AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i RP/RP_operons017_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944238113 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 RP332 300 unknown #1 RP333 32 CAPD PROTEIN (capD) #2 RP336 32 unknown #3 RP344 32 CAPM PROTEIN (capM1) #4 RP414 300 CAPM PROTEIN (capM2) #5 RP446 300 GLYCOSYL TRANSFERASE (lgtD) #6 RP779 245 UDP-GLUCOSE 6-DEHYDROGENASE (udg) Motif 1 GATTGTTGTACTTTTATTTTA 0 1 0 ATCATTGCATTAGTTATACTTATAGTATAA 0 28 1 TTCAGTATTATTGTTATACTATAAGTATAA 0 41 0 AAATCTAATTTTTTTATATTTCAGTATTAT 0 60 0 ACAGTATCAATTTTTATTCAAGTATAGAAA 0 136 1 TTTCTAGATTTTTCTATACTTGAATAAAAA 0 146 0 TTTATACAAATTTTAATATTTCTAGATTTT 0 164 0 TCCTTATTACTTTTTATACAAATTTTAATA 0 176 0 GGTTATATTATTTTTTATCGCACCC 0 285 0 TAAAATTAGGTATTTATATATA 1 20 1 TTTTAATAATTATTTTAATA 3 0 1 ATTTAATGGATTTTAATTTTTATGATTATA 4 14 1 TTTATGATTATATTTATAATAATAAAGCTT 4 32 1 TTTTAGTTTTTACTAATTTTGCCATAGATA 4 90 0 ATAACTAAATTAGTTATTTTAGTTTTTACT 4 106 0 TCTCCATAGTTTTTTATTCTTCTATAACTA 4 129 0 AATTTGTCACTTTTTTTACTGTGAAATCAG 4 274 0 AAACGATAACTATTTATACTAACATCACTA 5 63 0 AGTGGTACCTTTTTTATTTATTCTTATTTT 5 146 1 TTTTTATTTATTCTTATTTTCATAGGAATA 5 156 1 TTAATTTTTGCTTTAATATTATCTATTAAA 5 204 0 AAATATAATTTTTTAATTTTTGCTTTAATA 5 216 0 AAAAATTATATTTTAAATCTGAAAAATTAG 5 233 1 ATACTATAAATTCTAATTTTTCAGATTTAA 5 245 0 GTAATAAAACTATTTATACTATAAATTCTA 5 260 0 TGATAAAAGCTTTCTATACTCAGATAGAAC 6 35 1 CAGCTTCAGCTTTTTATATTATGGATCTTT 6 120 1 CTGAAGTTGATTCTTATACTACTCTTCATT 6 158 1 TTATATTAAATTTTTAAATTATACGTTATA 6 210 0 TTTTTTGTGATTTTTATATTAAATTTTTAA 6 223 0 ********** MAP Score: 35.4903 Motif 2 TTACATAGCATATTATTGCTAATTTAATTTCAGTCTC 4 155 0 TCTGAAAAATTAGAATTTATAGTATAAATAGTTTTAT 5 250 1 ACCTCAAATAAATGAAGAGTAGTATAAGAATCAACTT 6 161 0 TGAGCTATGTAAAAAACCTTATTGTAAAGATATATTA 0 235 1 AGCAAAAATTAAAAAATTATATTTTAAATCTGAAAAA 5 222 1 ATACTTGAATAAAAATTGATACTGTAAGTTCTAAAAC 0 124 0 AGAAAGAACCAAAGATCCATAATATAAAAAGCTGAAG 6 123 0 ACTTATAGTATAACAATAATACTGAAATATAAAAAAA 0 45 1 ATTATTTAGATAGAAAAGATATAATAAGCTTTATTAT 4 50 0 GTATAAAAAGTAATAAGGATAAATTAATTAGTGGATC 0 187 1 CTCAATCTATTAAAATAATTATTAAAA 3 0 0 GAAAGGGTGCGATAAAAAATAATATAACC 0 281 1 GTTATACTATAAGTATAACTAATGCAATGATTGTTGT 