AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i RP/RP_operons024_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238467
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	RP203	80	EXCINUCLEASE ABC SUBUNIT B (uvrB)
#1	RP540	62	POSSIBLE PRIMOSOMAL PROTEIN N (priA)
#2	RP593	300	ATP-DEPENDENT DNA HELICASE RECG  (recG)
#3	RP599	195	unknown
#4	RP669	300	PUTATIVE ATP-DEPENDENT RNA HELICASE RHLE (rhlE)
#5	RP835	106	EXCINUCLEASE ABC SUBUNIT A (uvrA)

Motif 1
TTTTGTAAGATCTTATATATTATCTTAAACTAG	0	28	1
ATATTGTATATATTATTTAGTAATAAAATAAGT	2	18	1
ATATTGTTTTTATTATATACTAAATTTAATGAA	1	24	0
      CTATTATTATATTGTATATATTATTTA	2	4	1
TTTGAAGATTTTTTATATTATATTACTTGTAGC	2	148	1
TTCATTATCGTTTTATATATTTAGTTGGTATCT	4	54	1
TCAAGATAATTATTATGTAGTTATTTTACTATA	4	116	1
  ATTTACGTTTTTTTCTATTATTGATAATAAA	3	8	1
        AATGTTATATTTTTTATTTTTTGTA	0	2	1
TATAAATATATTTTATATTGTTTTTATTATATA	1	38	0
CTTGCAAAATTTTTTTATAATAATATTATTAAA	3	163	0
TTATAGGCTCTTTTATTTTATTATTGCAATAAT	5	34	0
TTACTACCTATTTTAAATATTATTATTGCAATA	5	13	1
GTTATATTGATATTATGTCGTATTACGATATTT	2	96	1
TTGTAATGGTTTTTATTTAAGTTATATTGATAT	2	76	1
TTGTAGCATTTATTACCTAATATCAATATCTTG	2	174	1
GATCTCGTCTTGTTATTTTTGATAATTTCTTTA	2	222	1
GGGAAAGTTCTATTAACTTTTATTATCAATAAT	3	26	0
TAAACTTATTTTTTATATAAATAAATCTTATGG	4	147	1
TTTGATAATTTCTTTATTAGTATATTAACCTTT	2	239	1
AATTTTGAGATATTTTTTAAAAAATCTGTAGTA	5	67	0
CATAGAACCTTATTATTTTAATAATATTATTAT	3	147	1
GTTGGTATCTTGTAATCTAGTTTAAGCATATTT	4	77	1
          * **** ** ***
MAP Score: 32.0901

Motif 2
ATATAAATATATTTTATATTGTTTTTATTATATACTAAAT	1	32	0
TTTGAATAAGATTCTAAAATAGTTTCATTATTCATTATCG	4	24	1
TACCGAAATCATTTTAAAATACTTGAATAATTAAGCACTC	3	77	0
AAGATTTTTTATATTATATTACTTGTAGCATTTATTACCT	2	152	1
CTTTATTAGTATATTAACCTTTTTTAAAGATTAATATACT	2	250	1
AAATTTTTTTATAATAATATTATTAAAATAATAAGGTTCT	3	150	0
   GTATTGTATTTTTACTTGCTTTCAAAACTCTAGTTTA	0	53	0
  AATGTTATATTTTTTATTTTTTGTAAGATCTTATATAT	0	8	1
TTTCCCTCCAATAATAGTCATATTTGAAGATTTTTTATAT	2	126	1
AAATAACTACATAATAATTATCTTGAATCAAAAAATATGC	4	102	0
AGAGCCTATAATACTACAGATTTTTTAAAAAATATCTCAA	5	56	1
GGGATCATCATTTCTACTTTATTTCTATGAGAGAGCATTG	4	178	1
        ATATATCATGCTGGTTTGAATAAGATTCTAAA	4	2	1
TTTTTATTATATACTAAATTTAATGAATTAAAGAAATTTA	1	11	0
TAGTTGGTATCTTGTAATCTAGTTTAAGCATATTTTTTGA	4	75	1
        AGATTACTACCTATTTTAAATATTATTATTGC	5	2	1
TATAGGCTCTTTTATTTTATTATTGCAATAATAATATTTA	5	26	0
CTATTATTATATTGTATATATTATTTAGTAATAAAATAAG	2	10	1
ATACGACATAATATCAATATAACTTAAATAAAAACCATTA	2	79	0
AAAGATTAATATACTAAACAAGTACAATTATATCA     	2	275	1
CTATTAACTTTTATTATCAATAATAGAAAAAAACGTAAAT	3	10	0
TTACTATAAACTTATTTTTTATATAAATAAATCTTATGGG	4	141	1
ACTTGTAGCATTTATTACCTAATATCAATATCTTGTATTA	2	172	1
ATGAGAACTGCTTACATACTACATTGATTAATAAGAACAG	4	226	0
          *** **   *  **  *  *
MAP Score: 31.9435

