AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i RP/RP_operons025_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944238496 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 RP680 185 UBIQUINONE/MENAQUINONE BIOSYNTHESIS METHLYTRANSFERASE UBIE (ubiE) #1 RP702 300 unknown #2 RP741 63 unknown #3 RP743 79 SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE (glyA) #4 RP744 102 unknown #5 RP782 175 unknown #6 RP808 300 unknown Motif 1 ACATTAAGCTTTTTTAGCATAGATCAATAGT 0 100 0 TGTGCAAGCTTTTTTATGATAATGCTTGCAA 0 128 1 AAAATTATCATTTATCTGATAATACTGTACT 1 54 0 TTCTATACGATTTTTAAAATAACAAGAAATT 1 129 1 TACCACAGCTTTTATAGGATTACGTATTGCA 1 190 1 TCCTAATGTTTTTTTAAAATATACTAATATG 1 224 0 GATCTCGGTATTCACAAAATAATTCAA 2 46 1 TCCTCATATGTTTTTAGTATTTATCTGTATA 3 55 0 GCTATTGCTATTCATTTAATATACTCAACTT 4 43 1 GGTTTACTTTATTTCATATGTTTATTAC 4 84 0 TTAAAAAAGGTTTATAATATTCAGATATACT 5 16 1 TTGGTATCAATTTTTCATATTAAACAAGTAT 5 42 0 CTGATTACTATTTTCCAAATTAAACTCCACC 5 128 1 ACCTATCTACTTTTCATTATTTACTTATT 5 156 1 TTATTTCAGATTTTTATTATTTTTCTTA 6 7 0 AATAATAATTTTTACTAGATTGCTTATTCAA 6 33 1 ATTCAACTACTTCATATCATTCTTATAATGA 6 58 1 CTTGAGTTACTTTACTTTATTTTAAATTTGA 6 115 1 TTTAGATGATTTTATCAAATTTAAAATAAAG 6 129 0 AGTATAGAACTTTTTATAATATAATTGATGC 6 163 1 TTTATATCTCTTTTTGTAATTGATTTTCGTA 6 251 1 TTCGTATATTTTTGTAAAATTTATATAAAAA 6 276 1 AATTTTTTATATAAATTTTACAA 6 287 0 ******* *** MAP Score: 23.7487 Motif 2 AGAAATCAAGTACAATCATTAGTACAGTATTATCAGAT 1 34 1 AGGAAAAATCTATAATTATTAATATAATTATTTATAGT 1 251 1 TATTTATCTGTATATGTGTTACTACAGTACAAAGAAAA 3 31 0 AATCTGAAATAATAATTTTTACTAGATTGCTTATTCAA 6 26 1 TACGTATTGCAATACATATTAGTATATTTTAAAAAAAC 1 210 1 AATTTTTTATATAAATTTTACAAAAATATACGAAAAT 6 273 0 TACTCTTATTAAAAGCAGTTAATATACTTCTTTCTATA 1 98 1 GGATCAATCATAAATATGTTACTATACGTGTCTTGACC 0 35 1 CTAAATGTAGTATAGAACTTTTTATAATATAATTGATG 6 155 1 CAATTATTAAAAAAGGTTTATAATATTCAGATATACT 5 9 1 ATGATAATTTTAGATGAGTCAATATACTCTTATTAAAA 1 74 1 CCTCGTATTATAGACTGATTACTATTTTCCAAATTAAA 5 114 1 AATAAATTAATAACGTCATTATAAGAATGATATGAAGT 6 66 0 AAAATATACGAAAATCAATTACAAAAAGAGATATAAAA 6 250 0 TAAGAAAAATAATAAAAATCTGAAATAAT 6 1 1 ** * *** ** * * MAP Score: 20.4277 Motif 3 TTGTTTTGTTTGCTATTGCTATTCATTTAATATACTCAACT 4 32 1 TTACTTTATTTCATATGTTTATTACTTTAATATTAAAGTTG 4 68 0 CTTTGAGAGCTTTTATATCTCTTTTTGTAATTGATTTTCGT 6 240 1 GATTACGTATTGCAATACATATTAGTATATTTTAAAAAAAC 1 207 1 ATTAGGAAAAATCTATAATTATTAATATAATTATTTATAGT 1 248 1 TAAAAGCAGTTAATATACTTCTTTCTATACGATTTTTAAAA 1 107 