0 22 0 CTAGAAATATTAAAATTTGTATAAAAAGTAATAAGGA 0 169 1 TAATTATCTATGGCAAAATTAGTAAAAACTAAAATAA 4 86 1 ACTTCTAACATGTCAATGGTAATAAAACTATTTATAC 5 271 0 ATTCCTATGAAAATAAGAATAAATAAAAAAGGTACCA 5 148 0 AATTTTTTGTGATTTTTATATTAAATTTTTAAAT 6 221 0 CTTCTTGAAAAGATATGCATATTCAAATAATATTCAG 5 10 1 ACACTTGGAATATAACGTATAATTTAAAAATTTAATA 6 200 1 TAAAATAAAAGTACAACAATCATTGCATT 0 2 1 TAATTTTTATGATTATATTTATAATAATAAAGCTTAT 4 27 1 TAGTAAAAACTAAAATAACTAATTTAGTTATAGAAGA 4 105 1 GACTTTTAATAGATAATATTAAAGCAAAAATTAAAAA 5 200 1 AAATGATAGATAGTGATGTTAGTATAAATAGTTATCG 5 53 1 ** ** ** * *** MAP Score: 30.5769 Motif 3 AGTATAACAATAATACTGAAATATAAAAAAATTAGATTTT 0 51 1 ATTAAAAAATTATATTTTAAATCTGAAAAATTAGAATTTA 5 229 1 ATAACTAATTTAGTTATAGAAGAATAAAAAACTATGGAGA 4 119 1 TTTAAAAATTTAATATAAAAATCACAAAAAATT 6 222 1 GCTTTATTATTATAAATATAATCATAAAAATTAAAATCCA 4 20 0 TCTATGGCAAAATTAGTAAAAACTAAAATAACTAATTTAG 4 92 1 CAGAAGCTAGAATAGGAGCAATCTTAAACAGTTTCTATAT 4 195 1 TCACAGTAAAAAAAGTGACAAATTAAAATA 4 280 1 ACACTTGGAATATAACGTATAATTTAAAAATTTAATATAA 6 200 1 AATTATTATTTAGATAGAAAAGATATAATAAGCTTTATTA 4 51 0 AAATGATAGATAGTGATGTTAGTATAAATAGTTATCGTTT 5 53 1 TAATAGATAATATTAAAGCAAAAATTAAAAAATTATATTT 5 206 1 AATCTCAATCTATTAAAATAATTATTAAAA 3 0 0 TCTGAAAAATTAGAATTTATAGTATAAATAGTTTTATTAC 5 250 1 ACTATTTAAATAAACAATTAACTACAAAACCAGAATCTTA 5 102 0 ATTCCTATGAAAATAAGAATAAATAAAAAAGGTACCACTG 5 145 0 TTTATTCAAGTATAGAAAAATCTAGAAATATTAAAATTTG 0 148 1 TTTTCATAGGAATAAATCTAATATTTAAGACTTTTAATAG 5 172 1 GAAATATTAAAATTTGTATAAAAAGTAATAAGGATAAATT 0 172 1 CTTCTTGAAAAGATATGCATATTCAAATAATATTCAGTA 5 9 1 CTTGTAAATCTATTGAAATATGATAAAAGCTTTCTATACT 6 15 1 AATTATTACTTAATCGCATATTTTAAAATCTAATTTTTTT 0 75 0 TTTCTATATCTAAAAAATATTCGTAAAACAGACCTTTAGA 4 226 1 ATGGAGACTGAAATTAAATTAGCAATAATATGCTATGTAA 4 152 1 ** * ** * *** * MAP Score: 26.5485 Motif 4 ACTGAAATATAAAAAAATTAGATTTTAAAATATG 0 65 1 AGAAAAATCTAGAAATATTAAAATTTGTATAAAA 0 161 1 TAAAATTTGTATAAAAAGTAATAAGGATAAATTA 0 179 1 AAAACCTTATTGTAAAGATATATTATTTATGATA 0 247 1 AAAGGGTGCGATAAAAAATAATATAACC 0 282 1 TATATATAAATACCTAATTTTACAATTAAC 1 12 0 TCAATCTATTAAAATAATTATTAAAA 3 2 0 AAATATAATCATAAAAATTAAAATCCATTAAATA 4 13 0 AAGCTTTATTATTATAAATATAATCATAAAAATT 4 28 0 