AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i RP/RP_operons023_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238419
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	RP256	300	RIBONUCLEASE E (rne)
#1	RP257	300	CYTOCHROME C OXIDASE ASSEMBLY PROTEI (coxW)
#2	RP258	126	unknown
#3	RP259	56	PENICILLIN-BINDING PROTEIN 4* (pbpE)

Motif 1
AGTATGGTAGTCTTATTGTATATAAATTATTA	0	32	1
ATTGTATATAAATTATTATTTAATTTAAAAAT	0	46	1
ATATTATTTAATTCATTATTTTTAAATTAAAT	0	63	0
TAAAATATTTTCATATTATTTAATTCATTATT	0	75	0
GAAAGTAATAATATATTTTTTAGTATTTTAAA	0	113	1
TATTTTAAAGAGGTGTTATTTAAAGTTTATCT	0	136	1
TTATCTAAAATTTCATTTTTTAATTATGGATA	0	162	1
TTAATTATGGATAAATTTTTTATGGATAAAAT	0	181	1
ATTGCTTATCTTGTATTAATTTCTTAACAAAA	0	215	0
GATACAAGCATTATATTAATTATATGTTCTTC	0	259	1
TCAGTTATCTTGTTATTTTTTACCGTGAAATT	1	81	1
CTAAACTTATATAAGTTTTTTTTGTTCCCGAA	1	127	1
GTTAAGTATTTTAAATTATTTAGCTTCTATCA	1	257	1
     TTGTCTTATATTTTTTATTATTGATAG	1	283	0
GTGGTGAAGTTTGTATTGTTTACATAGTTCGA	2	18	1
GAAATGAATTTGGTATTATTTATTGCTTGATC	2	50	1
  TTAGAACTTTTTATTATTTTATTGTATGTA	2	106	0
GTCTCTTAAAATAAATTGTATATAGCTCCGAA	3	13	1
          ** **** ****
MAP Score: 24.4149

Motif 2
TTTTAAATTAAATAATAATTTATATACAATAAGACTACC	0	37	0
TTAATTTAAAAATAATGAATTAAATAATATGAAAATATT	0	65	1
AATGTAAGAAAGTAATAATATATTTTTTAGTATTTTAAA	0	106	1
TCCATAATTAAAAAATGAAATTTTAGATAAACTTTAAAT	0	153	0
TTTTTATGGATAAAATGATTTTGTTAAGAAATTAATACA	0	197	1
ATACAAGATAAGCAATGATTTGTCTTAAGATACAAGCAT	0	231	1
CTTAAGATACAAGCATTATATTAATTATATGTTCTTCAA	0	254	1
ATTGTTCTACAAAACTGATATCGCTTCAATTACTGCTAA	1	20	0
GGGAACAAAAAAAACTTATATAAGTTTAGATATAGATTA	1	117	0
CCGAAGATATAATACTTATGAACATGCGATATATCACCT	1	154	1
ATATCACCTCAATACTTAAGTAAATATAAGCATTAAGGA	1	184	1
GTGATTATGTAAAAATGAATTTACGTTAAGTATTTTAAA	1	233	1
GTTAAGTATTTTAAATTATTTAGCTTCTATCAATAATAA	1	257	1
AGCTTCTATCAATAATAAAAAATATAAGACAA       	1	278	1
ACATAGTTCGAGAAATGAATTTGGTATTATTTATTGCTT	2	39	1
AATCAATACATACAATAAAATAATAAAAAGTTCTAA   	2	100	1
 CTTGTCTCTTAAAATAAATTGTATATAGCTCCGAAAAT	3	9	1
          ** *** ** *   *   *
MAP Score: 16.3689

Motif 3
AGTCTTATTGTATATAAATTATTATTTAATTT	0	40	1
TATAAATTATTATTTAATTTAAAAATAATGAA	0	52	1
ATTTTCATATTATTTAATTCATTATTTTTAAA	0	69	0
AATATGAAAATATTTTAATGTAAGAAAGTAAT	0	90	1
TACTAAAAAATATATTATTACTTTCTTACATT	0	106	0
TAATAATATATTTTTTAGTATTTTAAAGAGGT	0	118	1
AAAGAGGTGTTATTTAAAGTTTATCTAAAATT	0	142	1
TAAAATTTCATTTTTTAATTATGGATAAATTT	0	167	1
TATGGATAAATTTTTTATGGATAAAATGATTT	0	186	1
ATACAAGCATTATATTAATTATATGTTCTTCA	0	260	1
TATCTAAACTTATATAAGTTTTTTTTGTTCCC	1	124	1
TTCCCGAAGATATAATACTTATGAACATGCGA	1	151	1
ACGTTAAGTATTTTAAATTATTTAGCTTCTAT	1	255	1
TCTTATATTTTTTATTATTGATAGAAGCTAAA	1	275	0
AACTTTTTATTATTTTATTGTATGTATTGATT	2	100	0
TTCGGAGCTATATACAATTTATTTTAAGAGAC	3	13	0
          ******* * **
MAP Score: 12.8237

