AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i RP/RP_operons019_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238214
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	RP024	51	unknown
#1	RP025	90	unknown
#2	RP526	300	TRANSCRIPTION TERMINATION FACTOR RHO (rho)
#3	RP800	113	ATP SYNTHASE EPSILON CHAIN  (atpC)
#4	RP801	108	ATP SYNTHASE BETA CHAIN  (atpD)
#5	RP802	86	ATP SYNTHASE GAMMA CHAIN  (atpG)
#6	RP803	136	ATP SYNTHASE ALPHA CHAIN  (atpA)
#7	RP804	118	ATP SYNTHASE DELTA CHAIN (atpH)
#8	RP805	249	DIHYDROLIPOAMIDE DEHYDROGENASE  (pdhD)
#9	RP806	300	unknown

Motif 1
CGGGGGCCAGTCTTTTTTATTTTTTATGAATCCCG	4	44	1
TTTGTATCGTTGTTTTATATTTTTTAGTTTTTAAG	8	19	1
AAGAGCTAAATGTTTTATATTTCTTAACTGCAATA	8	64	0
         TTTATTTTTATTTTATTGGTTCTATT	8	233	0
TCCGTCATATTATTTTATATATGGTAATTCAAGAC	9	37	1
AATTAATAGTTAATTTATATATCATTTTGCTATTC	9	151	1
GATCATCTACTAAATTCTATATATTTTTTCAGTAA	8	104	1
  GTTTGTTATTGATTCTATATTATTAGATTGAGA	2	8	1
ACGTATTATTATATTTGTATTTACTGTTAAAACAA	2	46	0
GACAATCAAATGTTTTGTATTAGATAATTTTCTTA	9	69	1
ATTTTGCTATTCCTTTGTATTTAAAAATTTTTAAT	9	174	1
TAGATTTTAGAAAATTTTATTTATTCTTGTTGCGG	2	185	0
TAAGAGTGTATCAATTTTATTTCAATAAAAATATA	1	32	0
GCTTCTATTATAAAGTATATATTTTTATTGAAATA	1	15	1
TTACCATTTCAAATGTGTATTTCATTGCTGTTGAT	7	39	0
CAAGCGATATTAAATTATATAATTTTCTATTATAT	9	221	0
TATATAATTTTCTATTATATATTAATTATTTAATT	9	206	0
ATTATTATGTTACTTTCCATTTATTTTGA      	7	4	0
TATGAACTTTTTGAGTTTATAACATTTCTTTAGAT	9	260	0
CCTAATTTAAATAAGTATATTACTTACCTTTAAAC	2	228	1
TAATTTAGCTATAATTATATTATTAATTAATAGTT	9	127	1
          *  *** *****  *
MAP Score: 25.8243

Motif 2
 GTTTGTTATTGATTCTATATTATTAGATTGAGAA	2	9	1
TACTAGTACGTATTATTATATTTGTATTTACTGTT	2	53	0
GTTGACAATGTGCTATTACGTTGTTAGTATACTTT	2	100	1
GAATCATTTATCCTATTAGCTTATAGGCGCTTTCT	2	144	0
AAATTAGGAATCAAATTAGATTTTAGAAAATTTTA	2	201	0
ATTGCTAACTCAATTTTCAATTATAATCTATTAAT	2	266	1
GGGGGCCAGTCTTTTTTATTTTTTATGAATCCCGT	4	45	1
CGATTCTCAATCTTACTCAATTTTACCGCATACCG	5	18	0
 ATAGTTTGTTAGTTTTCTATTGTTAACACATAGC	5	62	0
TTGCTGTTGATATTATTATGTTACTTTCCATTTAT	7	15	0
ATTTGTATCGTTGTTTTATATTTTTTAGTTTTTAA	8	18	1
TATCAACACTTGATTTTAACCTTTACTGAAAAAAT	8	126	0
        TTTATTTTTATTTTATTGGTTCTATTT	8	232	0
        ACTTCTATTCTTTTTTAGTACTTAATT	9	2	1
TTAATTTCCGTCATATTATTTTATATATGGTAATT	9	31	1
ATCAAATGTTTTGTATTAGATAATTTTCTTAGTAT	9	73	1
ATAATTTTCTTAGTATTATCCTATTTGAAGCATAT	9	92	1
TTAATTTAGCTATAATTATATTATTAATTAATAGT	9	126	1
TATATCATTTTGCTATTCCTTTGTATTTAAAAATT	9	168	1
TTAAATTATATAATTTTCTATTATATATTAATTAT	9	212	0
ATACTTCAAGCGATATTAAATTATATAATTTTCTA	9	227	0
ATCCTCAAATTCTTATGAACTTTTTGAGTTTATAA	9	273	0
          *  *****  ** **
MAP Score: 22.8569

