AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i RP/RP_operons018_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238159
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	RP213	300	S-ADENOSYLMETHIONINE:tRNA RIBOSYLTRANSFERASE-ISOMERASE (queA)
#1	RP385	300	HOLLIDAY JUNCTION DNA HELICASE RUVA (ruvA)
#2	RP386	56	HOLLIDAY JUNCTION DNA HELICASE RUVB (ruvB)
#3	RP437	169	unknown
#4	RP438	70	RECOMBINATION PROTEIN RECR (recR)
#5	RP721	300	QUEUINE TRNA-RIBOSYLTRANSFERASE (tgt)
#6	RP864	66	unknown
#7	RP865	149	DNA POLYMERASE III SUBUNITS GAMMA AND TAU (dnaX)

Motif 1
CATAATAATCATTTTTTAGCAATTAATACTTAAAGTAA	0	262	1
  CAGTAATAATATTTTTAAAAGTAATATCTTAGCATA	5	274	0
       AAAATATTTGTTTTAATAATATAATTAAAGT	6	3	1
TATAGTATATATATTAGTTGAATTATTAGTAATAAATA	0	181	1
ATTACAGAATATATTAAACTTATTACTATTGTAATGGT	0	21	1
AATAAATTTAATTTTTAATTTAGTATTTTTACTATATA	3	100	1
AGGATCTTTAATCTTAATTGTTATATTAAAATATTAGT	5	237	1
TTAATATAAGATTTTAGTTTATTTATTACTAATAATTC	0	200	0
TATAATACGAATATTAAGATATTTAATATAAGATTTTA	0	222	0
ATATAATAGGATATTATTGAAAATACAAGATATGACTT	0	113	0
GCATAAAACTATTTTTTAGCTATTATATTCGATTTTAA	2	25	1
TAATATATAAATATTATCAATACTTTTATTCCTATTAG	5	201	1
AAAAAAATAAATATTTTATAAAATTTTTCATGTCAAAT	1	82	0
CTAATATGGAATTTTTCTTCTACTTTTTCTTTATAC  	5	8	0
TAAAATATTTATTTTTTTCTGTTTTATATATTGTAGTA	1	102	1
TATTGCGAGAATTTTTTAAAATTTTGTAAATAGCTTTA	5	47	0
TCCATCTTCCATATTAGTTATAGTATATATATTAGTTG	0	163	1
ATTTTAAATTATGTTTAAAATACTTTAATTATATTATT	6	24	0
         TATATTTGGTTAATTTAAAAAATTGAGGC	4	1	1
ACAGCACAATATCTTAGATAATATATAAATATTATCAA	5	183	1
TATTCACTATATCTTAGCAGCAATTATTACCGCGTTAC	1	220	1
GCACATTGTAATTTTTATTACTTTATATTTCAATTTTC	3	50	0
TAATAATTTTTTCTTTGAATAATTATTTCTCTCAAGAA	3	15	1
TTAATATTTTTTATTTCATTATATAGTAAAAATACTAA	3	119	0
ATATAAGCAATTATTATTGTTACTACAATATATAAAAC	1	122	0
TTTCTTGTTATTCTTACTGTTACTACATATTAAAATTA	1	264	0
   AAAGGTTATGTTAATTATGCTAGTAGTGGGCATTG	7	7	1
     TTTTATTGTTTTGTATTTTAAATTATGTTTAAA	6	43	0
ATTGAGGCTATTATTTTTTGCTTTTCTTTGCATATCAT	4	31	1
 TGTCGTTGATTATTTTTGATTTTTAATATTTTTTATT	3	142	0
          ** ***     * ** **
MAP Score: 42.1528

Motif 2
TATAGTATATATATTAGTTGAATTATTAGTAATAAATA	0	181	1
TTAATATAAGATTTTAGTTTATTTATTACTAATAATTC	0	200	0
TATATTAAATATCTTAATATTCGTATTATAATCATAAT	0	230	1
AGGATCTTTAATCTTAATTGTTATATTAAAATATTAGT	5	237	1
   TGTTTAAATATTACTTTAAGTATTAATTGCTAAAA	0	275	0
   AAAGGTTATGTTAATTATGCTAGTAGTGGGCATTG	7	7	1
ATATAATAGGATATTATTGAAAATACAAGATATGACTT	0	113	0
ATTACAGAATATATTAAACTTATTACTATTGTAATGGT	0	21	1
TTTAATTTTTAATTTAGTATTTTTACTATATAATGAAA	3	106	1
CCTAATAGGAATAAAAGTATTGATAATATTTATATATT	5	202	0
          AAAATATTTGTTTTAATAATATAATTAA	6	0	1
TGTTTTATATATTGTAGTAACAATAATAATTGCTTATA	1	121	1
ACAGCACAATATCTTAGATAATATATAAATATTATCAA	5	183	1
TTACTATATAATGAAATAAAAAATATTAAAAATCAAAA	3	128	1
TTAGTATGCTAAGATATTACTTTTAAAAATATTATTAC	5	270	1
AATTGCTGCTAAGATATAGTGAATAATAATCGGCCTAT	1	207	0
AAGATGGATCATTTGATTAGATATAATAGGATATTATT	0	133	0
TGGTTAATTTAAAAAATTGAGGCTATTATTTTTTGCTT	4	16	1
         TATTTAAAATCGAATATAATAGCTAAAAA	2	37	0
ACTAAATTAAAAATTAAATTTATTATAAAGATGGAAGC	3	86	0
AGGATTTGACATGAAAAATTTTATAAAATATTTATTTT	1	79	1
GAAAAAGTAGAAGAAAAATTCCATATTAGTTAAAGCTA	5	17	1
TATTTCTCTCAAGAAAATTGAAATATAAAGTAATAAAA	3	38	1
TCCATCTTCCATATTAGTTATAGTATATATATTAGTTG	0	163	1
CAATGTGATAATCAAATTTACTATAATTTTTGTTACCA	1	13	1
          ** *** *     ** **
MAP Score: 33.3224

