AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i RP/RP_operons025_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238517
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	RP680	185	UBIQUINONE/MENAQUINONE BIOSYNTHESIS METHLYTRANSFERASE UBIE (ubiE)
#1	RP681	300	unknown
#2	RP702	300	unknown
#3	RP741	63	unknown
#4	RP743	79	SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE (glyA)
#5	RP744	102	unknown
#6	RP745	52	GLUTAREDOXIN-LIKE PROTEIN GRLA (grxC2)
#7	RP780	245	unknown
#8	RP782	175	unknown
#9	RP808	300	unknown

Motif 1
AATATTTTAATTTTTTTTATTATATTTTGCTA	1	78	0
TTGGTATCAATTTTTCATATTAAACAAGTATA	8	41	0
TTATAAACCTTTTTTAATAATTG         	8	1	0
TTATTTCAGATTTTTATTATTTTTCTTA    	9	6	0
TCCTCATATGTTTTTAGTATTTATCTGTATAT	4	54	0
TTCCTAATGTTTTTTTAAAATATACTAATATG	2	224	0
        GTTTTATTTTAATAGTTGAAAATA	1	2	1
ATATTATTAATTTTTTTAAATTTGGAGATT  	1	280	1
TTTTTATTATATTTTGCTAATAATCTATAAGA	1	65	0
TAGTATAGAACTTTTTATAATATAATTGATGC	9	162	1
ATTTTTTGTGATTTTTATATTAAATTTTTAAA	7	11	1
ACAGCTTCAGCTTTTTATATTATGGATCTTTG	7	114	0
ATGTGCAAGCTTTTTTATGATAATGCTTGCAA	0	127	1
TTTTATATCTCTTTTTGTAATTGATTTTCGTA	9	250	1
ATAGAAAGCTTTTATCATATTTCAATAGATTT	7	213	1
ACCTATCTACTTTTCATTATTTACTTATT   	8	156	1
ATAAATATTATTTTCTAAAATACACTTTCTAT	6	18	0
ACTGAATGAGTTTTTGATGTTAAACTAAATAT	1	252	1
TTTCTATACGATTTTTAAAATAACAAGAAATT	2	128	1
CTGATTACTATTTTCCAAATTAAACTCCACCT	8	128	1
     AATTTTTTATATAAATTTTACAAAAAT	9	283	0
TTAGTGGTGAATTTTAAAATTAATATTACTGA	1	225	1
TTTATATTAAATTTTTAAATTATACGTTATAT	7	24	1
ACTATAAATAATTATATTAATAATTATAGATT	2	257	0
CACCACTAAGTTTTTATAGATACGTGATAATA	1	202	0
TTTAGATGATTTTATCAAATTTAAAATAAAGT	9	128	0
CTTGAGTTACTTTACTTTATTTTAAATTTGAT	9	115	1
        GGTTTACTTTATTTCATATGTTTA	5	88	0
          *****  *****
MAP Score: 30.3968

Motif 2
ATCTGAATATTATAAACCTTTTTTAATAATTG       	8	3	0
AATTAAAATATTGACACATTTTATAAAAACTAGTACTTG	1	98	1
   AATTTTTTATATAAATTTTACAAAAATATACGAAAA	9	274	0
GCAATACATATTAGTATATTTTAAAAAAACATTAGGAAA	2	218	1
AAAAACTTAGTGGTGAATTTTAAAATTAATATTACTGAA	1	219	1
AGGACCTTGGTATCAATTTTTCATATTAAACAAGTATAT	8	40	0
TCATTTAATATACTCAACTTTAATATTAAAGTAATAAAC	5	54	1
TAACGTATAATTTAAAAATTTAATATAAAAATCACAAAA	7	14	0
TTAGATGATTTTATCAAATTTAAAATAAAGTAAAGTAAC	9	120	0
        AATCTCCAAATTTAAAAAAATTAATAATATT	1	279	0
TGTGTCAATATTTTAATTTTTTTTATTATATTTTGCTAA	1	77	0
AAATTAACTATAAATAATTATATTAATAATTATAGATTT	2	256	0
AGCATCAATATTTTCAACTATTAAAATAAAAC       	1	3	0
TAGGTAAAACTATTGATCTATGCTAAAAAAGCTTAATGT	0	92	1
TACTTTAACGTTGCAAGCATTATCATAAAAAAGCTTGCA	0	130	0
ATATCTATCTTATAGATTATTAGCAAAATATAATAAAAA	1	58	1
TATACTTCTTTCTATACGATTTTTAAAATAACAAGAAAT	2	120	1
   TTGAGCTTGTAAATCTATTGAAATATGATAAAAGCT	7	219	0
TATAATGACGTTATTAATTTATTAATTAACCTGCCTTGA	9	81	1
ATTCAACTACTTCATATCATTCTTATAATGACGTTATTA	9	58	1
TAAGATAGATATCTGATCTTTTCTAATAAGCATCAATAT	1	31	0
CTAAAACACGTAAATAAATTTTGCAGTAAAACAAAAATA	1	145	1
GTAACACATATACAGATAAATACTAAAAACATATGAGGA	4	47	1
AATATTAAAGTAATAAACATATGAAATAAAGTAAACC  	5	75	1
TCATCTAAAATTATCATTTATCTGATAATACTGTACTAA	2	52	0
       TCTTTGTTAGAATATAAATTAACTATAAATAA	2	278	0
TAAATGTAGTATAGAACTTTTTATAATATAATTGATGCA	9	156	1
TATAGACTGATTACTATTTTCCAAATTAAACTCCACCTA	8	122	1
          TAAGAAAAATAATAAAAATCTGAAATAAT	9	0	1
TGCTATAGAAAGTGTATTTTAGAAAATAATATTTATATC	6	14	1
          *    *  ***   *****
MAP Score: 30.3616