1 CGTGGATCAATCATAAATATGTTACTATACGTGTCTTGACC 0 32 1 ACCAAGGTCCTATAAGTACTGGTAATGTATTAATATACACT 5 68 1 CGTAATCCTATAAAAGCTGTGGTACTTTATTCAGTATATAC 1 173 0 AAATGTAGTATAGAACTTTTTATAATATAATTGATGCACTT 6 157 1 AAGCTTAATGTGCAAGCTTTTTTATGATAATGCTTGCAACG 0 120 1 AATGTTATGTAGGTAAAACTATTGATCTATGCTAAAAAAGC 0 83 1 ATCATTCTTATAATGACGTTATTAATTTATTAATTAACCTG 6 73 1 AACTCCACCTATCTACTTTTCATTATTTACTTATT 5 150 1 GATAATACTGTACTAATGATTGTACTTGATTTCTGCTAAGC 1 27 0 TATCTGAATATTATAAACCTTTTTTAATAATTG 5 2 0 ATTGATGCACTTCAAAATTTGTTATTGTGTTATACAATACT 6 186 1 AAAAATCTGAAATAATAATTTTTACTAGATTGCTTATTCAA 6 23 1 ACTCATCTAAAATTATCATTTATCTGATAATACTGTACTAA 1 52 0 TCTAGTCGTTTATTTTTCTTTGTACTGTAGTAACACATATA 3 18 1 * ** * ** * ** * MAP Score: 18.9374 Motif 4 AATGTTTTTTTAAAATATACTAATATGTATTGCAATACGTAA 1 209 0 TACCAGTACTTATAGGACCTTGGTATCAATTTTTCATATTAA 5 50 0 TCAAGACACGTATAGTAACATATTTATGATTGATCCACGCAT 0 29 0 ATCTGAATATTATAAACCTTTTTTAATAATTG 5 0 0 TATTGTGTTATACAATACTGTGATGAGTATTGCTTTGAGAGC 6 208 1 TGCCTTGAGTTACTTTACTTTATTTTAAATTTGATAAAATCA 6 112 1 CTACTCCTCGTATTATAGACTGATTACTATTTTCCAAATTAA 5 109 1 AATTATATTATAAAAAGTTCTATACTACATTTAGATGATTTT 6 147 0 TAATTATTAATATAATTATTTATAGTTAATTTATATTCTAAC 1 263 1 AAGCAGTTAATATACTTCTTTCTATACGATTTTTAAAATAAC 1 110 1 AGTGCTACAGTATAGGCTCTTTGTTTTGTTTGCTATTGCTAT 4 12 1 GATAATACTGTACTAATGATTGTACTTGATTTCTGCTAAGCA 1 26 0 TATTAATAATTATAGATTTTTCCTAATGTTTTTTTAAAATAT 1 233 0 CATAGATCAATAGTTTTACCTACATAACATTGAGGTATTTAG 0 72 0 GCATCCTCATATGTTTTTAGTATTTATCTGTATAT 3 54 0 TAAAAATTATTATTTCAGATTTTTATTATTTTTCTTA 6 5 0 TCTCTTTTTGTAATTGATTTTCGTATATTTTTGTAAAATTTA 6 257 1 TCACGGTATCTAGTCGTTTATTTTTCTTTGTACTGTAGTA 3 8 1 CAAATTAAACTCCACCTATCTACTTTTCATTATTTACTTATT 5 143 1 CTGAATAAAGTACCACAGCTTTTATAGGATTACGTATTGCAA 1 180 1 ** * * * * **** MAP Score: 17.7423 Motif 5 TATGTTACTATACGTGTCTTGACCTAAATACCTCAAT 0 49 1 CTAATGATTGTACTTGATTTCTGCTAAGCATTGGTTT 1 19 0 CATCTAAAATTATCATTTATCTGATAATACTGTACTA 1 53 0 CTTCTTTCTATACGATTTTTAAAATAACAAGAAATTC 1 124 1 TATAGATTTTTCCTAATGTTTTTTTAAAATATACTAA 1 228 0 AGGAAAAATCTATAATTATTAATATAATTATTTATAG 1 251 1 TATGATTAGATGTGTTAAAGTAACATACCGTGA 2 6 1 GCATCCTCATATGTTTTTAGTATTTATCTGTATATG 3 53 0 TTTTGTTTGCTATTGCTATTCATTTAATATACTCAAC 4 35 1 TTCATATGTTTATTACTTTAATATTAAAGTTGAGTAT 4 63 0 CTGAATATTATAAACCTTTTTTAATAATTG 5 3 0 GTCCTATAAGTACTGGTAATGTATTAATATACACTCT 5 74 1 TATTTCAGATTTTTATTATTTTTCTTA 6 0 0 AACTACTTCATATCATTCTTATAATGACGTTATTAAT 6 62 1 ATAATGACGTTATTAATTTATTAATTAACCTGCCTTG 6 82 1 