AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i RP/RP_operons014_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237905 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 RP175 234 PROBABLE OXYGEN-INDEPENDENT COPROPORPHYRINOGEN III OXIDASE (hemN) #1 RP184 122 DNAJ PROTEIN (dnaJ) #2 RP185 287 DNAK PROTEIN (dnaK) #3 RP201 286 unknown #4 RP629 211 GRPE PROTEIN (grpE) #5 RP768 207 ROD SHAPE-DETERMINING PROTEIN MREB (mreB) Motif 1 AAGAGTATAATATTGATTTAAAAATATTAGAAAAGCAATATT 3 249 1 TGTATTTTTCTCTCTAAATTTTAAAAACACTTCTAT 5 181 0 TAAGCAGCACTATATCAAATAAAAAGTCATAATACAATAATT 2 11 1 AAGATATTATTATATACATTAAAAATTTATAAAATACAATT 3 9 0 AAAGAATCGGTATACGAAAGCAAATTTCAAAAAGAGCAAAAT 4 37 1 AAAACAGTTCTATAGAAAATCAAAACTTAAAATTTAATTTTA 5 124 0 CCTAAATAAATATAGAATTCTAAAGTGCAAAATTATTTTCAA 3 191 1 ATATTATAATTGTTAGCTGCAAATAATAAAAATTAAATATCT 0 202 1 AAACTTATAGTTTTACATCTCAATGAGGAAAAACCTTGTTAA 3 143 1 TATATCTTTTCATTTAATTTGAAAAATGAAAAATTT 5 4 1 TTGTCCACGGTATTCAAAAAAACAACTTATAATTTATTTCTA 2 152 1 TTTTCAACGGTATAATCATTTAATTTGAAAAATTTGCTACGT 4 124 0 TAAAAATGATTTTTATCATATACATTGAATAAAATCAAAGAA 0 60 1 AAACTATAAGTTTTAACAAAACAAGTTCAGAAATATATTCTC 3 114 0 TAGAAACAGTATTATATTTAAAAATATTATAATTGTTAGCTG 0 179 1 AACATACATATTTAGTACGAAAAATAAAATAACGTAGCAAAT 4 93 1 AAAAATTTATTATATCTATATATATCTTAAAAAAGAACACTA 4 165 1 TATTTAGAGATCTTGTTTAGCAAAAATTAATAAGGCTTTTGT 0 138 1 ACTTATAATTTATTTCTAGATCCTGGGAATAAATCACCGAAT 2 176 1 TTTTAAAAACACTTCTATAAGACTGTGAATAAAAAAACAGTT 5 157 0 * ** *** * * ** MAP Score: 23.3794 Motif 2 TATAATCATTTAATTTGAAAAATTTGCTACGT 4 124 0 TCTTTTCATTTAATTTGAAAAATGAAAAATTT 5 14 1 GTACTCCTAATAATATTAAAGAATCGGTATAC 4 20 1 AAAAGAACACTAATATAAAAAATATT 4 195 1 ATACATTGAATAAAATCAAAGAAAATGCTAAA 0 79 1 ATACGAAAGCAAATTTCAAAAAGAGCAAAATG 4 48 1 TTTTCTCTCTAAATTTTAAAAACACTTCTATA 5 180 0 ATAACATCTTTAATTTAATAGATATTATTAAT 0 11 0 ACTTAAAATTTAATTTTATAAAAAGCGAGTGG 5 110 0 ATTTAGTACGAAAAATAAAATAACGTAGCAAA 4 102 1 TGCAAATAATAAAAATTAAATATCT 0 219 1 CACACTGGAATAATATAGAATACAACGCTAAT 2 237 1 GAAGTTCTAATAATTGAAAATAATTTTGCACT 3 214 0 