AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i RP/RP_operons026_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944238574 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 RP002 83 THIOREDOXIN (trxA) #1 RP006 32 unknown #2 RP151 167 GLUTAMYL-tRNA AMIDOTRANSFERASE SUBUNIT B (gatB) #3 RP153 300 GLUTAMYL-tRNA AMIDOTRANSFERASE SUBUNIT C (gatC) #4 RP327 81 THIOREDOXIN PEROXIDASE 1 (tdpX1) #5 RP328 300 unknown #6 RP443 300 unknown #7 RP444 57 unknown #8 RP445 120 THIOREDOXIN REDUCTASE (trxB1) #9 RP514 300 THIOREDOXIN REDUCTASE (trxB2) Motif 1 CATATAATGATCTTAAGATTTTTTTACCTATTTT 3 13 0 TTTCATACCTTTTTATTAGATTTTTTATATAATT 5 274 0 CTTTGTGAAGTGTTATCATCTTTTA 6 1 0 ATTTATAACCTTTTCTTAATTAAT 4 67 0 TCCAGCACTTTATTTACATGTTTTAGTCTTTTTA 8 10 1 CATGTTTTAGTCTTTTTAAATTTTTGGATTATGT 8 26 1 TAATTTTCATAATTAATATTTTTTACATAGCAAT 9 17 1 AATTGAGTATTTTTTATAGGTTTTAAATT 2 148 1 ATATCTAAAATAATATAAGATTTTCAAATTTTGA 6 173 1 ATTAATTATAATATATGAGGTTTTATTTTTTTTT 6 259 0 TCTAAATTGGTATTAATAGGTTTAT 7 42 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TATCCTTGTCAATAATTAGGTTTATTTTCTATTA 6 136 1 ATATATTATAATTAATTATATTTAGCTCATTAC 6 277 1 TATTTATGAAATTAATTAGCTTTAATTACTTTGA 5 89 0 ATATCATGCCACTTAAATCCTTTTTTATTATAAT 5 123 1 ATTATTGTAATAATAACTAGTTTTATATATCATA 4 26 1 ATTAAAACATAAAAAAGAAATTTAACGACTGTTT 3 125 1 GTATTTAAATTAAAAAAAGGATTTTATTGGATAT 9 270 0 ATACCAATTTAGAATAAATTTTTAGAAATCATTG 7 21 0 AGGATGCGTATATAAATAGAATTATATAAAAAAT 5 255 1 * **** * **** MAP Score: 45.7843 Motif 2 TTAATCAAAGTAATTAAAGCTAATTAATTTCATAAATAA 5 85 1 AAGGATATAATTATTATATGGAATTAAATGAAAAAATTA 6 104 0 AGCAATCTTTTCTTTTTACCAAAAGAGATTTGAATTAGC 9 45 1 ATGCATTCAATTTTTTGATGTAAAAATATTTTTAGCTTT 9 129 0 AGTTTTATTATTTTTACGTAAAAATTTGCTTGTGTAA 3 273 0 TTTCATTAAGTCATAAAAGCTAATTAGTTATTTTTCTAA 3 176 0 TCATTTTTAATTATAATAAAAAAGGATTTAAGTGGCATG 5 127 0 TATCATGAAATCTTTAGATTTAATTTTTTCATTTAATTC 6 84 1 ATTTTTTATTTCATTAGACAAAAATTAATTTCAAATCAA 6 203 0 TTTTATGTTTTAATTAAAAATAATATCTTGTAGTTTATA 3 100 0 TTAATTACTTTGATTAAAGCAAAAATTCTTTTGAATATT 5 63 0 TGCTTTTCGTTGTTATGAGTTAAAAACTTA 