AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i RP/RP_operons022_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238358
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	RP183	300	unknown
#1	RP382	300	unknown
#2	RP440_RP441	86	RP440: unknown, RP441: unknown
#3	RP452	300	unknown
#4	RP478	103	unknown
#5	RP479	77	OCTAPRENYL-DIPHOSPHATE SYNTHASE (ispB)

Motif 1
CTCACTGCTGAAGAATATTATAAGTTTTTGAGATTT	0	207	1
TCTTGTATCCAATATCATTTTTATTTTGTTAAGTTG	0	39	0
TTTATTCTTATAACTTATTATTAGTTAAGCGTCTAT	2	37	1
TAACATTCTATAAAAAATTTTTACTTTAAATTTTTT	1	158	1
TATATCTGATAAATTGAATGTAAATTAAATGAATGC	3	101	0
ATGACTGTTAAAAAATAATTTTAATTGTTAATTTAA	1	192	0
GTATATCAGTATCAATATTTTAATTTTTAATAATAG	1	97	0
TTACTACCTAATTCTTATTATAAGTTTGATAGCAAT	3	204	0
ATTTAGTTATTAACTTAATTTAAGTTCTT       	0	281	1
CTACTTGTTTTACTAAAATCTAATTTTTCTTGCAAT	4	40	1
TAGCAAATCATACATCAATGTTAATTTAAA      	4	83	1
ATTATAAGTTTTTGAGATTTTAAATTGAATCCTTGA	0	223	1
TAAAATAATAAAATAAATATTAAGTTAAATT     	2	5	0
TTCACCTCAAATCTTAAATCTTAGTTACCTAAATCC	0	172	1
TGTATCTCTATATTAAATAATAATTTGTGGTCGTAT	3	152	1
GAGCTATTTATAGGTTATATTTAATTTTTTTGTAAT	1	273	1
TTGTAAGCCTATATGTATATTTAGTTATTAACTTAA	0	263	1
TTTATTGCTAAATTCCAGTATTAGTTGTCATACTAT	5	44	0
TAGGTAGTAATAAAGAAATATATTTTGCAAAATTAT	3	230	1
TATCCTTTTTATAGTTAATCTATATTAATAGACATA	3	263	0
GTACCTTATCAAAGGAAAAATATTTTTAAATACCGT	1	237	1
          **    *** *** **
MAP Score: 26.2161

Motif 2
AACAAAATAAAAATGATATTGGATACAAGAAATAAGCAAAATAG	0	45	1
TAAGGTACATAATCTATATGACTGTTAAAAAATAATTTTAATTG	1	201	0
TCAAGGATTCAATTTAAAATCTCAAAAACTTATAATATTCTTCA	0	215	0
ATAAGTTTGATAGCAATATATGGATTAAAAGATATACGACCACA	3	177	0
GATCACAAAATATGGATATAGCGGTTAAGCTATAGTATGACAAC	5	13	1
ATAGTATGACAACTAATACTGGAATTTAGCAATAAAAAATATC 	5	44	1
ATAGACGCTTAACTAATAATAAGTTATAAGAATAAAATAATAAA	2	29	0
AAATGAATGCAATTAAAAGACGTTTAAAGTTAAAAGATGTGCGA	3	67	0
AAGAATAAAATAATAAAATAAATATTAAGTTAAATT        	2	2	0
TTATAATTGCAAGAAAAATTAGATTTTAGTAAAACAAGTAGCAT	4	37	0
AAATATAACCTATAAATAGCTCACGGTATTTAAAAATATTTTTC	1	251	0
ATAGATTAACTATAAAAAGGATATAATAATTAAA          	3	276	1
TCTATTATTAAAAATTAAAATATTGATACTGATATACTATTTAT	1	96	1
AAATAATTTTAATTGTTAATTTAAAAAATTTAAAGTAAAAATTT	1	172	0
TTTCTTGAAAAATGCTTAAACGTTGCAAAAAAAATGAAATAG  	3	8	0
CTATCAAACTTATAATAAGAATTAGGTAGTAATAAAGAAATATA	3	208	1
GAACTTAAATTAAGTTAATAACTAAATATACATATAGGCTTACA	0	264	0
GTTAAGCGTCTATATATTAAAAAAGAAATTCATATT        	2	60	1
GTTCACCTCAAATCTTAAATCTTAGTTACCTAAATCCTCACTGC	0	171	1
ATACGACCACAAATTATTATTTAATATAGAGATACAGGTTCTAA	3	144	0
ATCGACCTAGAATGAATAACATTCTATAAAAAATTTTTACTTTA	1	142	1
          **   ***        **   ***
MAP Score: 21.329

