AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i RP/RP_operons021_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238298
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	RP042	158	CELL CYCLE PROTEIN MESJ (mesJ)
#1	RP043	50	CELL DIVISION PROTEIN FTSH  (ftsH)
#2	RP242	225	CDP-DIACYLGLYCEROL--SERINE O-PHOSPHATIDYLTRANSFERASE (pssA)
#3	RP456	171	RIBOSOMAL PROTEIN L36 (rpmJ)
#4	RP605	229	PEPTIDYL-TRNA HYDROLASE (pth)
#5	RP606	224	PROBABLE 50S RIBOSOMAL PROTEIN L25 (rplY)

Motif 1
TGTTCTTTATATAGTATTTTTGAGTATTAAAATTGTTAAAA	2	110	1
CTTGAATTTTATATTAATTGATTCTATTATAGTCTTCTTTA	5	174	1
CATTTTCATTATATTTATTAGGTATATTGTT          	4	208	1
AACTGAAACTACAATTTTTATCTGTATTAATTAGTAAATTC	5	81	0
TTAATTTTAATTAATAGTTTAATACATTAAAACGTTATTAA	3	25	1
TTAAATAGCATTAATTATTAATTCTATTAAAACTATACAGA	3	75	1
CTTTAAATCAATATTTCTTCAAACATTTTCATTATATTTAT	4	185	1
ATGTTTGATCACAGTATTCACGAATATTTTACAATACTAAC	0	113	1
       TTAAGAATTTATAAATTAATTTTAATTAATAGTT	3	3	1
TATAGCATTATTATTGTTTAATTGAATTGATATATATCAGA	0	37	1
TAGTACCGATAAAATTTTTATTAGGTTTTATATCG      	1	25	1
ACCTCTAATAAAACTAATTCCAAACTTTATTACGTTGCTTG	2	180	1
CATTAAAACGTTATTAATTCCGAGCTTTAAATAGCATTAAT	3	49	1
AGAATTACACTAATTTTATGCAAGAATTGTAAAATTTGTCT	2	29	1
AATCGCACTCTGATTGGATTTCTTTATTAAATTACTACGTG	4	80	1
     ACAATATACTTATTACATTAATTGGGATTAATAATA	3	145	0
   CTACTAGTTATTGTACAGTAGAATTACACTAATTTTAT	2	7	1
AATTCGTCAATGACTTTATAATTGCTTTACAATCCACTGAA	5	45	0
TTAAACACATAGAATTGTTGCGTGGATCTGATATATATCAA	0	63	0
          * * *  **   *  ***  *
MAP Score: 18.8611

Motif 2
GATCCACGCAACAATTCTATGTGTTTAATGACATACTAT	0	76	1
TAGATCTACGAATTTTTAACAATTTTAATACTCAAAAAT	2	125	0
ATTAATTCCGAGCTTTAAATAGCATTAATTATTAATTCT	3	61	1
AAGTTCTGTATAGTTTTAATAGAATTAATAATTAATGCT	3	81	0
TTTGCCAATGTTCTTTGCATTCAATTAATTCATGATGTT	2	75	1
GTCAAAATATAGCATTATTATTGTTTAATTGAATTGATA	0	30	1
AATGTATTAAACTATTAATTAAAATTAATTTATAAATTC	3	14	0
ATTGTACAGTAGAATTACACTAATTTTATGCAAGAATTG	2	19	1
AAAAATGTTTATTATTAATCCCAATTAATGTAATAAGTA	3	136	1
ATTTCTTCAAACATTTTCATTATATTTATTAGGTATATT	4	197	1
CTGAAACTACAATTTTTATCTGTATTAATTAGTAAATTC	5	81	0
TAAAGAAGACTATAATAGAATCAATTAATATAAAATTCA	5	176	0
GTACCGATAAAATTTTTATTAGGTTTTATATCG      	1	27	1
TGCTTTACAATCCACTGAAACTTTTTAATTATCAGCCTT	5	25	0
AGGATTGCATTATTTTGTACTTCTTTAAATCAATATTTC	4	163	1
TCAATTAATATAAAATTCAAGTATTTTATCCATATTGAA	5	156	0
TAAAAATTTTATCGGTACTATAATTTAATACCGGG    	1	6	0
ATAGTTTAATACATTAAAACGTTATTAATTCCGAGCTTT	3	38	1
          *   **  *    ******
MAP Score: 18.8178

