AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i RP/RP_operons010_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237743
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	RP002	83	THIOREDOXIN (trxA)
#1	RP204	80	GLUTAREDOXIN 3 (grxC1)
#2	RP205	98	MITOCHONDRIAL TRANSPORTER ATM1 PRECURSOR (atm1)
#3	RP214	297	ABC TRANSPORTER ATP-BINDING PROTEIN (abcT3)
#4	RP379	300	3-DEOXY-MANNO-OCTULOSONATE CYTIDYLYLTRANSFERASE (kdsB)
#5	RP385	300	HOLLIDAY JUNCTION DNA HELICASE RUVA (ruvA)
#6	RP386	56	HOLLIDAY JUNCTION DNA HELICASE RUVB (ruvB)
#7	RP696	300	PROBABLE TRANSPORT ATP-BINDING PROTEIN MSBA (msbA2)

Motif 1
AGTAAAACATATTTTTGAATATATTCAATATTCG	4	215	0
TAGGCCGATTATTATTCACTATATCTTAGCAGCA	5	208	1
CTAGATTAACATTGTTAATTTTATGGCGAGTGTA	7	66	1
      AAAGATTTTTCATTATTTACAAGTAGAA	0	4	1
  AATGTTATATTTTTTATTTTTTGTAAGATCTT	1	58	0
TTAATAAAGTAATCTTAATTTTATCAAATTTTAA	3	238	0
TATACCTCAAAATATTAAATCTATTGAAAAATAA	3	79	0
ATTTTGTAGCATTATTTAATGTAAGAAGCAAGGC	3	38	1
AATTTTATAAAATATTTATTTTTTTCTGTTTTAT	5	95	1
AAAACACACTATTTTTCATTCTGTGTCCAGTATC	7	235	1
GTCAACAATTATTTTTTAATTTTAAATATAGGCA	4	272	1
CGGTACCTCAATTCTTAAATATTAATTTGTGTTA	3	146	0
ATTCAAAAATATGTTTTACTTTATCGCCGAAAAA	4	229	1
AGAAGCAAGGCTTGTTTATTATTTTTCAATAGAT	3	61	1
TCTATATAATATTCTTGACTAAATCCTTCTGATA	7	30	1
CAATTAAAATATTATTATTTTTATTTGTGTTCTA	2	68	0
GAAGTGACTAATTTATAATTTTATTTATTGCTTT	0	35	1
TTAGGTATTTATTTTTTAAAATTTGATAAAATTA	3	223	1
AATTTGTGTTAATTGTTAGTTTATTAAAATTTTT	3	123	0
          *** ** * * ***
MAP Score: 27.1536

Motif 2
CAATTAAAATATTATTATTTTTATTTGTGTT	2	71	0
CTAGATTAACATTGTTAATTTTATGGCGAGT	7	66	1
TGTTGTATAAATTCATATTTTCTATATAATA	7	10	1
GCAAGGCTTGTTTATTATTTTTCAATAGATT	3	65	1
TGGCTCGTTTTTTGTTATTTTCTGGATACTG	7	262	0
 AATGTTATATTTTTTATTTTTTGTAAGATC	1	60	0
GAAGTGACTAATTTATAATTTTATTTATTGC	0	35	1
TCAACAATTATTTTTTAATTTTAAATATAGG	4	273	1
ATTAACTGTAATTTGTATTTTATTTGGTATT	3	267	1
TTTCAATAGATTTAATATTTTGAGGTATATT	3	84	1
TCAATTCTTAAATATTAATTTGTGTTAATTG	3	142	0
TTAATAAAGTAATCTTAATTTTATCAAATTT	3	241	0
TAGCTTAGGTATTTATTTTTTAAAATTTGAT	3	219	1
TTTATAAAATATTTATTTTTTTCTGTTTTAT	5	98	1
CATATAAGCAATTATTATTGTTACTACAATA	5	130	0
TTTTATGCTATATTTTAATTTAA        	6	2	0
ATTTGTGTTAATTGTTAGTTTATTAAAATTT	3	125	0
         GTATTGTATTTTTACTTGCTTT	1	1	1
   AAAGATTTTTCATTATTTACAAGTAGAA	0	7	1
ATTACTAATTATTAGTAATTGTGAAAAGACA	7	188	1
GTTTATTAAAATTTTTTTTGTAAAAATATAC	3	108	0
          *** *******
MAP Score: 23.4646

