AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i RP/RP_operons010_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237761
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	RP002	83	THIOREDOXIN (trxA)
#1	RP204	80	GLUTAREDOXIN 3 (grxC1)
#2	RP205	98	MITOCHONDRIAL TRANSPORTER ATM1 PRECURSOR (atm1)
#3	RP214	297	ABC TRANSPORTER ATP-BINDING PROTEIN (abcT3)
#4	RP379	300	3-DEOXY-MANNO-OCTULOSONATE CYTIDYLYLTRANSFERASE (kdsB)
#5	RP385	300	HOLLIDAY JUNCTION DNA HELICASE RUVA (ruvA)
#6	RP386	56	HOLLIDAY JUNCTION DNA HELICASE RUVB (ruvB)
#7	RP696	300	PROBABLE TRANSPORT ATP-BINDING PROTEIN MSBA (msbA2)

Motif 1
TATGGCTCGTTTTTTGTTATTTTCTGGATACTG	7	262	0
   AATGTTATATTTTTTATTTTTTGTAAGATC	1	60	0
TAATTTGTGTTAATTGTTAGTTTATTAAAATTT	3	125	0
TGTCAACAATTATTTTTTAATTTTAAATATAGG	4	271	1
TTATTTCTTGTTATTCTTACTGTTACTACATAT	5	272	0
TTTTATAAAATATTTATTTTTTTCTGTTTTATA	5	97	1
TAGAAGTGACTAATTTATAATTTTATTTATTGC	0	33	1
TAACTGTAATTTGTATTTTATTTGGTATTATTC	3	269	1
AATATTATTATTTTTATTTGTGTTCTAGATATC	2	62	0
     AAAGATTTTTCATTATTTACAAGTAGAA	0	5	1
GAAGCAAGGCTTGTTTATTATTTTTCAATAGAT	3	62	1
ATAAAGTTTGTAGTTTTTTGTGTTAAGCTGCAT	4	152	0
AGTTTTATGCTATATTTTAATTTAA        	6	2	0
CCTCAATTCTTAAATATTAATTTGTGTTAATTG	3	142	0
TTTTTTTCTGTTTTATATATTGTAGTAACAATA	5	113	1
AAACACACTATTTTTCATTCTGTGTCCAGTATC	7	236	1
TCTTATGATTTTGAAGTTATTTTCTGAATTTTG	3	11	1
TTTATAATTTTATTTATTGCTTTTCGTTGTTAT	0	46	1
TTACTACATATTAAAATTAGTGTTGGTAACGCG	5	250	0
TGTTAGTTTATTAAAATTTTTTTTGTAAAAATA	3	111	0
 GTATTGTATTTTTACTTGCTTTCAAAACTCTA	1	9	1
GTAACAAAAATTATAGTAAATTTGATTATCACA	5	16	0
ATATAATAGCTAAAAAATAGTTTTATGCTATAT	6	20	0
GGCGATAAAGTAAAACATATTTTTGAATATATT	4	224	0
TAGGTATTTATTTTTTAAAATTTGATAAAATTA	3	224	1
AAAATAAATATTTTATAAAATTTTTCATGTCAA	5	84	0
GATTACTAATTATTAGTAATTGTGAAAAGACAT	7	187	1
          ** ** *** ***
MAP Score: 25.9589

Motif 2
TTAACTCATAACAACGAAAAGCAATAAATAAAATTATAAATTA	0	43	0
CTTAAACTAGAGTTTTGAAAGCAAGTAAAAATACAATAC    	1	6	0
GTTTAAGATAATATATAAGATCTTACAAAAAATAAAAAATATA	1	42	1
TGAAAACGATATCTAGAACACAAATAAAAATAATAATATTTTA	2	55	1
CTTGCTTCTTACATTAAATAATGCTACAAAATTCAGAAAATAA	3	27	0
ATACCTCAAAATATTAAATCTATTGAAAAATAATAAACAAGCC	3	69	0
TAATAAACTAACAATTAACACAAATTAATATTTAAGAATTGAG	3	131	1
TAGGTATTTATTTTTTAAAATTTGATAAAATTAAGATTACTTT	3	224	1
          TGCTGGAATAATACCAAATAAAATACAAATTAC	3	274	0
TATGAAGATCAATTTTAAAAAGAGCAAAGAGTTTATCAATTGA	4	106	1
TAACACAAAAAACTACAAACTTTATTAAGACAACGTAGCCATT	4	160	1
AACAGATCGAATATTGAATATATTCAAAAATATGTTTTACTTT	4	208	1
 AAACTGCCTATATTTAAAATTAAAAAATAATTGTTGACAGAT	4	268	0
TTAGGATTTGACATGAAAAATTTTATAAAATATTTATTTTTTT	5	77	1
TGTTACTACAATATATAAAACAGAAAAAAATAAATATTTTATA	5	100	0
TACCAACACTAATTTTAATATGTAGTAACAGTAAGAATAACAA	5	255	1
       TTAAATTAAAATATAGCATAAAACTATTTTTTAGCT	6	3	1
         TATTTAAAATCGAATATAATAGCTAAAAAATAGT	6	32	0
TGTGTCCAGTATCCAGAAAATAACAAAAAACGAGCCATAGACC	7	256	1
          *  *  ** *     *** *  *
MAP Score: 22.4543

