AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i RP/RP_operons027_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238607
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	RP039	300	30S RIBOSOMAL PROTEIN S6 (rpsF)
#1	RP040	24	30S RIBOSOMAL PROTEIN S18 (rpsR)
#2	RP542	300	PROBABLE REPLICATIVE DNA HELICASE  (dnaB)
#3	RP836	106	SINGLE-STRAND BINDING PROTEIN (ssb)

Motif 1
TTAAAGTTTGTTTATTGGAGATTCTTATATATT        	0	277	1
TATATACTTCTGTTTCAAAAATTATTTGAAATTATACCATA	2	164	0
        TCTTTAACCTTAATTCTTACAAAT         	1	1	0
TACTACCTATTTTAAATATTATTATTGCAATAATAAAATAA	3	71	0
TGTAAATTGTTATATCATGATTTATTCTATAGTATCAGAAA	2	239	0
TACTACAAAATTTTGAGATATTTTTTAAAAAATCTGTAGTA	3	18	1
TCTGTAGTATTATAGGCTCTTTTATTTTATTATTGCAATAA	3	50	1
TTTTAGTTGCTATAAATACCTTTATTTTAAAGTTTGTTTAT	0	251	1
TTATTAAGCCTTTGTCTTTGTTTATTTAATTTTTTATGTCA	0	87	1
TTATTTAATTTTTTATGTCATTTCTTTTAATATCAAACACT	0	108	1
TATCAGAAAGTGTACATTGTATCTTTCGATAAAGATAATTT	2	207	0
ATTTTTAATTTTTGAAGATAATACTTGAATTTAATAGTTTT	0	214	1
CGTTGCAACTTATTTTTAATATAATTATATTACTAATAATG	2	105	1
CATTATTACATACAGCAAATATTCTTACAATAGTGTCTGTA	2	44	1
TAAACAATATTAATCAACAGATTATTTAAAAGTGTTTGATA	0	138	0
GCAGCCTTTTAATATATTAAATCCTTCTATTTATGCTTATT	0	51	1
          * *       *** **  ***
MAP Score: 21.3844

Motif 2
AGTTGCAGCCTTTTAATATATTAAATCCTTCTATTT	0	47	1
AAAAGAAATGACATAAAAAATTAAATAAACAAAGAC	0	100	0
TCTTTTAATATCAAACACTTTTAAATAATCTGTTGA	0	130	1
ATCAACAAATTAATAAGATTTTTAATTTTTGAAGAT	0	197	1
TATTAAATTCAAGTATTATCTTCAAAAATTAAAAAT	0	214	0
ATTTATAGCAACTAAAACTATTAAATTCAAGTATTA	0	232	0
AATCTCCAATAAACAAACTTTAAAATAAAGGTATTT	0	264	0
      AATATATAAGAATCTCCAATAAACAAACTT	0	280	0
         GATAAAGAATTTACAATGACAATCAAA	2	1	1
TTTTTAAATTACAGACACTATTGTAAGAATATTTGC	2	58	0
TTATTAGTAATATAATTATATTAAAAATAAGTTGCA	2	108	0
CTTCTGTTTCAAAAATTATTTGAAATTATACCATAT	2	163	0
ATCTTTCGATAAAGATAATTTATTATATACTTCTGT	2	192	0
CTTTATCGAAAGATACAATGTACACTTTCTGATACT	2	214	1
ATGTACACTTTCTGATACTATAGAATAAATCATGAT	2	231	1
TAAATCATGATATAACAATTTACAGTTCTAACACAA	2	256	1
CAGATTTTTTAAAAAATATCTCAAAATTTTGTAGTA	3	18	0
GATATTTTTTAAAAAATCTGTAGTATTATAGGCTCT	3	34	1
ATTATTGCAATAATAATATTTAAAATAGGTAGTAAT	3	78	1
          * * * *** *  ***
MAP Score: 16.5823

Motif 3
TAGAAGGATTTAATATATTAAAAGGCTGCAACTCTAG	0	43	0
TTTGTTTATTTAATTTTTTATGTCATTTCTTTTAATA	0	103	1
TCATTTCTTTTAATATCAAACACTTTTAAATAATCTG	0	125	1
AAAATCTTATTAATTTGTTGATGTTATACAAGGTTTA	0	182	0
ATAAGATTTTTAATTTTTGAAGATAATACTTGAATTT	0	209	1
ATAAATACCTTTATTTTAAAGTTTGTTTATTGGAGAT	0	262	1
ATAGTGTCTGTAATTTAAAAACTGTATTGAGGCGTTG	2	73	1
GCGTTGCAACTTATTTTTAATATAATTATATTACTAA	2	104	1
CTATATGGTATAATTTCAAATAATTTTTGAAACAGAA	2	161	1
TCGATAAAGATAATTTATTATATACTTCTGTTTCAAA	2	186	0
CTGTAAATTGTTATATCATGATTTATTCTATAGTATC	2	244	0
AATTTTGAGATATTTTTTAAAAAATCTGTAGTATTAT	3	26	1
TAGGCTCTTTTATTTTATTATTGCAATAATAATATTT	3	62	1
ATTGCAATAATAATATTTAAAATAGGTAGTAATCT  	3	81	1
          ****** ***      *
MAP Score: 16.1286

