AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i RP/RP_operons019_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238196
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	RP024	51	unknown
#1	RP025	90	unknown
#2	RP526	300	TRANSCRIPTION TERMINATION FACTOR RHO (rho)
#3	RP800	113	ATP SYNTHASE EPSILON CHAIN  (atpC)
#4	RP801	108	ATP SYNTHASE BETA CHAIN  (atpD)
#5	RP802	86	ATP SYNTHASE GAMMA CHAIN  (atpG)
#6	RP803	136	ATP SYNTHASE ALPHA CHAIN  (atpA)
#7	RP804	118	ATP SYNTHASE DELTA CHAIN (atpH)

Motif 1
  GTATTGTCATCCTGTGCTTAAATTATTGT	3	8	1
ATGCTGTGTTATCCCGTGTTTATTGATCACG	4	15	1
AAAAGACTGGCCCCCGTGATCAATAAACACG	4	29	0
TTTTTTATGAATCCCGTGGTTTACACACGGG	4	63	1
AAGGTTTATAACCCCGTGTGTAAACCACGGG	4	75	0
ATTTTACCGCATACCGTGATCAAG       	5	3	0
CTTTTATTGGCTCCCGTGGTTTCATATACGA	6	57	0
ACAATATTAGATCCCGTGGTTCATACATTGG	6	90	1
          ******** **
MAP Score: 21.4853

Motif 2
TATACTTTATAATAGAAGCAAAAT        	1	2	0
ATTTTATTTCAATAAAAATATATACTTTATAA	1	22	0
GTTAATAGTCAAAAGGAATAAAT         	1	77	1
ATAATATAGAATCAATAACAAAC         	2	1	0
TTTAACAGTAAATACAAATATAATAATACGTA	2	50	1
TTTAAACCGCAACAAGAATAAATAAAATTTTC	2	179	1
ACTTATTTAAATTAGGAATCAAATTAGATTTT	2	212	0
AAGTTTAAAGGTAAGTAATATACTTATTTAAA	2	233	0
TGAAAATTGAGTTAGCAATTAAGTTTAAAGGT	2	253	0
ATTATAATCTATTAATAATAAAATA       	2	285	1
TGTAGTGACTGAAAGTAATAAATAGCAAGTCG	3	36	1
ACTGGCCCCCGTGATCAATAAACACGGGATAA	4	23	0
CACGGGATTCATAAAAAATAAAAAAGACTGGC	4	49	0
TTAACAATAGAAAACTAACAAACTAT      	5	70	1
GGGAGCCAATAAAAGTAACAATATTAGATCCC	6	73	1
AAAATAAATGGAAAGTAACATAATAATATCAA	7	12	1
TAATAATATCAACAGCAATGAAATACACATTT	7	32	1
          ** ** ******
MAP Score: 12.907

Motif 3
TTCAATAAAAATATATACTTTATAATAGAAGCAAAAT	1	10	0
GAGTGTATCAATTTTATTTCAATAAAAATATATACTT	1	27	0
CAATCTAATAATATAGAATCAATAACAAAC       	2	3	0
TTAACAGTAAATACAAATATAATAATACGTACTAGTA	2	51	1
TTTAAACCGCAACAAGAATAAATAAAATTTTCTAAAA	2	179	1
AGCAATTAAGTTTAAAGGTAAGTAATATACTTATTTA	2	235	0
TTCAATTATAATCTATTAATAATAAAATA        	2	281	1
AAATTATTGTAGTGACTGAAAGTAATAAATAGCAAGT	3	29	1
GTTATGTGACATTAAGGATAAACAAAAAC        	3	94	1
AAACCACGGGATTCATAAAAAATAAAAAAGACTGGCC	4	48	0
CACGGTATGCGGTAAAATTGAGTAAGATTGAGAATCG	5	16	1
AAACCACGGGAGCCAATAAAAGTAACAATATTAGATC	6	66	1
     TCAAAATAAATGGAAAGTAACATAATAATATC	7	5	1
          **  *   * ***** *
MAP Score: 11.1341

Motif 4
CAAACTTCTCAATCTAATAATATAGAATCAATAA	2	15	0
TCATTACTAGTACGTATTATTATATTTGTATTTA	2	58	0
GTATACTAACAACGTAATAGCACATTGTCAACCC	2	98	0
GCTTTCTATGTATGTAAAAGTATACTAACAACGT	2	117	0
AAGCGCCTATAAGCTAATAGGATAAATGATTCTT	2	147	1
AATTTTCTAAAATCTAATTTGATTCCTAATTTAA	2	204	1
AGTTTAAAGGTAAGTAATATACTTATTTAAATTA	2	230	0
TAACAATAGAAAACTAACAAACTAT         	5	71	1
GGAGCCAATAAAAGTAACAATATTAGATCCCGTG	6	74	1
AAATAAATGGAAAGTAACATAATAATATCAACAG	7	13	1
CGAATGTGCATATCTAAAACTACTTTTAAGAGAC	7	84	1
          ** **** *  ***
MAP Score: 8.62895