TAGATGATTTTATCAAATTTAAAATAAAGTAAAGTAA 6 121 0 CTAAATGTAGTATAGAACTTTTTATAATATAATTGAT 6 155 1 TGAGAGCTTTTATATCTCTTTTTGTAATTGATTTTCG 6 243 1 GTAATTGATTTTCGTATATTTTTGTAAAATTTATATA 6 266 1 *** * ** * *** MAP Score: 16.6452 Motif 6 AAAAGCTTAATGTGCAAGCTTTTTTATGATAATGCTTGCAACG 0 118 1 GCAGAAATCAAGTACAATCATTAGTACAGTATTATCAGATAAA 1 32 1 AAATGATAATTTTAGATGAGTCAATATACTCTTATTAAAAGCA 1 72 1 AAAAGCAGTTAATATACTTCTTTCTATACGATTTTTAAAATAA 1 108 1 CTCTGGTCATTGTGAATTTCTTGTTATTTTAAAAATCGTATAG 1 131 0 TACCACAGCTTTTATAGGATTACGTATTGCAATACATATTAGT 1 190 1 TTAGGAAAAATCTATAATTATTAATATAATTATTTATAGTTAA 1 249 1 TCACGGTATCTAGTCGTTTATTTTTCTTTGTACTGTAGT 3 6 1 TCATATGTTTTTAGTATTTATCTGTATATGTGTTACTACAGTA 3 40 0 GTATAGGCTCTTTGTTTTGTTTGCTATTGCTATTCATTTAATA 4 21 1 GTTTACTTTATTTCATATGTTTATTACTTTAATATTAAAGTTG 4 68 0 CTCCTCGTATTATAGACTGATTACTATTTTCCAAATTAAACTC 5 112 1 AAACTCCACCTATCTACTTTTCATTATTTACTTATT 5 149 1 AAAATTATTATTTCAGATTTTTATTATTTTTCTTA 6 2 0 TAGATTGCTTATTCAACTACTTCATATCATTCTTATAATGACG 6 48 1 TCAATTATATTATAAAAAGTTCTATACTACATTTAGATGATTT 6 148 0 TAATTGATGCACTTCAAAATTTGTTATTGTGTTATACAATACT 6 184 1 TGAGTATTGCTTTGAGAGCTTTTATATCTCTTTTTGTAATTGA 6 231 1 * * * * ** *** * MAP Score: 12.1896 Motif 7 TGCGTGGATCAATCATAAATATGTTACTATACGTGTCTTG 0 30 1 AGCATTATCATAAAAAAGCTTGCACATTAAGCTTTTTTAG 0 114 0 AACCAATGCTTAGCAGAAATCAAGTACAATCATTAGTACA 1 20 1 TTTCTTGTTATTTTAAAAATCGTATAGAAAGAAGTATATT 1 118 0 CTGAATAAAGTACCACAGCTTTTATAGGATTACGTATTGC 1 180 1 TCCTAATGTTTTTTTAAAATATACTAATATGTATTGCAAT 1 215 0 AAAAAAACATTAGGAAAAATCTATAATTATTAATATAATT 1 240 1 TACAGATAAATACTAAAAACATATGAGGATGC 3 57 1 AATATTAAAGTAATAAACATATGAAATAAAGTAAACC 4 75 1 TATCTGAATATTATAAACCTTTTTTAATAATTG 5 3 0 CTACTCCTCGTATTATAGACTGATTACTATTTTCCAAATT 5 109 1 TAAGAAAAATAATAAAAATCTGAAATAATAATTTTTACT 6 9 1 TACTTTACTTTATTTTAAATTTGATAAAATCATCTAAATG 6 122 1 CAAAAAGAGATATAAAAGCTCTCAAAGCAATACTCATCAC 6 227 0 TATATAAATTTTACAAAAATATACGAAAATCAATTACAAA 6 263 0 ** * * ** * * ** MAP Score: 11.5784 Motif 8 TTATCATTTATCTGATAATACTGTACTAATGATTGTAC 1 43 0 CTTATTAAAAGCAGTTAATATACTTCTTTCTATACGAT 1 102 1 ACGTATTGCAATACATATTAGTATATTTTAAAAAAACA 1 211 1 ATTATAGATTTTTCCTAATGTTTTTTTAAAATATACTA 1 229 0 GGAAAAATCTATAATTATTAATATAATTATTTATAGTT 1 252 1 TAATATAATTATTTATAGTTAATTTATATTCTAACAAA 1 270 1 TCACGGTATCTAGTCGTTTATTTTTCTTTGTAC 3 5 1 ACATATACAGATAAATACTAAAAACATATGAGGATGC 3 52 1 TTTGTTTGCTATTGCTATTCATTTAATATACTCAACTT 4 36 1 TATACTCAACTTTAATATTAAAGTAATAAACATATGAA 4 62 1 