AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i RP/RP_operons027_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238627
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	RP039	300	30S RIBOSOMAL PROTEIN S6 (rpsF)
#1	RP040	24	30S RIBOSOMAL PROTEIN S18 (rpsR)
#2	RP542	300	PROBABLE REPLICATIVE DNA HELICASE  (dnaB)
#3	RP836	106	SINGLE-STRAND BINDING PROTEIN (ssb)

Motif 1
ATAAAGATAATTTATTATATACTTCTGTTTCAA	2	187	0
TATATCATGATTTATTCTATAGTATCAGAAAGT	2	237	0
      TTTGTTTGTTCAATCTTATTGTGTTAG	2	283	0
TATAAATACCTTTATTTTAAAGTTTGTTTATTG	0	261	1
GATTACTACCTATTTTAAATATTATTATTGCAA	3	82	0
TTTTGAGATATTTTTTAAAAAATCTGTAGTATT	3	28	1
TATAGGCTCTTTTATTTTATTATTGCAATAATA	3	60	1
TTGCAACTTATTTTTAATATAATTATATTACTA	2	107	1
TTTGTCTTTGTTTATTTAATTTTTTATGTCATT	0	97	1
AGCCTTTTAATATATTAAATCCTTCTATTTATG	0	53	1
TTTATTGGAGATTCTTATATATT          	0	287	1
ATTCAAGTATTATCTTCAAAAATTAAAAATCTT	0	211	0
TTTTATGTCATTTCTTTTAATATCAAACACTTT	0	118	1
ATCTCAAAATTTTGTAGTAAAGTGATT      	3	4	0
AGAACTGTAAATTGTTATATCATGATTTATTCT	2	252	0
AAAATTCATCTATATGGTATAATTTCAAATAAT	2	152	1
TCAGAAAGTGTACATTGTATCTTTCGATAAAGA	2	213	0
TAATCAACAGATTATTTAAAAGTGTTTGATATT	0	136	0
ACAGCAAATATTCTTACAATAGTGTCTGTAATT	2	55	1
GATGAATTTTTATGTTCATTATTAGTAATATAA	2	129	0
          *** ** **** *
MAP Score: 24.6423

Motif 2
TTATTAAGCCTTTGTCTTTGTTTATTTAATTTTTTATGTCA	0	87	1
TTATTTAATTTTTTATGTCATTTCTTTTAATATCAAACACT	0	108	1
TAAACAATATTAATCAACAGATTATTTAAAAGTGTTTGATA	0	138	0
ATTTTTAATTTTTGAAGATAATACTTGAATTTAATAGTTTT	0	214	1
TTTTAGTTGCTATAAATACCTTTATTTTAAAGTTTGTTTAT	0	251	1
TTAAAGTTTGTTTATTGGAGATTCTTATATATT        	0	277	1
        TCTTTAACCTTAATTCTTACAAAT         	1	1	0
CATTATTACATACAGCAAATATTCTTACAATAGTGTCTGTA	2	44	1
CGTTGCAACTTATTTTTAATATAATTATATTACTAATAATG	2	105	1
TAAAAATTCATCTATATGGTATAATTTCAAATAATTTTTGA	2	150	1
TATCAGAAAGTGTACATTGTATCTTTCGATAAAGATAATTT	2	207	0
TGTAAATTGTTATATCATGATTTATTCTATAGTATCAGAAA	2	239	0
TACTACAAAATTTTGAGATATTTTTTAAAAAATCTGTAGTA	3	18	1
TCTGTAGTATTATAGGCTCTTTTATTTTATTATTGCAATAA	3	50	1
TACTACCTATTTTAAATATTATTATTGCAATAATAAAATAA	3	71	0
          * *       *** **  ***
MAP Score: 20.6672

