AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i RP/RP_operons016_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238027
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	RP053	300	ADP,ATP CARRIER PROTEIN (tlc1)
#1	RP055	162	NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE (ndk)
#2	RP377	230	ADP,ATP CARRIER PROTEIN (tlc2)
#3	RP476	300	LIPOPOLYSACCHARIDE 1,2-GLUCOSYLTRANSFERASE (rfaJ)
#4	RP477	68	ADP,ATP CARRIER PROTEIN (tlc3)
#5	RP500	215	ADP,ATP CARRIER PROTEIN (tlc4)
#6	RP739	300	ADP,ATP CARRIER PROTEIN (tlc5)

Motif 1
ATCTTGACACTGTTTTTAAAAATATTATTTT	2	29	1
TAATCTAAGTTGTTTTTAAAAAATACACTAT	3	160	1
CAAATTATGTACTTTTTAAAATATGCACAAG	3	74	0
CAGTGTCAAGATTTTTTAAAAGAGTTTCATA	2	10	0
CAAATAAACAACTTTTTAAAATCCTATCTGA	6	123	1
TTAAAAATATTATTTTTAATACTTAAAGCCT	2	44	1
TATACTCGTTTAATTTTAAAATTGGCTAAGT	5	126	0
TTGCTTGCAATCTCTTTAATAAGACTTGTGC	3	50	1
TTTTATTTTGAATTGTTAAAATTTGTACATT	3	261	1
AGTACCAAGTAGTTGTTAAAAAGCATTAGAT	2	186	0
AAATGTAGAAAATCTTTAATATATAATTCTA	5	167	1
GTATGGGATGAAATTTTAATATTTTACCTTC	0	21	1
TGATTTTAATTGACTTTAAAACTTAAGCGAT	4	10	1
ATTTAAAAGTTAACTTTAATATGTAAGGTTA	4	39	1
ATAATCAAAATATTTTTGATACAAAATTAAA	3	122	0
AACTTTTTGCTCTTGTTGAAATTAAACTGTG	5	42	0
ATTTGTACATTAATTTTGATAAAATATAA  	3	281	1
TAATGAAGATAAACGTTAAAAAGAGCTAAGA	6	35	1
CTCAAGATATAAATTTTAACACAGAGATT  	1	8	0
ACTATGAGCTTATTTTTAGTACCAAGTAGTT	2	203	0
CTTCTATCATATATTTTAGTATAATGTTTAT	0	254	1
          * *********
MAP Score: 24.8869

Motif 2
  AATACTGCATTGTATGGGATGAAATTTTAATATTTTACCT	0	8	1
ATATCAAATAAGCCTTTACAATTTAAAGTTCACTAAATTTTC	0	90	1
AGTTAGTTAACAGTTAATATATAGAAATCAAAATTAAGTAAA	0	136	1
ACATTATACTAAAATATATGATAGAAGTCAAACAAATTGATT	0	239	0
ATTTTAGTATAATGTTTATCTTCAAATAAATAGAAAATTTAA	0	266	1
TTATAGGCTCAAGATATAAATTTTAACACAGAGATT      	1	4	0
TTATATCTTGAGCCTATAAAATCGAATCATAACTTATATCTA	1	27	1
TAAATCTAATAATTTATTATATATAAAGGTTATAAAA     	1	135	1
ACTGTTTTTAAAAATATTATTTTTAATACTTAAAGCCTTATA	2	37	1
GAATAATCAAAATATTTTTGATACAAAATTAAAAGAAAAAGG	3	113	0
ATAAAAAGAGCAAATAAATATTGCAAATAGCAATACCGATTT	3	225	0
TTAATGTACAAATTTTAACAATTCAAAATAAAAAGAGCAAAT	3	252	0
TTGACTTTAAAACTTAAGCGATTTAAAAGTTAACTTTAATAT	4	19	1
         GAATATATGATATAAAATGCAAAATTGATAGAC	5	1	1
ACAAGAGCAAAAAGTTTATAATGCAAGGAGCATTATTAATGC	5	57	1
ACAACTTAGCCAATTTTAAAATTAAACGAGTATATCCTTGAC	5	123	1
AAATGTAGAAAATCTTTAATATATAATTCTAGCCAATAGACA	5	167	1
          **  ***   **  **     *
MAP Score: 19.6752

