AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i RP/RP_operons012_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237847 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 RP086 300 30S RIBOSOMAL PROTEIN S2 (rpsB) #1 RP087 154 ELONGATION FACTOR TS (tsf) #2 RP154 203 RIBOSOME RECYCLING FACTOR (rrf) #3 RP157 182 MULTIDRUG RESISTANCE PROTEIN B (emrB) #4 RP161 114 unknown #5 RP425 150 unknown #6 RP427 121 PETR PROTEIN (ompR) #7 RP761 300 RECA PROTEIN (recA) Motif 1 TAAAGAAATGAAGATTTAATCTTATACGCACAATAA 7 210 1 CTTATATCTTAATTGATAAGTTTATAATATAGAAAT 7 272 1 AATATCAATAAAACGATTACCTTATATTAGAGTTTG 3 50 1 TTTAAGATATAAGTTGCAAGGTTATAGGTATAATTT 4 58 0 ATTTTATATCAATTATTAACTTTATTGAATTCGTAA 3 152 1 ACTATGTAAAAATTAGTTATGTTATTTATTAATTGA 7 175 0 TAAAATAATTTATTAGTAAACTTATAAAATTTTT 4 90 1 TGTTTATTTTTATGCATAAAATTATACGGAATGATA 5 23 0 TAAATTCTCCTAATTGTTAGTTTATACCTCCGTAAG 0 272 0 GAGAAGCAAAAAACCTTAACATGATAATCCAAGATA 1 76 0 TTATCACTCATAATGACTAAATTATACCTATAACCT 4 40 1 TCATGGTATCTAAAAGTTAAGTTATTTTTGGAGACT 0 203 1 ATTGCTTTTCTATTAATTATATTATTTGCAAAAGAT 7 131 0 TACCGTGGTCAAACTACTATATGATACCAGGTACAT 5 88 1 ATGATAAATCAATTATATGATTATTATTTATT 3 6 1 AATTAAATATAAGATGTAAATATATAGTAGTAAGAT 7 56 1 TGGTTTTTGTAATTAGTAATGATATAGATAAAATAT 2 165 1 AATCCTGATCAAGCCATAACATAATATGAAAGCTCT 0 164 0 TTTTTGTTTTAAAAATGTATTTTATATCAATTATTA 3 134 1 TTGAGAAAGAAAAATCAAATTTTATTTATTGTGCGT 7 235 0 CATAAAAATAAACAAAAAACATTATTAAAGTTGTTA 5 45 1 TAATTACAAAAACCAAATATATTATTGTGTTGATTC 2 144 0 AAACTAAGCAAATGCTTAAAATAATTAAATATAAGA 7 34 1 GCAAACGTAAAATGCACTAAATTATGCTTCTGAATC 2 113 1 CGAAAGCCAAAAACAACTATGATATTAATAATTTTG 6 57 1 GTACGGTATCAAAAAAGTAATTAATATGCTTTCCAC 2 46 0 ** *** ***** MAP Score: 27.1149 Motif 2 ATTAAATTTGTTCTGGATTCTGCGATCAAT 0 1 0 ACAAATTTAATACTGGATCCTGAGATCAAGTAACTGGAT 0 29 1 ATAACTTAACTTTTAGATACCATGATCAAATCCTGATCA 0 189 0 GTTAAGTTATTTTTGGAGACTTTGGTCAAGTCATGAGAT 0 218 1 ATGTTAAGGTTTTTTGCTTCTCCTTGCAATGACGATTAC 1 90 1 ATTAATTACTTTTTTGATACCGTACTCGAATAATGAGAT 2 57 1 AATGAGATAATACTTGGTTTGTTTCGCAAACGTAAAATG 2 88 1 AAGGTAATCGTTTTATTGATATTTAGCAAATAATAAATA 3 34 0 GTGATAATTTTTCTGGATACCTTCGTCAAGTTACGGT 4 8 0 AATAAATTATTTTAAGATATAAGTTGCAAGGTTATAGGT 4 65 0 AAAGTTGTTATTCTGTATACCGTGGTCAAACTACTATAT 5 71 1 ACCAGGTACATTTTTGATCTATAAAGCAACATCTAAAAT 