AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i RP/RP_operons018_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238132
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	RP213	300	S-ADENOSYLMETHIONINE:tRNA RIBOSYLTRANSFERASE-ISOMERASE (queA)
#1	RP385	300	HOLLIDAY JUNCTION DNA HELICASE RUVA (ruvA)
#2	RP386	56	HOLLIDAY JUNCTION DNA HELICASE RUVB (ruvB)
#3	RP437	169	unknown
#4	RP438	70	RECOMBINATION PROTEIN RECR (recR)
#5	RP721	300	QUEUINE TRNA-RIBOSYLTRANSFERASE (tgt)
#6	RP865	149	DNA POLYMERASE III SUBUNITS GAMMA AND TAU (dnaX)

Motif 1
ATTACAGAATATATTAAACTTATTACTATTGTAATGGT	0	21	1
   TGTTTAAATATTACTTTAAGTATTAATTGCTAAAA	0	275	0
TATAGTATATATATTAGTTGAATTATTAGTAATAAATA	0	181	1
  CAGTAATAATATTTTTAAAAGTAATATCTTAGCATA	5	274	0
TATAATACGAATATTAAGATATTTAATATAAGATTTTA	0	222	0
AGGATCTTTAATCTTAATTGTTATATTAAAATATTAGT	5	237	1
TTAATATAAGATTTTAGTTTATTTATTACTAATAATTC	0	200	0
ATATAATAGGATATTATTGAAAATACAAGATATGACTT	0	113	0
TAATATATAAATATTATCAATACTTTTATTCCTATTAG	5	201	1
AATAAATTTAATTTTTAATTTAGTATTTTTACTATATA	3	100	1
ACAGCACAATATCTTAGATAATATATAAATATTATCAA	5	183	1
TATTGCGAGAATTTTTTAAAATTTTGTAAATAGCTTTA	5	47	0
TAAAATATTTATTTTTTTCTGTTTTATATATTGTAGTA	1	102	1
TCCATCTTCCATATTAGTTATAGTATATATATTAGTTG	0	163	1
TATTCACTATATCTTAGCAGCAATTATTACCGCGTTAC	1	220	1
         TATATTTGGTTAATTTAAAAAATTGAGGC	4	1	1
CTAATATGGAATTTTTCTTCTACTTTTTCTTTATAC  	5	8	0
AAAAAAATAAATATTTTATAAAATTTTTCATGTCAAAT	1	82	0
GCATAAAACTATTTTTTAGCTATTATATTCGATTTTAA	2	25	1
TGTTTTATATATTGTAGTAACAATAATAATTGCTTATA	1	121	1
GCACATTGTAATTTTTATTACTTTATATTTCAATTTTC	3	50	0
   AAAGGTTATGTTAATTATGCTAGTAGTGGGCATTG	6	7	1
TTTTATCCACATGGTAACAAAAATTATAGTAAATTTGA	1	24	0
ATTATTTTTGATTTTTAATATTTTTTATTTCATTATAT	3	133	0
CTAAAAAATGATTATTATGATTATAATACGAATATTAA	0	243	0
          ** ***     * ** **
MAP Score: 33.5096

