AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i RP/RP_operons014_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237931 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 RP175 234 PROBABLE OXYGEN-INDEPENDENT COPROPORPHYRINOGEN III OXIDASE (hemN) #1 RP184 122 DNAJ PROTEIN (dnaJ) #2 RP185 287 DNAK PROTEIN (dnaK) #3 RP201 286 unknown #4 RP629 211 GRPE PROTEIN (grpE) #5 RP768 207 ROD SHAPE-DETERMINING PROTEIN MREB (mreB) #6 RP769 300 unknown Motif 1 AAACCTTGTTAATAAAAACCTAAATAAATATAGAA 3 173 1 CACTATATCAAATAAAAAGTCATAATACAATAATT 2 18 1 ATACAACGCTAATAATAAACAAAAAGAAAACGAGG 2 256 1 TAAGACTGTGAATAAAAAAACAGTTCTATAGAAAA 5 147 0 AATATACAGTAATAACAAAGTAATTAACGAAACAA 6 43 0 ATATACATTGAATAAAATCAAAGAAAATGCTAAAT 0 77 1 TTGTACTCCTAATAATATTAAAGAATCGGTATACG 4 18 1 AGCTGCAAATAATAAAAATTAAATATCT 0 216 1 CGGTATTCAAAAAAACAACTTATAATTTATTTCTA 2 159 1 GAACACTTGCAATAACATCTTTAATTTAATAGATA 0 19 0 TATTATATTTAAAAATATTATAATTGTTAGCTGCA 0 188 1 ATATTGATTTAAAAATATTAGAAAAGCAATATTTT 3 258 1 GAGATACATCAAAAATATAAAAATTTTACTAGACT 6 121 1 TTGACTAGATAATAATTATATAAATTTCACATAAA 6 155 1 GTGTTCTTGAAATAAAAATGATTTTTATCATATAC 0 48 1 TATACCGTTGAAAAAAAATTTATTATATCTATATA 4 152 1 TATTAATAATATCTATTAAATTAAAGATG 0 4 1 TAATGTATATAATAATATCTTTCTTGCATGGATTC 3 30 1 CGAAAAATAAAATAACGTAGCAAATTTTTCAAATT 4 110 1 ATATATCTTAAAAAAGAACACTAATATAAAAAATA 4 184 1 TGCTCCATGCAATAACTACTCAGAATCCATGCAAG 3 52 0 AATAATTGAAAATAATTTTGCACTTTAGAATTCTA 3 203 0 AATCTCGTTAAATAATACAAAATTTCTGAGATTGT 6 12 1 TATATACATTAAAAATTTATAAAATACAATT 3 6 0 ATTTAATTTGAAAAATGAAAAATTTGTTGTGTCGC 5 21 1 TCCACACTGGAATAATATAGAATACAACGCTAATA 2 235 1 ***** ** * ** MAP Score: 24.3691 Motif 2 ATACGAAAGCAAATTTCAAAAAGAGCAAAATG 4 48 1 TTTTCTCTCTAAATTTTAAAAACACTTCTATA 5 180 0 ATTGATTTAAAAATATTAGAAAAGCAATATTT 3 260 1 TCTTTTCATTTAATTTGAAAAATGAAAAATTT 5 14 1 TATAATCATTTAATTTGAAAAATTTGCTACGT 4 124 0 ACTTAAAATTTAATTTTATAAAAAGCGAGTGG 5 110 0 AAAAGAACACTAATATAAAAAATATT 4 195 1 TGTTAGCTGCAAATAATAAAAATTAAATATCT 0 212 1 CAATCTCGTTAAATAATACAAAATTTCTGAGA 6 11 1 GACTAGATAATAATTATATAAATTTCACATAA 6 