AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i RP/RP_operons016_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944238056 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 RP053 300 ADP,ATP CARRIER PROTEIN (tlc1) #1 RP054 72 GLYCEROL-3-PHOSPHATE TRANSPORTER (glpT) #2 RP055 162 NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE (ndk) #3 RP377 230 ADP,ATP CARRIER PROTEIN (tlc2) #4 RP379 300 3-DEOXY-MANNO-OCTULOSONATE CYTIDYLYLTRANSFERASE (kdsB) #5 RP476 300 LIPOPOLYSACCHARIDE 1,2-GLUCOSYLTRANSFERASE (rfaJ) #6 RP477 68 ADP,ATP CARRIER PROTEIN (tlc3) #7 RP500 215 ADP,ATP CARRIER PROTEIN (tlc4) #8 RP739 300 ADP,ATP CARRIER PROTEIN (tlc5) Motif 1 TGCTTGCAATCTCTTTAATAAGACTTGTGC 5 51 1 AAATAAACAACTTTTTAAAATCCTATCTGA 8 124 1 ACTCTTTGCTCTTTTTAAAATTGATCTTCA 4 108 0 AAATTATGTACTTTTTAAAATATGCACAAG 5 74 0 AATGTAGAAAATCTTTAATATATAATTCTA 7 168 1 TAAAAATATTATTTTTAATACTTAAAGCCT 3 45 1 TAAAAATAATATTTTTAAAAACAGTGTCAA 3 32 0 TTTAAAAGTTAACTTTAATATGTAAGGTTA 6 40 1 ACATCTAATGCTTTTTAACAACTACTTGGT 3 184 1 TATGGGATGAAATTTTAATATTTTACCTTC 0 22 1 CAACTTAGCCAATTTTAAAATTAAACGAGT 7 124 1 ATTCAAATTCCTCTTTATAAGATAGTTTAT 2 101 1 TATGAAACTCTTTTAAAAAATCTTGAC 3 7 1 TTATCCAGAGCTTTTTATTAGGTTTTTACT 3 97 0 GTTTTAGAAGCTTTTTTATATTTTTTTACA 1 14 0 AATCTAAGTTGTTTTTAAAAAATACACTAT 5 161 1 AAATGAATTGCACTTTTATACTAATTCAAT 3 128 0 GATTTTAATTGACTTTAAAACTTAAGCGAT 6 11 1 ACTCAATAAACATTTTATTAACTATAGGAT 0 196 0 TCAAGATATAAATTTTAACACAGAGATT 2 8 0 TTAATGTACAAATTTTAACAATTCAAAATA 5 264 0 AAAAACTACAAACTTTATTAAGACAACGTA 4 167 1 TATTAAAGTTAACTTTTAAATCGCTTAAGT 6 30 0 GAGCTACGAGCTCTTAAATATGTAGCAATA 4 78 1 AAGCTCTTAGCTCTTTTTAACGTTTATCTT 8 40 0 TTATTTTTTAATTTTAAATATAGGCAGTTT 4 280 1 ********** MAP Score: 27.8923 Motif 2 GATGTGAAAAAGAAAACAATTTTTACTTAATTTTGAT 0 162 0 GAAAGAACTCAATAAACATTTTATTAACTATAGGATG 0 195 0 GTAAAAAAATATAAAAAAGCTTCTAAAACCTGAATCT 1 15 1 GATTTACTGCATAAACTATCTTATAAAGAGGAATTTG 2 104 0 TATGCAGTAAATCTAATAATTTATTATATATAAAGGT 2 128 1 TTTAAGTATTAAAAATAATATTTTTAAAAACAGTGTC 3 34 0 TTCCTACGAAAGTAAAAACCTAATAAAAAGCTCTGGA 3 87 1 TTTTAAAAAGAGCAAAGAGTTTATCAATTGAGGAATG 4 118 1 AACACAAAAAACTACAAACTTTATTAAGACAACGTAG 4 161 1 