AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i RP/RP_operons008_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237597 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 RP069 266 DEOXYCYTIDINE TRIPHOSPHATE DEAMINASE (dcd) #1 RP070 196 PROTEIN-EXPORT PROTEIN SECB (secB) #2 RP071 196 TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR PROTEIN CZCR (czcR) #3 RP170 300 ACRIFLAVIN RESISTANCE PROTEIN D (acrD) #4 RP224 204 OUTER MEMBRANE PROTEIN TOLC PRECURSOR (tolC) #5 RP226 92 unknown #6 RP227 194 DNA GYRASE SUBUNIT B (gyrB1) #7 RP228 108 TAIL-SPECIFIC PROTEASE PRECURSOR (ctp) #8 RP229 205 HISTIDINE KINASE SENSOR PROTEIN (barA) #9 RP306 217 unknown #10 RP307 130 CATIONIC AMINO ACID TRANSPORTER-1 (atrc1) #11 RP427 121 PETR PROTEIN (ompR) #12 RP465 300 ALKALINE PHOSPHATASE SYNTHESIS SENSOR PROTEIN PHOR (phoR) #13 RP483 169 PUTRESCINE-ORNITHINE ANTIPORTER (potE) #14 RP485 65 NIFU PROTEIN (nifU) #15 RP486 77 NIFS PROTEIN HOMOLOG (spl1) #16 RP487 60 NIFS PROTEIN HOMOLOG (spl1) #17 RP488 151 unknown #18 RP489 300 unknown #19 RP562 300 NITROGEN ASSIMILATION REGULATORY PROTEIN NTRX (ntrX) #20 RP614 227 NITROGEN REGULATION PROTEIN NTRY (ntrY) #21 RP615 90 RIBOSOMAL PROTEIN S21 (rpsU) Motif 1 TAATCATTAGTTTATTAATTAAATAAAGTTTTG 0 240 1 ACACGTAGATTTTAAAAATTAAAATT 9 3 0 TAATTTTTGCTTTAATAATTAAATACTTGACTA 17 72 1 GCAAATCAAATTTAAAAATTAAAATCTTATAGA 19 118 1 TAGAATCAAGTTTAAAAATTAAATCCAA 3 282 1 AATATTGTTGTTTTTCAATTAAAGGTAGAATTT 2 31 1 ATTTTTAAATTAAAGTTTACAACA 16 46 0 CTATATATTGTTTTGTAATTAAACATTTATATT 3 166 0 ATAGTAAAAATTTTATAATTTGATTAAATATTC 2 65 1 ATTATGAAGTTTTTTGAATAAGATAAACATCTT 1 80 1 ATTATACTAAATTTATAATTAAATTACAACACT 9 161 0 TATGAATTTCTTTAGCATTTAAAAAGATC 12 6 0 GTATAGTAAATTTATTATTTAAATAATATGGAA 0 18 0 AAACAAATCATTTAACATTTATAACAT 15 60 1 ATTATAAAATTTTTACTATTAAATTCTACCTTT 2 51 0 TTTTGGTATGTTTTTGAATATTATATCAAAAAA 18 59 1 GTATTGCTTTATTAGGAATTTTAGCATATACGA 10 71 1 TATACTTAAAATTAAGAATTTAATAGTTTCTTA 0 121 0 AAAAATCCTTATTAAAAATTTAACATAATTTTT 1 173 0 TTTAATTAGCTTTAAAATTAAGATCGCGAATAG 1 30 0 CATTTAGGTTTTTAATATTTTTAAGGTAAATTG 19 275 1 CTAGCTTTAATTTAGTATTAAAATCTTTTTGGT 20 11 0 TGGAATAAATTTTTATATTTTTA 15 0 0 