AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i RP/RP_operons012_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237823
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	RP086	300	30S RIBOSOMAL PROTEIN S2 (rpsB)
#1	RP087	154	ELONGATION FACTOR TS (tsf)
#2	RP154	203	RIBOSOME RECYCLING FACTOR (rrf)
#3	RP157	182	MULTIDRUG RESISTANCE PROTEIN B (emrB)
#4	RP161	114	unknown
#5	RP425	150	unknown
#6	RP761	300	RECA PROTEIN (recA)

Motif 1
AATATCAATAAAACGATTACCTTATATTAGAGTTTG	3	50	1
TAAAGAAATGAAGATTTAATCTTATACGCACAATAA	6	210	1
CTTATATCTTAATTGATAAGTTTATAATATAGAAAT	6	272	1
ATTTTATATCAATTATTAACTTTATTGAATTCGTAA	3	152	1
ACTATGTAAAAATTAGTTATGTTATTTATTAATTGA	6	175	0
GAGAAGCAAAAAACCTTAACATGATAATCCAAGATA	1	76	0
TAAAATAATTTATTAGTAAACTTATAAAATTTTT  	4	90	1
TGTTTATTTTTATGCATAAAATTATACGGAATGATA	5	23	0
TAAATTCTCCTAATTGTTAGTTTATACCTCCGTAAG	0	272	0
TTTAAGATATAAGTTGCAAGGTTATAGGTATAATTT	4	58	0
TTTTTGTTTTAAAAATGTATTTTATATCAATTATTA	3	134	1
    ATGATAAATCAATTATATGATTATTATTTATT	3	6	1
TCATGGTATCTAAAAGTTAAGTTATTTTTGGAGACT	0	203	1
ATTGCTTTTCTATTAATTATATTATTTGCAAAAGAT	6	131	0
TACCGTGGTCAAACTACTATATGATACCAGGTACAT	5	88	1
TTATCACTCATAATGACTAAATTATACCTATAACCT	4	40	1
AATCCTGATCAAGCCATAACATAATATGAAAGCTCT	0	164	0
TAATTACAAAAACCAAATATATTATTGTGTTGATTC	2	144	0
TTGAGAAAGAAAAATCAAATTTTATTTATTGTGCGT	6	235	0
CATAAAAATAAACAAAAAACATTATTAAAGTTGTTA	5	45	1
AAACTAAGCAAATGCTTAAAATAATTAAATATAAGA	6	34	1
AATTAAATATAAGATGTAAATATATAGTAGTAAGAT	6	56	1
TGGTTTTTGTAATTAGTAATGATATAGATAAAATAT	2	165	1
GTACGGTATCAAAAAAGTAATTAATATGCTTTCCAC	2	46	0
TAAGCTAAATAAAGGAGAAAATTAAAGT        	1	136	1
          **    ***  *****
MAP Score: 27.612

Motif 2
GTTTATTCGAATAAATAGTTTAATTAAAAATGAAAAT	3	85	1
AAATCAATTAATAAATAACATAACTAATTTTTACATA	6	172	1
CGAGTACGGTATCAAAAAAGTAATTAATATGCTTTCC	2	48	0
AATTACGATTATCTAAAGCGTAAGTAAAAATTCACAC	0	102	1
TCCATATTTTATCTATATCATTACTAATTACAAAAAC	2	167	0
TGATCATGGTATCTAAAAGTTAAGTTATTTTTGGAGA	0	200	1
TATGCTTTCCACTAATACACGAAATAAAGTTACTGGA	2	21	0
ACGATTACATATTCTTAAGCTAAATAAAGGAGAAAAT	1	121	1
AACTAAGCAAATGCTTAAAATAATTAAATATAAGATG	6	35	1
ATAAAAATAAACAAAAAACATTATTAAAGTTGTTATT	5	46	1
TCTTTCTCAAACTTATATCTTAATTGATAAGTTTATA	6	261	1
ATTATTTGCAAAAGATAGTTTTATTTAAATAATATGG	6	110	0
ACTATCTTTTGCAAATAATATAATTAATAGAAAAGCA	6	128	1
AATTATACGGAATGATATGGCAAATAAAAG       	5	3	0
TATTGATATTTAGCAAATAATAAATAATAATCATATA	3	23	0
ATATGCATAAATCGATATTAAAACTAAGCAAATGCTT	6	14	1
TAACCTTGCAACTTATATCTTAAAATAATTTATTAGT	4	70	1
AATTTACGAATTCAATAAAGTTAATAATTGATATAAA	3	154	0
     AAAAATTTTATAAGTTTACTAATAAATTATTT	4	92	0
ATAAAGCAACATCTAAAATATAAAATA          	5	133	1
TTATTCGAATAAACAAACTCTAATATAAGGTAATCGT	3	62	0
GTATAAACTAACAATTAGGAGAATTTAAA        	0	281	1
CATAAGGCTTTATGATAATCTAAAATATCTTGGATTA	1	51	1
          *   ***   *** ***
MAP Score: 21.1375

