AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i RP/RP_operons024_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944238440 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 RP203 80 EXCINUCLEASE ABC SUBUNIT B (uvrB) #1 RP540 62 POSSIBLE PRIMOSOMAL PROTEIN N (priA) #2 RP593 300 ATP-DEPENDENT DNA HELICASE RECG (recG) #3 RP599 195 unknown #4 RP669 300 PUTATIVE ATP-DEPENDENT RNA HELICASE RHLE (rhlE) #5 RP835 106 EXCINUCLEASE ABC SUBUNIT A (uvrA) Motif 1 AATAGTCATATTTGAAGATTTTTTATATTATATTACTT 2 138 1 GGGATCATCATTTCTACTTTATTTCTATGAGAGAGCAT 4 178 1 ATATAAATATATTTTATATTGTTTTTATT 1 43 0 GTTATTTTACTATAAACTTATTTTTTATATAAATAAAT 4 135 1 TACTACAAAATTTTGAGATATTTTTTAAAAAATCTGTA 5 70 0 GTATTGTATTTTTACTTGCTTTCAAAACTCTAGTTT 0 54 0 AGTGCTTAATTATTCAAGTATTTTAAAATGATTTCGGT 3 78 1 AATAAGGTTCTATGAACATCATTTTCAATGATATAGAG 3 123 0 TAATGGTTTTTATTTAAGTTATATTGATATTATGTCGT 2 79 1 CAATATCTTGTATTAAGATAGTATTGATCTCGTCTTGT 2 197 1 ATATATCATGCTGGTTTGAATAAGATTCTAA 4 3 1 AGATTACTACCTATTTTAAATATTATTATTG 5 3 1 GATAATGAATAATGAAACTATTTTAGAATCTTATTCAA 4 25 0 ATTTACGTTTTTTTCTATTATTGATAATAAAAGTT 3 7 1 TTTATTAGTATATTAACCTTTTTTAAAGATTAATATAC 2 251 1 TCTTTAATTCATTAAATTTAGTATATAATAAAAACAAT 1 17 1 CTTGTAGCATTTATTACCTAATATCAATATCTTGTATT 2 173 1 CTATTATTATATTGTATATATTATTTAGTAA 2 3 1 TGTTCTTATTAATCAATGTAGTATGTAAGCAGTTCTCA 4 227 1 ATTATCGTTTTATATATTTAGTTGGTATCTTGTAATCT 4 57 1 AAAATTTTTTTATAATAATATTATTAAAATAATAAGGT 3 153 0 AATGTTATATTTTTTATTTTTTGTAAGATCTTATAT 0 8 1 ATATTTTTTGATTCAAGATAATTATTATGTAGTTATTT 4 104 1 TGATATAATTGTACTTGTTTAGTATATTAATCTTT 2 275 0 CATATTTTGATTTAAAACTATATTGGATTATATA 4 276 1 *** * * *** ** MAP Score: 32.2505 Motif 2 TTTGTAATGGTTTTTATTTAAGTTATATTGATAT 2 75 1 ATTTACGTTTTTTTCTATTATTGATAATAAA 3 7 1 TACTATAAACTTATTTTTTATATAAATAAATCTT 4 142 1 ATAATTGTACTTGTTTAGTATATTAATCTTTAAA 2 272 0 AGTTGGTATCTTGTAATCTAGTTTAAGCATATTT 4 76 1 TTCAAGATAATTATTATGTAGTTATTTTACTATA 4 115 1 TTATAGGCTCTTTTATTTTATTATTGCAATAATA 5 33 0 AATGTTATATTTTTTATTTTTTGTAAGA 0 4 1 CTATCTCTACTTATTTTATTACTAAATAATATAT 2 25 0 GTATTGTATTTTTACTTGCTTTCAAAA 