TTATTTAGATAGAAAAGATATAATAAGCTTTATT 4 52 0 TATCTATGGCAAAATTAGTAAAAACTAAAATAAC 4 90 1 AGTAAAAACTAAAATAACTAATTTAGTTATAGAA 4 106 1 TACATAGCATATTATTGCTAATTTAATTTCAGTC 4 157 0 TTAAACAGTTTCTATATCTAAAAAATATTCGTAA 4 218 1 TAGTGATGTTAGTATAAATAGTTATCGTTTATGT 5 63 1 TATGAAAATAAGAATAAATAAAAAAGGTACCACT 5 146 0 TTTTCATAGGAATAAATCTAATATTTAAGACTTT 5 172 1 TTTAAGACTTTTAATAGATAATATTAAAGCAAAA 5 195 1 AAGCAAAAATTAAAAAATTATATTTTAAATCTGA 5 221 1 ATTTTAAATCTGAAAAATTAGAATTTATAGTATA 5 242 1 TAGAATTTATAGTATAAATAGTTTTATTACCATT 5 260 1 TACACTTGGAATATAACGTATAATTTAAAAATTT 6 199 1 ACGTATAATTTAAAAATTTAATATAAAAATCACA 6 214 1 * **** ** *** MAP Score: 17.7811 Motif 5 ATAGTATAACAATAATACTGAAATATAAAAAAATTAG 0 49 1 TATGCGATTAAGTAATAATTAAATCTAATGTTTTAGA 0 95 1 TTTTAGAACTTACAGTATCAATTTTTATTCAAGTATA 0 125 1 ATTTTTATTCAAGTATAGAAAAATCTAGAAATATTAA 0 145 1 AAAAATCTAGAAATATTAAAATTTGTATAAAAAGTAA 0 163 1 AGTTAATTGTAAAATTAGGTATTTATATATA 1 11 1 TAATGGATTTTAATTTTTATGATTATATTTATAATAA 4 17 1 TAGATAGAAAAGATATAATAAGCTTTATTATTATAAA 4 44 0 TTTCTATCTAAATAATAATTATCTATGGCAAAATTAG 4 71 1 TAGTTATTTTAGTTTTTACTAATTTTGCCATAGATAA 4 89 0 TTAGTTATAGAAGAATAAAAAACTATGGAGACTGAAA 4 128 1 AGCAATCTTAAACAGTTTCTATATCTAAAAAATATTC 4 211 1 TATGTTACTGAATATTATTTGAATATGCATATCTTTT 5 17 0 AGATTACATAAACGATAACTATTTATACTAACATCAC 5 65 0 GAATAAATCTAATATTTAAGACTTTTAATAGATAATA 5 181 1 TATTAAAGCAAAAATTAAAAAATTATATTTTAAATCT 5 216 1 TTTAAATCTGAAAAATTAGAATTTATAGTATAAATAG 5 244 1 TTGAGCTTGTAAATCTATTGAAATATGATAAAAGCTT 6 10 1 ATGACTTAGCAAATTTTTGGAGTTCTATCTGAGTATA 6 49 0 TTCAGCTTTTTATATTATGGATCTTTGGTTCTTTCTG 6 124 1 ATTTTTATATTAAATTTTTAAATTATACGTTATATTC 6 207 0 AATTTTTTGTGATTTTTATATTAAATTT 6 227 0 ** * ** * ** ** MAP Score: 16.9533 Motif 6 TAAAATAAAAGTACAACAATCATTGCATTAGTT 0 3 1 CATTAGTTATACTTATAGTATAACAATAATACTGAAATAT 0 35 1 TAACAATAATACTGAAATATAAAAAAATTAGATTTTAAAA 0 55 1 TAATAATTAAATCTAATGTTTTAGAACTTACAGTATCAAT 0 107 1 TTATTCAAGTATAGAAAAATCTAGAAATATTAAAATTTGT 0 149 1 ATTTATCCTTATTACTTTTTATACAAATTTTAATATTTCT 0 171 0 AGCTCACAATATGTCATGATCCACTAATTAATTTATCCTT 0 201 0 AAAAACCTTATTGTAAAGATATATTATTTATGATAGAAAG 0 246 1 GATAGAAAGGGTGCGATAAAAAATAATATAACC 0 277 1 TATATATAAATACCTAATTTTACAATTAACTG 1 3 0 