157 1 ATAACATCTTTAATTTAATAGATATTATTAAT 0 11 0 GTACTCCTAATAATATTAAAGAATCGGTATAC 4 20 1 TATACATTAAAAATTTATAAAATACAATT 3 7 0 AGAAAATGCTAAATTTTGTAAAGCTTTCTAAT 0 98 1 GATACATCAAAAATATAAAAATTTTACTAGAC 6 123 1 TTATATTTAAAAATATTATAATTGTTAGCTGC 0 190 1 ACATTGAATAAAATCAAAGAAAATGCTAAATT 0 81 1 GTGGAAGTTCTAATAATTGAAAATAATTTTGC 3 217 0 AGATATATATAGATATAATAAATTTTTTTTCA 4 160 0 ****** * *** MAP Score: 21.9491 Motif 3 TATTAATAATATCTATTAAATTAAAG 0 4 1 ATATGATAAAAATCATTTTTATTTCAAGAACA 0 49 0 AAATGATTTTTATCATATACATTGAATAAAAT 0 63 1 ATATACATTGAATAAAATCAAAGAAAATGCTA 0 77 1 CTAAATAGCAAATCAATTAGAAAGCTTTACAA 0 113 0 GTAGAAACAGTATTATATTTAAAAATATTATA 0 178 1 AGCTGCAAATAATAAAAATTAAATATCT 0 216 1 AGCAGCACTATATCAAATAAAAAGTCATAATA 2 13 1 AGGATCTAGAAATAAATTATAAGTTGTTTTTT 2 168 0 TCCACACTGGAATAATATAGAATACAACGCTA 2 235 1 ATACAACGCTAATAATAAACAAAAAGAAAACG 2 256 1 ATTAAAAATTTATAAAATACAATT 3 2 0 AGAAAGATATTATTATATACATTAAAAATTTA 3 22 0 TAAAGTGCAAAATTATTTTCAATTATTAGAAC 3 211 1 TCCACAAGAGTATAATATTGATTTAAAAATAT 3 244 1 TTGTACTCCTAATAATATTAAAGAATCGGTAT 4 18 1 AAAAAAAATTTATTATATCTATATATATCTTA 4 162 1 AAAAAAGAACACTAATATAAAAAATATT 4 193 1 TCATTTTTCAAATTAAATGAAAAGATATA 5 7 0 ACTCGCTTTTTATAAAATTAAATTTTAAGTTT 5 112 1 ATAAAGAATATATCATTTTTATGAGATACATC 6 99 1 ACTAGATAATAATTATATAAATTTCACATAAA 6 158 1 ******** ** MAP Score: 20.4224 Motif 4 ATTAATAATATCTATTAAATTAAAGATGTTATTG 0 11 1 ATTGCAAGTGTTCTTGAAATAAAAATGATTTTTA 0 41 1 TTTTATTCAATGTATATGATAAAAATCATTTTTA 0 60 0 TCATATACATTGAATAAAATCAAAGAAAATGCTA 0 75 1 GTAGAAACAGTATTATATTTAAAAATATTATAAT 0 178 1 AATTGTTAGCTGCAAATAATAAAAATTAAATATC 0 209 1 GCACACTAAATCCAGGTGATAAAAGCGTGCGTTT 1 29 1 TAAGCAGCACTATATCAAATAAAAAGTCATAATA 2 11 1 AATCACCGAATAAAGGAGATAAAACAGGTCCACA 2 207 1 ACATTAAAAATTTATAAAATACAATT 3 2 0 AAAGATATTATTATATACATTAAAAATTTATAAA 3 18 0 ATTTCTGAACTTGTTTTGTTAAAACTTATAGTTT 3 122 1 ACGTAGCAAATTTTTCAAATTAAATGATTATACC 4 124 1 ATTATATCTATATATATCTTAAAAAAGAACACTA 4 173 1 AAATTTTTCATTTTTCAAATTAAATGAAAAGATA 5 12 0 AACTTAAAATTTAATTTTATAAAAAGCGAGTGGC 5 109 0 AAAACAGTTCTATAGAAAATCAAAACTTAAAATT 5 