AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i RP/RP_operons020_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944238270 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 RP376 300 MALATE DEHYDROGENASE (mdh) #1 RP382 300 unknown #2 RP384 141 PROLYL-TRNA SYNTHETASE (proS) #3 RP415 300 DIAMINOPIMELATE EPIMERASE (dapF) #4 RP417 106 PHENYLALANYL-TRNA SYNTHETASE ALPHA CHAIN (pheS) #5 RP531 49 TRANSLATION INITIATION FACTOR IF-3 (infC) #6 RP532 300 unknown #7 RP608 149 50S RIBOSOMAL PROTEIN L35 (rpmI) Motif 1 TGCATTTAACTTATTTTATTTAAAA 5 34 0 TATAGCATTATTTAATTTATTGCAATAGACA 6 63 0 AAATTAACAATTAAAATTATTTTTTAACAGT 1 194 1 AAATTTTTACTTTAAATTTTTTAAATTAACA 1 172 1 ATAGGTTATATTTAATTTTTTTGTAATC 1 282 1 TAACTAGTATTTTAAAAAATTTGCAGTAAGA 3 164 0 TTTAAAGATATTATTTACTTGT 5 1 1 CTCACGGTATTTAAAAATATTTTTCCTTTGA 1 245 0 AATGTTTTACATATTAAAAATTTGT 3 285 0 TATAGTAAATTTAAAGAAATTTGCTATAATA 3 255 1 TATGCCCTCTATAATATATTATTTAATACG 0 280 0 TCGAAATGTATATAATATATTACTTTCAACT 6 263 0 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139 1 ATTAGTATAATAGTCTATATTTTATCCTCAATTC 3 219 1 ATTCCTTTTTAATTTTTCGAAATGTA 6 284 0 TATTTATAGGTTATATTTAATTTTTTTGTAATC 1 277 1 AAAATTGTTTTAGTTTAATAATTTTCCTATTA 2 119 0 TAAAGCCATTTGTAATATAGTATTATGCGTATTA 0 253 1 ATACAGGATCAACAATATTGTATTGATTCACTGG 4 21 1 * * **** **** MAP Score: 23.6038 Motif 6 AAAAAAATCTTGCAATAACTAATAAAAAAAACTA 7 31 1 TGAGATAAAATCTAAAAACAAAAAATAATT 4 86 1 TATATACATTTCGAAAAATTAAAAAGGAAT 6 280 1 AATTGTTAATTTAAAAAATTTAAAGTAAAAATTT 1 172 0 AATACAAATTTTTAATATGTAAAACATT 3 282 1 GGATGTCTATTGCAATAAATTAAATAATGCTATA 6 60 1 TAATTTTAAATAAAATAAGTTAAATGCA 5 31 1 TCAACTATTTTAAAATAATCAATTAATTGTCTTT 6 235 0 GATTACAAAAAAATTAAATATAACCTATAA 1 280 0 AATTTCTATTATTAAAAATTAAAATATTGATACT 1 92 1 TTTAAACAACAGCAAAAAAAAAAAAGACAATTAA 6 213 1 CAGTCTATCTTTTAATAAAAAAATCACAGAATAT 0 37 1 AGCAATCTCATGAAATAATAAAATTTATTAGATT 2 53 1 ATTATGCGTATTAAATAATATATTATAGAGGGCA 0 274 1 AAGATTTTTTTATAAAAATGTATTAGAATGTG 7 8 0 AATAGTTGAAAGTAATATATTATATACATTTCGA 6 260 1 TGAAGTAATCATCAATAATATAAAACCATTTCAG 0 73 0 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3.10984