Motif 2
TACAGAATATATTAAACTTATTACTATTGTAATGGTAG	0	23	1
AAAATCTTATATTAAATATCTTAATATTCGTATTATAA	0	223	1
GTTAAAACTCATATACATTTTTATTAATCAGCTCCTGT	5	94	0
TTTTTTAGCAATTAATACTTAAAGTAATATTTAAACA 	0	273	1
TTAAATTAAAATATAGCATAAAACTATTTTTTAGCTAT	2	10	1
TTCAACTAATATATATACTATAACTAATATGGAAGATG	0	165	0
GCAACACTTTATATATATTTAAATTAGTTGCAACAGCA	5	151	1
ATATAATGAAATAAAAAATATTAAAAATCAAAAATAAT	3	133	1
CAATGTGATAATCAAATTTACTATAATTTTTGTTACCA	1	13	1
GAAAATTGAAATATAAAGTAATAAAAATTACAATGTGC	3	50	1
TTTATTTATTACTAATAATTCAACTAATATATATACTA	0	183	0
TAATTGGTTAAGCAATGATACTAGTAATGACCCACAGA	6	92	0
AGATATTACTTTTAAAAATATTATTACTG         	5	281	1
AACAATTAAGATTAAAGATCCTAATAGGAATAAAAGTA	5	221	0
 AAAGGTTATGTTAATTATGCTAGTAGTGGGCATTGCT	6	9	1
TTTCTGTTTTATATATTGTAGTAACAATAATAATTGCT	1	117	1
ACAATATCTTAGATAATATATAAATATTATCAATACTT	5	188	1
TTTTATTTCATTATATAGTAAAAATACTAAATTAAAAA	3	111	0
ATTTGATTAGATATAATAGGATATTATTGAAAATACAA	0	123	0
AAAGCTATTTACAAAATTTTAAAAAATTCTCGCAATAC	5	48	1
AAAAGTAATATCTTAGCATACTAATATTTTAATATAAC	5	256	0
TAAATTAAAAATTAAATTTATTATAAAGATGGAAGCAC	3	84	0
TTACCGCGTTACCAACACTAATTTTAATATGTAGTAAC	1	246	1
ACAGAAAAAAATAAATATTTTATAAAATTTTTCATGTC	1	86	0
          ** **   *  ** ** *
MAP Score: 25.1707

Motif 3
AAATAAACTAAAATCTTATATTAAATATCTTAATATTCGTATTA	0	214	1
TTTCTGTTTTATATATTGTAGTAACAATAATAATTGCTTATATG	1	117	1
TATATAGTAAAAATACTAAATTAAAAATTAAATTTATTATAAAG	3	94	0
ACAATATCTTAGATAATATATAAATATTATCAATACTTTTATTC	5	188	1
ACGGTATATTACAGAATATATTAAACTTATTACTATTGTAATGG	0	14	1
TTTTAATATAACAATTAAGATTAAAGATCCTAATAGGAATAAAA	5	224	0
AATGACTATTAATTGGTTAAGCAATGATACTAGTAATGACCCAC	6	95	0
GAAAATTGAAATATAAAGTAATAAAAATTACAATGTGCTTCCAT	3	50	1
ATGCTAAGATATTACTTTTAAAAATATTATTACTG         	5	275	1
AGAAATAATTATTCAAAGAAAAAATTATTACATTT         	3	1	0
TTTACTATATAATGAAATAAAAAATATTAAAAATCAAAAATAAT	3	127	1
  GTATAAAGAAAAAGTAGAAGAAAAATTCCATATTAGTTAAAG	5	8	1
AAATATATATAAAGTGTTGCTGAAAAATAGTAATCGCTCGTTAA	5	127	0
AATATATAAAACAGAAAAAAATAAATATTTTATAAAATTTTTCA	1	90	0
TTTAGCAATTAATACTTAAAGTAATATTTAAACA          	0	276	1
      ATTCAATGTGATAATCAAATTTACTATAATTTTTGTTA	1	4	1
          AAAGGTTATGTTAATTATGCTAGTAGTGGGCATT	6	0	1
TGGTAGTACAACACGTTTAATTAAATTGTTTACTGCTTCAAAAG	0	55	1
AAAAGCAAAAAATAATAGCCTCAATTTTTTAAATTAACCAAATA	4	12	0
GAGTATTGCGAGAATTTTTTAAAATTTTGTAAATAGCTTTAACT	5	44	0
CATCTTCCATATTAGTTATAGTATATATATTAGTTGAATTATTA	0	165	1
TAATTGCTAAAAAATGATTATTATGATTATAATACGAATATTAA	0	243	0
ATTTGATTAGATATAATAGGATATTATTGAAAATACAAGATATG	0	117	0
          * *   *  *  **  **   * *
MAP Score: 24.8452