CTAATCTGTCAACAATTATTTTTTAATTTTAAATATA 4 265 1 TTAATTTTGTATCAAAAATATTTTGATTATTCATTAA 5 123 1 TTTTTTAAAAACAACTTAGATTATTAATGAATAATCA 5 146 0 AAATAAAAAGAGCAAATAAATATTGCAAATAGCAATA 5 232 0 TTTCAACAAGAGCAAAAAGTTTATAATGCAAGGAGCA 7 52 1 ATGCATGAGTACTACAGAGCTTATTAAGACAACTTAG 7 95 1 AGAATTATATATTAAAGATTTTCTACATTTAAGTCAA 7 160 0 CTTGAGTACAAATAAACAACTTTTTAAAATCCTATCT 8 115 1 AAAGTTTTAGGGGAAATATCTTTTCATAAAATCTTGA 8 236 1 * *** * ** * ** MAP Score: 23.4338 Motif 3 TCTTGGGGTCAATATTCTTATGACAATACAAAATATTGAAGG 0 47 0 ATGTTTATTGAGTTCTTTCTAGAAAAAATCAATTTGTTTGAC 0 213 1 TAAATTTTCTATTTATTTGAAGATAAACATTATACTAAAATA 0 265 0 AATTTGTAAAAAAATATAAAAAAGCTTCTAAAACCTGAA 1 7 1 TCTCCAATTCAAATTCCTCTTTATAAGATAGTTTATGCAGTA 2 95 1 AGTATTAAAAATAATATTTTTAAAAACAGTGTCAAGATTTTT 3 25 0 AAAACCTAATAAAAAGCTCTGGATAATATTGAATTAGTATAA 3 101 1 TTTTAGTACCAAGTAGTTGTTAAAAAGCATTAGATGTCACTC 3 179 0 AGCAATATGAAGATCAATTTTAAAAAGAGCAAAGAGTTTATC 4 101 1 TTTTTCTTTTAATTTTGTATCAAAAATATTTTGATTATTCAT 5 115 1 TAATAATCTAAGTTGTTTTTAAAAAATACACTATAGACTAGT 5 157 1 TAAAAAGAGCAAATAAATATTGCAAATAGCAATACCGATTTT 5 224 0 TAAAATTTGTACATTAATTTTGATAAAATATAA 5 277 1 TGATAGACACAGTTTAATTTCAACAAGAGCAAAAAGTTTATA 7 35 1 TATATCCTTGACTTAAATGTAGAAAATCTTTAATATATAATT 7 153 1 AATCTTTAATATATAATTCTAGCCAATAGACATAGGTTAGAC 7 177 1 AATAAAGAATAGCATAATGAAGATAAACGTTAAAAAGAGCTA 8 21 1 AAGAGCTAAGAGCTTAATATGAAGAACAGAGCATATACATAA 8 55 1 ATCTGAGTACACTAAATTCTTGACAAAAAGCTGAATATATTG 8 148 1 GTTTTAGGGGAAATATCTTTTCATAAAATCTTGAAGTGCTTA 8 239 1 TATAAATCCCTAAGGACAAAAAAAAAAGTTAAGCA 8 275 0 * * * * ** ** * * MAP Score: 19.0274 Motif 4 TTATTAAGACAACGTAGCCATTCTTTAAACAGATCGAAT 4 181 1 TTATTAAGACAACTTAGCCAATTTTAAAATTAAACGAGT 7 115 1 ACTAAATGAAAATTTAGTGAACTTTAAATTGTAAAGGCT 0 100 0 AAACAGATCGAATATTGAATATATTCAAAAATATGTTTT 4 207 1 CCTTGACTTAAATGTAGAAAATCTTTAATATATAATTCT 7 158 1 TTATTTTTAGTACCAAGTAGTTGTTAAAAAGCATTAGAT 3 186 0 TATGTAGCAATATGAAGATCAATTTTAAAAAGAGCAAAG 4 96 1 AGAGGCTTCAAATTATGTACTTTTTAAAATATGCACAAG 5 74 0 ACTCAATGGAAATTTAGAGAAAGTAAAATGAATTGCACT 3 144 0 AGCTCTGGATAATATTGAATTAGTATAAAAGTGCAATTC 3 115 1 TATATTTTAGTATAATGTTTATCTTCAAATAAATAGAAA 0 263 1 TAAACTATCTTATAAAGAGGAATTTGAATTGGAGACATC 2 91 0 