Motif 3
TAGAGCTTTCATATTATGTTATGGCTTGATCAGGATTTGA	0	163	1
AGTGGAAAGCATATTAATTACTTTTTTGATACCGTACTCG	2	45	1
TCAAACTTATATCTTAATTGATAAGTTTATAATATAGAAA	6	267	1
          ATGTTATTGTGTGGATTATTAGTGTTCTCA	1	0	1
  TATTTTATATTTTAGATGTTGCTTTATAGATCAAAAAT	5	122	0
ATATTTAATTATTTTAAGCATTTGCTTAGTTTTAATATCG	6	26	0
ATGAGTGATAATTTTTCTGGATACCTTCGTCAAGTTACGG	4	11	0
AACTTTAATAATGTTTTTTGTTTATTTTTATGCATAAAAT	5	37	0
TAATCCAGTAACTTTATTTCGTGTATTAGTGGAAAGCATA	2	18	1
TGTGCGTATAAGATTAAATCTTCATTTCTTTACTATGTAA	6	202	0
CAATTATATGATTATTATTTATTATTTGCTAAATATCAAT	3	19	1
TTATTAATTGATTTTTCTCATTGCTTTTCTATTAATTATA	6	146	0
AATGTATTTTATATCAATTATTAACTTTATTGAATTCGTA	3	147	1
AAAACCAAATATATTATTGTGTTGATTCAGAAGCATAATT	2	132	0
AAAATTTTATAAGTTTACTAATAAATTATTTTAAGATATA	4	83	0
ATTGATCCATATTTTATCTATATCATTACTAATTACAAAA	2	169	0
ACAAACTCTAATATAAGGTAATCGTTTTATTGATATTTAG	3	47	0
GAATAATGAGATAATACTTGGTTTGTTTCGCAAACGTAAA	2	84	1
ACTAACATACATCTTACGTGTGAATTTTTACTTACGCTTT	0	116	0
TATTTGCCATATCATTCCGTATAATTTTATGCATAAAAAT	5	14	1
TACTATGTAAAAATTAGTTATGTTATTTATTAATTGATTT	6	172	0
CTGTTGTACAAATTTTCATTTTTAATTAAACTATTTATTC	3	93	0
AAACTACTATATGATACCAGGTACATTTTTGATCTATAAA	5	98	1
ATACCTCCGTAAGATATTGTGTATATTAATCTCATGACTT	0	245	0
          ** ***  *  *   **  *
MAP Score: 16.8762