GAAAGCAACATTTTTTTATAACATTTTTGTCAC 19 218 0 TATAATATAGATTAAATATTATATTAATTTTGC 12 49 1 CGGGTTCAAAATTATTAATATCATAGTTGTTTT 11 66 0 TTATACGTTCATTAATAATATAAGTAAAGAATA 2 93 0 AAGTTTAGAAATTAATAATATTACATGCCATTA 18 145 0 ACTATAGAAAATTACCAATATAATCTATATAAC 20 63 0 GCTTTAAAAATTTTTAATTATTAGGCAAAATAA 1 123 1 CAAATGAATGTTATAAAATTAAATGTCATTAAC 12 172 0 TTCTAAGAGCTTTATTTATATCATTTTTTGGAT 20 128 1 AAATTATTAATTTTGTTATATCAAAGTACTGTG 18 29 0 TGAGATTAATTTTTGTTATATTACGTGCTAACA 4 83 1 TTCATAATATATTTTATATAATATAGATTAAAT 12 33 1 AACATCCTGAATTTTGTATAAGATAGTGTAAGT 12 142 0 TAATTAAACATTTATATTTTTTACAGAATTAGT 3 151 0 TGGAAGTAGTTTTAGATTTTTTAAAGAAAAATT 0 182 1 TCTTATTAATTTTTGCTTTAAAAATTTTTAATT 1 109 1 TTAGAAGTAAATTAAATTTTATAGATTTTAGTA 17 42 0 TATCAAAAAAATTTCCTTTTATATATCCTTTAA 18 82 1 TAAACTACTATTAATTAATTTTATTCGTGTTTT 13 72 0 AATTACCTAATTATCCAATAATATTGTTGTTTT 2 12 1 TAAGCTTAATTTATCTAATAATAAGAAATAAAT 4 13 0 AAAGCACTAGATAAAAAATTATAATTTAGTTAA 2 124 1 ATATATAGTTATATATAATTAAAAGATGAAAAA 3 191 1 AATTCAAGAAATTACATATATCAGTTTTCCCAT 8 71 0 TAAATTAAGCTTAAAGATTTATAACTATAAAAT 4 33 1 AATTAAAATCTTATAGATTTATAAAAACAACTA 19 134 1 ATTGTTAGTATTATTGTATTATATAAACACGCA 6 95 0 ATGTTAAATGATTTGTTTTTTTACATTATACCA 15 45 0 TTAATTTTGCTTAAGCAATATAAAAAGGAATAG 12 72 1 AAGCATGTCATTATATAATATTAAAGGATATAT 18 102 0 TAGGTAATCTATAAGAAATAAAAATTTCTGATT 16 10 1 ATTATAACGCATAATTATTTACAATACAAAATT 0 211 0 ATATGTTATTATATTAATTTATAGAAAAATGTA 3 13 1 CACATAATTCATTATATTTATAACACTATAAAC 19 84 1 TATAATTTAGTTAATAATTATTAACTAAATTAT 2 143 1 ATCGTGTTGTTTAATAATTATCAATTTGTTGTA 9 102 0 ATGATATAATATAACAATTAAAAGAGAATAATA 14 42 1 TCTGCAAAGTATATTATATTTTAGCGTAGTTGA 0 80 0 ACTATACAAAATAAACTTTTAGATTAGTTAATT 0 44 1 ATTTCTTGAATTATACTTTATAATTACAACAAT 8 92 1 **** ***** * MAP Score: 44.6542 Motif 2 TTTAATAGTAAAAATTTTATAATTTGATTAAAT 2 61 1 TATATCCTTTAATATTATATAATGACATGCTTT 18 103 1 AAACTTGATCAAAATTATATAATAGAAATAGAA 18 183 1 AATTTGATTAAATATTCTTTACTTATATTATTA 2 81 1 AATAATGTACAATATTTTATTGTGATATTATGT 4 123 1 AAACACGAATAAAATTAATTAATAGTAGTTTAA 13 73 1 ACTAAAACTTAAAATTGTTTTATGTCTACAATA 17 116 0 AATTATTATCAAAATTGAATTTTATGGAGAAAA 2 170 1 AAAAGAAAGCAACATTTTTTTATAACATTTTTG 19 222 0 ATTAAAACCAAAAATTCATTATTACAACTCTAA 3 91 1 