AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i RP/RP_operons011_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237779
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	RP063	249	HESB PROTEIN (hesB1)
#1	RP199	45	ADRENODOXIN PRECURSOR (adx1)
#2	RP201	286	unknown
#3	RP485	65	NIFU PROTEIN (nifU)
#4	RP486	77	NIFS PROTEIN HOMOLOG (spl1)
#5	RP487	60	NIFS PROTEIN HOMOLOG (spl1)
#6	RP488	151	unknown
#7	RP620	300	2-ACYLGLYCEROPHOSPHOETHANOLAMINE ACYLTRANSFERASE (aas)

Motif 1
          TAAAAATATAAAAATTTATTCCACCGT	4	0	1
TGGTATAATGTAAAAAAACAAATCATTTAACATTTAT	4	45	1
GACAGAACGATAAAATCCAATAAAATTGGCTTTTTAA	7	260	1
GACATATTAATATAAATTGATAATATTTGTTGGGTTT	7	29	1
AGATATATTATATAATTTATAAGATTTTTACAAGGTA	0	215	1
 TAGGTAATCTATAAGAAATAAAAATTTCTGATTTGA	5	9	1
ACTTTTTTACTAAAATCTATAAAATTTAATTTACTTC	6	35	1
GGAATCTCGTTAAAAACACTAATTATTAGTATTTAGT	7	152	1
CTCATTGAGATGTAAAACTATAAGTTTTAACAAAACA	2	133	0
AATTATATAATATATCTTAATATTTTTCAAGATGGTG	0	195	0
AATAAAAACCTAAATAAATATAGAATTCTAAAGTGCA	2	183	1
ATTTTTAATGTATATAATAATATCTTTCTTGCATGGA	2	25	1
TATAGAATTCTAAAGTGCAAAATTATTTTCAATTATT	2	201	1
TATACTCTTGTGGAAGTTCTAATAATTGAAAATAATT	2	221	0
CCAACCATACTAAAACTTAAAATTGTTTTATGTCTAC	6	120	0
          TAGAGTTGCATACTATTTTGTCAAGTC	3	0	1
TAAAGCAACTTAAAATACAAGAATTTTAAAGATAAAA	0	77	1
AATACTTGACTAAATTACTTTAGTATTGTAGACATAA	6	93	1
TTAAAAATATTAGAAAAGCAATATTTTGCC       	2	266	1
       AATTGTATTTTATAAATTTTTAATGTATAT	2	3	1
AGCAATCTCATGGAATGAGAATATATTTCTGAACTTG	2	98	1
          ** **    ***  ***
MAP Score: 22.4389

Motif 2
ATTAAGATATATTATATAATTTATAAGATTTTTACA	0	211	1
CGTATAAGTCATGGTATAATGTAAAAAAACAAATCA	4	34	1
TGAATATGGCAATTTCTAAACTACAAAACAACACCA	0	164	1
TTGATGTTGTAAACTTTAATTTAAAAAT        	5	42	1
ATACATTAAAAATTTATAAAATACAATT        	2	2	0
TATACCAACCATACTAAAACTTAAAATTGTTTTATG	6	125	0
AAGTCATGAAATGATATAATATAACAATTAAAAGAG	3	32	1
AAAATACAAGAATTTTAAAGATAAAAGTTGATTATC	0	88	1
TTTTTGAACTATGTTTTGAAATACCAAGACAGAACG	7	233	1
     TAGGTAATCTATAAGAAATAAAAATTTCTGA	5	5	1
CAAGTATTTAATTATTAAAGCAAAAATTAGAAGTAA	6	65	0
TTGAGATGTAAAACTATAAGTTTTAACAAAACAAGT	2	130	0
TTTTTACTAAAATCTATAAAATTTAATTTACTTCTA	6	38	1
AAAAAAACAAATCATTTAACATTTATAACAT     	4	56	1
GTTTTAAGCCAAGGTATAATGAATATGGCAATTTCT	0	145	1
CTTTTCTAATATTTTTAAATCAATATTATACTCTTG	2	248	0
TTAACAAAACAAGTTCAGAAATATATTCTCATTCCA	2	108	0
TGCATGGAGCATTATATTACGTAGCAATCTCATGGA	2	76	1
TGCAAGAAAGATATTATTATATACATTAAAAATTTA	2	22	0
       GATATTCAATAATTTAAAAAGCCAATTTT	7	281	0
AAACAACACCATCTTGAAAAATATTAAGATATATTA	0	189	1
          **  * ***  ** **
MAP Score: 18.6378