AATACAACGCTAATAATAAACAAAAAGAAAAC 2 255 1 ATATACATTAAAAATTTATAAAATACAATT 3 8 0 ACAATTATAATATTTTTAAATATAATACTGTT 0 183 0 AATAAAAACCTAAATAAATATAGAATTCTAAA 3 183 1 AGAAAATGCTAAATTTTGTAAAGCTTTCTAAT 0 98 1 GCAAGAAAGATATTATTATATACATTAAAAAT 3 25 0 ****** *** * MAP Score: 22.3782 Motif 3 TATTAATAATATCTATTAAATTAAAG 0 4 1 GTGTTCTTGAAATAAAAATGATTTTTATCATA 0 48 1 AAATGATTTTTATCATATACATTGAATAAAAT 0 63 1 ATATACATTGAATAAAATCAAAGAAAATGCTA 0 77 1 CTAAATAGCAAATCAATTAGAAAGCTTTACAA 0 113 0 GTAGAAACAGTATTATATTTAAAAATATTATA 0 178 1 AGCTGCAAATAATAAAAATTAAATATCT 0 216 1 AGCAGCACTATATCAAATAAAAAGTCATAATA 2 13 1 AGGATCTAGAAATAAATTATAAGTTGTTTTTT 2 168 0 TCCACACTGGAATAATATAGAATACAACGCTA 2 235 1 ATACAACGCTAATAATAAACAAAAAGAAAACG 2 256 1 ATTAAAAATTTATAAAATACAATT 3 2 0 AGAAAGATATTATTATATACATTAAAAATTTA 3 22 0 TAAAGTGCAAAATTATTTTCAATTATTAGAAC 3 211 1 TCCACAAGAGTATAATATTGATTTAAAAATAT 3 244 1 TTGTACTCCTAATAATATTAAAGAATCGGTAT 4 18 1 AAAAAAAATTTATTATATCTATATATATCTTA 4 162 1 AGAACACTAATATAAAAAATATT 4 198 1 TCATTTTTCAAATTAAATGAAAAGATATA 5 7 0 ACTCGCTTTTTATAAAATTAAATTTTAAGTTT 5 112 1 ******** ** MAP Score: 22.1435 Motif 4 TATGACATCGTCGTATAAAACAACTATTATAACATAAT 1 91 1 AGTTTTGATTTTCTATAGAACTGTTTTTTTATTCACAG 5 139 1 TTATTCACAGTCTTATAGAAGTGTTTTTAAAATTTAGA 5 167 1 CAAGTGTTCTTGAAATAAAAATGATTTTTATCATATAC 0 45 1 AATATTTTTTATATTAGTGTTCTTTTTTAAGATA 4 187 0 TTTTAATGTATATAATAATATCTTTCTTGCATGGATTC 3 27 1 CAATAACATCTTTAATTTAATAGATATTATTAATA 0 7 0 AATTGTATTTTATAAATTTTTAATGTATAT 3 2 1 TTAATAAGGCTTTTGTAGAAACAGTATTATATTTAAAA 0 164 1 TTTTGCACTTTAGAATTCTATATTTATTTAGGTTTTTA 3 185 0 AGATATATATAGATATAATAAATTTTTTTTCAACGGTA 4 154 0 GCCCTTTAATTATTGTATTATGACTTTTTATTTGATAT 2 22 0 TATTATATTTAAAAATATTATAATTGTTAGCTGCAAAT 0 188 1 AGATATTTAATTTTTATTATTTGCAGCT 0 216 0 GCCACTCGCTTTTTATAAAATTAAATTTTAAGTTTTGA 5 109 1 GATCTAGAAATAAATTATAAGTTGTTTTTTTGAATACC 2 160 0 TAATATTATTAGGAGTACAAATTATATT 4 0 0 GCTTTTCTAATATTTTTAAATCAATATTATACTCTTGT 3 247 0 TTATTTAGGTTTTTATTAACAAGGTTTTTCCTCATTGA 3 162 0 * **** ** * ** MAP Score: 19.5529 Motif 5 