AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i RP/RP_operons028_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944238639 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 RP116 169 SIGNAL PEPTIDASE I (lepB) #1 RP119 52 CROSSOVER JUNCTION ENDODEOXYRIBONUCLEASE RUVC (ruvC) #2 RP366 75 APOLIPOPROTEIN N-ACYLTRANSFERASE (lnt) #3 RP571 300 SODIUM/PANTOTHENATE SYMPORTER (panF) #4 RP727 300 unknown #5 RP730 300 unknown Motif 1 GAGTGCTTACAAAATATAATAAATAATTTTT 0 148 1 TATTACACATAATAATTACTAAAAATATATTATGAACA 3 241 1 ATTATAAGCCAATTTTTAATATAAATCTAGAATTCTTA 5 239 0 TTATTTTGTAAACAAATAATCGATAAAA 2 57 1 AATATTAATCAATAATTATTTCAAATAAAACAAAATTA 3 54 0 TGCAATCTAAAATAGGTATTTTAAAACTATCCCTTAAT 3 125 1 CCGAGTCCGCAACCTCTATTCTAAATTACGTTTATTAC 5 143 1 ACTAGTGTAAAAATTGTATTGCATAAAAACTCTTGGTA 4 130 1 TCATTAAAGAAAAAACTACTAAAAAATAAAATATTTAA 3 177 1 AAAGAAACGCAAACGATAATCGTTATGTAGGTGTTCCA 4 25 1 TTTAATTACAAAATTATAGTGTTTATTTGCAATGACCT 4 229 1 TAATTTTTAGAAAATTTATTTATTAATTTTGTTTTATT 3 31 1 ACATTTATTGAAAACGTAATTATTAATATTAATCAATA 3 78 0 CACTCAATTAAATTCCTAGCTAAAATCTGCATCGAATA 0 115 0 TTTAGATTGCAACATATATTACATTTATTGAAAACGTA 3 98 0 TATGATCTAAAACTACTAGAACATATTATTACACATAA 3 215 1 GTTAGTAAAAAATAGGTAGATGAAATTTAAGTTAAGCA 4 271 0 TAGTAGTTTTAGATCATATTAAATATTTTATTTTTTAG 3 195 0 GGTTTTAGTTTAGAATTATTTTATATAATCC 1 31 1 AACAAATTCTAAGTTTTATCTTTAAAATCTAATTT 3 275 1 GAATTTAATTAAAATGTAAAGGTAAAATAAGAATTCTA 5 212 1 CATTTCTAGAAACTCGTACTTTTTTATATCATACCGTA 0 27 1 AATAGATACATGAATATTACTTAATTTT 3 0 1 ** ** * **** * MAP Score: 21.8048 Motif 2 AAAATTAATAAATAAATTTTCTAAAAATTAAGTAATATTCATGT 3 17 0 TTTTATTTGAAATAATTATTGATTAATATTAATAATTACGTTTT 3 62 1 CATTATAAACTTTCATACAAGGGTTTTAGTTTAGAATT 1 4 1 AAAATAAAATATTTAATATGATCTAAAACTACTAGAACATATTA 3 199 1 AAATAGGTAGATGAAATTTAAGTTAAGCAGTTTAGGTCATTGCA 4 256 0 TATTAGCACCAAATATTATGCCTGAATTTAATTAAAATGTAAAG 5 189 1 CAAGCTCATAAAGTAGTGTTTTTGAAATTGTTTAATTACAAAAT 4 199 1 AACTACTAGAACATATTATTACACATAATAATTACTAAAAATAT 3 225 1 AAAAATTATTTATTATATTTTGTAAGCACTCAAT 0 145 0 TTAATCACACACTAACTATTCATTAAAGAAAAAACTACTAAAAA 