AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i RP/RP_operons007_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237536 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 RP142 300 AMINOPEPTIDASE A (pepA) #1 RP162 114 N UTILIZATION SUBSTANCE PROTEIN B (nusB) #2 RP238 75 ELONGATION FACTOR P (efp) #3 RP299 223 GALACTOSE-6-PHOSPHATE ISOMERASE LACB SUBUNIT (lacA) #4 RP514 300 THIOREDOXIN REDUCTASE (trxB2) #5 RP515 101 METHYLENETETRAHYDROFOLATE DEHYDROGENASE (folD) #6 RP604 300 unknown #7 RP675 196 EXODEOXYRIBONUCLEASE LARGE SUBUNIT (xseA) #8 RP750 80 PHOSPHATIDYLGLYCEROPHOSPHATASE A (pgpA) #9 RP751 196 50S RIBOSOMAL PROTEIN L21 (rplU) #10 RP752 24 50S RIBOSOMAL PROTEIN L27 (rpmA) #11 RP843 300 unknown Motif 1 AAAATTTTAATTTTCATAATTA 4 0 1 AAGAGCAAGTAAAATTTTAAATATTTGCTATA 7 64 0 CTTATATAATAAAATTTTAACTTATACAGTAA 8 21 0 GGTATCCAGAAAAATTATCACTCATAATGACT 1 76 0 ATATTCAACAAAATTATTATTTGATATAATA 3 9 1 TGCTATGTAAAAAATATTAATTATGAAAATTA 4 17 0 AAAACCTAGTAAAATTATAATATGAAGGTTGA 11 163 1 TTTTTGATGGAAAATTATGATAAAAATTATAT 3 194 0 CAATATAAATAAAATTATCAAAATTCAAAATA 0 265 1 TGTTAATATGAAAATAATTAAAGATTTCTAAA 3 95 1 AATCTAGAATAAAATAATTAAAAA 8 66 1 AAGATTTCTAAAAATTTATAATTATAGCAAAA 3 115 1 AGATATGAACAAAATTTATAATCGCACTACTA 0 100 0 ACTTACTGCAAAAATGTTTAATTTATAAATTA 4 211 1 GAAAATTATCTCTTTAAAAATTT 9 183 0 TATCTCTTTAAAAATTTATAAATATTTATCGT 9 168 0 TTATACAGTAAAAATATATATT 8 0 0 ATACATTAAAAAAATGTTAATATGAAAATAAT 3 81 1 AAAAATTTTATAAGTTTACTAAT 1 1 1 TATGTTCCTAAAAAATTTTAGATGAATTAATT 11 61 0 ATAAGTGTTTAAAAATTTAAAAGTTGTTAGTT 11 257 0 GAATGTTTGAAAAATAAAAATTATAGTACATT 11 130 0 ATTTTCCATCAAAAAATTAACT 3 211 1 TTTTTACATCAAAAAATTGAATGCATCATAAC 4 142 1 TGATTTATTAAAAAAATTCAGTGAAAATAATA 6 18 1 CTTATATCTTAAAATAATTTATTAGTAAACTT 1 21 0 AATTATAGCAAAAAAAATTATTAACTTTAAAA 3 134 1 TTTTGATGTAAAAATATTTTTAGCTTTGTTTT 4 124 0 GTGCTCTGTAAAAATAAATAAAGAATAAATAC 3 53 1 AAATTCAGTGAAAATAATATGAGTATTTTTAG 6 31 1 AATGAAAGGCAAAATTTAGTATGCACAATTTT 6 110 1 TAATCAACTTAAAATTAAATCTCATTAAGTAA 0 213 0 TTTAAGACTTAAAATTAAGTATAAATATACAA 2 42 0 GAAGTCTATTAAAAAGATCATTGACTAATTTC 9 119 1 TATTAACTTTAAAATTTATTTACAGCTAAGCG 