GCAAGTGTTCTTGAAATAAAAATGATTTTTATCATAT 0 44 1 AGAGATCTTGTTTAGCAAAAATTAATAAGGCTTTTGT 0 143 1 ACAATTATAATATTTTTAAATATAATACTGTTTCTAC 0 178 0 TTTTATTATTTGCAGCTAACAATTATAATATTTTTAA 0 196 0 CAGCACTATATCAAATAAAAAGTCATAATACAATAAT 2 15 1 ATTCCCAGGATCTAGAAATAAATTATAAGTTGTTTTT 2 169 0 TATTATTATATACATTAAAAATTTATAAAATACAATT 3 10 0 TCTGAACTTGTTTTGTTAAAACTTATAGTTTTACATC 3 125 1 TATAGAATTCTAAAGTGCAAAATTATTTTCAATTATT 3 201 1 GAGTATAATATTGATTTAAAAATATTAGAAAAGCAAT 3 251 1 CATACATATTTAGTACGAAAAATAAAATAACGTAGCA 4 95 1 GATTATACCGTTGAAAAAAAATTTATTATATCTATAT 4 149 1 TCTTTTCATTTAATTTGAAAAATGAAAAATTTGTTGT 5 14 1 TGCCACTCGCTTTTTATAAAATTAAATTTTAAGTTTT 5 108 1 CAGTTCTATAGAAAATCAAAACTTAAAATTTAATTTT 5 125 0 CTTATAGAAGTGTTTTTAAAATTTAGAGAGAAAAATA 5 178 1 * * **** * *** MAP Score: 14.0808 Motif 6 TATTAATAATATCTATTAAATTAAAGATGTTATTGCAAGTG 0 6 1 TAAAAATGATTTTTATCATATACATTGAATAAAATCAAAGAAAAT 0 60 1 AGAAACAGTATTATATTTAAAAATATTATAATTGTTAGCTGCAAA 0 180 1 TATGACATCGTCGTATAAAACAACTATTATAACATAATTTC 1 91 1 GGAAATGACATCGTGTTCAACAAGCCCTTTAATTATTGTATTATG 2 38 0 TTATAAGTTGTTTTTTTGAATACCGTGGACAAGCTGCGATGTGAG 2 139 0 CACACTGGAATAATATAGAATACAACGCTAATAATAAACAAAAAG 2 237 1 GCAAGAAAGATATTATTATATACATTAAAAATTTATAAAATACAA 3 12 0 GGAAAAACCTTGTTAATAAAAACCTAAATAAATATAGAATTCTAA 3 169 1 AGTATAATATTGATTTAAAAATATTAGAAAAGCAATATTTTGCC 3 252 1 GTACTCCTAATAATATTAAAGAATCGGTATACGAAAGCAAATTTC 4 20 1 GAGCAAAATGTTTTATTGATCACAACATACATATTTAGTACGAAA 4 70 1 TCTATATATATCTTAAAAAAGAACACTAATATAAAAAATATT 4 179 1 GATCCTTACATAGTATCCTACACTGCTGTCAAAAATTCTGGTGCC 5 67 1 GCCACTCGCTTTTTATAAAATTAAATTTTAAGTTTTGATTTTCTA 5 109 1 AGTTTTGATTTTCTATAGAACTGTTTTTTTATTCACAGTCTTATA 5 139 1 TTATTCACAGTCTTATAGAAGTGTTTTTAAAATTTAGAGAGAAAA 5 167 1 * *** ** * * * * MAP Score: 8.8533 Motif 7 ATAATATCTATTAAATTAAAGATGTTATTGCA 0 15 1 AATCATTTTTATTTCAAGAACACTTGCAATAA 0 39 0 TATTCAATGTATATGATAAAAATCATTTTTAT 0 59 0 ACAATTATAATATTTTTAAATATAATACTGTT 0 183 0 TGTTAGCTGCAAATAATAAAAATTAAATATCT 0 212 1 GCAGCACTATATCAAATAAAAAGTCATAATAC 2 14 1 TTATAAGTTGTTTTTTTGAATACCGTGGACAA 2 152 0 TCCCAGGATCTAGAAATAAATTATAAGTTGTT 