Motif 3
ATAGTCAACTTAACAAAATAAAAATGATATTGGAT	0	34	1
AAGAATAAAATAATAAAATAAATATTAAGTTAAAT	2	11	0
TATTTTAATTTTTAATAATAGAAATTGGGTATAGG	1	83	0
TACAAGAAATAAGCAAAATAGATATGTTCTATTGC	0	68	1
ATTAAGTTAATAACTAAATATACATATAGGCTTAC	0	265	0
AGACATAATTTTGCAAAATATATTTCTTTATTACT	3	235	0
ATAGTTAATCTATATTAATAGACATAATTTTGCAA	3	254	0
     TCTGATCACAAAATATGGATATAGCGGTTA	5	5	1
AGCGTCTATATATTAAAAAAGAAATTCATATT   	2	64	1
TATTATTAAAAATTAAAATATTGATACTGATATAC	1	98	1
TATATGACTGTTAAAAAATAATTTTAATTGTTAAT	1	196	0
GCTCACGGTATTTAAAAATATTTTTCCTTTGATAA	1	242	0
TTGCTATCAAACTTATAATAAGAATTAGGTAGTAA	3	205	1
ACTGGAATTTAGCAATAAAAAATATC         	5	61	1
CTGTATCTCTATATTAAATAATAATTTGTGGTCGT	3	151	1
TAGCAATATATGGATTAAAAGATATACGACCACAA	3	176	0
ATGAATAACATTCTATAAAAAATTTTTACTTTAAA	1	153	1
AATCTCAAAAACTTATAATATTCTTCAGCAGTGAG	0	207	0
CTTATTATCGTGACTAAATACTTTTACCTATACCC	1	57	1
AATATAGATTAACTATAAAAAGGATATAATAATTA	3	273	1
TTTTAATTGTTAATTTAAAAAATTTAAAGTAAAAA	1	175	0
    GATTACAAAAAAATTAAATATAACCTATAAA	1	279	0
          *   ****** * **
MAP Score: 19.8919

Motif 4
ATAGTCAACTTAACAAAATAAAAATGATATTGG	0	34	1
ATGATATTGGATACAAGAAATAAGCAAAATAGA	0	57	1
GCTAGATTGATTATAATAAGCAATAGAACATAT	0	89	0
TATGCTGTATTAGCAAGAATTAACGCGTTCACC	0	145	1
GGATTTAGGTAACTAAGATTTAAGATTTGAGGT	0	175	0
GTTTTTGAGATTTTAAATTGAATCCTTGAAATT	0	230	1
ATTAATCACAATTCAATATCAAACTACAAGAAA	1	14	1
TTAGTCACGATAATAAGTTTTATGCTGTTTCTT	1	41	0
CAATTTCTATTATTAAAAATTAAAATATTGATA	1	91	1
CTAGGTCGATTAATAAATAGTATATCAGTATCA	1	119	0
TTTTTTAAATTAACAATTAAAATTATTTTTTAA	1	188	1
ATAAAATAAATATTAAGTTAAATT         	2	1	0
TAATAATAAGTTATAAGAATAAAATAATAAAAT	2	27	0
AGCGTCTATATATTAAAAAAGAAATTCATATT 	2	64	1
TGCTTAAACGTTGCAAAAAAAATGAAATAG   	3	7	0
TGTATCTCTATATTAAATAATAATTTGTGGTCG	3	152	1
CTAATTCTTATTATAAGTTTGATAGCAATATAT	3	200	0
AAGAATTAGGTAGTAATAAAGAAATATATTTTG	3	224	1
AGACATAATTTTGCAAAATATATTTCTTTATTA	3	237	0
AAATTATGTCTATTAATATAGATTAACTATAAA	3	259	1
TATAAAAAGGATATAATAATTAAA         	3	286	1
GATTTTAGTAAAACAAGTAGCATATGATTATCC	4	27	0
CTACTTGTTTTACTAAAATCTAATTTTTCTTGC	4	40	1
CTAATTTTTCTTGCAATTATAAACTAGCAAATC	4	59	1
TACTGGAATTTAGCAATAAAAAATATC      	5	60	1
          ** ******  **
MAP Score: 18.3913