Motif 4
TTTAATATATTCTGTAATATACCGTAATA          	0	0	0
TATTACAGAATATATTAAACTTATTACTATTGTAATGGT	0	20	1
TAATAATTCAACTAATATATATACTATAACTAATATGGA	0	170	0
AGTAATAAATAAACTAAAATCTTATATTAAATATCTTAA	0	208	1
TTATATTAAATATCTTAATATTCGTATTATAATCATAAT	0	229	1
    TGTTTAAATATTACTTTAAGTATTAATTGCTAAAA	0	275	0
AATCAAATTTACTATAATTTTTGTTACCATGTGGATAAA	1	22	1
TATTTTTTTCTGTTTTATATATTGTAGTAACAATAATAA	1	111	1
ACCAACACTAATTTTAATATGTAGTAACAGTAAGAATAA	1	256	1
      TTAAATTAAAATATAGCATAAAACTATTTTTTA	2	4	1
          TATTTAAAATCGAATATAATAGCTAAAAA	2	37	0
TCTCAAGAAAATTGAAATATAAAGTAATAAAAATTACAA	3	44	1
TAGTATTTTTACTATATAATGAAATAAAAAATATTAAAA	3	120	1
TTGCGAGAATTTTTTAAAATTTTGTAAATAGCTTTAACT	5	44	0
CAGGAGCTGATTAATAAAAATGTATATGAGTTTTAACGA	5	95	1
AACAGCACAATATCTTAGATAATATATAAATATTATCAA	5	182	1
CTAAGATATTACTTTTAAAAATATTATTACTG       	5	278	1
    AAAGGTTATGTTAATTATGCTAGTAGTGGGCATTG	6	6	1
          * * *** **    **  *
MAP Score: 12.2531

Motif 5
AGTAATAAGTTTAATATATTCTGTAATATACCGTAATA 	0	9	0
TGCCACTTGAAAAGTCATATCTTGTATTTTCAATAATAT	0	102	1
TCAACTAATATATATACTATAACTAATATGGAAGATGGA	0	163	0
AGTTGAATTATTAGTAATAAATAAACTAAAATCTTATAT	0	196	1
TTATATTAAATATCTTAATATTCGTATTATAATCATAAT	0	229	1
TAATTGCTAAAAAATGATTATTATGATTATAATACGAAT	0	248	0
TTTTTAGCAATTAATACTTAAAGTAATATTTAAACA   	0	274	1
GGTAACAAAAATTATAGTAAATTTGATTATCACATTGAA	1	11	0
TTTGACATGAAAAATTTTATAAAATATTTATTTTTTTCT	1	83	1
AAATATTTATTTTTTTCTGTTTTATATATTGTAGTAACA	1	104	1
TATTATTCACTATATCTTAGCAGCAATTATTACCGCGTT	1	217	1
ATTCTTACTGTTACTACATATTAAAATTAGTGTTGGTAA	1	254	0
     ATAATTTATTTCTTGTTATTCTTACTGTTACTAC	1	276	0
        TTAAATTAAAATATAGCATAAAACTATTTTT	2	2	1
AGCATAAAACTATTTTTTAGCTATTATATTCGATTTTAA	2	24	1
AGAGAAATAATTATTCAAAGAAAAAATTATTACATTT  	3	8	0
TTATATTTCAATTTTCTTGAGAGAAATAATTATTCAAAG	3	27	0
CACATTGTAATTTTTATTACTTTATATTTCAATTTTCTT	3	48	0
TGCTTCCATCTTTATAATAAATTTAATTTTTAATTTAGT	3	85	1
TTTATTTCATTATATAGTAAAAATACTAAATTAAAAATT	3	109	0
TTATTTTTGATTTTTAATATTTTTTATTTCATTATATAG	3	131	0
GTTAATTTAAAAAATTGAGGCTATTATTTTTTGCTTTTC	4	18	1
ATATGGAATTTTTCTTCTACTTTTTCTTTATAC      	5	4	0
GAAAAATTCCATATTAGTTAAAGCTATTTACAAAATTTT	5	29	1
TCAGCAACACTTTATATATATTTAAATTAGTTGCAACAG	5	148	1
GCAACAGCACAATATCTTAGATAATATATAAATATTATC	5	180	1
ATTAGGATCTTTAATCTTAATTGTTATATTAAAATATTA	5	234	1
GTATGCTAAGATATTACTTTTAAAAATATTATTACTG  	5	273	1
CTGTGGGTCATTACTAGTATCATTGCTTAACCAATTAAT	6	93	1
          *** *  *   *   ****
MAP Score: 10.654