2 172 0 CACACTGGAATAATATAGAATACAACGCTAAT 2 237 1 AATACAACGCTAATAATAAACAAAAAGAAAAC 2 255 1 TACATTAAAAATTTATAAAATACAATT 3 5 0 GGAAAAACCTTGTTAATAAAAACCTAAATAAA 3 169 1 GAGTATAATATTGATTTAAAAATATTAGAAAA 3 251 1 GTACTCCTAATAATATTAAAGAATCGGTATAC 4 20 1 ACGAAAGCAAATTTCAAAAAGAGCAAAATGTT 4 50 1 GTATGTTGTGATCAATAAAACATTTTGCTCTT 4 68 0 ATTTAGTACGAAAAATAAAATAACGTAGCAAA 4 102 1 GTATAATCATTTAATTTGAAAAATTTGCTACG 4 125 0 ATATATATAGATATAATAAATTTTTTTTCAAC 4 158 0 ATATATATCTTAAAAAAGAACACTAATATAAA 4 182 1 AAGAACACTAATATAAAAAATATT 4 197 1 CATTTTTCAAATTAAATGAAAAGATATA 5 6 0 TTAAAATTTAATTTTATAAAAAGCGAGTGGCA 5 108 0 AAAAAAACAGTTCTATAGAAAATCAAAACTTA 5 137 0 TAAGACTGTGAATAAAAAAACAGTTCTATAGA 5 150 0 TTCTCTCTAAATTTTAAAAACACTTCTATAAG 5 178 0 ** ******* * MAP Score: 3.5902 Motif 8 AATAACATCTTTAATTTAATAGATATTATTAATA 0 5 0 TAAAAATCATTTTTATTTCAAGAACACTTGCAATAACAT 0 36 0 TTTTCTTTGATTTTATTCAATGTATATGATAAAAATCAT 0 65 0 AGAAACAGTATTATATTTAAAAATATTATAATTGTTAGC 0 180 1 AGCGTGCGTTTTTTACTGGATGACGTGGTTAAGCCATGG 1 52 1 ATAATAGTTGTTTTATACGACGATGTCATACCATGGCTT 1 82 0 TATTATGACTTTTTATTTGATATAGTGCTGCTTAA 2 6 0 TTATAAGTTGTTTTTTTGAATACCGTGGACAAGCTGCGA 2 145 0 TATTCGGTGATTTATTCCCAGGATCTAGAAATAAATTAT 2 180 0 AATTGTATTTTATAAATTTTTAATGTATATA 3 2 1 ATTTCTGAACTTGTTTTGTTAAAACTTATAGTTTTACAT 3 122 1 TTTATTTAGGTTTTTATTAACAAGGTTTTTCCTCATTGA 3 162 0 TTCTAATATTTTTAAATCAATATTATACTCTTGTGGAAG 3 242 0 AATATAATTTGTACTCCTAATAATATTAAAGAATCGG 4 8 1 TGCTACGTTATTTTATTTTTCGTACTAAATATGTATGTT 4 93 0 GTATAATCATTTAATTTGAAAAATTTGCTACGTTATTTT 4 118 0 TATAATAAATTTTTTTTCAACGGTATAATCATTTAATTT 4 140 0 TATATTAGTGTTCTTTTTTAAGATATATATAGATATAAT 4 173 0 TGCCACTCGCTTTTTATAAAATTAAATTTTAAGTTTTGA 5 108 1 TATAGAACTGTTTTTTTATTCACAGTCTTATAGAAGTGT 5 152 1 ** **** * * * * MAP Score: 2.35823 Motif 9 TAACATCTTTAATTTAATAGATATTATTAATA 0 2 0 GTATATGATAAAAATCATTTTTATTTCAAGAACACTTGCA 0 43 0 ATTTAGCATTTTCTTTGATTTTATTCAATGTATATGATAA 0 72 0 AAAGCTTTCTAATTGATTTGCTATTTAGAGATCTTGTTTA 0 117 1 AGGCTTTTGTAGAAACAGTATTATATTTAAAAATATTATA 0 170 1 AGATATTTAATTTTTATTATTTGCAGCTAACAATTA 