Motif 3
ATTTTGCTTCTATTATAAAGTATATATTTTTATTGAAAT	1	10	1
  ACTTCTATTCTTTTTTAGTACTTAATTTCCGTCATAT	9	8	1
GACAATCAAATGTTTTGTATTAGATAATTTTCTTAGTAT	9	69	1
TATAATTTTCTATTATATATTAATTATTTAATTAAAAAT	9	200	0
TTTGTATCGTTGTTTTATATTTTTTAGTTTTTAAGTACT	8	19	1
TACTAGTACGTATTATTATATTTGTATTTACTGTTAAAA	2	49	0
GATACACTCTTATTGTAGAATGGTTAATAGTCAAAAGGA	1	55	1
       GTTTGTTATTGATTCTATATTATTAGATTGAG	2	3	1
        TTTATTTTTATTTTATTGGTTCTATTTTAAG	8	228	0
AAGAGCTAAATGTTTTATATTTCTTAACTGCAATACATA	8	60	0
AGCAAGTCGTTTTTCTAGGTTATGTGCTTAAGTACGTTA	3	59	1
ATCCTCAAATTCTTATGAACTTTTTGAGTTTATAACATT	9	269	0
TTAATTTAGCTATAATTATATTATTAATTAATAGTTAAT	9	126	1
TATTCCTTTGTATTTAAAAATTTTTAATTAAATAATTAA	9	181	1
CGGGGGCCAGTCTTTTTTATTTTTTATGAATCCCGTGGT	4	44	1
          TATTTTATTATTAATAGATTATAATTGAA	2	281	0
TTTTCTAAAATCTAATTTGATTCCTAATTTAAATAAGTA	2	206	1
ATTTCCGTCATATTATTTTATATATGGTAATTCAAGACA	9	34	1
TTAAAGATCATCTACTAAATTCTATATATTTTTTCAGTA	8	99	1
AGATTTCACCTTTTTTGGAATAATTTATACCTTAAAATA	8	198	1
          * ** *  * *   ** **
MAP Score: 22.4166

Motif 4
ACAATAATTTAAGCACAGGATGACAATAC  	3	8	0
CGTGATCAATAAACACGGGATAACACAGCAT	4	15	0
CGTGTTTATTGATCACGGGGGCCAGTCTTTT	4	29	1
CCCGTGTGTAAACCACGGGATTCATAAAAAA	4	63	0
CCCGTGGTTTACACACGGGGTTATAAACCTT	4	75	1
       CTTGATCACGGTATGCGGTAAAAT	5	3	1
TCGTATATGAAACCACGGGAGCCAATAAAAG	6	57	1
CCAATGTATGAACCACGGGATCTAATATTGT	6	90	0
          ** ********
MAP Score: 17.8292

Motif 5
ATGCCGCGACTTGATTGCGATATAAAAATGTACTTTAATTA  	0	20	1
        ATTTTGCTTCTATTATAAAGTATATATTTTTATTG	1	2	1
        GTTTGTTATTGATTCTATATTATTAGATTGAGAAG	2	2	1
ATATTTGTATTTACTGTTAAAACAAACTTCTCAATCTAATAAT	2	28	0
TTATAGGCGCTTTCTATGTATGTAAAAGTATACTAACAACGTA	2	116	0
TTTATTCTTGTTGCGGTTTAAAGAATCATTTATCCTATTAGCT	2	158	0
AGGAATCAAATTAGATTTTAGAAAATTTTATTTATTCTTGTTG	2	188	0
TATTTATTACTTTCAGTCACTACAATAATTTAAGCACAGGATG	3	17	0
GTGTATTTCATTGCTGTTGATATTATTATGTTACTTTCCATTT	7	17	0
TTTATATTTTTTAGTTTTTAAGTACTAGTATGTATTGCAGTTA	8	32	1
TTATCTCATTTTACCATAGATTTCACCTTTTTTGGAATAATTT	8	181	1
ATTTTATTGGTTCTATTTTAAGGTATAAATTATTCCAAAAAAG	8	207	0
TTGTCTTGAATTACCATATATAAAATAATATGACGGAAATTAA	9	31	0
AGACAATCAAATGTTTTGTATTAGATAATTTTCTTAGTATTAT	9	68	1
TTGAAGCATATTAATTTAGCTATAATTATATTATTAATTAATA	9	116	1
TAATTAATAGTTAATTTATATATCATTTTGCTATTCCTTTGTA	9	150	1
CATTTTGCTATTCCTTTGTATTTAAAAATTTTTAATTAAATAA	9	173	1
TTATATAATTTTCTATTATATATTAATTATTTAATTAAAAATT	9	199	0
ATTATATAATTTAATATCGCTTGAAGTATCTAAAGAAATGTTA	9	233	1
TTATGAACTTTTTGAGTTTATAACATTTCTTTAGATACTTCAA	9	253	0
          **    * ***   *   * * *
MAP Score: 6.8033

Motif 6
CTTCATGCCGCGACTTGATTGCGATATAAAAA	0	16	1
TGATCAATAAACACGGGATAACACAGCATTAT	4	12	0
AAAGACTGGCCCCCGTGATCAATAAACACGGG	4	27	0
CGTGTGTAAACCACGGGATTCATAAAAAATAA	4	60	0
AGGTTTATAACCCCGTGTGTAAACCACGGGAT	4	73	0
GTATATGAAACCACGGGAGCCAATAAAAGTAA	6	59	1
AATGTATGAACCACGGGATCTAATATTGTTAC	6	87	0
          *********  *
MAP Score: 2.29398