Motif 3
CGAAAAGCAATAAATAAAATTATAAATTAGTCACTTC	0	35	0
GATCGAATATTGAATATATTCAAAAATATGTTTTACT	4	212	1
CACTTCTACTTGTAAATAATGAAAAATCTTT      	0	4	0
TTATTATTTTTCAATAGATTTAATATTTTGAGGTATA	3	76	1
TATAAGATCTTACAAAAAATAAAAAATATAACATT  	1	55	1
AAAAAAAATTTTAATAAACTAACAATTAACACAAATT	3	120	1
TTTTTAAAATTTGATAAAATTAAGATTACTTTATTAA	3	235	1
CAAGCCTTGCTTCTTACATTAAATAATGCTACAAAAT	3	38	0
AATTGCTGCTAAGATATAGTGAATAATAATCGGCCTA	5	208	0
TTTTCACAATTACTAATAATTAGTAATCACATAACAA	7	178	0
TTATATATTGTAGTAACAATAATAATTGCTTATATGG	5	125	1
TATATAAAACAGAAAAAAATAAATATTTTATAAAATT	5	95	0
AGCTACACTCGCCATAAAATTAACAATGTTAATCTAG	7	66	0
       TGTTGTATAAATTCATATTTTCTATATAAT	7	3	1
GAGCAAAGAGTTTATCAATTGAGGAATGCAGCTTAAC	4	127	1
AACTGCCTATATTTAAAATTAAAAAATAATTGTTGAC	4	272	0
AATTAACACAAATTAATATTTAAGAATTGAGGTACCG	3	143	1
AGAACACAAATAAAAATAATAATATTTTAATTGGATC	2	69	1
AAAACTATGTGGTAACAAATTAGGATTTGACATGAAA	5	58	1
          *  *** * * *  ***
MAP Score: 21.5715

Motif 4
TTCTACTTGTAAATAATGAAAAATCTTT       	0	3	0
CTCTAGTTTAAGATAATATATAAGATCTTACAAAA	1	37	1
ATAAGATCTTACAAAAAATAAAAAATATAACATT 	1	56	1
GATATCTAGAACACAAATAAAAATAATAATATTTT	2	62	1
AAAATATTAAATCTATTGAAAAATAATAAACAAGC	3	70	0
TTTTTACAAAAAAAATTTTAATAAACTAACAATTA	3	113	1
TAATTTTATCAAATTTTAAAAAATAAATACCTAAG	3	222	0
CTGGAATAATACCAAATAAAATACAAATTACAGTT	3	270	0
AATATGAAGATCAATTTTAAAAAGAGCAAAGAGTT	4	104	1
CGAATATTGAATATATTCAAAAATATGTTTTACTT	4	215	1
TGCCTATATTTAAAATTAAAAAATAATTGTTGACA	4	271	0
AATTTTTGTTACCATGTGGATAAAACTATGTGGTA	5	37	1
ATTTGACATGAAAAATTTTATAAAATATTTATTTT	5	82	1
AATATATAAAACAGAAAAAAATAAATATTTTATAA	5	99	0
TGCTGCTAAGATATAGTGAATAATAATCGGCCTAT	5	207	0
ATATGTAGTAACAGTAAGAATAACAAGAAATAAAT	5	272	1
          TTAAATTAAAATATAGCATAAAACT	6	0	1
TTAAAATCGAATATAATAGCTAAAAAATAGTTTTA	6	28	0
GTAATCACATAACAACTGTAAAACATGGGGCGAGT	7	158	0
ACATTATTGCATAGATTGGAAAACACACTATTTTT	7	216	1
GATACTGGACACAGAATGAAAAATAGTGTGTTTTC	7	234	0
TGTGTCCAGTATCCAGAAAATAACAAAAAACGAGC	7	256	1
          * * * * ***** *
MAP Score: 14.3377

