AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i RP/RP_operons006_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237467 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 RP008 190 (3R)-HYDROXYMYRISTOYL-[ACYL CARRIER PROTEIN] DEHYDRATASE (fabZ) #1 RP009 300 UDP-3-O-[3-HYDROXYMYRISTOYL] GLUCOSAMINE N-ACYLTRANSFERASE (lpxD) #2 RP035 300 ACETOACETYL-COA REDUCTASE (phbB) #3 RP053 300 ADP,ATP CARRIER PROTEIN (tlc1) #4 RP054 72 GLYCEROL-3-PHOSPHATE TRANSPORTER (glpT) #5 RP055 162 NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE (ndk) #6 RP160 224 OUTER MEMBRANE PROTEIN OMP1 (omp1) #7 RP161 114 unknown #8 RP365 75 PUTATIVE ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE (fabI) #9 RP735 300 MALONYL COA-ACYL CARRIER PROTEIN TRANSACYLASE (fabD) #10 RP761 300 RECA PROTEIN (recA) #11 RP763 151 ACYL CARRIER PROTEIN (acpP) #12 RP764 33 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE II (fabF) #13 RP773 93 50S RIBOSOMAL PROTEIN L32 (rpmF) #14 RP814 300 TRANSLATION INITIATION FACTOR IF-1 (infA) Motif 1 ATTGATTCATACAACAATAAAGTTATAGTAAA 0 5 0 GTAGTAGTTGAAAGTAATTAACTTATAGCTAGTGGAA 9 188 1 AGTTTGAGAAAGAAAAATCAAATTTTATTTATTGTGC 10 237 0 TTCACTGCTAAAACTAATTAAAATTAAATGAGGAAAA 2 119 1 CAGTTAATATATAGAAATCAAAATTAAGTAAAAATTG 3 146 1 GCATTTAAACAGATCAATTAAAATTAAATCTTAAAGA 6 185 1 AAACCATGAGATAACAATAAAAATTGATTCATACAAC 0 27 0 TTTACATAGTAAAGAAATGAAGATTTAATCTTATACG 10 201 1 TCAAATATTCATAGCAATGAAAATAAAATCTAATAGT 11 84 1 ATATTGTGCAAAATCTATAAATTTTTACATAAACAAA 14 130 1 CAATCTGGAAATAGTTATGAAGTTACAGAATATTTGT 9 128 0 TGTATTTTTTAAAAGTATTAATTTCCACTAGCTATAA 9 210 0 GCAAATGCTTAAAATAATTAAATATAAGATGTAAATA 10 41 1 AAAAGCAATGAGAAAAATCAATTAATAAATAACATAA 10 158 1 TAGCCTCGCTAAATAAATTAAAAAGTATTTGTCAAAT 13 63 0 GATGAATCTCAAATAAATCAATATTATTAATTTAAAT 1 77 1 TCTATATTATAAACTTATCAATTAAGATATAAGTTTG 10 268 0 CTCCTCAACTATAAAAAGTAAGATTCAGGTTTTAGAA 4 35 0 ACTGTTAACTAACTAAATGAAAATTTAGTGAACTTTA 3 113 0 ATTTATTAGTAAACTTATAAAATTTTT 7 97 1 TATTGAAGGTAAAATATTAAAATTTCATCCCATACAA 3 19 0 TTATCTTCAAATAAATAGAAAATTTAATT 3 281 1 ACTATAAATTAAACTAAGAAAATATCAATCTGGAAAT 9 153 0 AGGATGTGAAAAAGAAAACAATTTTTACTTAATTTTG 3 164 0 TGCTATTATAAAATATATAAAATAAATGATTT 11 129 