0 63 0 TTTTGATAATTTCTTTATTAGTATATTAACCTTT 2 238 1 TTAAATTTCTTTAATTCATTAAATTTAGTA 1 6 1 TCTTGCAAAATTTTTTTATAATAATATTATTAAA 3 163 0 CTATTATTATATTGTATATATTATTTAGTA 2 6 1 TTGTAAGATCTTATATATTATCTTAAACTAGAGT 0 30 1 TTTGAAGATTTTTTATATTATATTACTTGTAGCA 2 148 1 ATTGTTTTTATTATATACTAAATTTAATGAATTA 1 21 0 TGATCTCGTCTTGTTATTTTTGATAATTTCTTTA 2 221 1 TCATAGAACCTTATTATTTTAATAATATTATTAT 3 146 1 CATTATCGTTTTATATATTTAGTTGGTATCTTGT 4 56 1 TAAATATATTTTATATTGTTTTTATTATATACTA 1 35 0 TTGAATAAGATTCTAAAATAGTTTCATTATTCAT 4 25 1 AAATTTTGAGATATTTTTTAAAAAATCTGTAGTA 5 67 0 ATTACTACCTATTTTAAATATTATTATTGCAATA 5 12 1 ** **** ** ** MAP Score: 31.4752 Motif 3 AATGTTATATTTTTTATTTTTTGTAAGATCTTATATATTATCTT 0 9 1 TTAAATTTCTTTAATTCATTAAATTTAGTATATAATAAAAA 1 6 1 ATATAAATATATTTTATATTGTTTTTATTATATAC 1 37 0 TCCCTATCTCTACTTATTTTATTACTAAATAATATATACAATATA 2 17 0 CTTAGAAATTTTGTAATGGTTTTTATTTAAGTTATATTGATATTA 2 66 1 TTCCCTCCAATAATAGTCATATTTGAAGATTTTTTATATTATATT 2 127 1 CTTGTAGCATTTATTACCTAATATCAATATCTTGTATTAAGATAG 2 173 1 ATTGATCTCGTCTTGTTATTTTTGATAATTTCTTTATTAGTATAT 2 219 1 TGATATAATTGTACTTGTTTAGTATATTAATCTTTAAAAAAGG 2 267 0 ATTTACGTTTTTTTCTATTATTGATAATAAAAGTTAATAGAACT 3 9 1 GAGTGCTTAATTATTCAAGTATTTTAAAATGATTTCGGTATCTAG 3 77 1 ATTATTAAAATAATAAGGTTCTATGAACATCATTTTCAATGATAT 3 127 0 CTTATTATTTTAATAATATTATTATAAAAAAATTTTGCAAGATGT 3 155 1 CGATAATGAATAATGAAACTATTTTAGAATCTTATTCAAACCAGC 4 19 0 GTTTCATTATTCATTATCGTTTTATATATTTAGTTGGTATCTTGT 4 45 1 AGTTGGTATCTTGTAATCTAGTTTAAGCATATTTTTTGATTCAAG 4 76 1 AAGATAATTATTATGTAGTTATTTTACTATAAACTTATTTTTTAT 4 118 1 ACTATAAACTTATTTTTTATATAAATAAATCTTATGGGATCATCA 4 143 1 ATTGCACATGTCCTGTTCTTATTAATCAATGTAGTATGTAAGCAG 4 214 1 AGATTACTACCTATTTTAAATATTATTATTGCAATAATA 5 4 1 TACTACAAAATTTTGAGATATTTTTTAAAAAATCTGTAGTATTAT 5 63 0 * * * ** * ** * * MAP Score: 27.7044 Motif 4 TTCAAGATAATTATTATGTAGTTATTTTACTATAAACTTAT 4 115 1 TCGTCTTGTTATTTTTGATAATTTCTTTATTAGTATATTAA 2 226 1 ATCTGTAGTATTATAGGCTCTTTTATTTTATTATTGCAATA 5 36 0 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TATATTGATATTATGTCGTATTACGATATTTCCCTCCAATA 