AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i RP/RP_operons013_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237868
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	RP176	37	PROTON/SODIUM-GLUTAMATE SYMPORT PROTEIN (gltP)
#1	RP177	21	unknown
#2	RP178	167	unknown
#3	RP179	24	DIHYDROLIPOAMIDE ACETYLTRANSFERASE COMPONENT (sucB)
#4	RP180	300	2-OXOGLUTARATE DEHYDROGENASE E1 COMPONENT (sucA)
#5	RP258	126	unknown
#6	RP259	56	PENICILLIN-BINDING PROTEIN 4* (pbpE)
#7	RP261	92	PYRUVATE DEHYDROGENASE E1 COMPONENT, ALPHA SUBUNIT PRECURSOR (pdhA)
#8	RP262	161	PYRUVATE DEHYDROGENASE E1 COMPONENT, BETA SUBUNIT PRECURSOR (pdhB)
#9	RP460	146	DIHYDROLIPOAMIDE DEHYDROGENASE PRECURSOR  (pdhD)
#10	RP530	125	DIHYDROLIPOAMIDE ACETYLTRANSFERASE COMPONENT (pdhC)
#11	RP805	249	DIHYDROLIPOAMIDE DEHYDROGENASE  (pdhD)

Motif 1
       ACTTATTGTTGAATAAATTTAATTAAGTAAATC	0	3	1
          TATATTAGTTTAATTTGAAAAATTTCCTAA	2	0	1
ATTTGAAAAATTTCCTAAGTTATTTTTCATTTTGAATCAT	2	22	1
TAAAATGCCTTGTGCTTTACTAAATTATATGCAGTGACTG	2	95	1
AATCACCCCTTAATATATCATCTTTTATATTTTTGTGTTT	4	12	0
AACCGAAATTTCTCAAATTATTATTTAGATAATGATTTAA	4	60	0
TTATAGGTTATATTCTGAGATCTTTTATGTCATTGTTGAC	4	192	1
   ATTGTTGTTTGTATTGTTTATTTTTTTGTGCAAATGT	4	273	0
GAGAAATGAATTTGGTATTATTTATTGCTTGATCGCATGT	5	48	1
CTTTTTATTATTTTATTGTATGTATTGATTCTGCCACTTT	5	90	0
      CTTGTCTCTTAAAATAAATTGTATATAGCTCCGA	6	4	1
TCACCCCATCTCTTGTACACTGTATTCAGTCAAACCAATA	8	39	1
TAGCTAAAAATATATTAGTATATATTGGTTTGACTGAATA	8	61	0
CCCTTTTTATTTAAATTAAATATTTTCATTTACTTATAAT	8	128	0
ATCTAATCTTTATAATAATCTTTTTTAAAATATCGTAGTC	9	47	0
CCTTATGATGTGTAATACCGTATATTGACTACGGTATCTA	9	82	0
TGTGTTCTAGTATTATAAGGTTTATATCCTGAAGTCACGC	10	40	1
TTGAGATTTATGTTATTATTTTTTTTGCATAAGCCTTCAC	10	89	0
TTTGTATCGTTGTTTTATATTTTTTAGTTTTTAAGTACTA	11	19	1
TTAAAGATCATCTACTAAATTCTATATATTTTTTCAGTAA	11	99	1
TTTCACCTTTTTTGGAATAATTTATACCTTAAAATAGAAC	11	201	1
         TTTATTTTTATTTTATTGGTTCTATTTTAAG	11	228	0
          * *  **   * ****   *
MAP Score: 25.5815

Motif 2
CGTTTTTAGGAGTAAAATAAATT        	3	11	1
AAATAGAACCAATAAAATAAAAATAAA    	11	232	1
ACATTTGCACAAAAAAATAAACAATACAAAC	4	273	1
GGGGTGATACAGTATAATAAATAAGCTGTGC	8	15	0
ATTGCAGTTAAGAAATATAAAACATTTAGCT	11	65	1
  AGAAACACAAAAATATAAAAGATGATATA	4	8	1
TTAAAAACTAAAAAATATAAAACAACGATAC	11	22	0
TACATACAATAAAATAATAAAAAGTTCTAA 	5	106	1
ACAATACTACAATATTATAAACA        	9	2	0
TTTAAAAAAGATTATTATAAAGATTAGATAC	9	58	1
GGGTGATTTTAGTAATTTAAATCATTATCTA	4	44	1
CTTGTGCTTTACTAAATTATATGCAGTGACT	2	103	1
CCTTTACTGAAAAAATATATAGAATTTAGTA	11	111	0
CAAAAAAAATAATAACATAAATCTCAATAAA	10	102	1
GCTGCAGTGTAAAATATTAAAATGCCTTGTG	2	78	1
AAAATATTTAATTTAAATAAAAAGGGAAA  	8	142	1
CCTTTTTTGGAATAATTTATACCTTAAAATA	11	206	1
   CTTGTCTCTTAAAATAAATTGTATATAG	6	7	1
AACACACGTGATTATATTATAACTA      	10	4	0
 AATTGATTTACTTAATTAAATTTATTCAAC	0	17	0
TGCAATCTAGCTAAAAATATATTAGTATATA	8	77	0
TAAGTGAAACACTAATATAGACGACTCAGTC	2	130	0
          * *********
MAP Score: 24.968

Motif 3
     ACTTATTGTTGAATAAATTTAATTAAGTAAATCAATT 	0	5	1
        TATATTAGTTTAATTTGAAAAATTTCCTAAGTTAT	2	2	1
AAATGCCTTGTGCTTTACTAAATTATATGCAGTGACTGAGTCG	2	97	1
CCTTAATATATCATCTTTTATATTTTTGTGTTTCT        	4	2	0
ATTATTTAGATAATGATTTAAATTACTAAAATCACCCCTTAAT	4	38	0
AGAGAAATATTTATAGGTTATATTCTGAGATCTTTTATGTCAT	4	182	1
    AATGTTTTGTGGTGAAGTTTGTATTGTTTACATAGTTCG	5	6	1
TTCGAGAAATGAATTTGGTATTATTTATTGCTTGATCGCATGT	5	45	1
         CTTGTCTCTTAAAATAAATTGTATATAGCTCCGA	6	1	1
AGAGATGGGGTGATACAGTATAATAAATAAGCTGTGCAAATT 	8	9	0
GCTAAAAATATATTAGTATATATTGGTTTGACTGAATACAGTG	8	56	0
TACTAATATATTTTTAGCTAGATTGCATTGTTAATTTACGTGA	8	81	1
    TTTCCCTTTTTATTTAAATTAAATATTTTCATTTACTTA	8	132	0
 TGTTTATAATATTGTAGTATTGTAATGCCTGTTGTGTGACTA	9	9	1
CCTGTTGTGTGACTACGATATTTTAAAAAAGATTATTATAAAG	9	37	1
TTATGATGTGTAATACCGTATATTGACTACGGTATCTAATCTT	9	77	0
ATTTGTATCGTTGTTTTATATTTTTTAGTTTTTAAGTACTAGT	11	18	1
CTTTTAAAGATCATCTACTAAATTCTATATATTTTTTCAGTAA	11	96	1
GGTTATCTCATTTTACCATAGATTTCACCTTTTTTGGAATAAT	11	179	1
TTGGAATAATTTATACCTTAAAATAGAACCAATAAAATAAAAA	11	212	1
          *  *    ******  *     *
MAP Score: 10.2234