AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i RP/RP_operons015_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237960 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 RP036 300 CLPB PROTEIN (clpB) #1 RP319 264 HEAT SHOCK PROTEIN HSLV (hslV) #2 RP450 99 ATP-DEPENDENT PROTEASE LA (lon) #3 RP520 152 ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE PROTEOLYTIC SUBUNIT (clpP) #4 RP692 114 ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE ATP-BINDING SUBUNIT CLPX (clpX) #5 RP842 300 TRIGGER FACTOR (tig) Motif 1 AATCGGACTTTGTAACTTTTGACAAATTTACTATGATTATGTAT 0 8 1 TTATATAGTTTATAGCAATTTTTAATTATATAATATAGTATCAACT 2 41 0 CAGTTTTTATGTTCTATTCTAGCTTTTGATTATTATCTCACGC 3 7 1 CTTTTTGATTTTTCAATATTTCAAGCATTATAATATTCTATATGCA 0 170 1 AGTCATCTATTTTTGCAATTAGTAAATATTTAGTATAATGACTTAA 5 122 0 ACAAAATTCATATTTTCTGTTATATTAGTCATCTATTTTTGCAATT 5 148 0 GGAACAATAATTAATTAAATTGAATTAGTCAAGTATGCTTGATAAA 1 38 1 CAATGGATGGTATAACATCTTTAATTAATCAAATTTTGGGAGAAAA 3 111 1 ATACAAAAACTATTGCATATTTCAGCTCTATAGTTTATTTTGATTG 5 232 1 ATCAAAGTAATATTATCAATTTTATCTTTCATATTTTTTTGAGATC 0 123 1 TGCTTATAATTTAAAATGCTTACAACAATTTTGTATTCATCAAATA 5 39 0 CAGCAAGGTCTTACTTCTATAGAAATTGTTCAATTTCTGTTAAGTC 5 83 1 TAGTACTTAATTAACAACTTAATATCAATAAATTTTATAT 1 234 1 GTATATCATATAAAATCTTTAGTAACATTTAATTTTTTATAAGCAT 0 50 1 ATTTTGACTATATATTAATACCGATCCAATATTTGATGAATA 5 6 1 GGTATCTAAATCAAAAGACTAACATTGTTATTATTTTTGATCTCAC 3 60 0 GTTCTGGTACTTACACGTATATTACGTATACGCTATGTTCCTCTTG 1 115 1 ATAATATTTTATTCTAAAGTAGAATGATTATTATATGAAGATCAAC 1 184 0 CTATAAACTATATAAATTTTTAAAAAGGTTTTAATTG 2 72 1 TATATGAAAATAGTCTAGTTAAAAATATTGCACTTTATTAATGAAA 0 251 1 * * ** * * * *** MAP Score: 22.8277 Motif 2 ACATAACTGCATATAGAATATTATAATGCTTGAAATA 0 186 0 TTTATATGATATACATAATCATAGTAAATTTGTCAAA 0 27 0 TATTTGATGAATACAAAATTGTTGTAAGCATTTTAAA 5 39 1 TGTTATTTTAATTAAAAATCATTATATGAAAATAGTC 0 229 1 GAAAAATTGTATTCAAAATGCTTATAAAAAATTAAAT 0 76 0 TATGTATATCATATAAAATCTTTAGTAACATTTAATT 0 47 1 AAATATAATTAATAATGGTAGCTTGAAATCCAGT 2 7 1 GAAAGATAAAATTGATAATATTACTTTGATGAATTGC 0 116 0 CTACTTTAGAATAAAATATTATGTTATAGTACTTAAT 1 208 1 ATTTTTAATTATATAATATAGTATCAACTGGATTTCA 