5 113 1 TCATAGTTGTTTTTGGCTTTCGTGGTCAAACCACGGGAT 6 40 0 TTATATATGCATAAATCGATATTAAAACT 7 0 1 TGCTTTTCTATTAATTATATTATTTGCAAAAGATAGTTT 7 126 0 ** * * * * **** MAP Score: 24.4967 Motif 3 AGCAACATCTAAAATATAAAATA 5 137 1 TAAGCTAAATAAAGGAGAAAATTAAAGT 1 136 1 TATCTTTTGCAAATAATATAATTAATAGAAAAG 7 130 1 CAAATGCTTAAAATAATTAAATATAAGATGTAA 7 42 1 CGGTATCAAAAAAGTAATTAATATGCTTTCCAC 2 46 0 GCAATGAGAAAAATCAATTAATAAATAACATAA 7 162 1 TTATACGCACAATAAATAAAATTTGATTTTTCT 7 231 1 TCATGAGATTAATATACACAATATCTTACGGAG 0 248 1 TATGCTTCTGAATCAACACAATAATATATTTGG 2 135 1 GAACACTAATAATCCACACAATAACAT 1 4 0 CGTACTCGAATAATGAGATAATACTTGGTTTGT 2 77 1 TAATAAATAATAATCATATAATTGATTTATCAT 3 10 0 TAGTTTAATTAAAAATGAAAATTTGTACAACAG 3 100 1 CGAATTCAATAAAGTTAATAATTGATATAAAAT 3 152 0 GCAAACGTAAAATGCACTAAATTATGCTTCTGA 2 113 1 TTATCACTCATAATGACTAAATTATACCTATAA 4 40 1 TTAGTAATGATATAGATAAAATATGGATCAATA 2 177 1 TTTATTAGTAAACTTATAAAATTTTT 4 98 1 CCACGGGTTCAAAATTATTAATATCATAGTTGT 6 69 0 AAGATAGTTTTATTTAAATAATATGGTATCGCA 7 103 0 TGTTTATTTTTATGCATAAAATTATACGGAATG 5 26 0 TCTATATTATAAACTTATCAATTAAGATATAAG 7 272 0 CAGAATCCAGAACAAATTTAATACTGGATCCTG 0 18 1 TACGGAGGTATAAACTAACAATTAGGAGAATTT 0 274 1 TAATTAAATATAAGATGTAAATATATAGTAGTA 7 55 1 *** * ****** MAP Score: 19.1838 Motif 4 TTGATCGCAGAATCCAGAACAAATTTAATACTGGATCC 0 11 1 CAATTACGATTATCTAAAGCGTAAGTAAAAATTCACAC 0 101 1 TTGATCATGGTATCTAAAAGTTAAGTTATTTTTGGAGA 0 199 1 TCATGAGATTAATATACACAATATCTTACGGAGGTATA 0 248 1 TCTTAAGCTAAATAAAGGAGAAAATTAAAGT 1 133 1 TATGCTTCTGAATCAACACAATAATATATTTGGTTTTT 2 135 1 GTTTTATTGATATTTAGCAAATAATAAATAATAATCAT 3 26 0 GCTAAATATCAATAAAACGATTACCTTATATTAGAGTT 3 46 1 TGTTTATTCGAATAAATAGTTTAATTAAAAATGAAAAT 3 84 1 ATTGATATAAAATACATTTTTAAAACAAAAAGCTGTTG 3 127 0 ATGTATTTTATATCAATTATTAACTTTATTGAATTCGT 3 148 1 ATCTTAAAATAATTTATTAGTAAACTTATAAAATTTTT 4 86 1 TATGCATAAAAATAAACAAAAAACATTATTAAAGTTGT 5 41 1 ATGAGTTTCTAATCTAATATAAATATAACTTA 6 4 0 TATATGCATAAATCGATATTAAAACTAAGCAAATGCTT 7 13 1 AAACTAAGCAAATGCTTAAAATAATTAAATATAAGATG 7 34 1 TTTTGCAAATAATATAATTAATAGAAAAGCAATGAGAA 7 134 1 GAGAAAAATCAATTAATAAATAACATAACTAATTTTTA 7 167 1 ATAGTAAAGAAATGAAGATTTAATCTTATACGCACAAT 7 206 1 AAGTTTGAGAAAGAAAAATCAAATTTTATTTATTGTGC 7 237 0 TAAACTTATCAATTAAGATATAAGTTTGAGAAAGAAAA 7 258 0 *** * *** *** MAP