ACCTTAAATAAACATTAAATTATACTAAATTTA 9 179 0 TTAATTTTATAACATTCATTTGTATTAAGTTAG 12 183 1 AAAATTTATTTCTTATTATTAGA 4 0 1 TTTGCATAGAAAATTTCTATAATTTAACTCT 12 279 1 ACGGTGGAATAAATTTTTATATTTTTA 15 4 0 TTATATTGGTAATTTTCTATAGTTGTCCTATAA 20 73 1 TTTAAAGAAAAATTTTGTATTGTAAATAATTAT 0 201 1 AATCAAAACTTTATTTAATTAATAAACTA 0 247 0 ACTAATCTAAAAGTTTATTTTGTATAGTAAATT 0 39 0 TTGCTTTAAAAATTTTTAATTATTAGGCAAAAT 1 121 1 TCAAATCAGAAATTTTTATTTCTTATAGATTAC 16 13 0 AATTTTAATTTTTAAAATCTACG 9 0 1 CACTAGATAAAAAATTATAATTTAGTTAATAAT 2 128 1 AAAACATACCAAAATTATTAATTTTGTTATATC 18 40 0 AATGGCATGTAATATTATTAATTTCTAAACTTT 18 146 1 ATAAATCTATAAGATTTTAATTTTTAAATTTGA 19 123 0 ATTAAGCTTAAAGATTTATAACTATAAAATATA 4 36 1 TTTGTAATTAAACATTTATATTTTTTACAGAAT 3 155 0 TTATATAATATAGATTAAATATTATATTAATTT 12 46 1 TTCTGCAAAGTATATTATATTTTAGCGTAGTTG 0 81 0 ACAAAAACTTTATATTGAATAGTATTAATATCA 13 35 0 AAGTCTTATATAAATTTATTAGTTGTTTTTATA 19 153 0 AAATTAGAAGTAAATTAAATTTTATAGATTTTA 17 45 0 TATATAACTATATATTGTTTTGTAATTAAACAT 3 173 0 TTTTGTATAGTAAATTTATTATTTAAATAATAT 0 22 0 TATATGTTATTATATTAATTTATAGAAAAATGT 3 12 1 GACATGCTTTAGTATTATATAATGGCATGTAAT 18 126 1 CTTAAAATTAAGAATTTAATAGTTTCTTATTGT 0 117 0 AATTAAAGGTAGAATTTAATAGTAAAAATTTTA 2 47 1 AATTTAGTCAAGTATTTAATTATTAAAGCAAAA 17 76 0 TACGAGCCCTAGTATTCATTTTTAGCTTAACTG 8 182 0 ATTTAGAATCAAGTTTAAAAATTAAATCCAA 3 279 1 ATTCATAATATATTTTATATAATATAGATTAAA 12 32 1 TAAATTATACTAAATTTATAATTAAATTACAAC 9 164 0 AACCAAAAAGATTTTAATACTAAATTAAAGC 20 8 1 ACACGATTATAGCATTTTAATATATTGAAAGAT 9 128 1 ** *** **** * MAP Score: 44.3739 Motif 3 TTAAAAATTTTTAATTATTAGGCAAAATAA 1 126 1 AGTCAAGTATTTAATTATTAAAGCAAAAAT 17 74 0 AATTTTAATTTTTAAAATCTACGT 9 4 1 AATTATTAACTAAATTATTATCAAAATTGA 2 158 1 CTATAAGATTTTAATTTTTAAATTTGATTT 19 120 0 TTGGATTTAATTTTTAAACTTGATTC 3 284 0 AAAATTATGTTAAATTTTTAATAAGGATTT 1 174 1 TACGGTGGAATAAATTTTTATATTTTTA 15 8 0 CAACAAATTGATAATTATTAAACAACACGA 9 104 1 AATTTAGTTAATAATTATTAACTAAATTAT 2 146 1 AAAATTTAACATAATTTTTAGAGCCTGTTC 1 162 0 CCACGGGTTCAAAATTATTAATATCATAGT 11 72 0 AAAACATACCAAAATTATTAATTTTGTTAT 18 43 0 ATCAAATTATAAAATTTTTACTATTAAATT 2 59 0 ACGAATAAAATTAATTAATAGTAGTTTAAC 13 77 1 AAAACTTTATTTAATTAATAAACTAATGAT 0 242 0 CATTTTTCTATAAATTAATATAATAACATA 