Motif 3
AATCACAGTATAAAGCAACTTAAAATACAAGAATTTT	0	67	1
ATTTTAAAGATAAAAGTTGATTATCTAGCTTTACACT	0	99	1
CACCATCTTGAAAAATATTAAGATATATTATATAATT	0	195	1
ATTACCTTGTAAAAATCTTATAAATTATATAATATAT	0	217	0
TTTCCTTATCTAAATTAGTTCTATGTAACTGGGA   	1	7	0
TTATATACATTAAAAATTTATAAAATACAATT     	2	5	0
CATTGAGATGTAAAACTATAAGTTTTAACAAAACAAG	2	131	0
CCTTGTTAATAAAAACCTAAATAAATATAGAATTCTA	2	176	1
TCTAAAGTGCAAAATTATTTTCAATTATTAGAACTTC	2	209	1
          TAAAAATATAAAAATTTATTCCACCGT	4	0	1
GTATAATGTAAAAAAACAAATCATTTAACATTTATAA	4	47	1
ACTTTTTTACTAAAATCTATAAAATTTAATTTACTTC	6	35	1
TATTAAAGCAAAAATTAGAAGTAAATTAAATTTTATA	6	52	0
TTTAATAATTAAATACTTGACTAAATTACTTTAGTAT	6	82	1
TACTAAAACTTAAAATTGTTTTATGTCTACAATACTA	6	113	0
GACATATTAATATAAATTGATAATATTTGTTGGGTTT	7	29	1
ATGACAGACGTAAAACTGATCCAAGTAGATAATACTA	7	99	0
GAATCTCGTTAAAAACACTAATTATTAGTATTTAGTT	7	153	1
GACAGAACGATAAAATCCAATAAAATTGGCTTTTTAA	7	260	1
          *****    *  ** **
MAP Score: 11.1964

Motif 4
ATACAAGAATTTTAAAGATAAAAGTTGATTATCT	0	91	1
TCTTGAAAAATATTAAGATATATTATATAATTTA	0	200	1
AATTGTATTTTATAAATTTTTAATGTATATAATA	2	10	1
GCAAGAAAGATATTATTATATACATTAAAAATTT	2	23	0
GATGTAAAACTATAAGTTTTAACAAAACAAGTTC	2	128	0
AATGATATAATATAACAATTAAAAGAGAATAATA	3	41	1
    TAAAAATATAAAAATTTATTCCACCGTATA	4	6	1
      ATGTTATAAATGTTAAATGATTTGTTTT	4	59	0
        ATTTTTAAATTAAAGTTTACAACATC	5	44	0
TACTAAAATCTATAAAATTTAATTTACTTCTAAT	6	42	1
CATAAAACAATTTTAAGTTTTAGTATGGTTGGTA	6	125	1
AAATTTGACATATTAATATAAATTGATAATATTT	7	23	1
AAACACTAATTATTAGTATTTAGTTGCGTTCGTG	7	165	1
          *****   **** *
MAP Score: 9.41247

Motif 5
TATCTTTAAAATTCTTGTATTTTAAGTTGCTTTAT	0	76	0
TGTAGTTTAGAAATTGCCATATTCATTATACCTTG	0	154	0
       TTAAAATTACCTTGTAAAAATCTTATAA	0	231	0
  TCTACTTAATTTTTCCTTATCTAAATTAGTTCT	1	22	0
GTATTTTATAAATTTTTAATGTATATAATAATATC	2	14	1
GTTCAGAAATATATTCTCATTCCATGAGATTGCTA	2	97	0
ACCTAAATAAATATAGAATTCTAAAGTGCAAAATT	2	190	1
GTGCAAAATTATTTTCAATTATTAGAACTTCCACA	2	215	1
CAAGAGTATAATATTGATTTAAAAATATTAGAAAA	2	248	1
    GGCAAAATATTGCTTTTCTAATATTTTTAAA	2	265	0
 TAGAGTTGCATACTATTTTGTCAAGTCATGAAAT	3	9	1
AAATGATATAATATAACAATTAAAAGAGAATAATA	3	40	1
GGTGGAATAAATTTTTATATTTTTA          	4	0	0
AAAACAAATCATTTAACATTTATAACAT       	4	59	1
CAAATCAGAAATTTTTATTTCTTATAGATTACCTA	5	10	0
AAAATTTCTGATTTGATGTTGTAAACTTTAATTTA	5	30	1
AATTAGAAGTAAATTAAATTTTATAGATTTTAGTA	6	42	0
TTTACTTCTAATTTTTGCTTTAATAATTAAATACT	6	64	1
         TAAATATTTATCTAAATTTGACATAT	7	1	1
TTATCAATTTATATTAATATGTCAAATTTAGATAA	7	17	0
AAATACTAATAATTAGTGTTTTTAACGAGATTCCG	7	151	0
AAATCCAATAAAATTGGCTTTTTAAATTATTGAAT	7	272	1
          *****   ** * **
MAP Score: 3.26775

