AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i RP/RP_operons020_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238248
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	RP376	300	MALATE DEHYDROGENASE  (mdh)
#1	RP384	141	PROLYL-TRNA SYNTHETASE (proS)
#2	RP417	106	PHENYLALANYL-TRNA SYNTHETASE ALPHA CHAIN (pheS)
#3	RP531	49	TRANSLATION INITIATION FACTOR IF-3 (infC)
#4	RP532	300	unknown
#5	RP608	149	50S RIBOSOMAL PROTEIN L35 (rpmI)

Motif 1
TACCACGATAAATATAAAAATACACTTTTT	0	139	0
AATATTCATGAATTTAAAAAGTGTATTTTT	0	124	1
ATGTATTTACAATTTAAAAATTCTTTTTTC	0	222	1
GTTGAGATAAAATCTAAAAACAAAAAATAA	2	84	1
TCTATCTTTTAATAAAAAAATCACAGAATA	0	40	1
TGCAATAACTAATAAAAAAAACTATTATCT	5	41	1
AATCATCAATAATATAAAACCATTTCAGAT	0	71	0
TTGATGAAGCAATCTAATAAATTTTATTAT	1	67	0
GATTATACTAAATTTATAAAGTCTTGTTGT	4	119	0
TGTAATTTTAAATAAAATAAGTTAAATGCA	3	29	1
TATTGCAATAAATTAAATAATGCTATAAAT	4	67	1
ACATTTCGAAAAATTAAAAAGGAAT     	4	285	1
ATTTAATTTGTATATAAAAATGAAGTAATC	0	97	0
ACAACAGCAAAAAAAAAAAAGACAATTAAT	4	218	1
GAATATCATAAATATGAAAAGTTTTAAACA	4	191	1
AAATGTATATAATATATTACTTTCAACTAT	4	261	0
GAAAATTATTAAACTAAAACAATTTT    	1	125	1
ATTTTAAAATAATCAATTAATTGTCTTTTT	4	233	0
AATACATTTTTATAAAAAAATCTTGCAATA	5	18	1
CAATCTCATGAAATAATAAAATTTATTAGA	1	55	1
GTATTATGCGTATTAAATAATATATTATAG	0	272	1
          **********
MAP Score: 26.3514

Motif 2
AGAATATATCTGAAATGGTTTTATATTATTGATGAT	0	64	1
ATTCATGAATTTAAAAAGTGTATTTTTATATTTATC	0	127	1
TTGACTTTATTCAAAGAGATTAATATAACTAGGCCT	0	178	0
TATTTACAATTTAAAAATTCTTTTTTCTTAAAGCCA	0	225	1
TAAAGCCATTTGTAATATAGTATTATGCGTATTAAA	0	253	1
ATTATGCGTATTAAATAATATATTATAGAGGGCATA	0	274	1
GATGAAGCAATCTAATAAATTTTATTATTTCATGAG	1	59	0
GATTGCTTCATCAAAACTAATGGTTTTTCCTTATAA	1	83	1
TTGTTTTAGTTTAATAATTTTCCTATTATTATAAGG	1	111	0
          TTTAAAGATATTATTTACTTGTAATT	3	0	1
ACTTGTAATTTTAAATAAAATAAGTTAAATGCA   	3	26	1
ACAACAAGACTTTATAAATTTAGTATAATCAATGAA	4	119	1
GTATAATCAATGAAACGTAGTTTTATAAAACTAGTA	4	141	1
TTGCTGTTGTTTAAAACTTTTCATATTTATGATATT	4	192	0
TTTCAACTATTTTAAAATAATCAATTAATTGTCTTT	4	235	0
TCGAAATGTATATAATATATTACTTTCAACTATTTT	4	258	0
     CACATTCTAATACATTTTTATAAAAAAATCT	5	5	1
CAATAACTAATAAAAAAAACTATTATCTACTTTTCT	5	43	1
          * *** * * *  ***
MAP Score: 21.2665

Motif 3
AGTCTATCTTTTAATAAAAAAATCACAGAATATATCT	0	38	1
TTAATTTGTATATAAAAATGAAGTAATCATCAATAAT	0	88	0
AAATTAAATATTCATGAATTTAAAAAGTGTATTTTTA	0	118	1
CAGAAGTACCACGATAAATATAAAAATACACTTTTTA	0	138	0
TACAAATGGCTTTAAGAAAAAAGAATTTTTAAATTGT	0	230	0
ATTATGCGTATTAAATAATATATTATAGAGGGCATA 	0	274	1
AGCAATCTCATGAAATAATAAAATTTATTAGATTGCT	1	53	1
ACCATTAGTTTTGATGAAGCAATCTAATAAATTTTAT	1	70	0
TAATAGGAAAATTATTAAACTAAAACAATTTT     	1	119	1
TGAGATAAAATCTAAAAACAAAAAATAATT       	2	86	1
ACTTGTAATTTTAAATAAAATAAGTTAAATGCA    	3	26	1
TCATTGTTAGAAGAATAAGATATGATAT         	4	1	0
GGATGTCTATTGCAATAAATTAAATAATGCTATAAAT	4	60	1
ACAACAAGACTTTATAAATTTAGTATAATCAATGAAA	4	119	1
GAAACGTAGTTTTATAAAACTAGTATATATAGAGCTA	4	152	1
TTTAAACAACAGCAAAAAAAAAAAAGACAATTAATTG	4	213	1
TCAACTATTTTAAAATAATCAATTAATTGTCTTTTTT	4	232	0
TATATACATTTCGAAAAATTAAAAAGGAAT       	4	280	1
AAGATTTTTTTATAAAAATGTATTAGAATGTG     	5	5	0
AAAAAAATCTTGCAATAACTAATAAAAAAAACTATTA	5	31	1
          *  *****  **  * *
MAP Score: 18.09

