AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i RP/RP_operons017_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238087
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	RP332	300	unknown
#1	RP333	32	CAPD PROTEIN (capD)
#2	RP336	32	unknown
#3	RP344	32	CAPM PROTEIN (capM1)
#4	RP414	300	CAPM PROTEIN (capM2)
#5	RP446	300	GLYCOSYL TRANSFERASE (lgtD)
#6	RP779	245	UDP-GLUCOSE 6-DEHYDROGENASE (udg)

Motif 1
TTATACTATAAGTATAACTAATGCAATGAT	0	28	0
TTATACTTATAGTATAACAATAATACTGAA	0	41	1
ATAATACTGAAATATAAAAAAATTAGATTT	0	60	1
TTTCTATACTTGAATAAAAATTGATACTGT	0	136	0
TTTTTATTCAAGTATAGAAAAATCTAGAAA	0	146	1
AAAATCTAGAAATATTAAAATTTGTATAAA	0	164	1
TATTAAAATTTGTATAAAAAGTAATAAGGA	0	176	1
        TATATATAAATACCTAATTTTA	1	20	0
TATTAAAATAATTATTAAAA          	3	0	0
TATAATCATAAAAATTAAAATCCATTAAAT	4	14	0
AAGCTTTATTATTATAAATATAATCATAAA	4	32	0
TATCTATGGCAAAATTAGTAAAAACTAAAA	4	90	1
AGTAAAAACTAAAATAACTAATTTAGTTAT	4	106	1
TAGTTATAGAAGAATAAAAAACTATGGAGA	4	129	1
CTGATTTCACAGTAAAAAAAGTGACAAATT	4	274	1
TAGTGATGTTAGTATAAATAGTTATCGTTT	5	63	1
AAAATAAGAATAAATAAAAAAGGTACCACT	5	146	0
TATTCCTATGAAAATAAGAATAAATAAAAA	5	156	0
TATTAAAGCAAAAATTAAAAAATTATATTT	5	216	1
TTAAATCTGAAAAATTAGAATTTATAGTAT	5	245	1
TAGAATTTATAGTATAAATAGTTTTATTAC	5	260	1
GTTCTATCTGAGTATAGAAAGCTTTTATCA	6	35	0
AAAGATCCATAATATAAAAAGCTGAAGCTG	6	120	0
AATGAAGAGTAGTATAAGAATCAACTTCAG	6	158	0
TATAACGTATAATTTAAAAATTTAATATAA	6	210	1
TTAAAAATTTAATATAAAAATCACAAAAAA	6	223	1
          **********
MAP Score: 35.6962

Motif 2
AGTATAACAATAATACTGAAATATAAAAAAATTAGATTTT	0	51	1
ATAACTAATTTAGTTATAGAAGAATAAAAAACTATGGAGA	4	119	1
TTTAAAAATTTAATATAAAAATCACAAAAAATT       	6	222	1
ATTAAAAAATTATATTTTAAATCTGAAAAATTAGAATTTA	5	229	1
GCTTTATTATTATAAATATAATCATAAAAATTAAAATCCA	4	20	0
TCTATGGCAAAATTAGTAAAAACTAAAATAACTAATTTAG	4	92	1
ACACTTGGAATATAACGTATAATTTAAAAATTTAATATAA	6	200	1
CAGAAGCTAGAATAGGAGCAATCTTAAACAGTTTCTATAT	4	195	1
TCACAGTAAAAAAAGTGACAAATTAAAATA          	4	280	1
AAATGATAGATAGTGATGTTAGTATAAATAGTTATCGTTT	5	53	1
ACTATTTAAATAAACAATTAACTACAAAACCAGAATCTTA	5	102	0
TCTGAAAAATTAGAATTTATAGTATAAATAGTTTTATTAC	5	250	1
AATTATTATTTAGATAGAAAAGATATAATAAGCTTTATTA	4	51	0
TAATAGATAATATTAAAGCAAAAATTAAAAAATTATATTT	5	206	1
AATCTCAATCTATTAAAATAATTATTAAAA          	3	0	0
TTTATTCAAGTATAGAAAAATCTAGAAATATTAAAATTTG	0	148	1
ATTCCTATGAAAATAAGAATAAATAAAAAAGGTACCACTG	5	145	0
AATTATTACTTAATCGCATATTTTAAAATCTAATTTTTTT	0	75	0
CTTGTAAATCTATTGAAATATGATAAAAGCTTTCTATACT	6	15	1
 CTTCTTGAAAAGATATGCATATTCAAATAATATTCAGTA	5	9	1
TTTCTATATCTAAAAAATATTCGTAAAACAGACCTTTAGA	4	226	1
GAAATATTAAAATTTGTATAAAAAGTAATAAGGATAAATT	0	172	1
TTTTCATAGGAATAAATCTAATATTTAAGACTTTTAATAG	5	172	1
ATGGAGACTGAAATTAAATTAGCAATAATATGCTATGTAA	4	152	1
          ** *     **  * *** *
MAP Score: 26.5485

