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE (ndk)
#4	RP160	224	OUTER MEMBRANE PROTEIN OMP1 (omp1)
#5	RP365	75	PUTATIVE ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE (fabI)
#6	RP735	300	MALONYL COA-ACYL CARRIER PROTEIN TRANSACYLASE (fabD)
#7	RP761	300	RECA PROTEIN (recA)
#8	RP763	151	ACYL CARRIER PROTEIN (acpP)
#9	RP764	33	3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE II (fabF)
#10	RP773	93	50S RIBOSOMAL PROTEIN L32 (rpmF)
#11	RP814	300	TRANSLATION INITIATION FACTOR IF-1 (infA)

Motif 1
CTCTGTGTTAAAATTTATATCTTGAGCCTATA	3	13	1
TTTCTTTCTCAAACTTATATCTTAATTGATAA	7	259	1
TAATAAAGGCAAATTTATATTAAACAAGAGAC	0	160	1
AATCGAATCATAACTTATATCTATGTACTGCA	3	46	1
CAGATCAATTAAAATTAAATCTTAAAGAAGGT	4	194	1
CACCACAACTAAACTTAAATTTAATAAAAGGC	2	255	1
AAATCTAGATAAAATTAAATTT          	10	0	0
GTAATGTGAGAAATTTAAATTAATAATATTGA	1	94	0
TTGCTTGCTCTAATTTATATTATCTACTATAG	4	19	1
AATAAAAGCATAACTTATATAATATCGCTAGT	1	256	1
AAAACTAATTAAAATTAAATGAGGAAAAGAGA	2	128	1
GTTTATGTAAAAATTTATAGATTTTGCACAAT	11	132	0
ATACAACAATAAAGTTATAGTAAA        	0	2	0
TCTAGCACAAAAAATTATTTTTTGCTAGCATA	8	15	0
  TGCGATAGAAACTTAAAGTTTCGACAGTAG	11	8	1
TGAAAGTAATTAACTTATAGCTAGTGGAAATT	6	196	1
TCTCGCTAAAAAAGTTATTTGATAAAAGATTG	6	65	0
TTTCTTAGTTTAATTTATAGTAGTAGTTGAAA	6	169	1
AAAGATCTGAAAAGCTATATAAGATTTAGTTA	6	22	0
TTAGATCCAGAAAAATATATTTAATTGGGTCC	0	69	1
CTACGCCCCGAAAATTAATTATGTCTACACTA	11	194	0
ATTGCTATTATAAAATATATAAAATAAATGAT	8	127	1
TATAAGATGTAAATATATAGTAGTAAGATAGT	7	63	1
ATAGTAATTTTAAACTAAATTTGAGATTCAAG	1	147	0
ATTCTTATTTAAAGCTATTTTTACTACTGTCG	11	31	0
          *** ****** *
MAP Score: 30.8626