0 63 1 TTAGGATGCGTATATAAATAGAATTATATAAAAAATCTA 5 253 1 GGTTTTATTTTTTTTTCACTAAATTTTATAAAGATTTTT 6 236 0 ACATTATAGATAATAATATTTAATATACTGTAAAACAAA 9 93 1 TAAATATAATTAATTATAATATATGAGGTTTTATTTTTT 6 262 0 ATTTGTTTATTAATTTAATTTAAAATTATTAAGTTATTG 8 87 0 AAACTAGTTATTATTACAATAATAAATCTTTATAAATTT 4 10 0 CACTTCTACTTGTAAATAATGAAAAATCTTT 0 2 0 ATAAAAAATCTAATAAAAAGGTATGAAATC 5 280 1 TCCAAAAATTTAAAAAGACTAAAACATGTAAATAAAGTG 8 15 0 GTTATTGTATTGAATTTATATAACCATATAACATACATA 8 55 0 ATTTTGTATTTAAATTAAAAAAAGGATTTTATTGGATAT 9 270 0 ATATGAGTAATTTATAAATTAAACATTTTTGCAGTAAGT 9 211 0 GAATAGCTTCTCTTAAAATGTATTCATATCATGAAATCT 6 58 1 GTTTTATATATCATATCAGATTATTAATTAAGAAAAGGT 4 45 1 AACAATTGAGTTTTAAAAGTTTAATTAATGTCTTTTGCT 2 18 1 TTAACGACTGTTTTGATAATTAAGATAGTTTTAGAAAAA 3 146 1 AAAATATTAATTATGAAAATTAAAATTTT 9 0 0 AATTGAGTATTTTTTATAGGTTTTAAATT 2 148 1 AAAAGATTTTTATAGTGTTAAAAATGAGATAACAA 5 6 1 GATCTTAAGATTTTTTTACCTATTTTAGT 3 0 0 TATAGATATCTAAAATAATATAAGATTTTCAAATTTTGA 6 168 1 * **** * ** * * MAP Score: 34.8102 Motif 3 TTAAGTGGCATGATATTATTTATGAAATTAATTAGCTT 5 101 0 AAATAAAACCTCATATATTATAATTAATTATATTTAGC 6 265 1 AGGATATAATTATTATATGGAATTAAATGAAAAAATTA 6 104 0 TATTAAATATTATTATCTATAATGTAATATCTGTGCTA 9 80 0 ATAAATAGAATTATATAAAAAATCTAATAAAAAGGTAT 5 266 1 AAAAGATTTTTATAGTGTTAAAAATGAGATAACAA 5 7 1 GTTTTATATATCATATCAGATTATTAATTAAGAAAAGG 4 45 1 ACTAATTAGCTTTTATGACTTAATGAAATAAAATAGGA 3 187 1 TAAATTTCTTTTTTATGTTTTAATTAAAAATAATATCT 3 111 0 ATAATTCTATTTATATACGCATCCTAATGTGCTAGTGT 5 242 0 ATTATGTATGTTATATGGTTATATAAATTCAATACAAT 8 53 1 ATTTCTGCAGTATTTTTCAATTAGAAATTACCTTAGTA 2 104 1 CAGTGAATTTTGTTATACTCTACTTTATATCATTTTTA 5 157 0 TGGATACAGTTGTTATACTATATTCTATATCCTATTTT 3 216 0 TAATTAAAAATAATATCTTGTAGTTTATATTCATTGAT 3 91 0 TCATAATTAATATTTTTTACATAGCAATCTTTTCTTTT 9 23 1 ATATCTAAAATAATATAAGATTTTCAAATTTTGATTTG 6 173 1 ACTTAAATCCTTTTTTATTATAATTAAAAATGATATAA 5 133 1 GTTTATTTTCTATTATAGATATCTAAAATAATATAAGA 6 155 1 TAAAACTAGTTATTATTACAATAATAAATCTTTATAAA 4 13 0 AATTCAAATCTCTTTTGGTAAAAAGAAAAGATTGCTAT 9 43 0 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GTAATGAGCTAAATATAATTAATTATAATATATGAGGTTTTA 