3 14 0 TAAATTATACTAAATTTATAATTAAATTAC 9 167 0 AAACAACTAATAAATTTATATAAGACTTCT 19 158 1 ATAATATAGATTAAATATTATATTAATTTT 12 50 1 TAGAAGTAAATTAAATTTTATAGATTTTAG 17 44 0 ATTCTTTACTTATATTATTAATGAACGTAT 2 94 1 TTGCTTAAGCAAAATTAATATAATATTTAA 12 60 0 TTTTAAAGCAAAAATTAATAAGATGTTTAT 1 102 0 AATTTACCTTAAAAATATTAAAAACCTAAA 19 277 0 TATTAATATCATTATTTTTATCTAAATGAA 13 16 0 AATGGCATGTAATATTATTAATTTCTAAAC 18 146 1 AGAAACAAACAATATTTTTATCGAGTTAAA 12 230 0 AATTTATTATTTAAATAATATGGAATTATT 0 13 0 TGGAAATTACTTAAATAATACTG 6 3 0 TAAATAAACATTAAATTATACTAAATTTAT 9 178 0 AGAGTTAAATTATAGAAATTTTCT 12 286 0 GTTTGTGACATAAAATAATAAGAATACTGA 19 23 0 TTCTAAGAGCTTTATTTATATCATTTTTTG 20 128 1 TAAGTTATATTTATATTAGATTAGA 11 5 1 CATAATTCATTATATTTATAACACTATAAA 19 86 1 TTATATATCCTTTAATATTATATAATGACA 18 100 1 GTTAATGACATTTAATTTTATAACATTCAT 12 172 1 GACATATAAGTTAATTATAAGTTATAGTAC 21 34 1 GCACTAGATAAAAAATTATAATTTAGTTAA 2 127 1 ATTCGCGATCTTAATTTTAAAGCTAATTAA 1 32 1 TATTAAATTCTTAATTTTAAGTATATAGCG 0 129 1 CGAATAGCGCATTATTAATATGTTATTTAG 3 244 0 TTATACTGACTTTAATTATACTTATGCTAG 18 224 0 TTTTTCATCTTTTAATTATATATAACTATA 3 194 0 GTTGTAAACTTTAATTTAAAAAT 16 47 1 ********** MAP Score: 44.0613 Motif 4 ATGAACGTATAAAGCACTAGATAAAAAATTATAATTTAG 2 114 1 TTGTATAGTAAATTTATTATTTAAATAATATGGAATTAT 0 14 0 TAGTTGATTTAATTAACTAATCTAAAAGTTTATTTTGTA 0 48 0 TAATAATTAAAAATTTTTAAAGCAAAAATTAATAAGATG 1 107 0 GTCAAGTATTTAATTATTAAAGCAAAAATTAGAAGTAAA 17 64 0 ACTAACATCGTATCAATTATTCAAAAAATTT 4 183 1 GATGCGTGTTTATATAATACAATAATACTAACAATTGCT 6 93 1 AAATTATAGAAATTTTCTATGCAAATAATAATAACGAGA 12 265 0 CAAGTCATGAAATGATATAATATAACAATTAAAAGAGAA 14 31 1 TACGTTCATTAATAATATAAGTAAAGAATATTTAATCAA 2 84 0 TATGTTTTTGAATATTATATCAAAAAAATTTCCTTTTAT 18 65 1 TTTCATGGTATAATCTGTACTATAAGATTCTGTGGAGTA 7 43 1 TTTGATGTTGTAAACTTTAATTTAAAAAT 16 41 1 ACTAGGATGGAAATTACTTAAATAATACTG 6 1 0 AACGTGATCAAAAATAATTTGGAAAGACTTGTTGCTACG 6 49 0 AGAAAACACGAATAAAATTAATTAATAGTAGTTTAACTA 13 70 1 AAAAACAACTAATAAATTTATATAAGACTTCTCACTCTA 19 156 1 TTATTGTCAGTAACAAATTATCAAAAACTAATTCTGTAA 3 125 1 TCAATTTTGATAATAATTTAGTTAATAATTATTAACTAA 2 149 0 ATATTGTGACAAAAATGTTATAAAAAAATGTTGCTTTCT 19 213 1 TATGTTATTATATTAATTTATAGAAAAATGTAGCCATTT 3 14 1 