Motif 3
TGCGTGGATCAATCATAAATATGTTACTATACGTGTCTTGA	0	30	1
TAGCAATAGCAAACAAAACAAAGAGCCTATACTGTAGCACT	5	12	0
TTTTGCAGTAAAACAAAAATAAACGTCTATATAGACCATTA	1	163	1
TTATTTTAAAAATCGTATAGAAAGAAGTATATTAACTGCTT	2	110	0
TGTATACCTCAAATAAATGAAGAGTAGTATAAGAATCAACT	7	62	1
ATAACAAGAAATTCACAATGACCAGAGTATATACTGAATAA	2	147	1
TAATATGAAAAATTGATACCAAGGTCCTATAAGTACTGGTA	8	51	1
GGTTAATTAATAAATTAATAACGTCATTATAAGAATGATAT	9	71	0
TATTTTAAAAAAACATTAGGAAAAATCTATAATTATTAATA	2	234	1
         CAATTATTAAAAAAGGTTTATAATATTCAGAT	8	1	1
AGGATTACGTATTGCAATACATATTAGTATATTTTAAAAAA	2	205	1
TAATTTGGAAAATAGTAATCAGTCTATAATACGAGGAGTAG	8	109	0
TACGAAAATCAATTACAAAAAGAGATATAAAAGCTCTCAAA	9	241	0
  AATCTCCAAATTTAAAAAAATTAATAATATTTAGTTTAA	1	271	0
TCTTTGTTAGAATATAAATTAACTATAAATAATTATATTAA	2	269	0
GTGCATCAATTATATTATAAAAAGTTCTATACTACATTTAG	9	155	0
TATCTATCTTATAGATTATTAGCAAAATATAATAAAAAAAA	1	59	1
AATATAACGTATAATTTAAAAATTTAATATAAAAATCACAA	7	16	0
ATCTATTGAAATATGATAAAAGCTTTCTATACTCAGATAGA	7	202	0
CTTTATTTTAAATTTGATAAAATCATCTAAATGTAGTATAG	9	129	1
TTAAAGTAATAAACATATGAAATAAAGTAAACC        	5	79	1
AAGCATCAATATTTTCAACTATTAAAATAAAAC        	1	2	0
ACTTGCTTGCATACTAAAACACGTAAATAAATTTTGCAGTA	1	132	1
    TAAGAAAAATAATAAAAATCTGAAATAATAATTTTTA	9	6	1
 AATTTTTTATATAAATTTTACAAAAATATACGAAAATCAA	9	270	0
CTCATCTAAAATTATCATTTATCTGATAATACTGTACTAAT	2	51	0
TGTACTGTAGTAACACATATACAGATAAATACTAAAAACAT	4	38	1
ATTTTTCATATTAAACAAGTATATCTGAATATTATAAACCT	8	23	0
GTTTATTACTTTAATATTAAAGTTGAGTATATTAAATGAAT	5	52	0
CAAGTACTAGTTTTTATAAAATGTGTCAATATTTTAATTTT	1	96	0
          ***   **  *      ****
MAP Score: 26.873

