AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i RP/RP_operons013_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237885 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 RP176 37 PROTON/SODIUM-GLUTAMATE SYMPORT PROTEIN (gltP) #1 RP177 21 unknown #2 RP178 167 unknown #3 RP179 24 DIHYDROLIPOAMIDE ACETYLTRANSFERASE COMPONENT (sucB) #4 RP180 300 2-OXOGLUTARATE DEHYDROGENASE E1 COMPONENT (sucA) #5 RP257 300 CYTOCHROME C OXIDASE ASSEMBLY PROTEI (coxW) #6 RP258 126 unknown #7 RP259 56 PENICILLIN-BINDING PROTEIN 4* (pbpE) #8 RP261 92 PYRUVATE DEHYDROGENASE E1 COMPONENT, ALPHA SUBUNIT PRECURSOR (pdhA) #9 RP262 161 PYRUVATE DEHYDROGENASE E1 COMPONENT, BETA SUBUNIT PRECURSOR (pdhB) #10 RP459 300 unknown #11 RP460 146 DIHYDROLIPOAMIDE DEHYDROGENASE PRECURSOR (pdhD) #12 RP530 125 DIHYDROLIPOAMIDE ACETYLTRANSFERASE COMPONENT (pdhC) #13 RP531 49 TRANSLATION INITIATION FACTOR IF-3 (infC) #14 RP532 300 unknown #15 RP805 249 DIHYDROLIPOAMIDE DEHYDROGENASE (pdhD) #16 RP806 300 unknown Motif 1 ACATTTGCACAAAAAAATAAACAATACAAACAACAAT 4 273 1 GATAATACTAAGAAAATTATCTAATACAAAACATTTGA 16 74 0 ATCTTCGGGAACAAAAAAAACTTATATAAGTTTAGATA 5 124 0 GCTTATGCAAAAAAAATAATAACATAAATCTCAATAAA 12 95 1 TCGTAATACCACAACAAGACTTTATAAATTTAGTATAA 14 109 1 ATCAATACATACAATAAAATAATAAAAAGTTCTAA 6 101 1 GATATTTTAAAAAAGATTATTATAAAGATTAGATACCG 11 53 1 CTAGTACTTAAAAACTAAAAAATATAAAACAACGATAC 15 22 0 AATATATAATAGAAAATTATATAATTTAATATCGCTTG 16 218 1 CAACAGCAAAAAAAAAAAAGACAATTAATTGATTATTT 14 219 1 GAAACACAAAAATATAAAAGATGATATATTAAGGGGTG 4 11 1 ATTGCAATAAATTAAATAATGCTATAAATTTTAGTAAC 14 68 1 ATAGATTATCATAATTTCACGGTAAAAAATAACAAGAT 5 87 0 CATATATAAAATAATATGACGGAAATTAAGTACTAAAA 16 22 0 GGCTAAAATTACAAGATCACCGTAATAATTCAGTAGCA 10 212 1 GCATTACAATACTACAATATTATAAACA 11 0 0 ATTGCAGTTAAGAAATATAAAACATTTAGCTCTTTTAA 15 65 1 CCTTTACTGAAAAAATATATAGAATTTAGTAGATGATC 15 104 0 CGGTTCGTTAAAAAATTCAGCCGATTTACTAAAAAGTG 4 95 1 AATAGTTGAAAGTAATATATTATATACATTTCGAAAAA 14 260 1 ATATCACCTCAATACTTAAGTAAATATAAGCATTAAGG 5 184 1 TTAGCTTCTATCAATAATAAAAAATATAAGACAA 5 276 1 TTACATTATAAGTAAATGAAAATATTTAATTTAAATAA 9 124 1 TTATAACTAAAATAAAAGATTTAATTAAAACAAGTGAG 10 156 1 CCGTAACTTTATAACTTGATTACAATAATTCTTAAGGA 8 57 1 TATTTTATTTAAAATTACAAGTAAATAATATCTTTAAA 13 10 0 AATTAATAATATAATTATAGCTAAATTAATATGCTTCA 