AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i RP/RP_operons023_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238410
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	RP256	300	RIBONUCLEASE E (rne)
#1	RP258	126	unknown
#2	RP259	56	PENICILLIN-BINDING PROTEIN 4* (pbpE)

Motif 1
TTTAATTTAAAAATAATGAATTAAATAATAT	0	64	1
AATACAAGATAAGCAATGATTTGTCTTAAGA	0	230	1
TTTTTTATGGATAAAATGATTTTGTTAAGAA	0	196	1
ATCCATAATTAAAAAATGAAATTTTAGATAA	0	162	0
TTTTTAAATTAAATAATAATTTATATACAAT	0	46	0
ACATGCGATCAAGCAATAAATAATACCAAAT	1	57	0
ACATACAATAAAATAATAAAAAGTTCTAA  	1	107	1
CATATAATTAATATAATGCTTGTATCTTAAG	0	254	0
TAATGTAAGAAAGTAATAATATATTTTTTAG	0	105	1
TGATTTTGTTAAGAAATTAATACAAGATAAG	0	212	1
TACATAGTTCGAGAAATGAATTTGGTATTAT	1	38	1
CGAACTATGTAAACAATACAAACTTCACCAC	1	18	0
ATTTTATTGTATGTATTGATTCTGCCACTTT	1	90	0
TTTTATCCATAAAAAATTTATCCATAATTAA	0	181	0
AATGAATTAAATAATATGAAAATATTTTAAT	0	78	1
TCGGAGCTATATACAATTTATTTTAAGAGAC	2	13	0
          *** *******
MAP Score: 15.9478

Motif 2
TTAGATTATCAGCTTTTAATCCAGTATGGTAGTCTTA	0	10	1
TAAATTAAATAATAATTTATATACAATAAGACTACCA	0	36	0
ATATTTTCATATTATTTAATTCATTATTTTTAAATTA	0	66	0
TTTTAATGTAAGAAAGTAATAATATATTTTTTAGTAT	0	102	1
CCATAATTAAAAAATGAAATTTTAGATAAACTTTAAA	0	154	0
TTTATCCATAAAAAATTTATCCATAATTAAAAAATGA	0	174	0
GATTTTGTTAAGAAATTAATACAAGATAAGCAATGAT	0	213	1
TTAAGATACAAGCATTATATTAATTATATGTTCTTCA	0	255	1
ACATAGTTCGAGAAATGAATTTGGTATTATTTATTGC	1	39	1
 CTTGTCTCTTAAAATAAATTGTATATAGCTCCGAAA	2	9	1
          ** *** ***     **
MAP Score: 9.8073

Motif 3
CTTATTGTATATAAATTATTATTTAATTTAAAAATAA	0	43	1
CATTAAAATATTTTCATATTATTTAATTCATTATTTT	0	73	0
TAAGAAAGTAATAATATATTTTTTAGTATTTTAAAGA	0	110	1
TCATTTTTTAATTATGGATAAATTTTTTATGGATAAA	0	174	1
ATCATTGCTTATCTTGTATTAATTTCTTAACAAAATC	0	213	0
CAAGCATTATATTAATTATATGTTCTTCAAGTTAGTG	0	263	1
CGAGAAATGAATTTGGTATTATTTATTGCTTGATCGC	1	47	1
     TTAGAACTTTTTATTATTTTATTGTATGTATT	1	104	0
          **    ***** **  *
MAP Score: 9.75911

Motif 4
CTTATTGTATATAAATTATTATTTAATTTAAAAATAATG	0	43	1
TATTTAATTTAAAAATAATGAATTAAATAATATGAAAAT	0	62	1
ATTAAATAATATGAAAATATTTTAATGTAAGAAAGTAAT	0	83	1
ATTTTAATGTAAGAAAGTAATAATATATTTTTTAGTATT	0	101	1
TCCATAATTAAAAAATGAAATTTTAGATAAACTTTAAAT	0	153	0
TTTTATCCATAAAAAATTTATCCATAATTAAAAAATGAA	0	173	0
TTAATTTCTTAACAAAATCATTTTATCCATAAAAAATTT	0	193	0
TGATTTTGTTAAGAAATTAATACAAGATAAGCAATGATT	0	212	1
CACTAACTTGAAGAACATATAATTAATATAATGCTTGTA	0	261	0
AGTTCGAGAAATGAATTTGGTATTATTTATTGCTTGATC	1	43	1
CAATACATACAATAAAATAATAAAAAGTTCTAA      	1	103	1
  CTTGTCTCTTAAAATAAATTGTATATAGCTCCGAAAA	2	8	1
          ** **  *  *  **  **
MAP Score: 2.83864