Motif 4
TGATCGCAGAATCCAGAACAAATTTAATACTGGATCC	0	12	1
GGATCCTGAGATCAAGTAACTGGATGACAAAGCTGCT	0	43	1
CTTAAGCTAAATAAAGGAGAAAATTAAAGT       	1	134	1
GTGTATTAGTGGAAAGCATATTAATTACTTTTTTGAT	2	38	1
TACTAATTACAAAAACCAAATATATTATTGTGTTGAT	2	146	0
TTTTGTAATTAGTAATGATATAGATAAAATATGGATC	2	169	1
       ATGATAAATCAATTATATGATTATTATTTA	3	3	1
TTGATATTTAGCAAATAATAAATAATAATCATATAAT	3	21	0
TATTCGAATAAACAAACTCTAATATAAGGTAATCGTT	3	61	0
TGTTTATTCGAATAAATAGTTTAATTAAAAATGAAAA	3	84	1
AATAATTGATATAAAATACATTTTTAAAACAAAAAGC	3	132	0
TGTATTTTATATCAATTATTAACTTTATTGAATTCGT	3	149	1
TTATAAGTTTACTAATAAATTATTTTAAGATATAAGT	4	80	0
ATGCATAAAAATAAACAAAAAACATTATTAAAGTTGT	5	42	1
ACTATATGATACCAGGTACATTTTTGATCTATAAAGC	5	103	1
CGATATTAAAACTAAGCAAATGCTTAAAATAATTAAA	6	26	1
AAATGCTTAAAATAATTAAATATAAGATGTAAATATA	6	43	1
ACTATCTTTTGCAAATAATATAATTAATAGAAAAGCA	6	128	1
TTAATAGAAAAGCAATGAGAAAAATCAATTAATAAAT	6	151	1
AGAAAAATCAATTAATAAATAACATAACTAATTTTTA	6	168	1
          *  **  * *** ** *
MAP Score: 9.13677

Motif 5
GATTACATATTCTTAAGCTAAATAAAGGAGAAAATTAAAGT      	1	123	1
GACTTTGGTCAAGTCATGAGATTAATATACACAATATCTTACGGAGG	0	235	1
AAATGCACTAAATTATGCTTCTGAATCAACACAATAATATATTTGGT	2	122	1
ATTTAAATAAAACTATCTTTTGCAAATAATATAATTAATAGAAAAGC	6	117	1
TGAAGATTTAATCTTATACGCACAATAAATAAAATTTGATTTTTCTT	6	218	1
TATCTTAAAATAATTTATTAGTAAACTTATAAAATTTTT        	4	85	1
GGTACATTTTTGATCTATAAAGCAACATCTAAAATATAAAATA    	5	117	1
TATTAATTACTTTTTTGATACCGTACTCGAATAATGAGATAATACTT	2	56	1
TAATAATGTTTTTTGTTTATTTTTATGCATAAAATTATACGGAATGA	5	25	0
TTGGTTTTTGTAATTAGTAATGATATAGATAAAATATGGATCAATAA	2	164	1
TCTCAAACTTATATCTTAATTGATAAGTTTATAATATAGAAATTT  	6	265	1
         AAATTTACGAATTCAATAAAGTTAATAATTGATATAAA	3	154	0
TATTAGAGTTTGTTTATTCGAATAAATAGTTTAATTAAAAATGAAAA	3	74	1
    ACCGTAACTTGACGAAGGTATCCAGAAAAATTATCACTCATAA	4	6	1
GTTTTATTGATATTTAGCAAATAATAAATAATAATCATATAATTGAT	3	17	0
CTACTCGCAATGAGAACACTAATAATCCACACAATAACAT       	1	3	0
CAAATGCTTAAAATAATTAAATATAAGATGTAAATATATAGTAGTAA	6	42	1
TTTTAAGATATAAGTTGCAAGGTTATAGGTATAATTTAGTCATTATG	4	48	0
AATTAATAGAAAAGCAATGAGAAAAATCAATTAATAAATAACATAAC	6	149	1
          *  * *       **     * *** *
MAP Score: 8.82429

Motif 6
  ATTGATCGCAGAATCCAGAACAAATTTAATACTGGAT	0	8	1
AAGCGTAAGTAAAAATTCACACGTAAGATGTATGTTAGT	0	117	1
AAGTCATGAGATTAATATACACAATATCTTACGGAGGTA	0	245	1
TGAGAACACTAATAATCCACACAATAACAT         	1	1	0
TATTCTTAAGCTAAATAAAGGAGAAAATTAAAGT     	1	130	1
AATTATGCTTCTGAATCAACACAATAATATATTTGGTTT	2	132	1
TGTAATTAGTAATGATATAGATAAAATATGGATCAATAA	2	172	1
       ATGATAAATCAATTATATGATTATTATTTATT	3	3	1
TTTGCTAAATATCAATAAAACGATTACCTTATATTAGAG	3	43	1
TATTTATTCGAATAAACAAACTCTAATATAAGGTAATCG	3	63	0
TTTTTGTTTTAAAAATGTATTTTATATCAATTATTAACT	3	134	1
TATATCTTAAAATAATTTATTAGTAAACTTATAAAATTT	4	83	1
AATTTTATGCATAAAAATAAACAAAAAACATTATTAAAG	5	36	1
TTATATATGCATAAATCGATATTAAAACTAAGCAAATGC	6	10	1
ATCTTTTGCAAATAATATAATTAATAGAAAAGCAATGAG	6	131	1
AGAAAAATCAATTAATAAATAACATAACTAATTTTTACA	6	168	1
TTATAAACTTATCAATTAAGATATAAGTTTGAGAAAGAA	6	260	0
          ** ***  *    ***  *
MAP Score: 5.56185