3 152 1 ATATATTAATAAAAAGATGTTTTTTATACTAT 11 90 1 CTCTTTTGGTAAAAAGAAAAGATTGCTATGTA 4 40 0 ******** * * MAP Score: 48.1688 Motif 2 GGAATGTTTGAAAAATAAAAATTATAGTACATT 11 130 0 AATATAGCAAATATTTAAAATTTTACTTGCTCT 7 62 1 ATTAATTATGAAAATTAAAATTTT 4 1 0 AAAGGTAATGAAAGGCAAAATTTAGTATGCACA 6 104 1 TTTTTACTGTATAAGTTAAAATTTTATTATATA 8 18 1 TCATTAAGTAATATTTAATAATTACTCTATTAA 0 191 0 AATAAATTTTAAAGTTAATAATTTTTTTTGCTA 3 139 0 TCTTGTGTTTAAAGGAAATAATTTGTATATTTA 2 20 1 GTTGTTAGTTATAATATAAATTTCTTCTTAATT 11 234 0 TTTAATTTTCATAATTAATATTTTTTACATAGC 4 15 1 ACTCCAGTTAAAATACTAAATTT 5 88 1 AAGCGCTTACATAGTATATAATTTTTATCATAA 3 179 1 AAGATTTCTAAAAATTTATAATTATAGCAAAAA 3 115 1 TATCATGAAAATAACTAAAAATACTCATATTAT 6 44 0 ACTGTAAAACAAAGCTAAAAATATTTTTACATC 4 119 1 TTTGATCAATATAAATAAAATTATCAAAATTCA 0 259 1 AAAATTATCAAAATTCAAAATATAAGGAATTAG 0 275 1 TAGTTGTATTATATCAAATAATAATTTTGTTGA 3 14 0 GTAAAAATAAATAAAGAATAAATACATTAAAAA 3 60 1 CTTGCAACTTATATCTTAAAATAATTTATTAGT 1 27 0 ATATTACATTATAGATAATAATATTTAATATAC 4 88 1 TAATAATATTATACGATAAATATTTATAAATTT 9 156 1 TTGCAAGGTTATAGGTATAATTTAGTCATTATG 1 53 1 CATAACCTTGAAATGTTATAATAATACTAGAGT 4 168 1 CTTCTTCTTAAAAGTCTATAATAACAAGATGAA 6 199 0 TTTAAGTCTTAAAATCTATAATAT 2 61 1 ATAAATTTTTAAAGAGATAATTTTC 9 181 1 TGTTGTGGATATACATAAAATAACCTTCCACTG 7 99 0 AAGTGTTTAAAAATTTAAAAGTTGTTAGTTATA 11 254 0 CTTACTGCAAAAATGTTTAATTTATAAATTACT 4 212 1 TATTTCATCAATATCCAATAAAATCCTTTTTTT 4 260 1 TTGGACAATGATAGTATAAAAAACATCTTTTTA 11 99 0 TGTTATCTAAATATTCAATAGTTAAAAACTATA 7 16 1 ATTTATTAGTAAACTTATAAAATTTTT 1 4 0 TAGAGCTATAATATCTTATATAATAAAATTTTA 8 34 0 AAAACCTAGTAAAATTATAATATGAAGGTTGAA 11 163 1 CTCTTTTGGTAAAAAGAAAAGATTGCTATGTAA 4 39 0 TGTATTAACTAAAGTTATTATATATCACTAACA 0 54 0 ATACATTAAAAAAATGTTAATATGAAAATAATT 3 81 1 AAATTTTTAGAAATCTTTAATTATTTTCATATT 3 99 0 TTAGGAACATATATTAATAAAAAGATGTTTTTT 11 82 1 GTCCGTAACAATACATTATAGATTTTTAGTGCA 6 271 0 ATCTAGAATAAAATAATTAAAAA 8 67 1 TAATAACTTAAAAGGAATTATAAG 10 10 1 *** ******* MAP Score: 30.5477 Motif 3 AATTATGAAAATTAAAATTTT 4 0 0 AACTAACAACTTTTAAATTTTTAAACACTTA 11 257 1 ATAGCAAATATTTAAAATTTTACTTGCTCTT 7 65 1 TAATTTATAAATTAAACATTTTTGCAGTAAG 4 