0 208 0 AATTATTGTATTATGACTTTTTATTTGATATAGTGCTGCT 2 13 0 TCAAAAAAACAACTTATAATTTATTTCTAGATCCTGGGAA 2 165 1 TATCTCCTTTATTCGGTGATTTATTCCCAGGATCTAGAAA 2 188 0 ATTCCTCGTTTTCTTTTTGTTTATTATTAGCGTTGTATTC 2 254 0 CATGCAAGAAAGATATTATTATATACATTAAAAATTTATA 3 20 0 CTTGCATGGATTCTGAGTAGTTATTGCATGGAGCATTATA 3 52 1 TTCTATATTTATTTAGGTTTTTATTAACAAGGTTTTTCCT 3 168 0 TAGAATTCTAAAGTGCAAAATTATTTTCAATTATTAGAAC 3 203 1 AGTATAATATTGATTTAAAAATATTAGAAAAGCAATATTT 3 252 1 CGTATACCGATTCTTTAATATTATTAGGAGTACAAATTAT 4 13 0 TACCGTTGAAAAAAAATTTATTATATCTATATATATCTTA 4 154 1 TATCTTAAAAAAGAACACTAATATAAAAAATATT 4 187 1 TCAAAACTTAAAATTTAATTTTATAAAAAGCGAGTGGCAC 5 107 0 TTTTCTATAGAACTGTTTTTTTATTCACAGTCTTATAGAA 5 147 1 * * * ***** ** MAP Score: 1.2681 Motif 10 TATTAATAATATCTATTAAATTAAAGAT 0 0 1 AGTGTTCTTGAAATAAAAATGATTTTTATCATATACAT 0 47 1 TATCATATACATTGAATAAAATCAAAGAAAATGCTAAA 0 73 1 AATAGCAAATCAATTAGAAAGCTTTACAAAATTTAGCA 0 104 0 GTTTAGCAAAAATTAATAAGGCTTTTGTAGAAACAGTA 0 152 1 TTTTGTAGAAACAGTATTATATTTAAAAATATTATAAT 0 174 1 TGTTAGCTGCAAATAATAAAAATTAAATATCT 0 212 1 ACATCGTCGTATAAAACAACTATTATAACATAATTTC 1 95 1 CACGGTATTCAAAAAAACAACTTATAATTTATTTCTAG 2 157 1 GGAATAATATAGAATACAACGCTAATAATAAACAAAAA 2 243 1 AATTGTATTTTATAAATTTTTAATGTATATAATA 3 6 1 TTTTTAATGTATATAATAATATCTTTCTTGCATGGATT 3 26 1 TAACAAAACAAGTTCAGAAATATATTCTCATTCCATGA 3 105 0 TTGAGATGTAAAACTATAAGTTTTAACAAAACAAGTTC 3 128 0 AAAAACCTTGTTAATAAAAACCTAAATAAATATAGAAT 3 171 1 ATAATTTTGCACTTTAGAATTCTATATTTATTTAGGTT 3 189 0 AAGTTCTAATAATTGAAAATAATTTTGCACTTTAGAAT 3 207 0 ATTATTAGAACTTCCACAAGAGTATAATATTGATTTAA 3 232 1 TGATTTAAAAATATTAGAAAAGCAATATTTTGCC 3 262 1 AATTTCAAAAAGAGCAAAATGTTTTATTGATCACAACA 4 59 1 TTTTTTTTCAACGGTATAATCATTTAATTTGAAAAATT 4 132 0 ATATATATAGATATAATAAATTTTTTTTCAACGGTATA 4 152 0 TATATATCTTAAAAAAGAACACTAATATAAAAAATATT 4 183 1 TTAATTTGAAAAATGAAAAATTTGTTGTGTCGCGTCTA 5 23 1 TGCCACTCGCTTTTTATAAAATTAAATTTTAAGTTTTG 5 108 1 GTTTTGATTTTCTATAGAACTGTTTTTTTATTCACAGT 5 140 1 TATTCACAGTCTTATAGAAGTGTTTTTAAAATTTAGAG 5 168 1 * * * ** **** * MAP Score: 0.114904