16 117 0 TATATAGAGCTAAAGAATATCATAAATATGAAAAGTTT 14 177 1 CTTGTCTCTTAAAATAAATTGTATATAGCTCCGAAAA 7 9 1 ATTTATACCTTAAAATAGAACCAATAAAATAAAAATAA 15 220 1 AGGAAATTTTTCAAATTAAACTAATATA 2 0 0 ATTTACGTTAAGTATTTTAAATTATTTAGCTTCTATCA 5 251 1 GATCAAGCAATAAATAATACCAAATTCATTTCTCGAAC 6 44 0 ATTACTTTCAACTATTTTAAAATAATCAATTAATTGTC 14 238 0 TATTTTAAGGTATAAATTATTCCAAAAAAGGTGAAATC 15 199 0 TAGATAATGATTTAAATTACTAAAATCACCCCTTAATA 4 37 0 AATTGATTTACTTAATTAAATTTATTCAACAATA 0 13 0 * ** ** * *** * MAP Score: 41.9915 Motif 2 TGTCTATTGCAATAAATTAAATAATGCTATA 14 63 1 CTTGTGCTTTACTAAATTATATGCAGTGACT 2 103 1 CGTTTTTAGGAGTAAAATAAATT 3 11 1 AAATAGAACCAATAAAATAAAAATAAA 15 232 1 TTCAAGCGATATTAAATTATATAATTTTCTA 16 227 0 ATATATTATAACTAAAATAAAAGATTTAATT 10 151 1 ATAGAAGCTAAATAATTTAAAATACTTAACG 5 256 0 GGGTGATTTTAGTAATTTAAATCATTATCTA 4 44 1 CCTTTTTTGGAATAATTTATACCTTAAAATA 15 206 1 AGCTTTTTGAATAAAAATAAAATGCAGTTTC 10 11 1 ACATTTGCACAAAAAAATAAACAATACAAAC 4 273 1 AGAAACACAAAAATATAAAAGATGATA 4 6 1 TAATTAAATAATTAATATATAATAGAAAATT 16 205 1 TTAAAAACTAAAAAATATAAAACAACGATAC 15 22 0 ATTGCAGTTAAGAAATATAAAACATTTAGCT 15 65 1 TATATTAATTATTTAATTAAAAATTTTTAAA 16 193 0 AAAATAAAAGATTTAATTAAAACAAGTGAGA 10 164 1 AATTGATTTACTTAATTAAATTTATTCAAC 0 17 0 TAAAATTACAAGTAAATAATATCTTTAAA 13 8 0 AGTTGAAAGTAATATATTATATACATTTCGA 14 263 1 GCGATCAAGCAATAAATAATACCAAATTCAT 6 53 0 GGGGTGATACAGTATAATAAATAAGCTGTGC 9 15 0 AACACACGTGATTATATTATAACTA 12 4 0 CCTTTACTGAAAAAATATATAGAATTTAGTA 15 111 0 AAAATATTTAATTTAAATAAAAAGGGAAA 9 142 1 TTCTATCAATAATAAAAAATATAAGACAA 5 281 1 GCTGCAGTGTAAAATATTAAAATGCCTTGTG 2 78 1 CAATTAATTGATTATTTTAAAATAGTTGAAA 14 240 1 AACAACAGCAAAAAAAAAAAAGACAATTAAT 14 217 1 GCTTATGCAAAAAAAATAATAACATAAATCT 12 95 1 ATTACCATATATAAAATAATATGACGGAAAT 16 34 0 TACATACAATAAAATAATAAAAAGTTCTAA 6 106 1 TTTAAAAAAGATTATTATAAAGATTAGATAC 11 58 1 TAATTATATTATTAATTAATAGTTAATTTAT 16 138 1 ACAATACTACAATATTATAAACA 11 2 0 TTAATTAATAATATAATTATAGCTAAATTAA 16 126 0 ATACATTTCGAAAAATTAAAAAGGAAT 14 283 1 TCTAGAAGAGAAATATTTATAGGTTATATTC 4 176 1 AATGAAACGTAGTTTTATAAAACTAGTATAT 14 149 1 ACTTACTCGGAGTTATAAATA 2 156 1 AAACGTCATCATATTAATATAGCAAACCCAT 10 76 1 GATACTGAGAATATTTTTAAAGTGTCAGCAA 10 47 1 TGATTATACTAAATTTATAAAGTCTTGTTGT 14 119 0 TGACTACGATATTTTAAAAAAGATTATTATA 11 46 1 * ********* MAP Score: 41.2708 Motif 3 TTTAAAGATATTATTTACTTGTAATTTTAAATAAAATAAGTTA 13 8 1 ATAATTATATTATTAATTAATAGTTAATTTATATATCATTTTGCT 16 137 1 TTCACCTTTTTTGGAATAATTTATACCTTAAAATAGAACCAATAA 15 202 1 TATATTAGTGTTTCACTTACTCGGAGTTATAAATA 2 142 1 CTAAAATTTATAGCATTATTTAATTTATTGCAATAGACATCCTGT 14 57 0 GGTGATTATGTAAAAATGAATTTACGTTAAGTATTTTAAATTATT 5 232 1 CTTATTCTTCTAACAATGATTAGGCAGTAAAAATTATTACAGGAT 14 19 1 TTTATTTTAGTTATAATATATCTCTTTTTTTGATAATCTGATACT 10 127 0 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165 0 TTAGAACTTTTTATTATTTTATTGTATGTATTGATTCTG 6 97 0 TTGAAAAATTTGTATCGTTGTTTTATATTTTTTAGTTTTT 15 11 1 TTTATTGAGATTTATGTTATTATTTTTTTTGCATAAGCCT 12 93 0 AAATAATCAATTAATTGTCTTTTTTTTTTTTGCTGTTGTT 14 217 0 TTTATTTTTATTTTATTGGTTCTATTTTAA 15 229 0 GATATTAAATTATATAATTTTCTATTATATATTAATTATT 16 211 0 ACTTCTATTCTTTTTTAGTACTTAATTTCCGTC 16 3 1 CTTGTTTTAATTAAATCTTTTATTTTAGTTATAATATATC 10 150 0 TTTAGCTCTATATATACTAGTTTTATAAAACTACGTTTCA 14 151 0 GTACTTAATTTCCGTCATATTATTTTATATATGGTAATTC 16 27 1 ATATTATTAATTAATAGTTAATTTATATATCATTTTGCTA 16 143 1 TAACTATTAATTAATAATATAATTATAGCTAAATTAATAT 16 123 0 GTATCTAATCTTTATAATAATCTTTTTTAAAATATCGTAG 11 49 0 TTTAAAACTTTTCATATTTATGATATTCTTTAGCTCTATA 14 179 0 AATAAGAAACTGCATTTTATTTTTATTCAAAAAGCTC 10 7 0 TTTAAAATAGTTGAAAGTAATATATTATATACATTTCGAA 14 255 1 TTTAGCTCTTTTAAAGATCATCTACTAAATTCTATATATT 15 89 1 TTCAAGACAATCAAATGTTTTGTATTAGATAATTTTCTTA 16 64 1 TAATACTGATTCAGTTATCTTGTTATTTTTTACCGTGAAA 5 71 1 ATTGTTGTTTGTATTGTTTATTTTTTTGTGCAAATGTAA 4 271 0 GACTGAGTCGTCTATATTAGTGTTTCACTTACTCGGAGTT 2 130 1 TTTATTTAAATTAAATATTTTCATTTACTTATAATGTAAT 9 123 0 GTCAAACCAATATATACTAATATATTTTTAGCTAGATTGC 9 67 1 TCCTTTGTATTTAAAAATTTTTAATTAAATAATTAATATA 16 184 1 TGCATTTAACTTATTTTATTTAAAATTACAAGTA 13 25 0 * ** * * ** ** * MAP Score: 25.301 Motif 5 ACTTATTGTTGAATAAATTTAATTAAGTAAATCA 0 2 1 TATATTAGTTTAATTTGAAAAATTTCCTAAGTTA 2 2 1 AATCACCCCTTAATATATCATCTTTTATATTTTTGTGTTTCT 4 10 0 CACTAGCACTTTTTAGTAAATCGGCTGAATTTTTTAACGAAC 4 97 0 TCAGTTATCTTGTTATTTTTTACCGTGAAATTATGATAATCT 5 81 1 TCACCTCAATACTTAAGTAAATATAAGCATTAAGGACACTTT 5 187 1 GTAAAAATGAATTTACGTTAAGTATTTTAAATTATTTAGCTT 5 241 1 TGCCGTAACTTTATAACTTGATTACAATAATTCTTAAGGAGT 8 55 1 AATGCAATCTAGCTAAAAATATATTAGTATATATTGGTTTGA 9 68 0 TAATGTAATCACGTAAATTAACAATGCAATCTAGCTAAAAAT 