AGAATAGCATAATGAAGATAAACGTTAAAAAGAGCTAAG 8 26 1 ATTCATTAATAATCTAAGTTGTTTTTAAAAAATACACTA 5 151 1 ACTTGAGTACAAATAAACAACTTTTTAAAATCCTATCTG 8 114 1 TTGGTACTAAAAATAAGCTCATAGTAAATTA 3 209 1 ATTGACTTTAAAACTTAAGCGATTTAAAAGTTAACTTTA 6 18 1 TTAAGTATTAAAAATAATATTTTTAAAAACAGTGTCAAG 3 31 0 AATATATAGAAATCAAAATTAAGTAAAAATTGTTTTCTT 0 151 1 TTGCTCTTTTTATTTTGAATTGTTAAAATTTGTACATTA 5 254 1 TTAAAATTTATATCTTGAGCCTATAAAATCGAATCATAA 2 20 1 AATTTTCATTTAGTTAGTTAACAGTTAATATATAGAAAT 0 125 1 AAGTTAACTTTAATATGTAAGGTTACAATAAAA 6 45 1 TATGAAACTCTTTTAAAAAATCTTGACAC 3 0 1 ACATTTTATTAACTATAGGATGTGAAAAAGAAAACAATT 0 178 0 ATATTTTTGATACAAAATTAAAAGAAAAAGGAGAGGCTT 5 105 0 ** *** ** *** MAP Score: 19.0041 Motif 5 TCTTTTTCACATCCTATAGTTAATAAAATGTTTATTGA 0 186 1 GAGGCTTCAAATTATGTACTTTTTAAAATATGCACAAG 5 74 0 CCACTAGTCTATAGTGTATTTTTTAAAAACAACTTAGA 5 163 0 ACTCAATGGAAATTTAGAGAAAGTAAAATGAATTGCAC 3 145 0 ATGACAATACAAAATATTGAAGGTAAAATATTAAAATT 0 32 0 TTAAGTATTAAAAATAATATTTTTAAAAACAGTGTCAA 3 32 0 AGTAAATCTAATAATTTATTATATATAAAGGTTATAAA 2 133 1 GAATATATGATATAAAATGCAAAATTGATAGACA 7 6 1 TGATTTTAATTGACTTTAAAACTTAAGCGA 6 2 1 AATATATTCAATATTCGATCTGTTTAAAGAATGGCTAC 4 194 0 TTTGTACATTAATTTTGATAAAATATAA 5 282 1 TTAATGTACAAATTTTAACAATTCAAAATAAAAAGAGC 5 256 0 GTTAACAGTTAATATATAGAAATCAAAATTAAGTAAAA 0 141 1 TTAAATGTAGAAAATCTTTAATATATAATTCTAGCCAA 7 165 1 ACTAAATGAAAATTTAGTGAACTTTAAATTGTAAAGGC 0 101 0 GAATAATCAAAATATTTTTGATACAAAATTAAAAGAAA 5 117 0 AGCTCTGGATAATATTGAATTAGTATAAAAGTGCAATT 3 115 1 ATTGATCTTCATATTGCTACATATTTAAGAGCTCGTAG 4 81 0 TCTGTCAACAATTATTTTTTAATTTTAAATATAGGCAG 4 269 1 AGTCAAGGATATACTCGTTTAATTTTAAAATTGGCTAA 7 128 0 TTGAGTACAAATAAACAACTTTTTAAAATCCTATCTGA 8 116 1 GTAAAAAAATATAAAAAAGCTTCTAAAACCTGAATCTT 1 15 1 TTATTTGAAGATAAACATTATACTAAAATATATGATAG 0 257 0 TATCTTCATTATGCTATTCTTTATTTAATTAGGATA 8 8 0 ATTTTATGAAAAGATATTTCCCCTAAAACTTTAGAGCA 8 230 0 GCTTTTTAACAACTACTTGGTACTAAAAATAAGCTCAT 3 193 1 GAATAGCATAATGAAGATAAACGTTAAAAAGAGCTAAG 8 27 1 CAATTGAGGAATGCAGCTTAACACAAAAAACTACAAAC 4 142 1 TGCATTAATAATGCTCCTTGCATTATAAACTTTTTGCT 7 62 0 TATTAAAGTTAACTTTTAAATCGCTTAAGTTTTAAAGT 6 22 0 TTTATCTTCAAATAAATAGAAAATTTAATT 0 280 1 ** * * * ***** MAP Score: 18.5773 Motif 6 