2 33 0 GCTATAAACTATATAAATTTTTAAAAAGGTTTTAATT 2 71 1 ATTAGTAAATATTTAGTATAATGACTTAACAGAAATT 5 114 0 ATTCAATTTAATTAATTATTGTTCCTTGAATTTTCAA 1 26 0 GTTTAGTGAGATCAAAAATAATAACAATGTTAGTCTT 3 55 1 ATATAAAATTTATTGATATTAAGTTGT 1 247 0 TGCACGCTATATATAGAATTAATGGATTACTAAA 5 276 1 TCTTACTTCTATAGAAATTGTTCAATTTCTGTTAAGT 5 91 1 ATATTATATAATTAAAAATTGCTATAAACTATATAAA 2 51 1 TTTAGATACCATTGACAATGGATGGTATAACATCTTT 3 96 1 GTTTTACAAAATTCATATTTTCTGTTATATTAGTCAT 5 162 0 *** * *** * ** MAP Score: 19.46 Motif 3 TCAAAAAAATATGAAAGATAAAATTGATAATATTACTTT 0 126 0 TATTTTAATTAAAAATCATTATATGAAAATAGTCTAGTT 0 232 1 AAATTCAAGGAACAATAATTAATTAAATTGAATTAGTCA 1 30 1 TTAGTCAAGTATGCTTGATAAACTTCAAAAATTTGCGTT 1 62 1 TCTAAAGTAGAATGATTATTATATGAAGATCAACTGCAA 1 179 0 TTAACAACTTAATATCAATAAATTTTATAT 1 244 1 TATAATTAAAAATTGCTATAAACTATATAAATTTTTAAA 2 57 1 ATCCATTGTCAATGGTATCTAAATCAAAAGACTAACATT 3 80 0 TTTTCTCCCAAAATTTGATTAATTAAAGATGTTATACCA 3 118 0 GTGGGATTACAATATGTATAAACTAAAAAAAGAAAATTA 4 85 1 GACTTAACAGAAATTGAACAATTTCTATAGAAGTAAGAC 5 90 0 CATTATACTAAATATTTACTAATTGCAAAAATAGATGAC 5 128 1 TGCTAACTGTGAGTTTTACAAAATTCATATTTTCTGTTA 5 172 0 TATAGCGTGCAATCAAAATAAACTATAGAGCTGAAATAT 5 248 0 TTTAGTAATCCATTAATTCTATATATAGCGTGC 5 277 0 ** ***** * * * MAP Score: 16.9533 Motif 4 GCCTTGAAAATTCAAGGAACAATAATTAATTAAATTGAATT 1 23 1 TCAACTGGATTTCAAGCTACCATTATTAATTATATTT 2 6 0 TCTTTAACACAACAACCCGCAATCAATAAGTGGGATTACAA 4 56 1 GTACTTAATTAACAACTTAATATCAATAAATTTTATAT 1 236 1 TTAATACCGATCCAATATTTGATGAATACAAAATTGTTGTA 5 24 1 ATTTACTAATTGCAAAAATAGATGACTAATATAACAGAAAA 5 141 1 CTCTTGTTATTTTAATTAAAAATCATTATATGAAAATAGTC 0 225 1 AATATTTTATTCTAAAGTAGAATGATTATTATATGAAGATC 1 187 0 CTAGCAATTCATCAAAGTAATATTATCAATTTTATCTTTCA 0 113 1 TTTAGTAACATTTAATTTTTTATAAGCATTTTGAATACAAT 0 67 1 GTAACTTTTGACAAATTTACTATGATTATGTATATCATATA 0 21 1 TATGTTCTATTCTAGCTTTTGATTATTATCTCACGCGTGTT 3 17 1 TTTGAAGTTTATCAAGCATACTTGACTAATTCAATTTAATT 1 50 0 CCTTGCTGCTTATAATTTAAAATGCTTACAACAATTTTGTA 5 50 0 ATCCAGTTGATACTATATTATATAATTAAAAATTGCTATAA 2 37 1 AATAGGATTATACAAAAACTATTGCATATTTCAGCTCTATA 5 223 1 ATAAATAACATATTTTCATTAATAAAGTGCAATA 0 276 0 * *** ** * ** * MAP Score: 15.01 