Motif 3
        AATGTTATATTTTTTATTTTTTGTAAGATCTTATA	0	2	1
TATTTTATATTGTTTTTATTATATACTAAATTTAATGAATTAA	1	20	0
       CTATTATTATATTGTATATATTATTTAGTAATAAAA	2	3	1
CTTAGAAATTTTGTAATGGTTTTTATTTAAGTTATATTGATAT	2	66	1
TTCCCTCCAATAATAGTCATATTTGAAGATTTTTTATATTATA	2	127	1
ATTATATTACTTGTAGCATTTATTACCTAATATCAATATCTTG	2	164	1
AGTATTGATCTCGTCTTGTTATTTTTGATAATTTCTTTATTAG	2	216	1
GATAATTTCTTTATTAGTATATTAACCTTTTTTAAAGATTAAT	2	242	1
GATATAATTGTACTTGTTTAGTATATTAATCTTTAAAAAAGGT	2	266	0
GGGAAAGTTCTATTAACTTTTATTATCAATAATAGAAAAAAAC	3	16	0
GAGTGCTTAATTATTCAAGTATTTTAAAATGATTTCGGTATCT	3	77	1
ATTATTAAAATAATAAGGTTCTATGAACATCATTTTCAATGAT	3	129	0
ATTATTTTAATAATATTATTATAAAAAAATTTTGCAAGATGTT	3	158	1
CGATAATGAATAATGAAACTATTTTAGAATCTTATTCAAACCA	4	21	0
AGTTGGTATCTTGTAATCTAGTTTAAGCATATTTTTTGATTCA	4	76	1
AAGATAATTATTATGTAGTTATTTTACTATAAACTTATTTTTT	4	118	1
ACTATAAACTTATTTTTTATATAAATAAATCTTATGGGATCAT	4	143	1
ATTGCACATGTCCTGTTCTTATTAATCAATGTAGTATGTAAGC	4	214	1
TTCTCATCAATAATATGCATATTTTGATTTAAAACTATATTGG	4	259	1
      AGATTACTACCTATTTTAAATATTATTATTGCAATAA	5	4	1
GAGCCTATAATACTACAGATTTTTTAAAAAATATCTCAAAATT	5	57	1
          *  *     * ***    ** **
MAP Score: 16.7724

Motif 4
TCTTACAAAAAATAAAAAATATAACATT         	0	1	0
      TTAAATTTCTTTAATTCATTAAATTTAGTAT	1	4	1
TAATTCATTAAATTTAGTATATAATAAAAACAATATA	1	21	1
ATATAATAAAAACAATATAAAATATATTTATAT    	1	39	1
CTAAATAATATATACAATATAATAATAG         	2	1	0
TTGTATATATTATTTAGTAATAAAATAAGTAGAGATA	2	21	1
ACTTAAATAAAAACCATTACAAAATTTCTAAGTCTAT	2	61	0
CTACAAGTAATATAATATAAAAAATCTTCAAATATGA	2	143	0
GATCAATACTATCTTAATACAAGATATTGATATTAGG	2	189	0
AAAAAAGGTTAATATACTAATAAAGAAATTATCAAAA	2	238	0
TTTAGTATATTAATCTTTAAAAAAGGTTAATATACTA	2	256	0
TTTATTATCAATAATAGAAAAAAACGTAAAT      	3	4	0
AGATACCGAAATCATTTTAAAATACTTGAATAATTAA	3	83	0
TTTTATAATAATATTATTAAAATAATAAGGTTCTATG	3	147	0
TGGTTTGAATAAGATTCTAAAATAGTTTCATTATTCA	4	21	1
AAAAAATAAGTTTATAGTAAAATAACTACATAATAAT	4	124	0
CATAAGATTTATTTATATAAAAAATAAGTTTATAGTA	4	142	0
ATTGCAATAATAATATTTAAAATAGGTAGTAATCT  	5	8	0
AATAAAATAAAAGAGCCTATAATACTACAGATTTTTT	5	45	1
AATTTTGAGATATTTTTTAAAAAATCTGTAGTATTAT	5	63	0
          **   * ***** *  *
MAP Score: 3.99148

Motif 5
ATTTAGTATATAATAAAAACAATATAAAATAT	1	32	1
ACAAGTAATATAATATAAAAAATCTTCAAATA	2	146	0
TTATTATCAATAATAGAAAAAAACGTAAAT  	3	8	0
TAATAAAAGTTAATAGAACTTTCCCAATGTAG	3	34	1
AGGCTCTATATCATTGAAAATGATGTTCATAG	3	120	1
AAAATGATGTTCATAGAACCTTATTATTTTAA	3	136	1
CAAAATTTTTTTATAATAATATTATTAAAATA	3	160	0
AAAAATAAGTTTATAGTAAAATAACTACATAA	4	128	0
AACTTATTTTTTATATAAATAAATCTTATGGG	4	149	1
CAATGCTCTCTCATAGAAATAAAGTAGAAATG	4	186	0
TTAAATATTATTATTGCAATAATAAAATAAAA	5	25	1
          * ******* **
MAP Score: 1.90284