AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i RP/RP_operons007_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237522 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 RP142 300 AMINOPEPTIDASE A (pepA) #1 RP162 114 N UTILIZATION SUBSTANCE PROTEIN B (nusB) #2 RP238 75 ELONGATION FACTOR P (efp) #3 RP299 223 GALACTOSE-6-PHOSPHATE ISOMERASE LACB SUBUNIT (lacA) #4 RP515 101 METHYLENETETRAHYDROFOLATE DEHYDROGENASE (folD) #5 RP604 300 unknown #6 RP675 196 EXODEOXYRIBONUCLEASE LARGE SUBUNIT (xseA) #7 RP751 196 50S RIBOSOMAL PROTEIN L21 (rplU) #8 RP752 24 50S RIBOSOMAL PROTEIN L27 (rpmA) #9 RP843 300 unknown Motif 1 ATAAGTGTTTAAAAATTTAAAAGTTGTTAG 9 259 0 AAAAATTTTATAAGTTTACT 1 0 1 TATGTTCCTAAAAAATTTTAGATGAATTAA 9 63 0 AGCAAATATTTAAAATTTTACTTGCTCTTT 6 67 1 CTTTAAACACAAGAATTTAATCTT 2 4 0 TCTCATTAAGTAATATTTAATAATTACTCT 0 196 0 ATTTTCCATCAAAAAATTAACT 3 211 1 AAATTTAGTATTTTAACTGGAGTAA 4 86 0 TAAAGATTTCTAAAAATTTATAATTATAGC 3 113 1 ATTATCTCTTTAAAAATTTATAAATATTTA 7 172 0 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TGTTTAAAAATTTAAAAGTTGTTAGTTATAATATAAATTT 9 244 0 *** * **** * * MAP Score: 9.12076