Motif 5 AATCGGACTTTGTAACTTTTGACAAATTTACTATGATT 0 9 1 TCATATAAAATCTTTAGTAACATTTAATTTTTTATAAGC 0 55 1 TGAGATCTCTTTTTGATTTTTCAATATTTCAAGCATTAT 0 162 1 TCTCTTGTTATTTTAATTAAAAATCATTATATGAAAATA 0 224 1 TAACATATTTTCATTAATAAAGTGCAATATTTTTAACTA 0 266 0 CAAGGAACAATAATTAATTAAATTGAATTAGTCAAGTAT 1 35 1 TGATATTAAGTTGTTAATTAAGTACTATAACATAATATT 1 222 0 ATATAAAATTTATTGATATTAAGTTGTTAA 1 244 0 TTTATAGCAATTTTTAATTATATAATATAGTATCAACTG 2 40 0 TAAAACCTTTTTAAAAATTTATATAGTTTATAGCAATTT 2 66 0 AATGTTAGTCTTTTGATTTAGATACCATTGACAATGGAT 3 80 1 TAATTTTCTTTTTTTAGTTTATACATATTGTAATCCCAC 4 85 0 ATTTTGACTATATATTAATACCGATCCAAT 5 1 1 ACCTTGCTGCTTATAATTTAAAATGCTTACAACAATTTT 5 53 0 ATATTTAGTATAATGACTTAACAGAAATTGAACAATTTC 5 104 0 TAAGTCATTATACTAAATATTTACTAATTGCAAAAATAG 5 123 1 ATATTTCAGCTCTATAGTTTATTTTGATTGCACGCTATA 5 248 1 * * * *** * *** MAP Score: 13.5521 Motif 6 TTAGCAATGCTTAATCCTAATAGGATTATACAAAAACTA 5 205 1 CTTTTTGCAGTTGATCTTCATATAATAATCATTCTACTT 1 175 1 TATAGCAATTTTTAATTATATAATATAGTATCAACTGGA 2 38 0 AAGTTGTTAATTAAGTACTATAACATAATATTTTATTCT 1 215 0 TTGCACTTTATTAATGAAAATATGTTATTTAT 0 278 1 TATTGCATATTTCAGCTCTATAGTTTATTTTGATTGCAC 5 242 1 ATATAAAATCTTTAGTAACATTTAATTTTTTATAAGCAT 0 57 1 TGTTAGTCTTTTGATTTAGATACCATTGACAATGGATGG 3 82 1 TGACTATATATTAATACCGATCCAATATTTGATGAATAC 5 14 1 TTCCTAGCAATTCATCAAAGTAATATTATCAATTTTATC 0 110 1 AATTAACAACTTAATATCAATAAATTTTATAT 1 242 1 ACTTGACTAATTCAATTTAATTAATTATTGTTCCTTGAA 1 33 0 CTCTTGTTATTTTAATTAAAAATCATTATATGAAAATAG 0 225 1 AAAAATTGCTATAAACTATATAAATTTTTAAAAAGGTTT 2 64 1 ATTATCAATTTTATCTTTCATATTTTTTTGAGATCTCTT 0 134 1 TTTCAATATTTCAAGCATTATAATATTCTATATGCAGTT 0 180 1 TATGATATACATAATCATAGTAAATTTGTCAAAAGTTAC 0 21 0 ** * *** *** * MAP Score: 13.0328 Motif 7 AATCGGACTTTGTAACTTTTGACAAATTTACTATGATTA 0 9 1 AATTAAATGTTACTAAAGATTTTATATGATATACATAATC 0 44 0 CTTTAGTAACATTTAATTTTTTATAAGCATTTTGAATACA 0 66 1 AAAATTGATAATATTACTTTGATGAATTGCTAGGAAAAAT 0 106 0 TGAGATCTCTTTTTGATTTTTCAATATTTCAAGCATTATA 0 162 1 TATGTATCTCTTGTTATTTTAATTAAAAATCATTATATGA 0 218 1 ATACTTGACTAATTCAATTTAATTAATTATTGTTCCTTGA 1 34 0 CAACGCAAATTTTTGAAGTTTATCAAGCATACTTGACTAA 1 62 0 ATAACATAATATTTTATTCTAAAGTAGAATGATTATTATA 