Motif 4
TCTATAATTATTAATATAATTATTTATAGTTAATTTATATT	2	259	1
TAGAAAGCTTTTATCATATTTCAATAGATTTACAAGCTCAA	7	214	1
GTAATTGATTTTCGTATATTTTTGTAAAATTTATATAAAAA	9	266	1
CTGAAGTTGATTCTTATACTACTCTTCATTTATTTGAGGTA	7	66	0
TTAAAAGCAGTTAATATACTTCTTTCTATACGATTTTTAAA	2	106	1
CTATACTACATTTAGATGATTTTATCAAATTTAAAATAAAG	9	129	0
    AATTTTTTGTGATTTTTATATTAAATTTTTAAATTAT	7	6	1
TGATAAAAGCTTTCTATACTCAGATAGAACTCCAAAAATTT	7	189	0
TAAAAAAGGTTTATAATATTCAGATATACTTGTTTAATATG	8	17	1
AGTATAGAACTTTTTATAATATAATTGATGCACTTCAAAAT	9	163	1
CTGAATGAGTTTTTGATGTTAAACTAAATATTATTAATTTT	1	253	1
TTAACCTGCCTTGAGTTACTTTACTTTATTTTAAATTTGAT	9	106	1
CATAAATATGTTACTATACGTGTCTTGACCTAAATACCTCA	0	43	1
GCTATTGCTATTCATTTAATATACTCAACTTTAATATTAAA	5	43	1
CCTCATATGTTTTTAGTATTTATCTGTATATGTGTTACTAC	4	44	0
GAAAGTGTATTTTAGAAAATAATATTTATATCAGGTTTTGA	6	21	1
TGATTACTATTTTCCAAATTAAACTCCACCTATCTACTTTT	8	129	1
ATATTAAATTTTTAAATTATACGTTATATTCCAAGTGTATA	7	27	1
TGTCAATATTTTAATTTTTTTTATTATATTTTGCTAATAAT	1	73	0
TTATAGATTTTTCCTAATGTTTTTTTAAAATATACTAATAT	2	225	0
AAATGATAATTTTAGATGAGTCAATATACTCTTATTAAAAG	2	72	1
GTGATGAGTATTGCTTTGAGAGCTTTTATATCTCTTTTTGT	9	227	1
          **   *** **   *  *  *
MAP Score: 21.338

Motif 5
ATCAATCATAAATATGTTACTATACGTGTCTTGACCTAAATA	0	37	1
TATGTAGGTAAAACTATTGATCTATGCTAAAAAAGCTTAATG	0	88	1
AATAAGCATCAATATTTTCAACTATTAAAATAAAAC      	1	4	0
ATTTTAATTTTTTTTATTATATTTTGCTAATAATCTATAAGA	1	65	0
ATATAGACGTTTATTTTTGTTTTACTGCAAAATTTATTTACG	1	153	0
TTCAGTAATATTAATTTTAAAATTCACCACTAAGTTTTTATA	1	216	0
GAATGAGTTTTTGATGTTAAACTAAATATTATTAATTTTTTT	1	255	1
GCAGTTAATATACTTCTTTCTATACGATTTTTAAAATAACAA	2	112	1
CGTATTGCAATACATATTAGTATATTTTAAAAAAACATTAGG	2	212	1
GAAAAATCTATAATTATTAATATAATTATTTATAGTTAATTT	2	253	1
          TCTTTGTTAGAATATAAATTAACTATAAATAA	2	278	0
TTTGTTTTGTTTGCTATTGCTATTCATTTAATATACTCAACT	5	31	1
TTATTTCATATGTTTATTACTTTAATATTAAAGTTGAGTATA	5	62	0
TGCTATAGAAAGTGTATTTTAGAAAATAATATTTATATCAGG	6	14	1
 AATTTTTTGTGATTTTTATATTAAATTTTTAAATTATACGT	7	9	1
TTTCTGAAGTTGATTCTTATACTACTCTTCATTTATTTGAGG	7	68	0
TAACAGCTTCAGCTTTTTATATTATGGATCTTTGGTTCTTTC	7	106	0
TGAGCTTGTAAATCTATTGAAATATGATAAAAGCTTTCTATA	7	212	0
TATTCAGATATACTTGTTTAATATGAAAAATTGATACCAAGG	8	33	1
TTTACTAGATTGCTTATTCAACTACTTCATATCATTCTTATA	9	43	1
TCTTATAATGACGTTATTAATTTATTAATTAACCTGCCTTGA	9	78	1
GTTACTTTACTTTATTTTAAATTTGATAAAATCATCTAAATG	9	120	1
TGTAGTATAGAACTTTTTATAATATAATTGATGCACTTCAAA	9	160	1
AATACTCATCACAGTATTGTATAACACAATAACAAATTTTGA	9	197	0
AGAGCTTTTATATCTCTTTTTGTAATTGATTTTCGTATATTT	9	245	1
TTGATTTTCGTATATTTTTGTAAAATTTATATAAAAAATT  	9	270	1
          *   * **  * **    * **
MAP Score: 14.0658