AAAATGCTATAATCGTGTTGTTTAATAATTATCAATTTG 9 107 0 TAGATGAAATAATACTTTTTAGCAATAGTTAAACTACTA 13 95 0 TAAAACCAAAAATTCATTATTACAACTCTAATTTATTGT 3 93 1 TTAAAGGTAGAATTTAATAGTAAAAATTTTATAATTTGA 2 49 1 GAACAGGCTCTAAAAATTATGTTAAATTTTTAATAAGGA 1 162 1 TAATATAGATTAAATATTATATTAATTTTGCTTAAGCAA 12 51 1 ATCATTAGTTTATTAATTAAATAAAGTTTTGATT 0 242 1 GAAAAGCAATTAAGCTTTAAAGCAATTGTTAGTATTATT 6 113 0 TTTAGGAGCGAAAATAATTAATTAACTCTAAATAT 6 169 1 AAAAAATCTAAAACTACTTCCATAAATATAGTGGTAATA 0 165 0 CGAAAGCCAAAAACAACTATGATATTAATAATTTTGAAC 11 57 1 TGATATAAATAAAGCTCTTAGAAAACTTTAGGGGATGAC 20 112 0 AATTTGATTTAAAGAAATATTTAAAGAAATAGCTTTATA 13 135 0 TAGTTAATTAAATCAACTACGCTAAAATATAATATACTT 0 68 1 ATCTATATTATATAAAATATATTATGAATTTCTTTAGCA 12 22 0 ATTTCTATTATATAATTTTGATCAAGTTTGGTCAAAGTT 18 173 0 GTTGTAATTATAAAGTATAATTCAAGAAATTACATATAT 8 83 0 AAGTTAATTATAAGTTATAGTACAATAAACCACAATATC 21 41 1 TAAGTCATGGTATAATGTAAAAAAACAAATCATTTAACA 15 38 1 AAAATTTATTTCTTATTATTAGATAAATTA 4 1 1 TACAAAACAATATATAGTTATATATAATTAAAAGATGAA 3 182 1 TTTTTGGTTTTAATCACTTGATTAAGATAATGTGATCAG 3 66 0 TTTACAATACAAAATTTTTCTTTAAAAAATCTAAAACTA 0 188 0 AATATCACAATAAAATATTGTACATTATTGTAGCAATGT 4 113 0 AATTAAATTTTATAGATTTTAGTAAAAAAGTAGGCAAGA 17 27 0 GCTTTATTTATATCATTTTTTGGATCATTGTTTCTGTAT 20 136 1 TAAAAATTTTTAATTATTAGGCAAAATAAAATTGCGAAC 1 127 1 AAATAAACATTAAATTATACTAAATTTATAATTAAATTA 9 168 0 TATCTTATTCAAAAAACTTCATAATTTCTCACTTAAAAA 1 66 0 TATACGGTGGAATAAATTTTTATATTTTTA 15 1 0 ATAACAAAATTAATAATTTTGGTATGTTTTTGAATATTA 18 43 1 ATTAATTTAGAATCAAGTTTAAAAATTAAATCCAA 3 275 1 ATAAACTGCAAATCAAATTTAAAAATTAAAATCTTATAG 19 111 1 TTAGATTGTATAACAATTTCATGAAATAAATAACCAATT 5 53 1 GAATATAAAGTATGATGTTTTTCATCTTTTAATTATATA 3 202 0 TAGGTAATCTATAAGAAATAAAAATTTCTGATT 16 4 1 CATTCATTTGTATTAAGTTAGGTATGAAATGCTTCTTTA 12 195 1 *** * ** ** * * MAP Score: 42.7212 Motif 5 ATTTTTGCTTTAATAATTAAATACTTGACTAA 17 74 1 GAATCAAGTTTAAAAATTAAATCCAA 3 284 1 TATACTAAATTTATAATTAAATTACAACACTA 9 160 0 AATAATTCCATATTATTTAAATAATAAATTTA 0 13 1 TATTTCTTATTATTAGATAAATTAAGCTTAAA 4 16 1 AGTTAATAATTATTAACTAAATTATAATTTTT 2 137 0 AGTTAATAATTATTAACTAAATTATTATCAAA 2 151 1 ATCATTAGTTTATTAATTAAATAAAGTTTTGA 0 242 1 CTAAAATCTATAAAATTTAATTTACTTCTAAT 17 44 1 