1 195 0 CTTAATTAACAACTTAATATCAATAAATTTTATAT 1 239 1 TTATAGCAATTTTTAATTATATAATATAGTATCAACTGGA 2 38 0 GCTATAAACTATATAAATTTTTAAAAAGGTTTTAATTG 2 71 1 AAATTTGATTAATTAAAGATGTTATACCATCCATTGTCAA 3 107 0 ATTTTGACTATATATTAATACCGATCCAATA 5 1 1 TACAAAATTGTTGTAAGCATTTTAAATTATAAGCAGCAAG 5 50 1 AATTTCTGTTAAGTCATTATACTAAATATTTACTAATTGC 5 114 1 ATAACAGAAAATATGAATTTTGTAAAACTCACAGTTAGCA 5 171 1 ** * * * * * ** * MAP Score: 11.4086 Motif 8 ACTAAAGATTTTATATGATATACATAATCATAGTAAATTT 0 33 0 TTCAAAATGCTTATAAAAAATTAAATGTTACTAAAGATTT 0 62 0 AAGAGATACATAACTGCATATAGAATATTATAATGCTTGA 0 190 0 GTATCTCTTGTTATTTTAATTAAAAATCATTATATGAAAA 0 221 1 CTAGTTAAAAATATTGCACTTTATTAATGAAAATATGTTA 0 265 1 CATACTTGACTAATTCAATTTAATTAATTATTGTTCCTTG 1 35 0 ATGTTCCTCTTGATGTGAACTACTATCTTTTTGCAGTTGA 1 149 1 TTAAGTACTATAACATAATATTTTATTCTAAAGTAGAATG 1 204 0 TAAAATTTATTGATATTAAGTTGTTAATTAAGTACTATAA 1 231 0 ATATAATTAATAATGGTAGCTTGAAATCCAGTTGATACTA 2 12 1 TTTATATAGTTTATAGCAATTTTTAATTATATAATATAGT 2 48 0 ATAAGTGGGATTACAATATGTATAAACTAAAAAAAGAAAA 4 81 1 ATTTTGACTATATATTAATACCGATCCAATATTT 5 4 1 TTTAAAATGCTTACAACAATTTTGTATTCATCAAATATTG 5 36 0 TGTTAAGTCATTATACTAAATATTTACTAATTGCAAAAAT 5 120 1 ATGACTAATATAACAGAAAATATGAATTTTGTAAAACTCA 5 162 1 * ** * ** ** * * MAP Score: 8.37974 Motif 9 TGTATATCATATAAAATCTTTAGTAACATTTAATT 0 49 1 CTTTAGTAACATTTAATTTTTTATAAGCATTTTGA 0 66 1 AGCATTTTGAATACAATTTTTCCTAGCAATTCATC 0 91 1 CATCAAAGTAATATTATCAATTTTATCTTTCATAT 0 122 1 TGAGATCTCTTTTTGATTTTTCAATATTTCAAGCA 0 162 1 ATAACTGCATATAGAATATTATAATGCTTGAAATA 0 186 0 GACTATTTTCATATAATGATTTTTAATTAAAATAA 0 231 0 ATAAATAACATATTTTCATTAATAAAGTG 0 281 0 CTACTTTAGAATAAAATATTATGTTATAGTACTTA 1 208 1 TAACAACTTAATATCAATAAATTTTATAT 1 245 1 AATCCAGTTGATACTATATTATATAATTAAAAATT 2 36 1 TATATAGTTTATAGCAATTTTTAATTATATAATAT 2 51 0 GCTATAAACTATATAAATTTTTAAAAAGGTTTTAA 2 71 1 GAGATCAAAAATAATAACAATGTTAGTCTTTTGAT 3 62 1 AATGGATGGTATAACATCTTTAATTAATCAAATTT 3 112 1 CCGATCCAATATTTGATGAATACAAAATTGTTGTA 5 30 1 TCTTACTTCTATAGAAATTGTTCAATTTCTGTTAA 5 91 1 ATATTTACTAATTGCAAAAATAGATGACTAATATA 5 139 1 ATAACAGAAAATATGAATTTTGTAAAACTCACAGT 5 171 1 *** ** *** ** MAP Score: 2.34038