1 TTGCGATACCATATTATTTAAATAAAACTATCTTTTG 10 102 1 AATTTGTAAAAAAATATAAAAAAGCTTCTAAAACCT 4 9 1 TTCTAGAAAGAACTCAATAAACATTTTATTAACTATA 3 200 0 AAGAATATTGACCCCAAGAAATATCAAATAAGCCTTT 3 70 1 GTTATTTGATAAAAGATTGAATATATTAACAAAGATC 9 47 0 AGTAGTAAAAATAGCTTTAAATAAGAATTTTTTTAGA 14 35 1 ATAGAGTATGAAAACAATCATCATAAAAAATATATCG 2 159 1 ATATCACTTTAAACGATTTAACAACTTTCATATCGCT 2 204 0 ATAGTATTCCAGACTATGCAACAACCAGGTTAGTTAA 2 28 1 * * *** ** ** * MAP Score: 36.2899 Motif 2 ATTTATTAGTAAACTTATAAAATTTTT 7 97 1 AATAAAAGCATAACTTATATAATATCGCTAGTG 1 256 1 TTGCTTGCTCTAATTTATATTATCTACTATAGT 6 19 1 TGAGAAATTTAAATTAATAATATTGATTTATTT 1 87 0 CTCTGTGTTAAAATTTATATCTTGAGCCTATAA 5 13 1 TGCTATTATAAAATATATAAAATAAATGATTT 11 129 1 GTTTATGTAAAAATTTATAGATTTTGCACAATA 14 131 0 TAATAAAGGCAAATTTATATTAAACAAGAGACC 0 160 1 ATACAACAATAAAGTTATAGTAAA 0 1 0 TTTCTTTCTCAAACTTATATCTTAATTGATAAG 10 259 1 TAGCTAGTGGAAATTAATACTTTTAAAAAATAC 9 213 1 AACATTATACTAAAATATATGATAGAAGTCAAA 3 249 0 AATTTGTAAAAAAATATAAAAAAGCTTCTAAA 4 9 1 GCAAATAATATAATTAATAGAAAAGCAATGAGA 10 138 1 AAAAATCAATTAATAAATAACATAACTAATTTT 10 170 1 TCTCGCTAAAAAAGTTATTTGATAAAAGATTGA 9 64 0 AATCGAATCATAACTTATATCTATGTACTGCAG 5 46 1 TCATAATGACTAAATTATACCTATAACCTTGCA 7 47 1 TAAATTATTTTAAGATATAAGTTGCAAGGTTAT 7 69 0 AGTTAACAGTTAATATATAGAAATCAAAATTAA 3 140 1 TGAAAGTAATTAACTTATAGCTAGTGGAAATTA 9 196 1 GTTTATCTTCAAATAAATAGAAAATTTAATT 3 279 1 TTATATATAATAAATTATTAGATTTACTGCATA 5 128 0 GCAAATGCTTAAAATAATTAAATATAAGATGTA 10 41 1 TTAGATCCAGAAAAATATATTTAATTGGGTCCC 0 69 1 TCTAGCACAAAAAATTATTTTTTGCTAGCATAA 11 14 0 GTCCCGTGAATAAATAATTGAATAACAGAGATA 0 97 1 AGATCTTTGTTAATATATTCAATCTTTTATCAA 9 46 1 TTCACTGCTAAAACTAATTAAAATTAAATGAGG 2 119 1 TTAATACTTTTAAAAAATACATATAGCGTAACA 9 226 1 ATATTGAAGGTAAAATATTAAAATTTCATCCCA 3 24 0 TAGCCTCGCTAAATAAATTAAAAAGTATTTGTC 13 67 0 GATAGAAGTCAAACAAATTGATTTTTTCTAGAA 3 229 0 ATTTTTACATAAACAAATTGATTTGTTATGAAT 14 150 1 ATAAGTTTACTAATAAATTATTTTAAGATATAA 7 82 0 ATTGCAATCTAAAAAAATTCTTATTTAAAGCTA 14 46 0 *** ***** ** MAP Score: 34.4389 Motif 3 TTGCCTTTTATTAAATTTAAGTTTAGTTGTGGTG 2 255 0 AAACCTTCTTTAAGATTTAATTTTAATTGATCTG 6 194 0 CCTCATTTAATTTTAATTAGTTTTAGCAGTGAAT 2 118 0 ACTTATCAATTAAGATATAAGTTTGAGAAAGAAA 10 259 0 