9 90 0 CGTGATTACATTATAAGTAAATGAAAATATTTAATTTAAATA 9 119 1 AAGAGATATATTATAACTAAAATAAAAGATTTAATTAAAACA 10 146 1 TGAGAGAGTTATATATTTAATAGGCTAAAATTACAAGATCAC 10 190 1 AAGGATCATAAGGTTAAATATGCCAAGAATTTGATTTA 11 118 1 TTTAAAGATATTATTTACTTGTAATTTTAAATAAAAT 13 5 1 CTATTGCAATAAATTAAATAATGCTATAAATTTTAGTAACAA 14 66 1 TTTAAACAACAGCAAAAAAAAAAAAGACAATTAATTGATTAT 14 213 1 TATTACTTTCAACTATTTTAAAATAATCAATTAATTGTCTTT 14 235 0 AAATAGTTGAAAGTAATATATTATATACATTTCGAAAAATTA 14 259 1 AAACTAAAAAATATAAAACAACGATACAAATTTTTCAAA 15 7 0 TATGTATTGCAGTTAAGAAATATAAAACATTTAGCTCTTTTA 15 60 1 TTTAAAGATCATCTACTAAATTCTATATATTTTTTCAGTAAA 15 98 1 TTTATTTTTATTTTATTGGTTCTATTTTAAGGTATAA 15 222 0 ATTTCCGTCATATTATTTTATATATGGTAATTCAAGACAATC 16 34 1 ATACTAAGAAAATTATCTAATACAAAACATTTGATTGTCTTG 16 66 0 CTTAGTATTATCCTATTTGAAGCATATTAATTTAGCTATAAT 16 100 1 ATATTAATTTAGCTATAATTATATTATTAATTAATAGTTAAT 16 123 1 TGCTATTCCTTTGTATTTAAAAATTTTTAATTAAATAATTAA 16 178 1 TTATATAATTTTCTATTATATATTAATTATTTAATTAAAAAT 16 200 0 * ** * ** **** MAP Score: 8.02786 Motif 6 AATTGATTTACTTAATTAAATTTATTCAACAATAAGT 0 10 0 AAATCACCCCTTAATATATCATCTTTTATATTTTTGTGTTTCT 4 8 0 CCGAAATTTCTCAAATTATTATTTAGATAATGATTTAAATTACTA 4 53 0 AATCTATATCTAAACTTATATAAGTTTTTTTTGTTCCCGAAGATA 5 118 1 GCTAAATAATTTAAAATACTTAACGTAAATTCATTTTTACATAAT 5 236 0 GTTTGTATTGTTTACATAGTTCGAGAAATGAATTTGGTATTATTT 6 26 1 TAAAATAAATTGTATATAGCTCCGAAAATGTACTTTTTCTGTGTA 7 19 1 GTGATTACATTATAAGTAAATGAAAATATTTAATTTAAATAAAAA 9 120 1 GCTTTTTGAATAAAAATAAAATGCAGTTTCTTATTGATACTGAGA 10 12 1 AGAGATATATTATAACTAAAATAAAAGATTTAATTAAAACAAGTG 10 147 1 TTTAGCCTATTAAATATATAACTCTCTCACTTGTTTTAATTAAAT 10 174 0 TTATTTTATTTAAAATTACAAGTAAATAATATCTTTAAA 13 4 0 TTGTTACTAAAATTTATAGCATTATTTAATTTATTGCAATAGACA 14 63 0 TTTTAAAATAATCAATTAATTGTCTTTTTTTTTTTTGCTGTTGTT 14 217 0 ATTGATTATTTTAAAATAGTTGAAAGTAATATATTATATACATTT 14 246 1 TCTTAACTGCAATACATACTAGTACTTAAAAACTAAAAAATATAA 15 33 0 TGATCTTTAAAAGAGCTAAATGTTTTATATTTCTTAACTGCAATA 15 64 0 TCTTTTAAAGATCATCTACTAAATTCTATATATTTTTTCAGTAAA 15 95 1 ATTCTTTTTTAGTACTTAATTTCCGTCATATTATTTTATATATGG 16 16 1 TACTAAGAAAATTATCTAATACAAAACATTTGATTGTCTTGAATT 16 62 0 ATTAATAATATAATTATAGCTAAATTAATATGCTTCAAATAGGAT 16 109 0 AAAATGATATATAAATTAACTATTAATTAATAATATAATTATAGC 16 134 0 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