Motif 3
         AAAGATTTTTCATTATTTACAAGTAGA	0	1	1
AGCAATAAATAAAATTATAAATTAGTCACTTCTACT	0	31	0
ACTCTAGTTTAAGATAATATATAAGATCTTACAAAA	1	36	1
TATAAGATCTTACAAAAAATAAAAAATATAACATT 	1	55	1
CGATATCTAGAACACAAATAAAAATAATAATATTTT	2	61	1
TAAATAATGCTACAAAATTCAGAAAATAACTTCAAA	3	20	0
TTTTTTTGTAAAAATATACCTCAAAATATTAAATCT	3	91	0
ATATTTTTACAAAAAAAATTTTAATAAACTAACAAT	3	110	1
TTAATAAACTAACAATTAACACAAATTAATATTTAA	3	130	1
TTAATTTTATCAAATTTTAAAAAATAAATACCTAAG	3	222	0
AATAATACCAAATAAAATACAAATTACAGTTAATAA	3	265	0
AATGCAGCTTAACACAAAAAACTACAAACTTTATTA	4	151	1
TCGAATATTGAATATATTCAAAAATATGTTTTACTT	4	214	1
GCCTATATTTAAAATTAAAAAATAATTGTTGACAGA	4	269	0
ATGTGATAATCAAATTTACTATAATTTTTGTTACCA	5	15	1
TTTGACATGAAAAATTTTATAAAATATTTATTTTTT	5	83	1
CAATATATAAAACAGAAAAAAATAAATATTTTATAA	5	99	0
CCGCGTTACCAACACTAATTTTAATATGTAGTAACA	5	249	1
AATATGTAGTAACAGTAAGAATAACAAGAAATAAAT	5	271	1
   TTAAATTAAAATATAGCATAAAACTATTTTTTA	6	7	1
TTTAGTCAAGAATATTATATAGAAAATATGAATTTA	7	17	0
GACATTATTGCATAGATTGGAAAACACACTATTTTT	7	215	1
GGATACTGGACACAGAATGAAAAATAGTGTGTTTTC	7	234	0
GTCCAGTATCCAGAAAATAACAAAAAACGAGCCATA	7	259	1
          ** * ***  * ** *
MAP Score: 11.5413

Motif 4
GAAGTGACTAATTTATAATTTTATTTATTGCTTTTC	0	35	1
CTTGCTTTCAAAACTCTAGTTTAAGATAATATATAA	1	24	1
  AATGTTATATTTTTTATTTTTTGTAAGATCTTAT	1	56	0
CAATTAAAATATTATTATTTTTATTTGTGTTCTAGA	2	66	0
CACAAATAAAAATAATAATATTTTAATTGGATCCC 	2	73	1
CTTATGATTTTGAAGTTATTTTCTGAATTTTGTAGC	3	12	1
TTAATATTTTGAGGTATATTTTTACAAAAAAAATTT	3	95	1
ATATTTTTACAAAAAAAATTTTAATAAACTAACAAT	3	110	1
ATTTAGCTTAGGTATTTATTTTTTAAAATTTGATAA	3	216	1
TTAATAAAGTAATCTTAATTTTATCAAATTTTAAAA	3	236	0
TATTAACTGTAATTTGTATTTTATTTGGTATTATTC	3	266	1
TAGCAATATGAAGATCAATTTTAAAAAGAGCAAAGA	4	100	1
AACACAAAAAACTACAAACTTTATTAAGACAACGTA	4	161	1
CAGATCGAATATTGAATATATTCAAAAATATGTTTT	4	210	1
CTAATCTGTCAACAATTATTTTTTAATTTTAAATAT	4	265	1
AGGATTTGACATGAAAAATTTTATAAAATATTTATT	5	79	1
AATTTTATAAAATATTTATTTTTTTCTGTTTTATAT	5	95	1
CCGCGTTACCAACACTAATTTTAATATGTAGTAACA	5	249	1
AAATAGTTTTATGCTATATTTTAATTTAA       	6	3	0
 TGTTGTATAAATTCATATTTTCTATATAATATTCT	7	9	1
          *     ******** *
MAP Score: 3.05291

Motif 5
TAGAAGTGACTAATTTATAATTTTATTTATTGCT	0	33	1
TTTATTGCTTTTCGTTGTTATGAGTTAAAAACTT	0	58	1
       GTATTGTATTTTTACTTGCTTTCAAAA	1	3	1
TTGTAAGATCTTATATATTATCTTAAACTAGAGT	1	36	0
 AATGTTATATTTTTTATTTTTTGTAAGATCTTA	1	57	0
ATTATTATTTTTATTTGTGTTCTAGATATCGTTT	2	58	0
ATAAAAATAATAATATTTTAATTGGATCCC    	2	78	1
ATTTTGAAGTTATTTTCTGAATTTTGTAGCATTA	3	18	1
GAAGCAAGGCTTGTTTATTATTTTTCAATAGATT	3	62	1
TATTAAAATTTTTTTTGTAAAAATATACCTCAAA	3	102	0
TGTTAATTGTTAGTTTATTAAAATTTTTTTTGTA	3	117	0
TCTTAAATATTAATTTGTGTTAATTGTTAGTTTA	3	134	0
GCTTAGGTATTTATTTTTTAAAATTTGATAAAAT	3	221	1
AAATTAAGATTACTTTATTAACTGTAATTTGTAT	3	251	1
TAACTGTAATTTGTATTTTATTTGGTATTATTCC	3	269	1
AAACTCTTTGCTCTTTTTAAAATTGATCTTCATA	4	106	0
AAGTAAAACATATTTTTGAATATATTCAATATTC	4	216	0
CTGTCAACAATTATTTTTTAATTTTAAATATAGG	4	270	1
AAAAAATAAATATTTTATAAAATTTTTCATGTCA	5	85	0
TTATAAAATATTTATTTTTTTCTGTTTTATATAT	5	99	1
  ATAATTTATTTCTTGTTATTCTTACTGTTACT	5	278	0
TATAAATTCATATTTTCTATATAATATTCTTGAC	7	15	1
TAGATTAACATTGTTAATTTTATGGCGAGTGTAG	7	67	1
CTATGGCTCGTTTTTTGTTATTTTCTGGATACTG	7	262	0
          ** *** * ** **
MAP Score: 0.433003