TTCACTAATTTGACAAATACTTTTTAATTTATTT 13 56 1 CGGGACCCAATTAAATATATTTTTCTGGATCTAA 0 69 0 AGGTCTCTTGTTTAATATAAATTTGCCTTTATTA 0 160 0 AATAACTAAATCTTATATAGCTTTTCAGATCTTT 9 20 1 TTCAATCTTTTATCAAATAACTTTTTTAGCGAGA 9 63 1 AACTTGAATCTCAAATTTAGTTTAAAATTACTAT 1 145 1 ATTGCTTTTCTATTAATTATATTATTTGCAAAAG 10 133 0 TTTTAATTATCTTAGGGATTTAAT 12 19 0 ATTTGCTTGCTCTAATTTATATTATCTACTATAG 6 17 1 CTTTACTATGTAAAAATTAGTTATGTTATTTATT 10 181 0 TATTTACATCTTATATTTAATTATTTTAAGCATT 10 44 0 AAATCATTTATTTTATATATTTTATAATAGCAAT 11 127 0 GTTTGACTTCTATCATATATTTTAGTATAATGTT 3 248 1 TCACTAGCGATATTATATAAGTTATGCTTTTATT 1 256 0 CTTCTAGCACAAAAAATTATTTTTTGCTAGCATA 11 15 0 TATAGTGTAGACATAATTAATTTTCGGGGCGTAG 14 192 1 TAAAATCTAGATAAAATTAAATTT 13 0 0 TTAATACTTTTAAAAAATACATATAGCGTAACAA 9 226 1 AATCAATATTATTAATTTAAATTTCTCACATTAC 1 92 1 GCTATGAATATTTGAAATAAATATTCATAAGCAT 11 65 0 TATATAGAAATCAAAATTAAGTAAAAATTGTTTT 3 153 1 TATTCAACTATTAGATTTTATTTTCATTGCTATG 11 93 0 TGCGATACCATATTATTTAAATAAAACTATCTTT 10 103 1 ATAAATAAAATTTGATTTTTCTTTCTCAAACTTA 10 242 1 TGTAATTTTTGTTTGTATGGTCGG 14 286 0 CATTATTAAAAATAACTAAATCTTATATA 9 5 1 ATAAGTTTACTAATAAATTATTTTAAGATATAAG 7 81 0 TTAGAAGCTTTTTTATATTTTTTTACAAATT 4 7 0 TAGCTTTAAATAAGAATTTTTTTAGATTGCAATG 14 46 1 TATCTCTGTTATTCAATTATTTATTCACGGGACC 0 96 0 TTGTATGGGATGAAATTTTAATATTTTACCTTCA 3 19 1 GCAGTAAATCTAATAATTTATTATATATAAAGGT 5 131 1 ACTGCAGTACATAGATATAAGTTATGATTCGATT 5 46 0 CTTAAAATAGTTTGATTTTAATAAACTCAA 9 280 1 ATTTTTACATAAACAAATTGATTTGTTATGAATA 14 150 1 GATAGAAGTCAAACAAATTGATTTTTTCTAGAAA 3 228 0 * * ***** *** MAP Score: 29.673 Motif 4 GTGAAAAAGAAAACAATTTTTACTTAATTTTGATTT 3 160 0 TTGCAATCTAAAAAAATTCTTATTTAAAGCTATTTT 14 42 0 TAAATAACATAACTAATTTTTACATAGTAAAGAAAT 10 183 1 AGCCTCGCTAAATAAATTAAAAAGTATTTGTCAAAT 13 63 0 CAATGAGAAAAATCAATTAATAAATAACATAACTAA 10 163 1 TTATATCTTAAAATAATTTATTAGTAAACTTATAAA 7 82 1 TAGTAGTTGAAAGTAATTAACTTATAGCTAGTGGAA 9 189 1 TTACTACTATAATAAATTCACTGCTAAAACTAATTA 2 103 1 CTTTATATATAATAAATTATTAGATTTACTGCATAA 5 127 0 TATTAAAAATAACTAAATCTTATATAGCTTTTCAGA 9 13 1 GAGAAAGAAAAATCAAATTTTATTTATTGTGCGTAT 10 233 0 ATAGAAGTCAAACAAATTGATTTTTTCTAGAAAGAA 3 225 0 TTTTTACATAAACAAATTGATTTGTTATGAATAATA 14 151 1 CTAGCACAAAAAATTATTTTTTGCTAGCATAAAATT 