6 268 0 AAGCTAAAAATATTTTTACATCAAAAAATTGAATGCATCATAA 9 130 1 GTATCCAAGTTCTAATTTTATCAGAATTACACAAGCAAATTTT 3 247 1 ACATACATAATCCAAAAATTTAAAAAGACTAAAACATGTAAAT 8 21 0 AATCTAAAGATTTCATGATATGAATACATTTTAAGAGAAGCTA 6 61 0 GCTATGATATTAATTTGGAATCAAGAATAGAAAAAAGCTTTCC 2 54 1 TAAGTTTTTAACTCATAACAACGAAAAGCAATAAA 0 58 0 TTAATTAGCTTTAATTACTTTGATTAAAGCAAAAATTCTTTTG 5 69 0 * ** * * * * * * * MAP Score: 30.9909 Motif 5 AGTCACTTCTACTTGTAAATAATGAAAAATCTTT 0 2 0 TGATTTCTGCAGTATTTTTCAATTAGAAATTACCTTAGTAAT 2 102 1 AAATTACCTTAGTAATTTCTAATTGAGTATTTTTTATAGGTT 2 128 1 ACTAAAATAGGTAAAAAAATCTTAAGATCATT 3 0 1 GAAGTTGTAGACATTTAAAAGTATTTGAATCAATCTGCAGTA 3 50 1 TTTAATTAAAAATAATATCTTGTAGTTTATATTCATTGATAC 3 89 0 AAAGCTAATTAGTTATTTTTCTAAAACTATCTTAATTATCAA 3 158 0 GACTTAATGAAATAAAATAGGATATAGAATATAGTATAACAA 3 203 1 ACTGTATCCAAGTTCTAATTTTATCAGAATTACACAAGCAAA 3 244 1 TACACAAGCAAATTTTTACGTAAAAATAATAAAACT 3 274 1 TTATTATTACAATAATAAATCTTTATAAATTT 4 0 0 TTATTATTGTAATAATAACTAGTTTTATATATCATATCAGAT 4 24 1 ATATCAGATTATTAATTAAGAAAAGGTTATAAAT 4 57 1 TTGTTATCTCATTTTTAACACTATAAAAATCTTTT 5 3 0 ATGAGATAACAATAAATGTTTAATGTGAATAATATTCAAAAG 5 33 1 CTTTAATCAAAGTAATTAAAGCTAATTAATTTCATAAATAAT 5 83 1 ATCCTTTTTTATTATAATTAAAAATGATATAAAGTAGAGTAT 5 139 1 ATATAATTCTATTTATATACGCATCCTAATGTGCTAGTGTGT 5 240 0 ATATAAATAGAATTATATAAAAAATCTAATAAAAAGGTATGA 5 264 1 ATTATATGGAATTAAATGAAAAAATTAAATCTAAAGATTTCA 6 89 0 CCATATAATAATTATATCCTTGTCAATAATTAGGTTTATTTT 6 122 1 TCAAATCAAAATTTGAAAATCTTATATTATTTTAGATATCTA 6 170 0 TTTTCACTAAATTTTATAAAGATTTTTTATTTCATTAGACAA 6 221 0 GTGAAAAAAAAATAAAACCTCATATATTATAATTAATTATAT 6 256 1 GATTTCTAAAAATTTATTCTAAATTGGTATTAATAGGTTTAT 7 25 1 AATAATTTTAAATTAAATTAATAAACAAATAATT 8 96 1 AAAATTTTAATTTTCATAATTAATATTTTTTA 9 0 1 ACCAAAAGAGATTTGAATTAGCACAGATATTACATTATAGAT 9 62 1 TTTGTTTTACAGTATATTAAATATTATTATCTATAATGTAAT 9 90 0 GATGCATTCAATTTTTTGATGTAAAAATATTTTTAGCTTTGT 9 127 0 AAAAATGTTTAATTTATAAATTACTCATATAACAATTGATTA 9 220 1 ATCAATATCCAATAAAATCCTTTTTTTAATTTAAATACAAAA 9 266 1 * ** ** * *** * MAP Score: 