Motif 3
AGTTGTTTTTAAAAAATACACTATAGACTAGTGGG	3	167	1
TATTGACCCCAAGAAATATCAAATAAGCCTTTACA	0	75	1
TTCCTACGAAAGTAAAAACCTAATAAAAAGCTCTG	2	87	1
TTTCAACAAGAGCAAAAAGTTTATAATGCAAGGAG	5	52	1
GGCTTTAAGTATTAAAAATAATATTTTTAAAAACA	2	39	0
   TATCCTAATTAAATAAAGAATAGCATAATGAA	6	7	1
GAAAGAACTCAATAAACATTTTATTAACTATAGGA	0	197	0
TATTTATTTGAAGATAAACATTATACTAAAATATA	0	263	0
AAGGTGCTGAACTTAATACAATATATTCAGCTTTT	6	173	0
TTTATCTTCAAATAAATAGAAAATTTAATT     	0	280	1
TATTCTTATGACAATACAAAATATTGAAGGTAAAA	0	42	0
TGAAGAACAGAGCATATACATAATATTTGAGCGTC	6	74	1
TAACCTTTATATATAATAAATTATTAGATTTACTG	1	132	0
TCAATTTTGCATTTTATATCATATATTC       	5	3	0
TTCCCCTAAAACTTTAGAGCATATATACTGTTATT	6	216	0
TCATTTAGTTAGTTAACAGTTAATATATAGAAATC	0	130	1
CTTGAGTACAAATAAACAACTTTTTAAAATCCTAT	6	115	1
GATGTGAAAAAGAAAACAATTTTTACTTAATTTTG	0	164	0
GATTTACTGCATAAACTATCTTATAAAGAGGAATT	1	106	0
AGTTCTTTCTAGAAAAAATCAATTTGTTTGACTTC	0	223	1
CAATAGACATAGGTTAGACTCAATA          	5	200	1
TTATAGGCTCAAGATATAAATTTTAACACAGAGAT	1	11	0
          *  *** * * ****
MAP Score: 15.726

Motif 4
GTCAATATTCTTATGACAATACAAAATATTGAAGG	0	47	0
CAATTTAAAGTTCACTAAATTTTCATTTAGTTAGT	0	108	1
GAAATCAAAATTAAGTAAAAATTGTTTTCTTTTTC	0	159	1
CATCCTATAGTTAATAAAATGTTTATTGAGTTCTT	0	195	1
TTGAGTTCTTTCTAGAAAAAATCAATTTGTTTGAC	0	220	1
   AATCTCTGTGTTAAAATTTATATCTTGAGCCT	1	7	1
ATGAAACTCTTTTAAAAAATCTTGACACTGTTTTT	2	11	1
TTGACACTGTTTTTAAAAATATTATTTTTAATACT	2	32	1
TCATTTTACTTTCTCTAAATTTCCATTGAGTGACA	2	152	1
TACCAAGTAGTTGTTAAAAAGCATTAGATGTCACT	2	180	0
AATTATGTACTTTTTAAAATATGCACAAGTCTTAT	3	68	0
CAAAATATTTTTGATACAAAATTAAAAGAAAAAGG	3	113	0
ATCTAAGTTGTTTTTAAAAAATACACTATAGACTA	3	162	1
TTATTTTGAATTGTTAAAATTTGTACATTAATTTT	3	263	1
TGTACATTAATTTTGATAAAATATAA         	3	284	1
TTGACTTAAATGTAGAAAATCTTTAATATATAATT	5	160	1
AATAAACAACTTTTTAAAATCCTATCTGAGTACAC	6	125	1
CACTAAATTCTTGACAAAAAGCTGAATATATTGTA	6	157	1
GAAATATCTTTTCATAAAATCTTGAAGTGCTTAAC	6	248	1
          ** * ***** *  *
MAP Score: 12.5429

Motif 5
          AATCTCTGTGTTAAAATTTATATCTTGAGCCT	1	0	1
ATGTTTATTGAGTTCTTTCTAGAAAAAATCAATTTGTTTGAC	0	213	1
  AATACTGCATTGTATGGGATGAAATTTTAATATTTTACCT	0	8	1
      TATAAATCCCTAAGGACAAAAAAAAAAGTTAAGCAC	6	274	0
TTAAACGAGTATATCCTTGACTTAAATGTAGAAAATCTTTAA	5	144	1
      TATGAAACTCTTTTAAAAAATCTTGACACTGTTTTT	2	4	1
TCTGGATAATATTGAATTAGTATAAAAGTGCAATTCATTTTA	2	118	1
ATTTTAGTATAATGTTTATCTTCAAATAAATAGAAAATTTAA	0	266	1
TGAGCGTCACAGTACTTGAGTACAAATAAACAACTTTTTAAA	6	101	1
TTTAGGGGAAATATCTTTTCATAAAATCTTGAAGTGCTTAAC	6	241	1
TTAACTGTTAACTAACTAAATGAAAATTTAGTGAACTTTAAA	0	111	0
GTGCAATTCATTTTACTTTCTCTAAATTTCCATTGAGTGACA	2	145	1
TGAGTACACTAAATTCTTGACAAAAAGCTGAATATATTGTAT	6	151	1
GTTAGTTAACAGTTAATATATAGAAATCAAAATTAAGTAAAA	0	137	1
AATAATCAAAATATTTTTGATACAAAATTAAAAGAAAAAGGA	3	112	0
CCTTATATGTAGTCATTCCTACGAAAGTAAAAACCTAATAAA	2	72	1
      TGATTTTAATTGACTTTAAAACTTAAGCGATTTAAA	4	4	1
ACCTATGTCTATTGGCTAGAATTATATATTAAAGATTTTCTA	5	172	0
TAATAAGACTTGTGCATATTTTAAAAAGTACATAATTTGAAG	3	66	1
AAATCTAATAATTTATTATATATAAAGGTTATAAAA      	1	136	1
ACTAGTCTATAGTGTATTTTTTAAAAACAACTTAGATTATTA	3	157	0
          * *  **      **** *  *
MAP Score: 10.5125