Motif 5
  ATTTTGCTTCTATTATAAAGTATATATTTTTATTGAAATAAAATT	1	8	1
ATATTTTTATTGAAATAAAATTGATACACTCTTATTGTAGAATGGTT	1	33	1
TTATTGATTCTATATTATTAGATTGAGAAGTTTGTTTTAACAGTAAA	2	15	1
ATACAAATATAATAATACGTACTAGTAATGATGATTTGGGTTGACAA	2	61	1
GGGTTGACAATGTGCTATTACGTTGTTAGTATACTTTTACATACATA	2	98	1
CAAATTAGATTTTAGAAAATTTTATTTATTCTTGTTGCGGTTTAAAG	2	178	0
TTTAAATAAGTATATTACTTACCTTTAAACTTAATTGCTAACTCAAT	2	233	1
          TATTTTATTATTAATAGATTATAATTGAAAATTGAGT	2	273	0
GCTCCCGTGGTTTCATATACGAGATAAAAGCTGCTTGCAGATCAAAA	6	32	0
TTTCATTGCTGTTGATATTATTATGTTACTTTCCATTTATTTTGA  	7	8	0
TCAACAGCAATGAAATACACATTTGAAATGGTAATTGTTCATCTCGA	7	40	1
          * *  **       *  *   *  ***
MAP Score: 8.08851

Motif 6
TTGATTGCGATATAAAAATGTACTTTAATTA 	0	30	1
ATTTTGCTTCTATTATAAAGTATATATTTTTA	1	10	1
ATTTTATTTCAATAAAAATATATACTTTATAA	1	22	0
CAAACTTCTCAATCTAATAATATAGAATCAAT	2	17	0
TTTAACAGTAAATACAAATATAATAATACGTA	2	50	1
GCTTTCTATGTATGTAAAAGTATACTAACAAC	2	119	0
CTCAATTTTCAATTATAATCTATTAATAATAA	2	274	1
ATAATCTATTAATAATAAAATA          	2	288	1
ATGTGTTAACAATAGAAAACTAACAAACTAT 	5	65	1
CGAATGTGCATATCTAAAACTACTTTTAAGAG	7	84	1
          ***  *******
MAP Score: 6.78718

Motif 7
ACACGGGGTTATAAACCTTTACAGAAAAATC        	4	87	1
AATAAAATTGATACACTCTTATTGTAGAATGGTTAATAG	1	46	1
ATTATAAAGTATATATTTTTATTGAAATAAAATTGATAC	1	21	1
TACGTTGTTAGTATACTTTTACATACATAGAAAGCGCCT	2	116	1
ATTTTCAATTATAATCTATTAATAATAAAATA       	2	278	1
  TAATTAAAGTACATTTTTATATCGCAATCAAGTCGCG	0	24	0
GGTAAGTAATATACTTATTTAAATTAGGAATCAAATTAG	2	217	0
          ATAGTTTGTTAGTTTTCTATTGTTAACAC	5	67	0
CAGCAATGAAATACACATTTGAAATGGTAATTGTTCATC	7	44	1
    GTTTTTGTTTATCCTTAATGTCACATAACGTACTT	3	88	0
GTTATTGATTCTATATTATTAGATTGAGAAGTTTGTTTT	2	14	1
AATAGGATAAATGATTCTTTAAACCGCAACAAGAATAAA	2	162	1
          *** **  *** *     *
MAP Score: 4.68753

Motif 8
AGAAGTTTGTTTTAACAGTAAATACAAATATAATAATA	2	40	1
AATCTAATAATATAGAATCAATAACAAAC         	2	1	0
AAGTACGTTATGTGACATTAAGGATAAACAAAAAC   	3	88	1
ATACAAGCTATGTGTTAACAATAGAAAACTAACAAACT	5	56	1
TCAATTATAATCTATTAATAATAAAATA          	2	282	1
TATGTAAAAGTATACTAACAACGTAATAGCACATTGTC	2	103	0
        TGTATATAACTAAAGGCAAGAATTTTGATC	6	2	1
GAAAATTGAGTTAGCAATTAAGTTTAAAGGTAAGTAAT	2	246	0
  ATTTTGCTTCTATTATAAAGTATATATTTTTATTGA	1	8	1
AACCACGGGATTCATAAAAAATAAAAAAGACTGGCCCC	4	46	0
          * **  * ***    ***
MAP Score: 3.30107