AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i RP/RP_operons015_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237992 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 RP036 300 CLPB PROTEIN (clpB) #1 RP319 264 HEAT SHOCK PROTEIN HSLV (hslV) #2 RP450 99 ATP-DEPENDENT PROTEASE LA (lon) #3 RP520 152 ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE PROTEOLYTIC SUBUNIT (clpP) #4 RP521 249 30S RIBOSOMAL PROTEIN S1 (rpsA) #5 RP522 300 CYTIDYLATE KINASE (cmk) #6 RP692 114 ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE ATP-BINDING SUBUNIT CLPX (clpX) #7 RP694 300 unknown #8 RP842 300 TRIGGER FACTOR (tig) Motif 1 ACTATAACATAATATTTTATTCTAAAGTAG 1 208 0 AGTAACATTTAATTTTTTATAAGCATTTTG 0 70 1 TGCTTACAACAATTTTGTATTCATCAAATA 8 39 0 TAATATTTTCTCCCAAAATTT 3 141 0 AGCTAATAAAAATTTTTTAAAGGTTAATAA 4 197 0 AGAAAATATGAATTTTGTAAAACTCACAGT 8 176 1 TGTATAAATTCATATTTTCTATATAATATT 7 12 0 TTACAAAATTCATATTTTCTGTTATATTAG 8 166 0 AGAATATTATATAGAAAATATG 7 2 1 AATATCAATAAATTTTATAT 1 254 1 ATACCGATCCAATATTTGATGAATACAAAA 8 27 1 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TCTAATTTTCATTATTACTAAAATTTAAAAACAAAAGGAA 7 65 1 AATCATAGTAAATTTGTCAAAAGTTACAAAGTCCGATT 0 8 0 AGAATATTATAATGCTTGAAATATTGAAAAATCAAAAAGA 0 169 0 CAGAAAGGTGATTTTGATGTTGTTACAAAATGTTTACTGC 5 101 1 AATATAACAGAAAATATGAATTTTGTAAAACTCACAGTTA 8 168 1 AATAGGCTTAATTCTGTATTAAATATAAATAATTATTATT 5 242 1 TCCAGTTGATACTATATTATATAATTAAAAATTGCTATAA 2 38 1 * * * * * * **** MAP Score: 20.1458 Motif 3 TATGTATATCATATAAAATCTTTAGTAACATTTAATT 0 47 1 GAAAAATTGTATTCAAAATGCTTATAAAAAATTAAAT 0 76 0 TATTTGATGAATACAAAATTGTTGTAAGCATTTTAAA 8 39 1 TTTATATGATATACATAATCATAGTAAATTTGTCAAA 0 27 0 GTTTAGTGAGATCAAAAATAATAACAATGTTAGTCTT 3 55 1 TGTTATTTTAATTAAAAATCATTATATGAAAATAGTC 0 229 1 TGTATTAAATATAAATAATTATTATTTGTAACTTGCT 5 256 1 AAATATAATTAATAATGGTAGCTTGAAATCCAGT 2 7 1 GAAAGATAAAATTGATAATATTACTTTGATGAATTGC 0 116 0 ACATAACTGCATATAGAATATTATAATGCTTGAAATA 0 186 0 TGAAAATTCAAGGAACAATAATTAATTAAATTGAATT 1 27 1 TTACTGCGCAAGTTACAATAGTAAGAATGCAAAGCGT 5 134 1 TTTAGATACCATTGACAATGGATGGTATAACATCTTT 3 96 1 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