Motif 5
ATAAAAATGATATTGGATACAAGAAATAAGCAAAATAGA	0	51	1
AGCACTCAAATTTTGAGTTACAAGTATATGCTGTATTAG	0	119	1
ACAAGTATATGCTGTATTAGCAAGAATTAACGCGTTCAC	0	138	1
TGTAAGCCTATATGTATATTTAGTTATTAACTTAATTTA	0	264	1
CTATACCCAATTTCTATTATTAAAAATTAAAATATTGAT	1	84	1
TATAAAAAATTTTTACTTTAAATTTTTTAAATTAACAAT	1	166	1
CAATTAAAATTATTTTTTAACAGTCATATAGATTATGTA	1	201	1
GTGAGCTATTTATAGGTTATATTTAATTTTTTTGTAATC	1	271	1
        AATTTAACTTAATATTTATTTTATTATTTTA	2	2	1
ATATTTATTTTATTATTTTATTCTTATAACTTATTATTA	2	21	1
GTTAAGCGTCTATATATTAAAAAAGAAATTCATATT   	2	60	1
ATTGCATTCATTTAATTTACATTCAATTTATCAGATATA	3	98	1
AGAACCTGTATCTCTATATTAAATAATAATTTGTGGTCG	3	146	1
TTTGTGGTCGTATATCTTTTAATCCATATATTGCTATCA	3	175	1
TGCAAAATTATGTCTATTAATATAGATTAACTATAAAAA	3	255	1
ATGCTACTTGTTTTACTAAAATCTAATTTTTCTTGCAAT	4	37	1
          * *   ***  *   ****
MAP Score: 1.45969

Motif 6
AATATCATTTTTATTTTGTTAAGTTGACTATGCTTCTTTAT	0	24	0
AGAACATATCTATTTTGCTTATTTCTTGTATCCAATATCAT	0	57	0
GAACGCGTTAATTCTTGCTAATACAGCATATACTTGTAACT	0	134	0
GCTGAAGAATATTATAAGTTTTTGAGATTTTAAATTGAATC	0	213	1
TTAAATTAAGTTAATAACTAAATATACATATAGGCTTACAA	0	263	0
AAACTACAAGAAACAGCATAAAACTTATTATCGTGACTAAA	1	34	1
ACCTATACCCAATTTCTATTATTAAAAATTAAAATATTGAT	1	82	1
AAATTAAAATATTGATACTGATATACTATTTATTAATCGAC	1	107	1
ATTTAAAAAATTTAAAGTAAAAATTTTTTATAGAATGTTAT	1	157	0
ACTGTTAAAAAATAATTTTAATTGTTAATTTAAAAAATTTA	1	184	0
AAAATTATTTTTTAACAGTCATATAGATTATGTACCTTATC	1	206	1
AGCTCACGGTATTTAAAAATATTTTTCCTTTGATAAGGTAC	1	237	0
CCGTGAGCTATTTATAGGTTATATTTAATTTTTTTGTAATC	1	269	1
          AATTTAACTTAATATTTATTTTATTATTTTA	2	0	1
TTTATTTTATTATTTTATTCTTATAACTTATTATTAGTTAA	2	24	1
ATGAATTTCTTTTTTAATATATAGACGCTTAACTAATAATA	2	52	0
ATCGCACATCTTTTAACTTTAAACGTCTTTTAATTGCATTC	3	66	1
ATTGCATTCATTTAATTTACATTCAATTTATCAGATATAAA	3	98	1
TTAGAACCTGTATCTCTATATTAAATAATAATTTGTGGTCG	3	144	1
TTTGTGGTCGTATATCTTTTAATCCATATATTGCTATCAAA	3	175	1
TATTTCTTTATTACTACCTAATTCTTATTATAAGTTTGATA	3	209	0
AAAGAAATATATTTTGCAAAATTATGTCTATTAATATAGAT	3	241	1
ATTATATCCTTTTTATAGTTAATCTATATTAATAGACATAA	3	262	0
AAATTAGATTTTAGTAAAACAAGTAGCATATGATTATCCAC	4	25	0
   GATATTTTTTATTGCTAAATTCCAGTATTAGTTGTCAT	5	49	0
          *** *   * **      ***
MAP Score: 1.03032