Motif 3
AGTATATATATTAGTTGAATTATTAGTAATAAATAAACTA	0	184	1
AATGTGATAATCAAATTTACTATAATTTTTGTTACCATGT	1	14	1
GCACAATATCTTAGATAATATATAAATATTATCAATACTT	5	186	1
  AAATGTAATAATTTTTTCTTTGAATAATTATTTCTCTC	3	8	1
GTAATTTTTATTACTTTATATTTCAATTTTCTTGAGAGAA	3	41	0
TCGTTAAAACTCATATACATTTTTATTAATCAGCTCCTGT	5	94	0
AAATCTTATATTAAATATCTTAATATTCGTATTATAATCA	0	224	1
ATTCTGTGGGTCATTACTAGTATCATTGCTTAACCAATTA	7	90	1
ATTTTTTGCTTTTCTTTGCATATCATTTGTATATGCT   	4	43	1
TTTTGTATTTTAAATTATGTTTAAAATACTTTAATTATAT	6	28	0
CAGCAACACTTTATATATATTTAAATTAGTTGCAACAGCA	5	149	1
      TGTTTAAATATTACTTTAAGTATTAATTGCTAAA	0	276	0
GCTTCCATCTTTATAATAAATTTAATTTTTAATTTAGTAT	3	86	1
TGAAAAGTCATATCTTGTATTTTCAATAATATCCTATTAT	0	109	1
TGTCGTTGATTATTTTTGATTTTTAATATTTTTTATTTCA	3	139	0
  TTAAATTAAAATATAGCATAAAACTATTTTTTAGCTAT	2	8	1
AGAAAAAAATAAATATTTTATAAAATTTTTCATGTCAAAT	1	82	0
ATTACAGAATATATTAAACTTATTACTATTGTAATGGTAG	0	21	1
TTCTGTTTTATATATTGTAGTAACAATAATAATTGCTTAT	1	118	1
      TATTTAAAATCGAATATAATAGCTAAAAAATAGT	2	32	0
          AAAATATTTGTTTTAATAATATAATTAAAG	6	0	1
TTTAAAATTTTGTAAATAGCTTTAACTAATATGGAATTTT	5	31	0
GTATGCTAAGATATTACTTTTAAAAATATTATTACTG   	5	273	1
TAATATTCGTATTATAATCATAATAATCATTTTTTAGCAA	0	244	1
          * * **    *** * *  *
MAP Score: 24.9918

Motif 4
GATCATTTGATTAGATATAATAGGATATTATTGAAAATA	0	126	0
AATTCAACTAATATATATACTATAACTAATATGGAAGAT	0	166	0
ATTATTAGTAATAAATAAACTAAAATCTTATATTAAATA	0	202	1
AATGATTATTATGATTATAATACGAATATTAAGATATTT	0	236	0
TTAGCAATTAATACTTAAAGTAATATTTAAACA      	0	277	1
CCACATGGTAACAAAAATTATAGTAAATTTGATTATCAC	1	17	0
TTTTTCTGTTTTATATATTGTAGTAACAATAATAATTGC	1	115	1
CGCGTTACCAACACTAATTTTAATATGTAGTAACAGTAA	1	250	1
ATTAAAATATAGCATAAAACTATTTTTTAGCTATTATAT	2	14	1
TAATTATTCAAAGAAAAAATTATTACATTT         	3	1	0
AAGAAAATTGAAATATAAAGTAATAAAAATTACAATGTG	3	48	1
ATGTGCTTCCATCTTTATAATAAATTTAATTTTTAATTT	3	82	1
CTATATAATGAAATAAAAAATATTAAAAATCAAAAATAA	3	131	1
ATGCAAAGAAAAGCAAAAAATAATAGCCTCAATTTTTTA	4	25	0
      GTATAAAGAAAAAGTAGAAGAAAAATTCCATAT	5	4	1
CACTTTATATATATTTAAATTAGTTGCAACAGCACAATA	5	155	1
TATTGATAATATTTATATATTATCTAAGATATTGTGCTG	5	184	0
ATACTAATATTTTAATATAACAATTAAGATTAAAGATCC	5	238	0
      CAGTAATAATATTTTTAAAAGTAATATCTTAGC	5	277	0
TGTTTAAAATACTTTAATTATATTATTAAAACAAATATT	6	12	0
ATTTTAAACATAATTTAAAATACAAAACAATAAAA    	6	41	1
          *   ***** **  *   *
MAP Score: 2.92078