212 0 TATAATAAAATTTTAACTTATACAGTAAAAA 8 18 0 TTATAATTCCTTTTAAGTTATTA 10 2 0 TATGAAAATAATTAAAGATTTCTAAAAATTT 3 101 1 CTTACATAGTATATAATTTTTATCATAATTT 3 184 1 TTGCTATAGTTTTTAACTATTGAATATTTAG 7 22 0 TTTTTAATTATTTTATTCTAGA 8 68 0 TTAGTAAACTTATAAAATTTTT 1 1 0 AAATTATCTCTTTAAAAATTTATAAATATTT 9 173 0 TTGCTATAATTATAAATTTTTAGAAATCTTT 3 114 0 AGTAGTGCGATTATAAATTTTGTTCATATCT 0 101 1 CATCCTTAGAAATTAAGTTATTCAAGAAGTC 9 94 1 TAATTTTCATAATTAATATTTTTTACATAGC 4 17 1 TAATTAATTCATCTAAAATTTTTTAGGAACA 11 60 1 TAGTTGTATTATTTAAGAATT 9 0 0 ATTAAGTAATATTTAATAATTACTCTATTAA 0 191 0 TTATTATGTTATCTAAATATTCAATAGTTAA 7 10 1 TAATAAATTATTTTAAGATATAAGTTGCAAG 1 29 1 GATCAATATAAATAAAATTATCAAAATTCAA 0 262 1 ATTATTTTCATATTAACATTTTTTTAATGTA 3 82 0 GCTTAGCTGTAAATAAATTTTAAAGTTAATA 3 152 0 AAATTGTGCATACTAAATTTTGCCTTTCATT 6 110 0 TTTTACAGTATATTAAATATTATTATCTATA 4 97 0 TCTAGTATTATTATAACATTTCAAGGTTATG 4 168 0 TGTTTGAAAAATAAAAATTATAGTACATTGG 11 128 0 ATTTTAAAGTTAATAATTTTTTTTGCTATAA 3 136 0 ATCTCTGCTATATAAACTATTACAAAAATTG 6 135 0 CATTAAGAAAATCTAATTAATTCATCTAAAA 11 47 1 AACATCTTTTTATTAATATATGTTCCTAAAA 11 80 0 AAATTTTATTATATAAGATATTATAGCTCTA 8 36 1 ATATTCAACAAAATTATTATTTGATAT 3 6 1 ATAATTACTCTATTAAGTAATACTATTCCGA 0 176 0 CACTGAATTTTTTTAATAAATCATTCAATAA 6 10 0 GTATGTACTTTATTAACTAATGCAAAAAGGT 6 79 1 TAAATTACTCATATAACAATTGATTATTTCA 4 236 1 ATAATTTTCCATCAAAAAATTAACT 3 208 1 ATATTTTTACATCAAAAAATTGAATGCATCA 4 139 1 AGTATAAATATACAAATTATTTCCTTTAAAC 2 26 0 AAAACAAAGCTAAAAATATTTTTACATCAAA 4 124 1 ACTTATACAGTAAAAATATATATT 8 3 0 TTATACGACTAACAAAGAAATTAAA 11 285 1 TTTATAAGTTTACTAATAAATTATTTTAAGA 1 16 1 AAGTGCTCTGTAAAAATAAATAAAGAATAAA 3 51 1 ****** **** MAP Score: 29.6206 Motif 4 GTGATATATAATAACTTTAGTTAATACAAGTATAA 0 59 1 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ATCTTATATAATAAAATTTTAACTTATACAGTAAA 8 20 0 TTCTAGTATAATAATATTATACGATAAATATTTAT 9 148 1 ATTATACGATAAATATTTATAAATTTTTAAAGAGA 9 163 1 CCAATGTACTATAATTTTTATTTTTCAAACATTCC 11 128 1 CCTTCATATTATAATTTTACTAGGTTTTGGAATGT 11 156 0 AAAATTAAGAAGAAATTTATATTATAACTAACAAC 11 232 1 ATTATAACTAACAACTTTTAAATTTTTAAACACTT 11 252 1 * ******* * * MAP Score: 23.0166