Motif 4
CCATACTGGATTAAAAGCTGATAATCTAA          	0	0	0
TATGGTAGTCTTATTGTATATAAATTATTATTTAATTTA	0	34	1
ATTATTTAATTCATTATTTTTAAATTAAATAATAATTTA	0	54	0
AAATAATGAATTAAATAATATGAAAATATTTTAATGTAA	0	74	1
TAACACCTCTTTAAAATACTAAAAAATATATTATTACTT	0	115	0
TAAAGAGGTGTTATTTAAAGTTTATCTAAAATTTCATTT	0	141	1
ATCTAAAATTTCATTTTTTAATTATGGATAAATTTTTTA	0	164	1
CTTAACAAAATCATTTTATCCATAAAAAATTTATCCATA	0	186	0
TGTTAAGAAATTAATACAAGATAAGCAATGATTTGTCTT	0	218	1
CTCACTAACTTGAAGAACATATAATTAATATAATGCTTG	0	263	0
TGATATCGCTTCAATTACTGCTAAAGTATCTTTA     	1	5	0
TTTTTTACCGTGAAATTATGATAATCTATATCTAAACTT	1	96	1
ATATATCACCTCAATACTTAAGTAAATATAAGCATTAAG	1	182	1
ACTTTAGTGGTGATTATGTAAAAATGAATTTACGTTAAG	1	224	1
TGATAGAAGCTAAATAATTTAAAATACTTAACGTAAATT	1	250	0
TTAGCTTCTATCAATAATAAAAAATATAAGACAA     	1	276	1
GATCAAGCAATAAATAATACCAAATTCATTTCTCGAACT	2	43	0
GATCGCATGTTCAAAGTGGCAGAATCAATACATACAATA	2	78	1
          * ****      ***  **
MAP Score: 7.07924

Motif 5
TATGGTAGTCTTATTGTATATAAATTATTATTTAATTTA	0	34	1
TCATATTATTTAATTCATTATTTTTAAATTAAATAATAA	0	58	0
TATTATTACTTTCTTACATTAAAATATTTTCATATTATT	0	87	0
AATAACACCTCTTTAAAATACTAAAAAATATATTATTAC	0	117	0
GAGGTGTTATTTAAAGTTTATCTAAAATTTCATTTTTTA	0	145	1
AAAATTTCATTTTTTAATTATGGATAAATTTTTTATGGA	0	168	1
GGATAAATTTTTTATGGATAAAATGATTTTGTTAAGAAA	0	189	1
GACAAATCATTGCTTATCTTGTATTAATTTCTTAACAAA	0	216	0
TGTCTTAAGATACAAGCATTATATTAATTATATGTTCTT	0	251	1
AGTTATCTTGTTATTTTTTACCGTGAAATTATGATAATC	1	83	1
ATTATGATAATCTATATCTAAACTTATATAAGTTTTTTT	1	110	1
ATATATCACCTCAATACTTAAGTAAATATAAGCATTAAG	1	182	1
ACTTTAGTGGTGATTATGTAAAAATGAATTTACGTTAAG	1	224	1
AAATGAATTTACGTTAAGTATTTTAAATTATTTAGCTTC	1	245	1
TTATTTAGCTTCTATCAATAATAAAAAATATAAGACAA 	1	272	1
AGTGGCAGAATCAATACATACAATAAAATAATAAAAAGT	2	92	1
          *  **   **   * ****
MAP Score: 3.45076

Motif 6
TTTTAAATTAAATAATAATTTATATACAATAAG	0	43	0
TATTTAATTTAAAAATAATGAATTAAATAATAT	0	62	1
TGAATTAAATAATATGAAAATATTTTAATGTAA	0	80	1
AATGTAAGAAAGTAATAATATATTTTTTAGTAT	0	106	1
AAGAGGTGTTATTTAAAGTTTATCTAAAATTTC	0	143	1
CCATAATTAAAAAATGAAATTTTAGATAAACTT	0	158	0
CATTTTATCCATAAAAAATTTATCCATAATTAA	0	181	0
ATTTCTTAACAAAATCATTTTATCCATAAAAAA	0	196	0
GTCTTAAGATACAAGCATTATATTAATTATATG	0	252	1
CACTAACTTGAAGAACATATAATTAATATAATG	0	267	0
ATATAAGTTTAGATATAGATTATCATAATTTCA	1	106	0
TCGGGAACAAAAAAAACTTATATAAGTTTAGAT	1	125	0
TCGCATGTTCATAAGTATTATATCTTCGGGAAC	1	150	0
AGCTTCTATCAATAATAAAAAATATAAGACAA 	1	278	1
ATCAATACATACAATAAAATAATAAAAAGTTCT	2	101	1
GTCTCTTAAAATAAATTGTATATAGCTCCGAAA	3	13	1
GATACACAGAAAAAGTACATTTTCGGAGCTATA	3	33	0
          * *** * *****
MAP Score: 2.1493