AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i RP/RP_operons022_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944238385 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 RP183 300 unknown #1 RP382 300 unknown #2 RP440_RP441 86 RP440: unknown, RP441: unknown #3 RP452 300 unknown #4 RP476 300 LIPOPOLYSACCHARIDE 1,2-GLUCOSYLTRANSFERASE (rfaJ) #5 RP477 68 ADP,ATP CARRIER PROTEIN (tlc3) #6 RP478 103 unknown #7 RP479 77 OCTAPRENYL-DIPHOSPHATE SYNTHASE (ispB) Motif 1 GTATCAATATTTTAATTTTTAATAATAGAAAT 1 93 0 TATTTGCTCTTTTTATTTTGAATTGTTAAAAT 4 251 1 TCGCACATCTTTTAACTTTAAACGTCTTTTAA 3 67 1 TATAAAAAATTTTTACTTTAAATTTTTTAAAT 1 166 1 AATATGAATTTCTTTTTTAATATATAGACG 2 66 0 AAGCCTCTCCTTTTTCTTTTAATTTTGTATCA 4 105 1 TGATTTTAATTGACTTTAAAACTTAAGCGA 5 8 1 TTTCTTGTAGTTTGATATTGAATTGTGATTAA 1 15 0 AACAATTAAAATTATTTTTTAACAGTCATATA 1 199 1 CATTCATTTAATTTACATTCAATTTATCAGAT 3 102 1 ACGACCACAAATTATTATTTAATATAGAGATA 3 154 0 TTTGTGGTCGTATATCTTTTAATCCATATATT 3 175 1 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