Motif 4
TATTCAGTCTATCTTTTAATAAAAAAATCACAGAATATATCTGA	0	33	1
TTTATATACAAATTAAATATTCATGAATTTAAAAAGTGTATTTT	0	109	1
TGAATAGGCCTAGTTATATTAATCTCTTTGAATAAAGTCAAAGT	0	173	1
AGTCAAAGTGATTTATGTATTTACAATTTAAAAATTCTTTTTTC	0	208	1
GCATAATACTATATTACAAATGGCTTTAAGAAAAAAGAATTTTT	0	237	0
GCCCTCTATAATATATTATTTAATACGCATAATACTATATTACA	0	263	0
GAGTAACACAATTTAGCAATCTCATGAAATAATAAAATTTATTA	1	39	1
AAATAATAAAATTTATTAGATTGCTTCATCAAAACTAATGGTTT	1	65	1
TAGTTTAATAATTTTCCTATTATTATAAGGAAAAACCATTAGTT	1	97	0
      TTATATATTGTATACAGGATCAACAATATTGTATTGAT	2	4	1
TCACTGGACTATTTAGCAAAGTTATGTTGTAACAATGTTGAGAT	2	48	1
TGTTGTAACAATGTTGAGATAAAATCTAAAAACAAAAAATAATT	2	72	1
AACTTATTTTATTTAAAATTACAAGTAAATAATATCTTTAAA  	3	8	0
ATAATGCTATAAATTTTAGTAACAAATCGTAATACCACAACAAG	4	83	1
AGTTTTATAAAACTAGTATATATAGAGCTAAAGAATATCATAAA	4	159	1
AGAATATCATAAATATGAAAAGTTTTAAACAACAGCAAAAAAAA	4	190	1
TTAATTGATTATTTTAAAATAGTTGAAAGTAATATATTATATAC	4	243	1
GTAATATATTATATACATTTCGAAAAATTAAAAAGGAAT     	4	271	1
         CACATTCTAATACATTTTTATAAAAAAATCTTGCA	5	1	1
TTATAAAAAAATCTTGCAATAACTAATAAAAAAAACTATTATCT	5	27	1
TGGTATGCCTAATTACAGTTTAAATCGGAAAATACTCAAGAAAT	5	96	1
          ** **  ***          ** *
MAP Score: 17.8219

Motif 5
TATATTATTGATGATTACTTCATTTTTATATACAAATTAAA	0	85	1
ATTTTTATATACAAATTAAATATTCATGAATTTAAAAAGTG	0	106	1
CCTATTCAGAAGTACCACGATAAATATAAAAATACACTTTT	0	140	0
TTTAAGAAAAAAGAATTTTTAAATTGTAAATACATAAATCA	0	216	0
    TATGCCCTCTATAATATATTATTTAATACGCATAATA	0	273	0
TGTCTCTAGTATGAGTAACACAATTTAGCAATCTCATGAAA	1	27	1
TGAAATAATAAAATTTATTAGATTGCTTCATCAAAACTAAT	1	63	1
TTTTCCTTATAATAATAGGAAAATTATTAAACTAAAACAAT	1	107	1
        TTATATATTGTATACAGGATCAACAATATTGTA	2	2	1
ATTTAAAATTACAAGTAAATAATATCTTTAAA         	3	1	0
GTCTATTGCAATAAATTAAATAATGCTATAAATTTTAGTAA	4	64	1
AAGACTTTATAAATTTAGTATAATCAATGAAACGTAGTTTT	4	124	1
AATGAAACGTAGTTTTATAAAACTAGTATATATAGAGCTAA	4	149	1
TATAGAGCTAAAGAATATCATAAATATGAAAAGTTTTAAAC	4	179	1
AAAAGTTTTAAACAACAGCAAAAAAAAAAAAGACAATTAAT	4	207	1
AAAAAAAAAGACAATTAATTGATTATTTTAAAATAGTTGAA	4	229	1
GTTGAAAGTAATATATTATATACATTTCGAAAAATTAAAAA	4	264	1
        CACATTCTAATACATTTTTATAAAAAAATCTTG	5	2	1
TCTTGCAATAACTAATAAAAAAAACTATTATCTACTTTTCT	5	38	1
AAAATACTCAAGAAATACCAAATATAAGGAACATT      	5	124	1
          *  * **  * * *  *  **
MAP Score: 12.9191