Motif 2
TGAGTTTATTAAAATCAAACTATTTTAAGAATT	6	276	0
GTAATGTGAGAAATTTAAATTAATAATATTGAT	1	93	0
TTGAGAAAGAAAAATCAAATTTTATTTATTGTG	7	238	0
  TGCGATAGAAACTTAAAGTTTCGACAGTAGT	11	8	1
CACCACAACTAAACTTAAATTTAATAAAAGGCA	2	255	1
CCATATTATTTAAATAAAACTATCTTTTGCAAA	7	110	1
ACTACTACTATAAATTAAACTAAGAAAATATCA	6	163	0
CTGCTAAAACTAATTAAAATTAAATGAGGAAAA	2	123	1
TTTATAGTAGTAGTTGAAAGTAATTAACTTATA	6	182	1
TAATAAAATCTAGATAAAATTAAATTT      	10	4	0
TAAATCGTTTAAAGTGATATTATGATTTTTTAA	2	221	1
TAATAAAGGCAAATTTATATTAAACAAGAGACC	0	160	1
ATACAACAATAAAGTTATAGTAAA         	0	1	0
ATCTCAAATTTAGTTTAAAATTACTATATTAGT	1	152	1
CTTAATTGATAAGTTTATAATATAGAAATTT  	7	279	1
ATTTTATTAAAAGATTATAATATACTTCTTCAC	10	28	1
AATTAAATATAAGATGTAAATATATAGTAGTAA	7	56	1
TTATGCAATAAAATTGTAAGTTTTATATGGCAA	1	225	0
TAGCTAGTGGAAATTAATACTTTTAAAAAATAC	6	213	1
AACCTTCTTTAAGATTTAATTTTAATTGATCTG	4	194	0
CTTATCAATTAAGATATAAGTTTGAGAAAGAAA	7	259	0
TTATAGGCTCAAGATATAAATTTTAACACAGAG	3	13	0
TTGCTTGCTCTAATTTATATTATCTACTATAGT	4	19	1
GTAGTAAAAATAGCTTTAAATAAGAATTTTTTT	11	36	1
CATAGCAATGAAAATAAAATCTAATAGTTGAAT	8	93	1
TTGTGCGTATAAGATTAAATCTTCATTTCTTTA	7	210	0
CTGCAGTACATAGATATAAGTTATGATTCGATT	3	46	0
TAATTTCCACTAGCTATAAGTTAATTACTTTCA	6	196	0
          *** * *** ***
MAP Score: 25.535

Motif 3
   CATTATTAAAAATAACTAAATCTTATATAGC	6	7	1
AAGCAATGAGAAAAATCAATTAATAAATAACATA	7	160	1
TAGATCCAGAAAAATATATTTAATTGGGTCCCGT	0	70	1
TTCTAGCACAAAAAATTATTTTTTGCTAGCATAA	8	14	0
GGTCCCGTGAATAAATAATTGAATAACAGAGATA	0	96	1
AGCAAATGCTTAAAATAATTAAATATAAGATGTA	7	40	1
GTGGTGTTTAAAAAATCATAATATCACTTTAAAC	2	227	0
AGTAAATCTAATAATTTATTATATATAAAGGTTA	3	133	1
AAATTTAGTTTAAAATTACTATATTAGTATTTTT	1	157	1
ATTCACTGCTAAAACTAATTAAAATTAAATGAGG	2	118	1
TCTTTTGCAAATAATATAATTAATAGAAAAGCAA	7	132	1
TTGCTATTATAAAATATATAAAATAAATGATTT 	8	128	1
AAGTTATTTGATAAAAGATTGAATATATTAACAA	6	52	0
TATTGCTCAGAAAACAGATAGTATTCCAGACTAT	2	11	1
TTTGTTATGAATAATAGAGTATATAGTGTAGACA	11	171	1
ATTCCTCTTTATAAGATAGTTTATGCAGTAAATC	3	107	1
TGTTTATGTAAAAATTTATAGATTTTGCACAATA	11	131	0
TTTGAGAAAGAAAAATCAAATTTTATTTATTGTG	7	238	0
TTTGCCATATAAAACTTACAATTTTATTGCATAA	1	224	1
CATAGCAATGAAAATAAAATCTAATAGTTGAATA	8	93	1
TACTATAAATTAAACTAAGAAAATATCAATCTGG	6	157	0
TAATAAAAGCATAACTTATATAATATCGCTAGTG	1	255	1
   ATAAACTTTAACTGACTTAATCACTAGCGAT	1	279	0
GATAACAATAAAAATTGATTCATACAACAATAAA	0	21	0
GTGAGAAATTTAAATTAATAATATTGATTTATTT	1	87	0
TTGAGTTTATTAAAATCAAACTATTTTAAGAATT	6	276	0
CAGATCAATTAAAATTAAATCTTAAAGAAGGTTT	4	194	1
CAACTAAACTTAAATTTAATAAAAGGCAAAATAT	2	260	1
AATTTTTACATAAACAAATTGATTTGTTATGAAT	11	149	1
TATTATTTGCAAAAGATAGTTTTATTTAAATAAT	7	114	0
TTAGCCTCGCTAAATAAATTAAAAAGTATTTGTC	10	67	0
AATAAATAACATAACTAATTTTTACATAGTAAAG	7	181	1
TGATAAGTTTATAATATAGAAATTT         	7	285	1
CATACAACAATAAAGTTATAGTAAA         	0	1	0
TAATACTTTTAAAAAATACATATAGCGTAACAAT	6	227	1
CATTGCAATCTAAAAAAATTCTTATTTAAAGCTA	11	46	0
CTAGATTTTATTAAAAGATTATAATATACTTCTT	10	24	1
GATATAAATTTTAACACAGAGATT          	3	0	0
ACCAGGTTAGTTAAAAAACAAAAAACCATTACAA	2	51	1
          **** * * * ***
MAP Score: 25.4688