Motif 3
TAGTACCGATAAAATTTTTATTAGGTTTTATAT	1	25	1
     TTAAGAATTTATAAATTAATTTTAATTA	3	5	1
TTAATGTATTAAACTATTAATTAAAATTAATTT	3	22	0
AGTTTTAATAGAATTAATAATTAATGCTATTTA	3	76	0
TACAGAACTTAATTGACTGATTAGATAAAAATG	3	110	1
TGATTAGATAAAAATGTTTATTATTAATCCCAA	3	127	1
        ACAATATACTTATTACATTAATTGG	3	156	0
ACTCTGATTGGATTTCTTTATTAAATTACTACG	4	86	1
TAACTCCGATCAATTTTTCATTACACCACGTAG	4	114	0
AATGTTTGAAGAAATATTGATTTAAAGAAGTAC	4	179	0
TATTTCTTCAAACATTTTCATTATATTTATTAG	4	196	1
AATCCACTGAAACTTTTTAATTATCAGCCTTTT	5	23	0
GTCATTGACGAATTTACTAATTAATACAGATAA	5	72	1
TAAAATACTTGAATTTTATATTAATTGATTCTA	5	167	1
          ** ** ** ****
MAP Score: 17.3549

Motif 4
TAATAATGCTATATTTTGACAATAGTAACAATAAAGAAAC	0	10	0
AGTATTCACGAATATTTTACAATACTAACATCCTTCAATA	0	125	1
GTACCGATAAAATTTTTATTAGGTTTTATATCG       	1	27	1
TTCTTTATATAGTATTTTTGAGTATTAAAATTGTTAAAAA	2	112	1
TAAAATTGTTAAAAATTCGTAGATCTATCATCACTAAACC	2	137	1
CTCTAATAAAACTAATTCCAAACTTTATTACGTTGCTTGG	2	182	1
ATTAATTAAAATTAATTTATAAATTCTTAA          	3	0	0
AATTTTAATTAATAGTTTAATACATTAAAACGTTATTAAT	3	27	1
TTAAAACGTTATTAATTCCGAGCTTTAAATAGCATTAATT	3	51	1
TTTAAATAGCATTAATTATTAATTCTATTAAAACTATACA	3	74	1
TACTTATTACATTAATTGGGATTAATAATAAACATTTTTA	3	135	0
CTACTCGCTTAGATATTTAAATCGTCATTACAAAAGACAA	4	31	1
TAAGGATTGCATTATTTTGTACTTCTTTAAATCAATATTT	4	161	1
TGACGAATTTACTAATTAATACAGATAAAAATTGTAGTTT	5	77	1
ATATGGATAAAATACTTGAATTTTATATTAATTGATTCTA	5	160	1
          * ** **   *    *** *
MAP Score: 16.6116

Motif 5
ACTATGTTTGATCACAGTATTCACGAATATTTTACAATACTAA	0	110	1
CCGGTATTAAATTATAGTACCGATAAAATTTTTATTAGGTTTT	1	11	1
TGTTCTTTGCATTCAATTAATTCATGATGTTCTTTATATAGTA	2	83	1
ATTTTTAACAATTTTAATACTCAAAAATACTATATAAAGAACA	2	110	0
TGTACCTCTAATAAAACTAATTCCAAACTTTATTACGTTGCTT	2	177	1
GTTTTAATGTATTAAACTATTAATTAAAATTAATTTATAAATT	3	15	0
CGAGCTTTAAATAGCATTAATTATTAATTCTATTAAAACTATA	3	69	1
AAACATTTTTATCTAATCAGTCAATTAAGTTCTGTATAGTTTT	3	103	0
ATTACATTAATTGGGATTAATAATAAACATTTTTATCTAATCA	3	127	0
TCGCACTCTGATTGGATTTCTTTATTAAATTACTACGTGGTGT	4	82	1
GAAGCTAAGGATTGCATTATTTTGTACTTCTTTAAATCAATAT	4	156	1
AAACATTTTCATTATATTTATTAGGTATATTGTT         	4	205	1
ATTAATACAGATAAAAATTGTAGTTTCAGTTTTTGCTGGATTA	5	91	1
ATACTTGAATTTTATATTAATTGATTCTATTATAGTCTTCTTT	5	171	1
          **   * ** *     *  ** *
MAP Score: 16.47