Score: 16.9228 Motif 5 TGATCATGGTATCTAAAAGTTAAGTTATTTTTGGAGA 0 200 1 CGAGTACGGTATCAAAAAAGTAATTAATATGCTTTCC 2 48 0 ATAAAGCAACATCTAAAATATAAAATA 5 133 1 AAATCAATTAATAAATAACATAACTAATTTTTACATA 7 172 1 TCTTTTGCAAATAATATAATTAATAGAAAAGCAATGA 7 132 1 GTAATTAGTAATGATATAGATAAAATATGGATCAATA 2 173 1 AATAAAGTTAATAATTGATATAAAATACATTTTTAAA 3 141 0 ACGATTACATATTCTTAAGCTAAATAAAGGAGAAAAT 1 121 1 AACTAAGCAAATGCTTAAAATAATTAAATATAAGATG 7 35 1 AATAATAAATAATAATCATATAATTGATTTATCAT 3 8 0 AAATAATTAAATATAAGATGTAAATATATAGTAGTAA 7 52 1 TTTCTAATCTAATATAAATATAACTTA 6 0 0 AATTACGATTATCTAAAGCGTAAGTAAAAATTCACAC 0 102 1 GTTTATTCGAATAAATAGTTTAATTAAAAATGAAAAT 3 85 1 TGAAAGCTCTATACATGCACTAACATACATCTTACGT 0 137 0 TTTTATTGATATTTAGCAAATAATAAATAATAATCAT 3 26 0 GCGATACCATATTATTTAAATAAAACTATCTTTTGCA 7 104 1 TAAACTTATCAATTAAGATATAAGTTTGAGAAAGAAA 7 259 0 ACCGTACTCGAATAATGAGATAATACTTGGTTTGTTT 2 75 1 TTATTCGAATAAACAAACTCTAATATAAGGTAATCGT 3 62 0 ATTCCGTATAATTTTATGCATAAAAATAAACAAAAAA 5 27 1 GCATAAATCGATATTAAAACTAAGCAAATGCTTAAAA 7 18 1 ** ** * *** * * MAP Score: 15.9309 Motif 6 GACCAAAGTCTCCAAAAATAACTTAACTTTTAGATACCATGAT 0 202 0 TCAAGTCATGAGATTAATATACACAATATCTTACGGAGGTATA 0 243 1 TCATAAGGCTTTATGATAATCTAAAATATCTTGGATTATCATG 1 50 1 TGCAAGGAGAAGCAAAAAACCTTAACATGATAATCCAAGATAT 1 75 0 ACATATTCTTAAGCTAAATAAAGGAGAAAATTAAAGT 1 127 1 GTATTAGTGGAAAGCATATTAATTACTTTTTTGATACCGTACT 2 40 1 CATTACTAATTACAAAAACCAAATATATTATTGTGTTGATTCA 2 143 0 CTTTATTGATCCATATTTTATCTATATCATTACTAATTACAA 2 171 0 ATGATAAATCAATTATATGATTATTATTTATTA 3 0 1 TATTTGCTAAATATCAATAAAACGATTACCTTATATTAGAGTT 3 41 1 TATTAGAGTTTGTTTATTCGAATAAATAGTTTAATTAAAAATG 3 74 1 TAAAGTTAATAATTGATATAAAATACATTTTTAAAACAAAAAG 3 133 0 ACTCATAATGACTAAATTATACCTATAACCTTGCAACTTATAT 4 45 1 AATTTTATGCATAAAAATAAACAAAAAACATTATTAAAGTTGT 5 36 1 TCAAACTACTATATGATACCAGGTACATTTTTGATCTATAAAG 5 96 1 TGACCACGAAAGCCAAAAACAACTATGATATTAATAATTTTGA 6 51 1 CATAAATCGATATTAAAACTAAGCAAATGCTTAAAATAATTAA 7 19 1 CAAATGCTTAAAATAATTAAATATAAGATGTAAATATATAGTA 7 42 1 ATAATATGGTATCGCAATTTCCACACTATCTTACTACTATATA 7 76 0 AAAACTATCTTTTGCAAATAATATAATTAATAGAAAAGCAATG 7 125 1 GCAATGAGAAAAATCAATTAATAAATAACATAACTAATTTTTA 7 162 1 TAATTTTTACATAGTAAAGAAATGAAGATTTAATCTTATACGC 7 196 1 TATTATAAACTTATCAATTAAGATATAAGTTTGAGAAAGAAAA 7 258 0 * *** * * * *** MAP Score: 15.2133 Motif 7 CTGGATCCTGAGATCAAGTAACTGGATGACAAAGCTGCT 0 41 1 ACGGAGGTATAAACTAACAATTAGGAGAATTTAAA 0 275 1 TTCTTAAGCTAAATAAAGGAGAAAATTAAAGT 1 132 1 CTAATACACGAAATAAAGTTACTGGATTAGTGTGATA 2 8 0 AGTGGAAAGCATATTAATTACTTTTTTGATACCGTACTC 2 45 1 ATTACTAATTACAAAAACCAAATATATTATTGTGTTGAT 2 146 0 GTTTTTGTAATTAGTAATGATATAGATAAAATATGGATC 2 167 1 ATGATAAATCAATTATATGATTATTATTTA 3 1 1 TTTATTCGAATAAACAAACTCTAATATAAGGTAATCGTT 3 61 0 ATACATTTTTAAAACAAAAAGCTGTTGTACAAATTTTCA 3 115 0 AATGTATTTTATATCAATTATTAACTTTATTGAATTCGT 3 147 1 TTTTATAAGTTTACTAATAAATTATTTTAAGATATAAGT 4 80 0 TTATGCATAAAAATAAACAAAAAACATTATTAAAGTTGT 5 40 1 CTACTATATGATACCAGGTACATTTTTGATCTATAAAGC 5 101 1 ACGAAAGCCAAAAACAACTATGATATTAATAATTTTGAA 6 56 1 ATCGATATTAAAACTAAGCAAATGCTTAAAATAATTAAA 7 24 1 AATTAATAGAAAAGCAATGAGAAAAATCAATTAATAAAT 7 149 1 TACTATGTAAAAATTAGTTATGTTATTTATTAATTGATT 7 173 0 TAAGTTTGAGAAAGAAAAATCAAATTTTATTTATTGTGC 7 237 0 * * ** * ** ** * MAP Score: 10.8805 Motif 8 CTGCTACATGTAGATATTAATCATTGCAATTACGA 0 75 1 ATTCACACGTAAGATGTATGTTAGTGCATGTATAG 0 131 1 CATGGTATCTAAAAGTTAAGTTATTTTTGGAGACT 0 204 1 ATGATAATCCAAGATATTTTAGATTATCATAAAGC 1 57 0 TACGGTATCAAAAAAGTAATTAATATGCTTTCCAC 2 46 0 GAAACAAACCAAGTATTATCTCATTATTCGAGTAC 2 78 0 AATCAACACAATAATATATTTGGTTTTTGTAATTA 2 145 1 TATTTTATCTATATCATTACTAATTACAAAAACCA 2 165 0 ATAAATAATAATCATATAATTGATTTATCAT 3 6 0 GATATTTAGCAAATAATAAATAATAATCATATAAT 3 21 0 AATTTTCATTTTTAATTAAACTATTTATTCGAATA 3 88 0 TTTTGTTTTAAAAATGTATTTTATATCAATTATTA 3 135 1 TACGAATTCAATAAAGTTAATAATTGATATAAAAT 3 152 0 AGGTTATAGGTATAATTTAGTCATTATGAGTGATA 4 41 0 TTTATAAGTTTACTAATAAATTATTTTAAGATATA 4 83 0 AAAAATTTTATAAGTTTACTAATAA 4 99 0 ATCATTCCGTATAATTTTATGCATAAAAATAAACA 5 24 1 AACAACTTTAATAATGTTTTTTGTTTATTTTTATG 5 45 0 ACCGTGGTCAAACTACTATATGATACCAGGTACAT 5 89 1 TCTATAAAGCAACATCTAAAATATAAAATA 5 130 1 TAAGTTATATTTATATTAGATTAGAAACTC 6 5 1 AAAAACAACTATGATATTAATAATTTTGAACCCGT 6 65 1 CTTATATTTAATTATTTTAAGCATTTGCTTAGTTT 7 34 0 AAAAGATAGTTTTATTTAAATAATATGGTATCGCA 7 103 0 TCTTTTGCAAATAATATAATTAATAGAAAAGCAAT 7 132 1 TATTTATTAATTGATTTTTCTCATTGCTTTTCTAT 7 154 0 CTATGTAAAAATTAGTTATGTTATTTATTAATTGA 7 175 0 TCTCAAACTTATATCTTAATTGATAAGTTTATAAT 7 265 1 AAATTTCTATATTATAAACTTATCAA 7 284 0 ** * *** * *** MAP Score: 8.62368