Motif 7
AAGCTAAATAAAGGAGAAAATTAAAGT       	1	137	1
TATCACACTAATCCAGTAACTTTATTTCGTGTAT	2	10	1
CAAACGTAAAATGCACTAAATTATGCTTCTGAAT	2	114	1
TAGTTTAATTAAAAATGAAAATTTGTACAACAGC	3	100	1
ATTTTATATCAATTATTAACTTTATTGAATTCGT	3	152	1
TGACGAAGGTATCCAGAAAAATTATCACTCATAA	4	19	1
TATCACTCATAATGACTAAATTATACCTATAACC	4	41	1
TTTATTAGTAAACTTATAAAATTTTT        	4	98	1
GTATAATTTTATGCATAAAAATAAACAAAAAACA	5	32	1
TCTATAAAGCAACATCTAAAATATAAAATA    	5	130	1
CAAATGCTTAAAATAATTAAATATAAGATGTAAA	6	42	1
TCTTACTACTATATATTTACATCTTATATTTAAT	6	57	0
ATCTTTTGCAAATAATATAATTAATAGAAAAGCA	6	131	1
ATAGAAAAGCAATGAGAAAAATCAATTAATAAAT	6	154	1
AAAATCAATTAATAAATAACATAACTAATTTTTA	6	171	1
TTATACGCACAATAAATAAAATTTGATTTTTCTT	6	231	1
          **  * ****** *
MAP Score: 3.53303

Motif 8
CATGGTATCTAAAAGTTAAGTTATTTTTGGAGAC	0	204	1
TTACGGAGGTATAAACTAACAATTAGGAGAATTT	0	273	1
AGGCTTTATGATAATCTAAAATATCTTGGATTAT	1	55	1
TACGGTATCAAAAAAGTAATTAATATGCTTTCCA	2	47	0
CAAACGTAAAATGCACTAAATTATGCTTCTGAAT	2	114	1
AATTACAAAAACCAAATATATTATTGTGTTGATT	2	145	0
TTAGTAATGATATAGATAAAATATGGATCAATAA	2	177	1
TTATATGATTATTATTTATTATTTGCTAAATATC	3	22	1
TCATTTTTAATTAAACTATTTATTCGAATAAACA	3	84	0
TTTTGTTTTAAAAATGTATTTTATATCAATTATT	3	135	1
ACGAATTCAATAAAGTTAATAATTGATATAAAAT	3	152	0
TATCACTCATAATGACTAAATTATACCTATAACC	4	41	1
AACTTATATCTTAAAATAATTTATTAGTAAACTT	4	79	1
TCTATAAAGCAACATCTAAAATATAAAATA    	5	130	1
ATTTACATCTTATATTTAATTATTTTAAGCATTT	6	43	0
GGAAATTGCGATACCATATTATTTAAATAAAACT	6	97	1
ATTATTTAAATAAAACTATCTTTTGCAAATAATA	6	114	1
TTGCTTTTCTATTAATTATATTATTTGCAAAAGA	6	132	0
TATGTTATTTATTAATTGATTTTTCTCATTGCTT	6	160	0
CAATTAATAAATAACATAACTAATTTTTACATAG	6	176	1
TTATACGCACAATAAATAAAATTTGATTTTTCTT	6	231	1
TCTTAATTGATAAGTTTATAATATAGAAATTT  	6	278	1
          ** *  *** ****
MAP Score: 2.89403