Motif 6
          TTAAGAATTTATAAATTAATTTTAATTAATAGTT	3	0	1
AAATATTGATTTAAAGAAGTACAAAATAATGCAATCCTTAGCTT	4	157	0
GATAGTCACTTTCAATATGGATAAAATACTTGAATTTTATATTA	5	146	1
AATTACTACGTGGTGTAATGAAAAATTGATCGGAGTTATAGTAA	4	109	1
TATTATAGTCTTCTTTAAGTTTAAAGTGTTGAAATA        	5	198	1
TTATATAGTATTTTTGAGTATTAAAATTGTTAAAAATTCGTAGA	2	116	1
CTAGTTATTGTACAGTAGAATTACACTAATTTTATGCAAGAATT	2	13	1
GGCAAATTGATAGACAAATTTTACAATTCTTGCATAAAATTAGT	2	37	0
ACAATAATAATGCTATATTTTGACAATAGTAACAATAAAGAAAC	0	10	0
CAGTGGATTGTAAAGCAATTATAAAGTCATTGACGAATTTACTA	5	47	1
GGTATTAAATTATAGTACCGATAAAATTTTTATTAGGTTTTATA	1	13	1
TGTATAGTTTTAATAGAATTAATAATTAATGCTATTTAAAGCTC	3	70	0
AATATACCTAATAAATATAATGAAAATGTTTGAAGAAATATTGA	4	192	0
CCAAGCAACGTAATAAAGTTTGGAATTAGTTTTATTAGAGGTAC	2	178	0
          *  *  *   * *** *  *   *
MAP Score: 12.7434

Motif 7
GTGAATACTGTGATCAAACATAGTATGTCATTAAACACATAGAATTG	0	87	0
TTCATGATGTTCTTTATATAGTATTTTTGAGTATTAAAATTGTTAAA	2	103	1
ACAGGTTTAGTGATGATAGATCTACGAATTTTTAACAATTTTAATAC	2	133	0
CCTGTACCTCTAATAAAACTAATTCCAAACTTTATTACGTTGCTTGG	2	175	1
ATTAAACTATTAATTAAAATTAATTTATAAATTCTTAA         	3	1	0
TCAATTAAGTTCTGTATAGTTTTAATAGAATTAATAATTAATGCTAT	3	79	0
CTTAATTGACTGATTAGATAAAAATGTTTATTATTAATCCCAATTAA	3	117	1
 TGTAAGTTCTTATGATAATAGCTACTCGCTTAGATATTTAAATCGT	4	9	1
ATTTAAATCGTCATTACAAAAGACAAAGCGATGTTAATCGCACTCTG	4	45	1
TTGGATTTCTTTATTAAATTACTACGTGGTGTAATGAAAAATTGATC	4	93	1
CTAATAAATATAATGAAAATGTTTGAAGAAATATTGATTTAAAGAAG	4	182	0
AAAAGGCTGATAATTAAAAAGTTTCAGTGGATTGTAAAGCAATTATA	5	23	1
TCTGTATTAATTAGTAAATTCGTCAATGACTTTATAATTGCTTTACA	5	55	0
CTTTCAATATGGATAAAATACTTGAATTTTATATTAATTGATTCTAT	5	154	1
          * ** * * *           ** * *
MAP Score: 11.4101

Motif 8
AGATCCACGCAACAATTCTATGTGTTTAATGACATAC	0	75	1
TAGTACCGATAAAATTTTTATTAGGTTTTATATCG  	1	25	1
AGAATTGTAAAATTTGTCTATCAATTTGCCAATGTTC	2	51	1
CTTTGCATTCAATTAATTCATGATGTTCTTTATATAG	2	87	1
     TTAAGAATTTATAAATTAATTTTAATTAATAG	3	5	1
ATTTTTATCTAATCAGTCAATTAAGTTCTGTATAGTT	3	105	0
ACTCTGATTGGATTTCTTTATTAAATTACTACGTGGT	4	86	1
ATGTGAAGCTAAGGATTGCATTATTTTGTACTTCTTT	4	152	1
TATTTCTTCAAACATTTTCATTATATTTATTAGGTAT	4	196	1
          **  * *  ****  **
MAP Score: 7.88253