Motif 6
AGGTAAAATATTAAAATTTCATCCCATACAATG	0	17	0
ATATTTTACCTTCAATATTTTGTATTGTCATAA	0	39	1
TTAAAGTTCACTAAATTTTCATTTAGTTAGTTA	0	112	1
ACAATTTTTACTTAATTTTGATTTCTATATATT	0	151	0
AAAGAACTCAATAAACATTTTATTAACTATAGG	0	198	0
TTATTTGAAGATAAACATTATACTAAAATATAT	0	262	0
        AATTAAATTTTCTATTTATTTGAAG	0	285	0
AATCTCTGTGTTAAAATTTATATCTTGAGCCTA	1	10	1
      TTTTATAACCTTTATATATAATAAATT	1	145	0
GACACTGTTTTTAAAAATATTATTTTTAATACT	2	34	1
TTATTAGGTTTTTACTTTCGTAGGAATGACTAC	2	80	0
TTTATACTAATTCAATATTATCCAGAGCTTTTT	2	111	0
TTTACTTTCTCTAAATTTCCATTGAGTGACATC	2	156	1
TCCTTTTTCTTTTAATTTTGTATCAAAAATATT	3	112	1
TTAATGAATAATCAAAATATTTTTGATACAAAA	3	127	0
TTTTGAATTGTTAAAATTTGTACATTAATTTTG	3	266	1
CATATTAAAGTTAACTTTTAAATCGCTTAAGTT	4	29	0
TCCTTGCATTATAAACTTTTTGCTCTTGTTGAA	5	53	0
GAATTATATATTAAAGATTTTCTACATTTAAGT	5	163	0
TTAGCTCTTTTTAACGTTTATCTTCATTATGCT	6	31	0
TAAACAACTTTTTAAAATCCTATCTGAGTACAC	6	127	1
AGTTAAGCACTTCAAGATTTTATGAAAAGATAT	6	251	0
TCTTGAAGTGCTTAACTTTTTTTTTTGTCCTTA	6	267	1
          ***** *** * *
MAP Score: 7.20976

Motif 7
CTGCATTGTATGGGATGAAATTTTAATATTTTACCT	0	14	1
AATAAGCCTTTACAATTTAAAGTTCACTAAATTTTC	0	96	1
TTTTCATTTAGTTAGTTAACAGTTAATATATAGAAA	0	127	1
ACATCCTATAGTTAATAAAATGTTTATTGAGTTCTT	0	194	1
TATCATATATTTTAGTATAATGTTTATCTTCAAATA	0	258	1
TATGAAACTCTTTTAAAAAATCTTGACACTGTTTTT	2	10	1
TTAAAAATATTATTTTTAATACTTAAAGCCTTATAT	2	44	1
GACTTGTGCATATTTTAAAAAGTACATAATTTGAAG	3	72	1
GCCTCTCCTTTTTCTTTTAATTTTGTATCAAAAATA	3	107	1
TTGCTCTTTTTATTTTGAATTGTTAAAATTTGTACA	3	254	1
TTATATTTTATCAAAATTAATGTACAAATTTTAACA	3	274	0
TGATTTTAATTGACTTTAAAACTTAAGCGATTTAAA	4	10	1
TAAAACTTAAGCGATTTAAAAGTTAACTTTAATATG	4	26	1
GAGTATATCCTTGACTTAAATGTAGAAAATCTTTAA	5	150	1
CCTATCTGAGTACACTAAATTCTTGACAAAAAGCTG	6	145	1
AAGCTGAATATATTGTATTAAGTTCAGCACCTTCAG	6	175	1
TAACAGTATATATGCTCTAAAGTTTTAGGGGAAATA	6	218	1
GGAAATATCTTTTCATAAAATCTTGAAGTGCTTAAC	6	247	1
          *    * ******* *
MAP Score: 1.20954