27.3031 Motif 6 ATAAACCTATTAATACCAATTTAGAATAAATTTTTA 7 31 0 AATTTAAAACCTATAAAAAATACTCAATTA 2 147 0 TAATTTTAAATTAAATTAATAAACAAATAATT 8 98 1 TAGCTTCTCTTAAAATGTATTCATATCATGAAATCT 6 61 1 ATATCATTTTTAATTATAATAAAAAAGGATTTAAGT 5 133 0 ATCCTTTTTTTAATTTAAATACAAAATA 9 282 1 GCTCTTGCTATTATTGTTATTGATAATCCG 1 12 1 ATTATGTATGTTATATGGTTATATAAATTCAATACA 8 53 1 TTAAAGCTAATTAATTTCATAAATAATATCATGCCA 5 98 1 AAAAGATTTTTATAGTGTTAAAAATGAGATAACAA 5 9 1 TTTTTTTCACTAAATTTTATAAAGATTTTTTATTTC 6 230 0 ATGTTTAATGTGAATAATATTCAAAAGAATTTTTGC 5 48 1 TTTGAAAATCTTATATTATTTTAGATATCTATAATA 6 165 0 ACATTATAGATAATAATATTTAATATACTGTAAAAC 9 93 1 GCAGATTGATTCAAATACTTTTAAATGTCTACAACT 3 52 0 CAAATTAATATCATAGCAAAAGACATTAATTAAACT 2 35 0 GATATAATTATTATATGGAATTAAATGAAAAAATTA 6 104 0 ACCTCATATATTATAATTAATTATATTTAGCTCATT 6 272 1 TAAAGATTTTTTATTTCATTAGACAAAAATTAATTT 6 211 0 TAAAATTTAGTGAAAAAAAAATAAAACCTCATATAT 6 247 1 AAATTTATAAAGATTTATTATTGTAATAAT 4 4 1 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CCAAAAATTTAAAAAGACTAAAACATGTAAATAAAG 8 17 0 * *** *** * ** MAP Score: 26.7641 Motif 7 AAAGCAATAAATAAAATTATAAATTAGTCACTTCT 0 34 0 CGGATTATCAATAACAATAATAGCAAGAG 1 13 0 TAAAAGATAACAATTGAGTTTTAAA 2 0 1 TCTGCAGTATTTTTCAATTAGAAATTACCTTAGTA 2 107 1 CTATAAAAAATACTCAATTAGAAATTACTAAGGTA 2 132 0 GAGTATTTTTTATAGGTTTTAAATT 2 152 1 ACTAAAATAGGTAAAAAAATCTTAAGATCA 3 5 1 AAACTACAAGATATTATTTTTAATTAAAACATAAA 3 103 1 ATTAGCTTTTATGACTTAATGAAATAAAATAGGAT 3 191 1 TTACAATAATAAATCTTTATAAATTT 4 1 0 TATATATCATATCAGATTATTAATTAAGAAAAGGT 4 49 1 TAGTGTTAAAAATGAGATAACAATAAATGTTTAAT 5 22 1 AATGTGAATAATATTCAAAAGAATTTTTGCTTTAA 5 54 1 CATGATATTATTTATGAAATTAATTAGCTTTAATT 5 96 0 ACTTAAATCCTTTTTTATTATAATTAAAAATGATA 5 133 1 TGATATAAAGTAGAGTATAACAAAATTCACTGATA 5 163 1 GCACATTAGGATGCGTATATAAATAGAATTATATA 5 248 1 ATATAAATAGAATTATATAAAAAATCTAATAAAAA 5 264 1 ATCTAAAGATTTCATGATATGAATACATTTTAAGA 6 68 0 ATGGAATTAAATGAAAAAATTAAATCTAAAGATTT 6 91 0 TTTCATTTAATTCCATATAATAATTATATCCTTGT 6 110 1 TCTATTATAGATATCTAAAATAATATAAGATTTTC 6 163 1 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