ATTAAAAAAGGTTTATAATATTCAGATATACTTGTTTA 5 15 1 GGTATCAATTTTTCATATTAAACAAGTATATCTGAATA 5 33 0 CCAAGGTCCTATAAGTACTGGTAATGTATTAATATACA 5 69 1 TTATAGACTGATTACTATTTTCCAAATTAAACTCCACC 5 121 1 ACTCCACCTATCTACTTTTCATTATTTACTTATT 5 151 1 ATTATTTCAGATTTTTATTATTTTTCTTA 6 1 0 TGAAATAATAATTTTTACTAGATTGCTTATTCAACTAC 6 30 1 TCAAGGCAGGTTAATTAATAAATTAATAACGTCATTAT 6 82 0 TTGAGTTACTTTACTTTATTTTAAATTTGATAAAATCA 6 116 1 CAATTATATTATAAAAAGTTCTATACTACATTTAGATG 6 152 0 GCACTTCAAAATTTGTTATTGTGTTATACAATACTGTG 6 192 1 TTTGAGAGCTTTTATATCTCTTTTTGTAATTGATTTTC 6 241 1 TCTTTTTGTAATTGATTTTCGTATATTTTTGTAAAATT 6 259 1 AATTTTTTATATAAATTTTACAAAAATAT 6 281 0 *** ** * * * ** MAP Score: 6.17776 Motif 9 AATATGTTACTATACGTGTCTTGACCTAAATACCTCAAT 0 47 1 TAGGTAAAACTATTGATCTATGCTAAAAAAGCTTAATGT 0 92 1 TACTAATGATTGTACTTGATTTCTGCTAAGCATTGGTTT 1 19 0 TTATCATTTATCTGATAATACTGTACTAATGATTGTACT 1 42 0 GTCAATATACTCTTATTAAAAGCAGTTAATATACTTCTT 1 91 1 TTAATATACTTCTTTCTATACGATTTTTAAAATAACAAG 1 116 1 TTGCAATACATATTAGTATATTTTAAAAAAACATTAGGA 1 216 1 TTAGGAAAAATCTATAATTATTAATATAATTATTTATAG 1 249 1 TTTGTTAGAATATAAATTAACTATAAATAATTATATTAA 1 269 0 GTCGTTTATTTTTCTTTGTACTGTAGTAACACATATACA 3 22 1 GCATCCTCATATGTTTTTAGTATTTATCTGTATATGTG 3 51 0 CAGTATAGGCTCTTTGTTTTGTTTGCTATTGCTATTCAT 4 19 1 TTGCTATTGCTATTCATTTAATATACTCAACTTTAATAT 4 41 1 TTCATATGTTTATTACTTTAATATTAAAGTTGAGTATAT 4 61 0 TATATCTGAATATTATAAACCTTTTTTAATAATTG 5 6 0 TATTCAGATATACTTGTTTAATATGAAAAATTGATACCA 5 33 1 ACTCCACCTATCTACTTTTCATTATTTACTTATT 5 151 1 ATAATGACGTTATTAATTTATTAATTAACCTGCCTTGAG 6 82 1 GTTACTTTACTTTATTTTAAATTTGATAAAATCATCTAA 6 120 1 GATAAAATCATCTAAATGTAGTATAGAACTTTTTATAAT 6 144 1 TTTGAGAGCTTTTATATCTCTTTTTGTAATTGATTTTCG 6 241 1 TTGTAATTGATTTTCGTATATTTTTGTAAAATTTATATA 6 264 1 * * * ** * * *** MAP Score: 5.2521 Motif 10 TATTGTAAGCAAATATTACATGCGTGGATCA 0 10 1 ATTATCAGATAAATGATAATTTTAGATGAGT 1 62 1 TGACCAGAGTATATACTGAATAAAGTACCAC 1 165 1 TTTTTTTAAAATATACTAATATGTATTGCAA 1 216 0 AAAAATCTATAATTATTAATATAATTATTTA 1 254 1 GGTATTCACAAAATAATTCAA 2 52 1 ATATACAGATAAATACTAAAAACATATGAGG 3 54 1 TTTAATATTAAAGTAATAAACATATGAAATA 4 72 1 CAATTATTAAAAAAGGTTTATA 5 1 1 AGTACTGGTAATGTATTAATATACACTCTAC 5 82 1 TTAATTTGGAAAATAGTAATCAGTCTATAAT 5 120 0 AATAAGTAAATAATGAAAAGTAGATAGG 5 157 0 TAAGAAAAATAATAAAAATCTGAAATA 6 6 1 TAAAAATCTGAAATAATAATTTTTACTAGAT 6 22 1 GACGTTATTAATTTATTAATTAACCTGCCTT 6 87 1 TGCATCAATTATATTATAAAAAGTTCTATAC 6 164 0 TACGAAAATCAATTACAAAAAGAGATATAAA 6 251 0 ***** ***** MAP Score: 4.25006