Motif 6
CAGTCTATCTTTTAATAAAAAAATCACAGAATATATCTGAA	0	37	1
ATATTTAATTTGTATATAAAAATGAAGTAATCATCAATAAT	0	88	0
CCACGATAAATATAAAAATACACTTTTTAAATTCATGAATA	0	126	0
TATTAATCTCTTTGAATAAAGTCAAAGTGATTTATGTATTT	0	189	1
CAAATGGCTTTAAGAAAAAAGAATTTTTAAATTGTAAATAC	0	224	0
TTTAGCAATCTCATGAAATAATAAAATTTATTAGATTGCTT	1	50	1
ACTAATGGTTTTTCCTTATAATAATAGGAAAATTATTAAAC	1	98	1
GTAACAATGTTGAGATAAAATCTAAAAACAAAAAATAATT 	2	76	1
TTAACTTATTTTATTTAAAATTACAAGTAAATAATATCTTT	3	13	0
ACAGGATGTCTATTGCAATAAATTAAATAATGCTATAAATT	4	57	1
TGAAACGTAGTTTTATAAAACTAGTATATATAGAGCTAAAG	4	151	1
GAATATCATAAATATGAAAAGTTTTAAACAACAGCAAAAAA	4	191	1
AAACAACAGCAAAAAAAAAAAAGACAATTAATTGATTATTT	4	216	1
TAATTGATTATTTTAAAATAGTTGAAAGTAATATATTATAT	4	244	1
ATTATATACATTTCGAAAAATTAAAAAGGAAT         	4	278	1
GCAAGATTTTTTTATAAAAATGTATTAGAATGTG       	5	3	0
TATAAAAAAATCTTGCAATAACTAATAAAAAAAACTATTAT	5	28	1
TTACAGTTTAAATCGGAAAATACTCAAGAAATACCAAATAT	5	108	1
          * *   ****     * * **
MAP Score: 7.17415

Motif 7
TATTCAGTCTATCTTTTAATAAAAAAATCACAGAA	0	33	1
TGAATATTTAATTTGTATATAAAAATGAAGTAATC	0	97	0
AAGTACCACGATAAATATAAAAATACACTTTTTAA	0	137	0
TTATTCAAAGAGATTAATATAACTAGGCCTATTCA	0	173	0
TAATACGCATAATACTATATTACAAATGGCTTTAA	0	252	0
TATTATGCGTATTAAATAATATATTATAGAGGGCA	0	273	1
TAGCAATCTCATGAAATAATAAAATTTATTAGATT	1	52	1
TGTTGTAACAATGTTGAGATAAAATCTAAAAACAA	2	72	1
ATTTACTTGTAATTTTAAATAAAATAAGTTAAATG	3	22	1
GGATGTCTATTGCAATAAATTAAATAATGCTATAA	4	60	1
ATACCACAACAAGACTTTATAAATTTAGTATAATC	4	114	1
TATATATACTAGTTTTATAAAACTACGTTTCATTG	4	148	0
ATAGAGCTAAAGAATATCATAAATATGAAAAGTTT	4	180	1
AGTTTTAAACAACAGCAAAAAAAAAAAAGACAATT	4	210	1
ATTACTTTCAACTATTTTAAAATAATCAATTAATT	4	241	0
TAATTTTTCGAAATGTATATAATATATTACTTTCA	4	266	0
ACATTCTAATACATTTTTATAAAAAAATCTTGCAA	5	11	1
AAAATCTTGCAATAACTAATAAAAAAAACTATTAT	5	34	1
          *  *  * *******
MAP Score: 2.23802

Motif 8
TAGTGAGAACTTGTAAAGATGTGAG      	0	4	0
CTATCTTTTAATAAAAAAATCACAGAATATA	0	41	1
TGAAATGGTTTTATATTATTGATGATTACTT	0	74	1
TTTAATTTGTATATAAAAATGAAGTAATCAT	0	95	0
ACCACGATAAATATAAAAATACACTTTTTAA	0	137	0
ATAGGCCTAGTTATATTAATCTCTTTGAATA	0	176	1
GCCATTTGTAATATAGTATTATGCGTATTAA	0	257	1
TATGCCCTCTATAATATATTATTTAATACGC	0	279	0
ATAATAAAATTTATTAGATTGCTTCATCAAA	1	67	1
TGGTTTTTCCTTATAATAATAGGAAAATTAT	1	103	1
AATAGGAAAATTATTAAACTAAAACAATTTT	1	120	1
CAAAGTTATGTTGTAACAATGTTGAGATAAA	2	64	1
TATTATTTACTTGTAATTTTAAATAAAATAA	3	18	1
ATTATTTAATTTATTGCAATAGACATCCTGT	4	57	0
TTACTAAAATTTATAGCATTATTTAATTTAT	4	74	0
TATACTAGTTTTATAAAACTACGTTTCATTG	4	148	0
TTCAACTATTTTAAAATAATCAATTAATTGT	4	239	0
ATAGTTGAAAGTAATATATTATATACATTTC	4	261	1
CAAGATTTTTTTATAAAAATGTATTAGAATG	5	12	0
          ****** ****
MAP Score: 0.503005