ATAATCATAAAAATTAAAATCCATTAAATATCT 4 3 0 TTTAATTTTTATGATTATATTTATAATAATAAAGCTTATT 4 25 1 TATCTTTTCTATCTAAATAATAATTATCTATGGCAAAATT 4 66 1 AATTATCTATGGCAAAATTAGTAAAAACTAAAATAACTAA 4 87 1 TAACTAATTTAGTTATAGAAGAATAAAAAACTATGGAGAC 4 120 1 ATCTTAAACAGTTTCTATATCTAAAAAATATTCGTAAAAC 4 215 1 TTGAAAAGATATGCATATTCAAATAATATTCAGTAACATA 5 14 1 TATTCCTATGAAAATAAGAATAAATAAAAAAGGTACCACT 5 146 0 TTATTTTCATAGGAATAAATCTAATATTTAAGACTTTTAA 5 169 1 TTTAATAGATAATATTAAAGCAAAAATTAAAAAATTATAT 5 204 1 TATATTTTAAATCTGAAAAATTAGAATTTATAGTATAAAT 5 239 1 CTAACATGTCAATGGTAATAAAACTATTTATACTATAAAT 5 264 0 CTTCAGAAAGAACCAAAGATCCATAATATAAAAAGCTGAA 6 124 0 CAAATAAATGAAGAGTAGTATAAGAATCAACTTCAGAAAG 6 154 0 CATTTATTTGAGGTATACACTTGGAATATAACGTATAATT 6 184 1 TTGGAATATAACGTATAATTTAAAAATTTAATATAAAAAT 6 204 1 * ** * * *** ** MAP Score: 5.6182 Motif 7 CTTATAGTATAACAATAATACTGAAATATAAAAAAATTAG 0 46 1 AACATTAGATTTAATTATTACTTAATCGCATATTTTAAAA 0 87 0 TTTCTATACTTGAATAAAAATTGATACTGTAAGTTCTAAA 0 126 0 TATTCAAGTATAGAAAAATCTAGAAATATTAAAATTTGTA 0 150 1 TATTAAAATTTGTATAAAAAGTAATAAGGATAAATTAATT 0 176 1 TTGTGAGCTATGTAAAAAACCTTATTGTAAAGATATATTA 0 232 1 ATTGTAAAGATATATTATTTATGATAGAAAGGGTGCGATA 0 255 1 CAGTTAATTGTAAAATTAGGTATTTATATATA 1 8 1 AATCTCAATCTATTAAAATAATTATTAAAA 3 0 0 TATAATCATAAAAATTAAAATCCATTAAATATCT 4 4 0 ATAGAAAAGATATAATAAGCTTTATTATTATAAATATAAT 4 38 0 TTCTATCTAAATAATAATTATCTATGGCAAAATTAGTAAA 4 72 1 TGGCAAAATTAGTAAAAACTAAAATAACTAATTTAGTTAT 4 96 1 TAGTTATAGAAGAATAAAAAACTATGGAGACTGAAATTAA 4 129 1 AGACTGAAATTAAATTAGCAATAATATGCTATGTAAGAGC 4 156 1 GAGCAGAAGCTAGAATAGGAGCAATCTTAAACAGTTTCTA 4 192 1 GATTTCACAGTAAAAAAAGTGACAAATTAAAATA 4 276 1 CTTCTTGAAAAGATATGCATATTCAAATAATATTC 5 5 1 TGCATATTCAAATAATATTCAGTAACATAAATGATAGATA 5 25 1 GATTACATAAACGATAACTATTTATACTAACATCACTATC 5 61 0 GTAGACTATTTAAATAAACAATTAACTACAAAACCAGAAT 5 106 0 TATTCCTATGAAAATAAGAATAAATAAAAAAGGTACCACT 5 146 0 TAATTTTTGCTTTAATATTATCTATTAAAAGTCTTAAATA 5 193 0 TCAGATTTAAAATATAATTTTTTAATTTTTGCTTTAATAT 5 215 0 TTAAATCTGAAAAATTAGAATTTATAGTATAAATAGTTTT 5 245 1 GTAAATCTATTGAAATATGATAAAAGCTTTCTATACTCAG 6 18 1 GGTATACACTTGGAATATAACGTATAATTTAAAAATTTAA 6 195 1 AAAAATTTAATATAAAAATCACAAAAAATT 6 225 1 ** **** * ** * MAP Score: 0.527822