Motif 6
AAGCAACTTAAAATACAAGAATTTTAAAGATAAAAG	0	79	1
ATGAATATGGCAATTTCTAAACTACAAAACAACACC	0	163	1
ACAAAACAACACCATCTTGAAAAATATTAAGATATA	0	186	1
ACCTTGTAAAAATCTTATAAATTATATAATATATCT	0	215	0
TATACATTAAAAATTTATAAAATACAATT       	2	3	0
ATAAATTTTTAATGTATATAATAATATCTTTCTTGC	2	21	1
TTTAACAAAACAAGTTCAGAAATATATTCTCATTCC	2	109	0
TGTTAATAAAAACCTAAATAAATATAGAATTCTAAA	2	179	1
ATAGAATTCTAAAGTGCAAAATTATTTTCAATTATT	2	202	1
        TAAAAATATAAAAATTTATTCCACCGTA	4	2	1
GTAAAAAAACAAATCATTTAACATTTATAACAT   	4	54	1
AAGTAAATTAAATTTTATAGATTTTAGTAAAAAAGT	6	35	0
ATACTAAAGTAATTTAGTCAAGTATTTAATTATTAA	6	83	0
TAATATGTCAAATTTAGATAAATATTTA        	7	2	0
AATGCAGCCTAAACCCAACAAATATTATCAATTTAT	7	40	0
TTCCGTGAATAAATTACAGAATGACAGACGTAAAAC	7	120	0
TTATTCACGGAATCTCGTTAAAAACACTAATTATTA	7	144	1
          **  *  * ** ****
MAP Score: 2.14205

Motif 7
GCAACTTAAAATACAAGAATTTTAAAGATAAA	0	81	1
AATCTTATAAATTATATAATATATCTTAATAT	0	209	0
    AATTGTATTTTATAAATTTTTAATGTAT	2	6	1
TTTTTAATGTATATAATAATATCTTTCTTGCA	2	26	1
TATAATATTGATTTAAAAATATTAGAAAAGCA	2	254	1
     TAAAAATATAAAAATTTATTCCACCGT	4	5	1
TAATCTATAAGAAATAAAAATTTCTGATTTGA	5	14	1
AAAATTAGAAGTAAATTAAATTTTATAGATTT	6	47	0
TATTGTAGACATAAAACAATTTTAAGTTTTAG	6	116	1
       GATATTCAATAATTTAAAAAGCCAA	7	285	0
          *** ** *****
MAP Score: 0.27752

Motif 8
AACTTAAAATACAAGAATTTTAAAGATAAAAGTT	0	83	1
ATAATATATCTTAATATTTTTCAAGATGGTGTTG	0	192	0
TAAGATATATTATATAATTTATAAGATTTTTACA	0	213	1
ACATTAAAAATTTATAAAATACAATT        	2	2	0
AAATTTTTAATGTATATAATAATATCTTTCTTGC	2	23	1
GAGATGTAAAACTATAAGTTTTAACAAAACAAGT	2	130	0
CAAAATTATTTTCAATTATTAGAACTTCCACAAG	2	218	1
AATATTGATTTAAAAATATTAGAAAAGCAATATT	2	257	1
ATTTCATGACTTGACAAAATAGTATGCAACTCTA	3	10	0
AAGTCATGAAATGATATAATATAACAATTAAAAG	3	32	1
          TAAAAATATAAAAATTTATTCCAC	4	0	1
AAACAAATCATTTAACATTTATAACAT       	4	60	1
ACAACATCAAATCAGAAATTTTTATTTCTTATAG	5	18	0
AATTAAATTTTATAGATTTTAGTAAAAAAGTAGG	6	32	0
TAATTATTAAAGCAAAAATTAGAAGTAAATTAAA	6	59	0
AATTTTTGCTTTAATAATTAAATACTTGACTAAA	6	73	1
TTGTTTTATGTCTACAATACTAAAGTAATTTAGT	6	101	0
ATGTCAAATTTAGATAAATATTTA          	7	0	0
TTATCTAAATTTGACATATTAATATAAATTGATA	7	17	1
CGAGATTCCGTGAATAAATTACAGAATGACAGAC	7	127	0
     GATATTCAATAATTTAAAAAGCCAATTTT	7	281	0
          *  * ****** **
MAP Score: 0.245999