Motif 5
TTTTCATTATTTACAAGTAGAAGTGACTAATTTATAATTTTATT	0	16	1
TTTTAACTCATAACAACGAAAAGCAATAAATAAAATTATAAATT	0	44	0
TTTTGTAAGATCTTATATATTATCTTAAACTAGAGTTTTGAAAG	1	28	0
ATATATAAGATCTTACAAAAAATAAAAAATATAACATT      	1	52	1
TGAGGTATATTTTTACAAAAAAAATTTTAATAAACTAACAATTA	3	104	1
TTTAATAAACTAACAATTAACACAAATTAATATTTAAGAATTGA	3	129	1
  TGCTGGAATAATACCAAATAAAATACAAATTACAGTTAATAA	3	265	0
GAATGCAGCTTAACACAAAAAACTACAAACTTTATTAAGACAAC	4	150	1
ATATTGAATATATTCAAAAATATGTTTTACTTTATCGCCGAAAA	4	218	1
AAGGCTAATCTGTCAACAATTATTTTTTAATTTTAAATATAGGC	4	261	1
ATCCACATGGTAACAAAAATTATAGTAAATTTGATTATCACATT	5	14	0
AATTAGGATTTGACATGAAAAATTTTATAAAATATTTATTTTTT	5	75	1
TTATTGTTACTACAATATATAAAACAGAAAAAAATAAATATTTT	5	103	0
ACACTAATTTTAATATGTAGTAACAGTAAGAATAACAAGAAATA	5	260	1
TAAAACTATTTTTTAGCTATTATATTCGATTTTAAATA      	6	28	1
GTCAAGAATATTATATAGAAAATATGAATTTATACAACA     	7	5	0
TTTTCACAATTACTAATAATTAGTAATCACATAACAACTGTAAA	7	171	0
          *  **   *  *      * ****
MAP Score: 5.83382

Motif 6
AGTCACTTCTACTTGTAAATAATGAAAAATCTTT  	0	8	0
AGCAATAAATAAAATTATAAATTAGTCACTTCTACT	0	31	0
TTTTGAAAGCAAGTAAAAATACAATAC         	1	1	0
CTTATATATTATCTTAAACTAGAGTTTTGAAAGCAA	1	25	0
TATAAGATCTTACAAAAAATAAAAAATATAACATT 	1	55	1
TTCAAGCCAAGACGTAAACAATAACATCCCAGTAAC	2	23	0
TTGGCTTGAAAACGATATCTAGAACACAAATAAAAA	2	49	1
TCTAGAACACAAATAAAAATAATAATATTTTAATTG	2	66	1
TATTAAATCTATTGAAAAATAATAAACAAGCCTTGC	3	65	0
GTAAAAATATACCTCAAAATATTAAATCTATTGAAA	3	84	0
ATATTTTTACAAAAAAAATTTTAATAAACTAACAAT	3	110	1
ACTAACAATTAACACAAATTAATATTTAAGAATTGA	3	137	1
AATTTTATCAAATTTTAAAAAATAAATACCTAAGCT	3	220	0
TACCAAATAAAATACAAATTACAGTTAATAAAGTAA	3	260	0
TATGAAGATCAATTTTAAAAAGAGCAAAGAGTTTAT	4	106	1
AATGCAGCTTAACACAAAAAACTACAAACTTTATTA	4	151	1
CCTATATTTAAAATTAAAAAATAATTGTTGACAGAT	4	268	0
TCCACATGGTAACAAAAATTATAGTAAATTTGATTA	5	21	0
ATATAAAACAGAAAAAAATAAATATTTTATAAAATT	5	95	0
TATTATTGTTACTACAATATATAAAACAGAAAAAAA	5	113	0
ATATTGTAGTAACAATAATAATTGCTTATATGGTGT	5	129	1
CCGCGTTACCAACACTAATTTTAATATGTAGTAACA	5	249	1
AATATGTAGTAACAGTAAGAATAACAAGAAATAAAT	5	271	1
        TTAAATTAAAATATAGCATAAAACTATT	6	2	1
ATCGAATATAATAGCTAAAAAATAGTTTTATGCTAT	6	22	0
TTTAGTCAAGAATATTATATAGAAAATATGAATTTA	7	17	0
          **   *** ** ** *
MAP Score: 4.02046

Motif 7
AATTGAGGTACCGTATCGTGATCAAATACCATGCTTTAT	3	167	1
AGCGTGGTGAGCTCGCCGGGATTCGAACCCGGGACCCTT	4	11	1
TTTAATCAAAGGGTCCCGGGTTCGAATCCCGGCGAGCTC	4	19	0
TCTACCAACTGAGCTACGAGCTCTTAAATATGTAGCAAT	4	68	1
CAGTTGGTTAGAGCATCAGGTTGTGGTTCTGAGGGCCAC	7	103	1
GTGGTTCTGAGGGCCACGGGTTCGAATCCCGTCACTCGC	7	125	1
AACATGGGGCGAGTGACGGGATTCGAACCCGTGGCCCTC	7	133	0
          * **  **** *   *  *
MAP Score: 3.50263