2 98 1 ** * * ** ** * * MAP Score: 24.6463 Motif 5 TATTTGAAGATTTTTTATATTATATTACTTGTAGC 2 146 1 ATACTACAGATTTTTTAAAAAATATCTCAAAATTT 5 66 1 GATTACTACCTATTTTAAATATTATTATTGCAATA 5 11 1 TTGTAATGGTTTTTATTTAAGTTATATTGATATTA 2 76 1 TAGAACCTTATTATTTTAATAATATTATTATAAAA 3 149 1 TATTACTAAATAATATATACAATATAATAATAG 2 8 0 CGTTTTTTTCTATTATTGATAATAAAAGTTAATAG 3 15 1 GATTTAAAACTATATTGGATTATATA 4 284 1 TATGGGATCATCATTTCTACTTTATTTCTATGAGA 4 175 1 TATATTAACCTTTTTTAAAGATTAATATACTAAAC 2 259 1 TAAGATTTATTTATATAAAAAATAAGTTTATAGTA 4 142 0 AATGTTATATTTTTTATTTTTTGTAAG 0 2 1 CTTTAATTCATTAAATTTAGTATATAATAAAAACA 1 18 1 GATCTCGTCTTGTTATTTTTGATAATTTCTTTATT 2 222 1 TGTAAGCAGTTCTCATCAATAATATGCATATTTTG 4 250 1 TTTTGTAAGATCTTATATATTATCTTAAACTAGAG 0 28 1 GTTGGTATCTTGTAATCTAGTTTAAGCATATTTTT 4 77 1 TAAATATATTTTATATTGTTTTTATTATATACTAA 1 34 0 TTTGATAATTTCTTTATTAGTATATTAACCTTTTT 2 239 1 CCAATATAGTTTTAAATCAAAATATGCATATTATT 4 267 0 CTATGAACATCATTTTCAATGATATAGAGCCTAGA 3 117 0 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1 6 1 ATATAAATATATTTTATATTGTTTTTATTATATACTAAATT 1 31 0 CTATTATTATATTGTATATATTATTTAGTAATAA 2 3 1 AGACTTAGAAATTTTGTAATGGTTTTTATTTAAGTTATATT 2 63 1 TATTTAAGTTATATTGATATTATGTCGTATTACGATATTTC 2 89 1 AATATAAAAAATCTTCAAATATGACTATTATTGGAGGGAAA 2 126 0 TAATATCAATATCTTGTATTAAGATAGTATTGATCTCGTCT 2 191 1 TCGTCTTGTTATTTTTGATAATTTCTTTATTAGTATATTAA 2 226 1 CTTTATTAGTATATTAACCTTTTTTAAAGATTAATATACTA 2 250 1 ATTTACGTTTTTTTCTATTATTGATAATAAAAGTTAATAG 3 9 1 TACCGAAATCATTTTAAAATACTTGAATAATTAAGCACTCT 3 76 0 TCATAGAACCTTATTATTTTAATAATATTATTATAAAAAAA 3 146 1 GTTTAAGCATATTTTTTGATTCAAGATAATTATTATGTAGT 4 96 1 TTATGTAGTTATTTTACTATAAACTTATTTTTTATATAAAT 4 128 1 TAATATGCATATTTTGATTTAAAACTATATTGGATTATATA 4 269 1 ATAGGCTCTTTTATTTTATTATTGCAATAATAATATTTAAA 5 24 0 TTACTACAAAATTTTGAGATATTTTTTAAAAAATCTGTAGT 5 68 0 ** ** * * * * ** MAP Score: 10.6603 Motif 8 AATGTTATATTTTTTATTTTTTGTAAGATCTTATATATT 0 9 1 TTATATATTATCTTAAACTAGAGTTTTGAAAGCAAGTAAA 0 40 1 TATATACTAAATTTAATGAATTAAAGAAATTTAA 1 4 0 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