Motif 3
AAATATAATCATAAAAATTAAAATCCATTAAAT	4	14	0
       TAAAATAAAAGTACAACAATCATTGC	0	3	1
AGAAAAATCTAGAAATATTAAAATTTGTATAAA	0	161	1
GGGTGCGATAAAAAATAATATAACC        	0	285	1
AATTTTTCAGATTTAAAATATAATTTTTTAATT	5	228	0
TTATTTAGATAGAAAAGATATAATAAGCTTTAT	4	53	0
AAAAATTAGAATTTATAGTATAAATAGTTTTAT	5	254	1
CATTAGTTATACTTATAGTATAACAATAATACT	0	35	1
TATGAAAATAAGAATAAATAAAAAAGGTACCAC	5	147	0
AAGCTTTATTATTATAAATATAATCATAAAAAT	4	29	0
TGGAGACTGAAATTAAATTAGCAATAATATGCT	4	153	1
TATCTATGGCAAAATTAGTAAAAACTAAAATAA	4	90	1
ATCTATTAAAATAATTATTAAAA          	3	0	0
AAATCTATTGAAATATGATAAAAGCTTTCTATA	6	20	1
AAGATATATTATTTATGATAGAAAGGGTGCGAT	0	261	1
AATAATACTGAAATATAAAAAAATTAGATTTTA	0	59	1
AACGATAACTATTTATACTAACATCACTATCTA	5	59	0
TAACTAATTTAGTTATAGAAGAATAAAAAACTA	4	120	1
AATAGATAATATTAAAGCAAAAATTAAAAAATT	5	207	1
TATAATTTAAAAATTTAATATAAAAATCACAAA	6	217	1
TCTTAAGATTACATAAACGATAACTATTTATAC	5	74	0
TAAAATTTGTATAAAAAGTAATAAGGATAAATT	0	179	1
ACTGTAGACTATTTAAATAAACAATTAACTACA	5	116	0
TTTCACAGTAAAAAAAGTGACAAATTAAAATA 	4	278	1
TAGTATAAATAGTTTTATTACCATTGACATGTT	5	269	1
AATGAAGAGTAGTATAAGAATCAACTTCAGAAA	6	155	0
          * ***** ** **
MAP Score: 26.2122

Motif 4
TCATTGCATTAGTTATACTTATAGTATAACAATAATACTGAA	0	29	1
ATACTGAAATATAAAAAAATTAGATTTTAAAATATGCGATTA	0	63	1
ATTAAGTAATAATTAAATCTAATGTTTTAGAACTTACAGTAT	0	101	1
TACAGTATCAATTTTTATTCAAGTATAGAAAAATCTAGAAAT	0	135	1
AGAAAAATCTAGAAATATTAAAATTTGTATAAAAAGTAATAA	0	161	1
GTGGATCATGACATATTGTGAGCTATGTAAAAAACCTTATTG	0	217	1
TTTCTATCATAAATAATATATCTTTACAATAAGGTTTTTTAC	0	243	0
ATTATTTATGATAGAAAGGGTGCGATAAAAAATAATATAACC	0	268	1
       TATATATAAATACCTAATTTTACAATTAACTG   	1	7	0
TATAATCATAAAAATTAAAATCCATTAAATATCT        	4	2	0
TAGAAAAGATATAATAAGCTTTATTATTATAAATATAATCAT	4	35	0
TTCTATCTAAATAATAATTATCTATGGCAAAATTAGTAAAAA	4	72	1
TTCAGTCTCCATAGTTTTTTATTCTTCTATAACTAAATTAGT	4	122	0
AACTATGGAGACTGAAATTAAATTAGCAATAATATGCTATGT	4	148	1
AATATTTTTTAGATATAGAAACTGTTTAAGATTGCTCCTATT	4	205	0
ATTTCACAGTAAAAAAAGTGACAAATTAAAATA         	4	277	1
  CTTCTTGAAAAGATATGCATATTCAAATAATATTCAGTAA	5	8	1
AACATAAATGATAGATAGTGATGTTAGTATAAATAGTTATCG	5	48	1
ATTTAAATAAACAATTAACTACAAAACCAGAATCTTAAGATT	5	97	0
TTTTTTATTTATTCTTATTTTCATAGGAATAAATCTAATATT	5	155	1
AAGACTTTTAATAGATAATATTAAAGCAAAAATTAAAAAATT	5	198	1
AAAATTAAAAAATTATATTTTAAATCTGAAAAATTAGAATTT	5	226	1
TGTCAATGGTAATAAAACTATTTATACTATAAATTCTAATTT	5	256	0
TGAGCTTGTAAATCTATTGAAATATGATAAAAGCTTTCTATA	6	11	1
AATCAACTTCAGAAAGAACCAAAGATCCATAATATAAAAAGC	6	128	0
TGTATACCTCAAATAAATGAAGAGTAGTATAAGAATCAACTT	6	161	0
ATACACTTGGAATATAACGTATAATTTAAAAATTTAATATAA	6	198	1
          * * ***   *   *   * **
MAP Score: 26.1609