132 0 TATTTTTCTCTCTAAATTTTAAAAACACTTCTAT 5 181 0 GCAATCTCGTTAAATAATACAAAATTTCTGAGAT 6 10 1 ATATTTTTGATGTATCTCATAAAAATGATATATT 6 105 0 ATGAGATACATCAAAAATATAAAAATTTTACTAG 6 119 1 * ** * ****** MAP Score: 19.9405 Motif 5 GCAAGTGTTCTTGAAATAAAAATGATTTTTATCAT 0 44 1 ATCATATACATTGAATAAAATCAAAGAAAATGCTA 0 74 1 TTATAATATTTTTAAATATAATACTGTTTCTACAA 0 176 0 TTAGCTGCAAATAATAAAAATTAAATATCT 0 214 1 GTCCACGGTATTCAAAAAAACAACTTATAATTTAT 2 154 1 TCCCAGGATCTAGAAATAAATTATAAGTTGTTTTT 2 169 0 CCACACTGGAATAATATAGAATACAACGCTAATAA 2 236 1 AACGCTAATAATAAACAAAAAGAAAACGAGGAATA 2 260 1 GAAAGATATTATTATATACATTAAAAATTTATAAA 3 18 0 AACTATAAGTTTTAACAAAACAAGTTCAGAAATAT 3 120 0 AAAAACCTTGTTAATAAAAACCTAAATAAATATAG 3 171 1 ATAATATTGATTTAAAAATATTAGAAAAGCAATAT 3 255 1 GAAAGCAAATTTCAAAAAGAGCAAAATGTTTTATT 4 52 1 GATTATACCGTTGAAAAAAAATTTATTATATCTAT 4 149 1 TTTTTTAAGATATATATAGATATAATAAATTTTTT 4 164 0 TATATATATCTTAAAAAAGAACACTAATATAAAAA 4 181 1 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GATTTGCTATTTAGAGATCTTGTTTAGCAAAAATTAATAAGGC 0 131 1 TGACTAGATAATAATTATATAAATTTCACATAAAAAGGGGCTG 6 156 1 AATATAATTTGTACTCCTAATAATATTAAAGAA 4 0 1 TGAGAATATATTTCTGAACTTGTTTTGTTAAAACTTATAGTTT 3 113 1 ATAAAGGAGATAAAACAGGTCCACACTGGAATAATATAGAATA 2 216 1 ATTTTTCAAATTAAATGATTATACCGTTGAAAAAAAATTTATT 4 133 1 AGACTGTGAATAAAAAAACAGTTCTATAGAAAATCAAAACTTA 5 137 0 CTTCCACAAGAGTATAATATTGATTTAAAAATATTAGAAAAGC 3 242 1 CACTATATCAAATAAAAAGTCATAATACAATAATTAAAGGGCT 2 18 1 AAATCATTTTTATTTCAAGAACACTTGCAATAACATCTTTAAT 0 29 0 * * * * * * **** MAP Score: 14.8512 Motif 7 TATTAATAATATCTATTAAATTAAAGATGTTAT 0 10 1 TATTTCAAGAACACTTGCAATAACATCTTTAAT 0 29 0 TTTTTATCATATACATTGAATAAAATCAAAGAA 0 69 1 AACAATTATAATATTTTTAAATATAATACTGTT 0 183 0 TGCACACTAAATCCAGGTGATAAAAGCGTGCGT 1 28 1 TAACCACGTCATCCAGTAAAAAACGCACGCTTT 1 50 0 GTGTTCAACAAGCCCTTTAATTATTGTATTATG 2 38 0 GTTTTTTTGAATACCGTGGACAAGCTGCGATGT 2 142 0 TTATTTCTAGATCCTGGGAATAAATCACCGAAT 2 185 1 ACTACTCAGAATCCATGCAAGAAAGATATTATT 3 40 0 TAATATAATGCTCCATGCAATAACTACTCAGAA 3 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