Motif 4
GCCTTTGTCTTTGTTTATTTAATTTTTTATGTCATTT	0	94	1
TCGATAAAGATAATTTATTATATACTTCTGTTTCAAA	2	186	0
TATTATAGGCTCTTTTATTTTATTATTGCAATAATAA	3	57	1
TTACTACCTATTTTAAATATTATTATTGCAATAATAA	3	76	0
TAAGAATATTTGCTGTATGTAATAATGCTGCATCTTT	2	34	0
ATAAAAATTCATCTATATGGTATAATTTCAAATAATT	2	149	1
GCGTTGCAACTTATTTTTAATATAATTATATTACTAA	2	104	1
TGCAGCCTTTTAATATATTAAATCCTTCTATTTATGC	0	50	1
    TTTGTTTGTTCAATCTTATTGTGTTAGAACTGT	2	277	0
TTAAATAATCTGTTGATTAATATTGTTTACAGTAAAC	0	150	1
TAACATCAACAAATTAATAAGATTTTTAATTTTTGAA	0	193	1
TGAAGATAATACTTGAATTTAATAGTTTTAGTTGCTA	0	226	1
TGTTATATCATGATTTATTCTATAGTATCAGAAAGTG	2	236	0
TATAGATGAATTTTTATGTTCATTATTAGTAATATAA	2	129	0
TGCTATAAATACCTTTATTTTAAAGTTTGTTTATTGG	0	258	1
          *  * ***   *** **
MAP Score: 15.3948

Motif 5
GAAGGATTTAATATATTAAAAGGCTGCAAC	0	48	0
TTGTCTTTGTTTATTTAATTTTTTATGTCA	0	98	1
TTTATGTCATTTCTTTTAATATCAAACACT	0	119	1
AATCAACAGATTATTTAAAAGTGTTTGATA	0	138	0
ATAAATACCTTTATTTTAAAGTTTGTTTAT	0	262	1
TTATTGGAGATTCTTATATATT        	0	288	1
TTAACCTTAATTCTTACAAAT         	1	1	0
AGATGCAGCATTATTACATACAGCAAATAT	2	36	1
ACAGCAAATATTCTTACAATAGTGTCTGTA	2	55	1
ATAGTGTCTGTAATTTAAAAACTGTATTGA	2	73	1
GCGTTGCAACTTATTTTTAATATAATTATA	2	104	1
ATTTTTAATATAATTATATTACTAATAATG	2	116	1
CTATATGGTATAATTTCAAATAATTTTTGA	2	161	1
TAAAGATAATTTATTATATACTTCTGTTTC	2	189	0
ATATCATGATTTATTCTATAGTATCAGAAA	2	239	0
AATTTTGAGATATTTTTTAAAAAATCTGTA	3	26	1
ATAGGCTCTTTTATTTTATTATTGCAATAA	3	61	1
TGCAATAATAATATTTAAAATAGGTAGTAA	3	83	1
          **********
MAP Score: 7.81196

Motif 6
CCTTTTAATATATTAAATCCTTCTATTTATGCTTATT	0	55	1
TAAGCCTTTGTCTTTGTTTATTTAATTTTTTATGTCA	0	91	1
AATCTGTTGATTAATATTGTTTACAGTAAACCTTGTA	0	156	1
GTAAACCTTGTATAACATCAACAAATTAATAAGATTT	0	181	1
TTAATAAGATTTTTAATTTTTGAAGATAATACTTGAA	0	206	1
CAACTAAAACTATTAAATTCAAGTATTATCTTCAAAA	0	223	0
AATTTAATAGTTTTAGTTGCTATAAATACCTTTATTT	0	241	1
TATAAATACCTTTATTTTAAAGTTTGTTTATTGGAGA	0	261	1
GATGCAGCATTATTACATACAGCAAATATTCTTACAA	2	37	1
CAATACAGTTTTTAAATTACAGACACTATTGTAAGAA	2	65	0
GCGTTGCAACTTATTTTTAATATAATTATATTACTAA	2	104	1
ATCTATATGGTATAATTTCAAATAATTTTTGAAACAG	2	159	1
GAAACAGAAGTATATAATAAATTATCTTTATCGAAAG	2	189	1
AACTGTAAATTGTTATATCATGATTTATTCTATAGTA	2	246	0
        TTTGTTTGTTCAATCTTATTGTGTTAGAA	2	281	0
AATTTTGAGATATTTTTTAAAAAATCTGTAGTATTAT	3	26	1
TATTATAGGCTCTTTTATTTTATTATTGCAATAATAA	3	57	1
TTACTACCTATTTTAAATATTATTATTGCAATAATAA	3	76	0
          * *** **  *  ** *
MAP Score: 2.301