TTATTTTGCCTAATAATTAAAAATTTTTAAAG 1 124 0 GACAAAAATGTTATAAAAAAATGTTGCTTTCT 19 220 1 AAAAAGATTTTAATACTAAATTAAAGCTAGAA 20 14 1 TTATATTAATTTATAGAAAAATGTAGCCATTT 3 21 1 AAATCAAATTTAAAAATTAAAATCTTATAGAT 19 120 1 ACGTAGATTTTAAAAATTAAAATT 9 2 0 CCAACCATACTAAAACTTAAAATTGTTTTATG 17 125 0 CAATATATAGTTATATATAATTAAAAGATGAA 3 189 1 TTAACTAAATTATTATCAAAATTGAATTTTAT 2 163 1 TTTAGATTTTTTAAAGAAAAATTTTGTATTGT 0 192 1 AAAGGATATATAAAAGGAAATTTTTTTGATAT 18 81 0 TTTCTATTTCTATTATATAATTTTGATCAAGT 18 185 0 ATATCATTATTTTTATCTAAATGAAGTTGGA 13 9 0 GTTAAACTACTATTAATTAATTTTATTCGTGT 13 75 0 TAATTCTGTAAAAAATATAAATGTTTAATTAC 3 153 1 TAAAAATATTAAAAACCTAAATGTATAGGTTA 19 266 0 GATCTTAATTTTAAAGCTAATTAAAATCTTTT 1 38 1 TAGCACGTAATATAACAAAAATTAATCTCAAG 4 81 0 AGGTAGAATTTAATAGTAAAAATTTTATAATT 2 53 1 TTTTAATATTTTTAAGGTAAATTGTC 19 284 1 AACCTTGACATATAAGTTAATTATAAGTTATA 21 28 1 ATCAAGTGATTAAAACCAAAAATTCATTATTA 3 83 1 ATTTAATCTATATTATATAAAATATATTATGA 12 34 0 TATATAATAGAAATAGAAAAATAGCACTAGCA 18 198 1 TAAAAATATAAAAATTTATTCCACC 15 3 1 TTACACTATCTTATACAAAATTCAGGATGTTA 12 144 1 TCAACTACGCTAAAATATAATATACTTTGCAG 0 80 1 TTAGGAGCGAAAATAATTAATTAACTCTAAAT 6 170 1 TTGCCTACTTTTTTACTAAAATCTATAAAATT 17 29 1 TAAGTCATGGTATAATGTAAAAAAACAAATCA 15 38 1 CTAGGATGGAAATTACTTAAATAATACTG 6 7 0 CGTGTTTATATAATACAATAATACTAACAATT 6 97 1 AAATATTTCTTTAAATCAAATTTTGAT 13 152 1 AATGAATGTTATAAAATTAAATGTCATTAACA 12 171 0 AGCGCATTATTAATATGTTATTTAGTTTGAAT 3 237 0 AGTACTTTGATATAACAAAATTAATAATTTTG 18 32 1 TTTTTGAATATTATATCAAAAAAATTTCCTTT 18 69 1 ATAGATTAAATATTATATTAATTTTGCTTAAG 12 55 1 TATATATGTTATTATATTAATTTATAGAAAA 3 9 1 TTATTAAAAATTTAACATAATTTTTAGAGCCT 1 166 0 AACAATTGCTTTAAAGCTTAATTGCTTTTCTA 6 122 1 TTAACTAATCTAAAAGTTTATTTTGTATAGTA 0 43 0 TTAAAAATTTTTAAAGCAAAAATTAATAAGAT 1 108 0 AGAAGGAATATATTACTTAATAC 18 287 1 CTATCTTTCAATATATTAAAATGCTATAATCG 9 131 0 GGGAAAACTGATATATGTAATTTCTTGAATTA 8 73 1 TGTTGTAAACTTTAATTTAAAAAT 16 46 1 AAAATTACCTAATTATCCAATAAT 2 2 1 GTAAAGAATATTTAATCAAATTATAAAATTTT 2 71 0 ATACAACGCTATATACTTAAAATTAAGAATTT 0 133 0 ATTACTCTCCTAAAAAGATATTGTGGTTTATT 21 64 0 TTTATAGTGTTATAAATATAATGAATTATGTG 19 84 0 AGAAGTCTTATATAAATTTATTAGTTGTTTTT 19 156 0 ***** ***** MAP Score: 37.6378