11 10 0 GATGAATCTCAAATAAATCAATATTATTAATTTAAA 1 77 1 AGTAATTTTAAACTAAATTTGAGATTCAAGTTATTA 1 141 0 GTGCAAAATCTATAAATTTTTACATAAACAAATTGA 14 135 1 ACTGTTAACTAACTAAATGAAAATTTAGTGAACTTT 3 114 0 AAATTTAATTTTATCTAGATTTTATTA 13 1 1 ATTATAAACTTATCAATTAAGATATAAGTTTGAGAA 10 264 0 TTCACTGCTAAAACTAATTAAAATTAAATGAGGAAA 2 119 1 GCAAATGCTTAAAATAATTAAATATAAGATGTAAAT 10 41 1 CACGGGACCCAATTAAATATATTTTTCTGGATCTAA 0 69 0 GATCTTTGTTAATATATTCAATCTTTTATCAAATAA 9 47 1 GAGATAACAATAAAAATTGATTCATACAACAATAAA 0 21 0 ATTGCTTTTCTATTAATTATATTATTTGCAAAAGAT 10 131 0 TTTCTCGCTAAAAAAGTTATTTGATAAAAGATTGAA 9 63 0 TCATTTATTTTATATATTTTATAATAGCAATTATTC 11 122 0 TTTTGATTTCTATATATTAACTGTTAACTAACTAAA 3 133 0 ATCAATCTGGAAATAGTTATGAAGTTACAGAATATT 9 131 0 TTTTGCCTTTTATTAAATTTAAGTTTAGTTGTGGTG 2 255 0 TCAACTATAGTAGATAATATAAATTAGAGCAAGCAA 6 19 0 ** **** * * ** MAP Score: 25.2639 Motif 5 AAGATGAATCTCAAATAAATCAATATTATTAATTTAAAT 1 75 1 ATGTTTATCTTCAAATAAATAGAAAATTTAATT 3 277 1 TTTAAACAGATCAATTAAAATTAAATCTTAAAGAAGGTT 6 188 1 TCATAATGACTAAATTATACCTATAACCTTGCAACTTAT 7 47 1 ACTACTACTATAAATTAAACTAAGAAAATATCAATCTGG 9 157 0 CATTATTAAAAATAACTAAATCTTATATAGCTTT 9 5 1 TTAATACTTTTAAAAAATACATATAGCGTAACAATTGAA 9 226 1 AATAAATAATTGAATAACAGAGATAAAATTGCTCTATGC 0 105 1 AAACTTAAATTTAATAAAAGGCAAAATATTAGGTATGGA 2 265 1 ACCATATTATTTAAATAAAACTATCTTTTGCAAATAATA 10 109 1 CTTGAGCCTATAAAATCGAATCATAACTTATATCTATGT 5 33 1 GTAGATAATATAAATTAGAGCAAGCAAATCTGTAAT 6 7 0 TCTGCATAAATTAAATCCCTAAGATAATTAAAA 12 6 1 AACAACTTGCTCCAATATAGACAAAGACTGTATCACGAG 6 97 1 CCAGGTTAGTTAAAAAACAAAAAACCATTACAAAAAGTG 2 52 1 TAAATCGATATTAAAACTAAGCAAATGCTTAAAATAATT 10 21 1 CTATAGGATGTGAAAAAGAAAACAATTTTTACTTAATTT 3 166 0 ATTGCTATTATAAAATATATAAAATAAATGATTT 11 127 1 TTCAGCAAGTTTAAATATAATGAGTAAATAA 8 54 1 AATCAATTAATAAATAACATAACTAATTTTTACATAGTA 10 173 1 AATCTAATAATTTATTATATATAAAGGTTATAAAA 5 137 1 TTGAGTTTATTAAAATCAAACTATTTTAAGAATT 9 276 0 TGACTTGACTATAAAAATACTAATATAGTAATTTTAAAC 1 164 0 AATTTGTAAAAAAATATAAAAAAGCTTCTAAAACCT 4 7 1 AAATTTAATTTTATCTAGATTTTATTAAAAGAT 13 4 1 AAGGTACCATTGCAATCTAAAAAAATTCTTATTTAAAGC 14 48 0 AATCATCATAAAAAATATATCGCAATATTAAGCGATATG 2 174 1 * ***** * * * * MAP Score: 22.7191 Motif 6 TGTGGTGTTTAAAAAATCATAATATCACTTTAAACGATTTAAC 