Motif 3
TTATTAAGCCTTTGTCTTTGTTTATTTAATTTTTTATGTCATTTC	0	87	1
TTTTATGTCATTTCTTTTAATATCAAACACTTTTAAATAATCTGT	0	118	1
TCTTATTAATTTGTTGATGTTATACAAGGTTTACTGTAAACAATA	0	170	0
AATTTAATAGTTTTAGTTGCTATAAATACCTTTATTTTAAAGTTT	0	241	1
TACCTTTATTTTAAAGTTTGTTTATTGGAGATTCTTATATATT  	0	267	1
TGCTGCATCTTTGATTGTCATTGTAAATTCTTTATC         	2	1	0
AGTTTTTAAATTACAGACACTATTGTAAGAATATTTGCTGTATGT	2	51	0
TGTCTGTAATTTAAAAACTGTATTGAGGCGTTGCAACTTATTTTT	2	77	1
GCGTTGCAACTTATTTTTAATATAATTATATTACTAATAATGAAC	2	104	1
ATAATGAACATAAAAATTCATCTATATGGTATAATTTCAAATAAT	2	140	1
TCGATAAAGATAATTTATTATATACTTCTGTTTCAAAAATTATTT	2	178	0
CAATGTACACTTTCTGATACTATAGAATAAATCATGATATAACAA	2	229	1
ACTACAAAATTTTGAGATATTTTTTAAAAAATCTGTAGTATTATA	3	19	1
ATCTGTAGTATTATAGGCTCTTTTATTTTATTATTGCAATAATAA	3	49	1
TTACTACCTATTTTAAATATTATTATTGCAATAATAAAATAAAAG	3	68	0
          **  *  *  * *  *    **  *
MAP Score: 9.79189

Motif 4
GTTGCAGCCTTTTAATATATTAAATCCTTCTATTTATGCTT	0	48	1
TTATTAAGCCTTTGTCTTTGTTTATTTAATTTTTTATGTCA	0	87	1
TTATTTAATTTTTTATGTCATTTCTTTTAATATCAAACACT	0	108	1
TATCAAACACTTTTAAATAATCTGTTGATTAATATTGTTTA	0	138	1
TTAATAAGATTTTTAATTTTTGAAGATAATACTTGAATTTA	0	206	1
TATAAATACCTTTATTTTAAAGTTTGTTTATTGGAGATTCT	0	261	1
        TCTTTAACCTTAATTCTTACAAAT         	1	1	0
TAATGCTGCATCTTTGATTGTCATTGTAAATTCTTTATC  	2	8	0
CAACGCCTCAATACAGTTTTTAAATTACAGACACTATTGTA	2	69	0
TATTGAGGCGTTGCAACTTATTTTTAATATAATTATATTAC	2	97	1
TAGATGAATTTTTATGTTCATTATTAGTAATATAATTATAT	2	123	0
TATGGTATAATTTCAAATAATTTTTGAAACAGAAGTATATA	2	164	1
GTATCTTTCGATAAAGATAATTTATTATATACTTCTGTTTC	2	189	0
TATATCATGATTTATTCTATAGTATCAGAAAGTGTACATTG	2	229	0
ACTACAAAATTTTGAGATATTTTTTAAAAAATCTGTAGTAT	3	19	1
TTATAGGCTCTTTTATTTTATTATTGCAATAATAATATTTA	3	59	1
          *** *  *  * * *   * *
MAP Score: 6.38687

Motif 5
TTCTATCATGATTATGAATTGTAG      	0	4	0
TTGCAGCCTTTTAATATATTAAATCCTTCT	0	49	1
AAGAAATGACATAAAAAATTAAATAAACAA	0	104	0
TGTTTGATATTAAAAGAAATGACATAAAAA	0	117	0
ATCAAACACTTTTAAATAATCTGTTGATTA	0	139	1
GTAAACAATATTAATCAACAGATTATTTAA	0	150	0
CTTGTATAACATCAACAAATTAATAAGATT	0	187	1
AAGTATTATCTTCAAAAATTAAAAATCTTA	0	210	0
AACTATTAAATTCAAGTATTATCTTCAAAA	0	223	0
TTATAGCAACTAAAACTATTAAATTCAAGT	0	236	0
TAAACAAACTTTAAAATAAAGGTATTTATA	0	261	0
       ATTTGTAAGAATTAAGGTTAAAG	1	3	1
         GATAAAGAATTTACAATGACA	2	1	1
GAATATTTGCTGTATGTAATAATGCTGCAT	2	38	0
CAGACACTATTGTAAGAATATTTGCTGTAT	2	53	0
GTGTCTGTAATTTAAAAACTGTATTGAGGC	2	76	1
ATATAATTATATTAAAAATAAGTTGCAACG	2	105	0
TATATTACTAATAATGAACATAAAAATTCA	2	130	1
ATGGTATAATTTCAAATAATTTTTGAAACA	2	165	1
AAGATAATTTATTATATACTTCTGTTTCAA	2	187	0
TAAATCATGATATAACAATTTACAGTTCTA	2	256	1
TACAGATTTTTTAAAAAATATCTCAAAATT	3	26	0
TATTATTGCAATAATAAAATAAAAGAGCCT	3	63	0
TACTACCTATTTTAAATATTATTATTGCAA	3	82	0
          **********
MAP Score: 0.969999