TCTCCTCAACTATAAAAAGTAAGATTCAGGTT 1 41 0 TTTAATTGACTTTAAAACTTAAGCGATTTAAA 6 14 1 ACTTAAGCGATTTAAAAGTTAACTTTAATATG 6 30 1 AGGCTTTAAGTATTAAAAATAATATTTTTAAA 3 43 0 GAATATATGATATAAAATGCAAAATTGATAGA 7 10 1 ACTTAGCCAATTTTAAAATTAAACGAGTATAT 7 126 1 TTCAAATAAATAGAAAATTTAATT 0 286 1 AAAAGTTAACTTTAATATGTAAGGTTACAATA 6 43 1 GTAGAAAATCTTTAATATATAATTCTAGCCAA 7 171 1 CAATACAAAATATTGAAGGTAAAATATTAAAA 0 34 0 ACAGTTAATATATAGAAATCAAAATTAAGTAA 0 145 1 TTATATTTTATCAAAATTAATGTACAAATT 5 280 0 ATAGTGTATTTTTTAAAAACAACTTAGATTAT 5 159 0 AGGCTCAAGATATAAATTTTAACACAGAGATT 2 10 0 ATCTTGAGCCTATAAAATCGAATCATAACTTA 2 31 1 AACTACTTGGTACTAAAAATAAGCTCATAGTA 3 203 1 TATATTTAAAATTAAAAAATAATTGTTGACAG 4 270 0 TTTAGTGAACTTTAAATTGTAAAGGCTTATTT 0 95 0 GTTCAGCACCTTCAGAATGTAATAACAGTATA 8 196 1 TTGTGCATATTTTAAAAAGTACATAATTTGAA 5 75 1 AATGGAAATTTAGAGAAAGTAAAATGAATTGC 3 147 0 TCTAATAATTTATTATATATAAAGGTTATAAA 2 139 1 TCCTTAATCTTATTCAAGGTAAAGATCGGCTA 5 18 1 GGACCCTTTGATTAAAAGTCAAATGCTCTACC 4 42 1 AAAATTAATGTACAAATTTTAACAATTCAAAA 5 266 0 TTTTCTATTTATTTGAAGATAAACATTATACT 0 271 0 ******* *** MAP Score: 15.1717 Motif 7 AATTTAAAGTTCACTAAATTTTCATTTAGTTAGTTAACAGTTA 0 109 1 AACTATAGGATGTGAAAAAGAAAACAATTTTTACTTAATTTTG 0 164 0 ATCCTATAGTTAATAAAATGTTTATTGAGTTCTTTCTAGAAAA 0 196 1 ATAATGTTTATCTTCAAATAAATAGAAAATTTAATT 0 274 1 AATTTGTAAAAAAATATAAAAAAGCTTCTAAAACCTGAA 1 6 1 TGAAACTCTTTTAAAAAATCTTGACACTGTTTTTAAAAATATT 3 12 1 ATATTGAATTAGTATAAAAGTGCAATTCATTTTACTTTCTCTA 3 126 1 TGAAGATCAATTTTAAAAAGAGCAAAGAGTTTATCAATTGAGG 4 108 1 ATTATGTACTTTTTAAAATATGCACAAGTCTTATTAAAGAGAT 5 59 0 GATACAAAATTAAAAGAAAAAGGAGAGGCTTCAAATTATGTAC 5 93 0 ACTTAGATTATTAATGAATAATCAAAATATTTTTGATACAAAA 5 127 0 TATCGTGTCCTAAGAAAATCGGTATTGCTATTTGCAATATTTA 5 210 1 TATTTTGAATTGTTAAAATTTGTACATTAATTTTGATAAAATA 5 264 1 ATTTTAATTGACTTTAAAACTTAAGCGATTTAAAAGTTAACTT 6 12 1 CACAGTTTAATTTCAACAAGAGCAAAAAGTTTATAATGCAAGG 7 42 1 TATCCTAATTAAATAAAGAATAGCATAATGAAGATAAA 8 5 1 GAGCTTAATATGAAGAACAGAGCATATACATAATATTTGAGCG 8 64 1 TCACAGTACTTGAGTACAAATAAACAACTTTTTAAAATCCTAT 8 107 1 ACTAAATTCTTGACAAAAAGCTGAATATATTGTATTAAGTTCA 8 158 1 AAATATCTTTTCATAAAATCTTGAAGTGCTTAACTTTTTTTTT 8 249 1 * * **** * ** * MAP Score: 3.40366