2 219 0 CTTTATATATAATAAATTATTAGATTTACTGCATAAACTATCT 5 120 0 CATATAGCGTAACAATTGAAAAAAGTTTGTAAATTCTTAAAAT 9 245 1 AAATGCTTAAAATAATTAAATATAAGATGTAAATATATAGTAG 10 43 1 TATATCTTAAAATAATTTATTAGTAAACTTATAAAATTTTT 7 83 1 ATGAATCTCAAATAAATCAATATTATTAATTTAAATTTCTCAC 1 78 1 ATTAATAGAAAAGCAATGAGAAAAATCAATTAATAAATAACAT 10 150 1 TAGAGTATGAAAACAATCATCATAAAAAATATATCGCAATATT 2 160 1 GAATATTTGTAACAACTGAGAAAATCGACTTGTGATCTGTTTC 9 95 0 TTTTTCTAGAAAGAACTCAATAAACATTTTATTAACTATAGGA 3 197 0 ACTAATTAAAATTAAATGAGGAAAAGAGATAGAGTATGAAAAC 2 131 1 TTACATAGTAAAGAAATGAAGATTTAATCTTATACGCACAATA 10 202 1 CATTATTAAAAATAACTAAATCTTATATAGCTTTTCAGA 9 6 1 TTTCTATATTATAAACTTATCAATTAAGATATAAGTTTGAGAA 10 264 0 GCCTCGCTAAATAAATTAAAAAGTATTTGTCAAATTAGTGAAG 13 55 0 TTATGCTAGCAAAAAATAATTTTTTGTGCTAGAAGTTCTTTTA 11 14 1 CCCGTGAATAAATAATTGAATAACAGAGATAAAATTGCTCTAT 0 99 1 AATTTGTAAAAAAATATAAAAAAGCTTCTAAAACCTGAAT 4 7 1 ATTTGTTATGAATAATAGAGTATATAGTGTAGACATAATTAAT 14 170 1 AAATCATTTATTTTATATATTTTATAATAGCAAT 11 127 0 TATTGACCCCAAGAAATATCAAATAAGCCTTTACAATTTAAAG 3 75 1 ATTTAAACAGATCAATTAAAATTAAATCTTAAAGAAGGTTTTA 6 187 1 TTATACGCACAATAAATAAAATTTGATTTTTCTTTCTCAAACT 10 231 1 AGTACATAGATATAAGTTATGATTCGATTTTATAGGCTCAAGA 5 32 0 AAATTTGAGATTCAAGTTATTAATTGAAGTAGAACATGTAATG 1 120 0 GTGAAAAAGAAAACAATTTTTACTTAATTTTGATTTCTATATA 3 153 0 CAAATATTCATAGCAATGAAAATAAAATCTAATAGTTGAATAA 11 85 1 AATGTTTATCTTCAAATAAATAGAAAATTTAATT 3 276 1 ** ** * * * * * * MAP Score: 21.611 Motif 7 TTATTGTTGTATGAATCAATTTTTATTGTTATCTCAT 0 22 1 CATTAGATCCAGAAAAATATATTTAATTGGGTCCCGT 0 67 1 CGTTCTCGTAATAAAGGCAAATTTATATTAAACAAGA 0 152 1 AATTTAAATTAATAATATTGATTTATTTGAGATTCAT 1 78 0 AACACTTACTACTATAATAAATTCACTGCTAAAACTA 2 98 1 CACTGCTAAAACTAATTAAAATTAAATGAGGAAAAGA 2 121 1 AAATTAAATGAGGAAAAGAGATAGAGTATGAAAACAA 2 139 1 GTTAATATATAGAAATCAAAATTAAGTAAAAATTGTT 3 148 1 ATTTAAACAGATCAATTAAAATTAAATCTTAAAGAAG 6 187 1 TTATATATGCATAAATCGATATTAAAACTAAGCAAAT 10 10 1 TACATAGTAAAGAAATGAAGATTTAATCTTATACGCA 10 203 1 AGAAAGAAAAATCAAATTTTATTTATTGTGCGTATAA 10 231 0 TTCTAGCACAAAAAATTATTTTTTGCTAGCATAAAAT 11 11 0 AAATATTCATAGCAATGAAAATAAAATCTAATAGTTG 11 86 1 CACTAATTTGACAAATACTTTTTAATTTATTTAGCGA 13 58 1 * *** * *** * * MAP Score: 3.36915