Motif 4
TGTATGAATCAATTTTTATTGTTATCTCAT	0	29	1
TAGATCCAGAAAAATATATTTAATTGGGTC	0	70	1
CTGTTATTCAATTATTTATTCACGGGACCC	0	95	0
TCTCTTGTTTAATATAAATTTGCCTTTATT	0	161	0
TTAAATTAATAATATTGATTTATTTGAGAT	1	82	0
TAATGTGAGAAATTTAAATTAATAATATTG	1	95	0
ACTTACTACTATAATAAATTCACTGCTAAA	2	101	1
TTCCTCATTTAATTTTAATTAGTTTTAGCA	2	124	0
AGTAAATCTAATAATTTATTATATATAAAG	3	133	1
TATAGTAGATAATATAAATTAGAGCAAGCA	4	20	0
TTTAAGATTTAATTTTAATTGATCTGTTTA	4	190	0
AAGAAAAATCAAATTTTATTTATTGTGCGT	7	235	0
AATGCTTATGAATATTTATTTCAAATATTC	8	64	1
          AAATTTAATTTTATCTAGAT	10	0	1
ACCTACTCACAATATATATTGTGCAAAATC	11	115	1
CTACGCCCCGAAAATTAATTATGTCTACAC	11	196	0
          **********
MAP Score: 13.9462

Motif 5
TTAGATCCAGAAAAATATATTTAATTGGGT	0	69	1
GGGTCCCGTGAATAAATAATTGAATAACAG	0	95	1
CACTTACTACTATAATAAATTCACTGCTAA	2	100	1
AATTCACTGCTAAAACTAATTAAAATTAAA	2	117	1
AAAACTAATTAAAATTAAATGAGGAAAAGA	2	128	1
CAACTAAACTTAAATTTAATAAAAGGCAAA	2	260	1
ATCTCTGTGTTAAAATTTATATCTTGAGCC	3	11	1
GTTTATGCAGTAAATCTAATAATTTATTAT	3	125	1
CAGATCAATTAAAATTAAATCTTAAAGAAG	4	194	1
TCAGCAAGTTTAAATATAATGAGTAAATAA	5	55	1
TAAAAATAACTAAATCTTATATAGCTTTTC	6	16	1
TTGCAAATAATATAATTAATAGAAAAGCAA	7	136	1
TAAAGAAATGAAGATTTAATCTTATACGCA	7	210	1
ATACGCACAATAAATAAAATTTGATTTTTC	7	233	1
TTATGCTAGCAAAAAATAATTTTTTGTGCT	8	14	1
CATAGCAATGAAAATAAAATCTAATAGTTG	8	93	1
ATAAAATATATAAAATAAATGATTT     	8	136	1
    TCTGCATAAATTAAATCCCTAAGATA	9	6	1
TAATTTTATCTAGATTTTATTAAAAGATTA	10	15	1
          **********
MAP Score: 5.19323