3 158 1 TGATAGCATGATGTATTATTTTGTAAACAAATAATCGATAAAA 2 42 1 AAAATCCCATACGTATACTAGTGTAAAAATTGTATTGCATAAAA 4 114 1 GTAAAGGTAAAATAAGAATTCTAGATTTATATTAAAAATTGGCT 5 227 1 CGACGCCTCCACCAATACTCGATGAACTTCAAAAATTTGCTGCG 5 89 0 AAAAAGAACAATGAGTCAACAATACAAAGAGCAACAG 5 3 1 ACAGGACACAATATATTATACGGTATGATATAAAAAAGTACGAG 0 39 0 AATATTAATAATTACGTTTTCAATAAATGTAATATATGTTGCAA 3 86 1 * ** * * ** * ** MAP Score: 19.0301 Motif 3 AATCTGCATCGAATAATCTTTAATGTCATATGGCAA 0 94 0 AAAAATTATTTATTATATTTTGTAAGCAC 0 150 0 GGATTATATAAAATAATTCTAAACTAAAACCCT 1 29 0 TTATTTACTCATTATATTTAAACTTGCT 2 2 1 TTTTATCGATTATTTGTTTACAAAATAATACATC 2 51 0 CATGAATATTACTTAATTTTTAGAAAATTTATTTAT 3 18 1 TTTTTAGAAAATTTATTTATTAATTTTGTTTTATTT 3 34 1 AATATTAATCAATAATTATTTCAAATAAAACAAAAT 3 56 0 TTTATTGAAAACGTAATTATTAATATTAATCAATAA 3 77 0 ATCACACACTAACTATTCATTAAAGAAAAAACTACT 3 161 1 CTACTAAAAAATAAAATATTTAATATGATCTAAAAC 3 192 1 AAACTACTAGAACATATTATTACACATAATAATTAC 3 224 1 ATTTGTTCATAATATATTTTTAGTAATTATTATGTG 3 246 0 CAAATTCTAAGTTTTATCTTTAAAATCTAATTT 3 277 1 TTTTTATGCAATACAATTTTTACACTAGTATACGTA 4 123 0 TGTTTTTGAAATTGTTTAATTACAAAATTATAGTGT 4 215 1 ACAAAATTATAGTGTTTATTTGCAATGACCTAAACT 4 236 1 AATTTCATCTACCTATTTTTTACTAACT 4 282 1 AAGACGACGCAGCAAATTTTTGAAGTTCATCGAGTA 5 82 1 TTTTACCTTTACATTTTAATTAAATTCAGGCATAAT 5 203 0 ATTTATTATAAGCCAATTTTTAATATAAATCTAGAA 5 245 0 ATTGGCTTATAATAAATGTTTAGAATGCTCAATTAA 5 264 1 * *** **** * * MAP Score: 17.1889 Motif 4 ATTACAAAATTATAGTGTTTATTTGCAATGACCTAAACT 4 233 1 ATGAACAAATTCTAAGTTTTATCTTTAAAATCTAATTT 3 272 1 TTATTTACTCATTATATTTAAACTTGCTGAAA 2 3 1 GGTTTTAGTTTAGAATTATTTTATATAATCC 1 31 1 AAAATTGGCTTATAATAAATGTTTAGAATGCTCAATTAA 5 261 1 TTTTATCGATTATTTGTTTACAAAATAATACATC 2 51 0 GATTGCAACATATATTACATTTATTGAAAACGTAATTAT 3 93 0 GGTCTGGTACTATAGAGCATTTCTAGAAACTCGTACTTT 0 10 1 CGTATACTAGTGTAAAAATTGTATTGCATAAAAACTCTT 4 125 1 ATATATTTTTAGTAATTATTATGTGTAATAATATGTTCT 3 232 0 AGAAAATTTATTTATTAATTTTGTTTTATTTGAAATAAT 3 39 1 TTAAATTTCATCTACCTATTTTTTACTAACT 4 279 1 TTTTATTTTTTAGTAGTTTTTTCTTTAATGAATAGTTAG 3 169 0 ATACATGAATATTACTTAATTTTTAGAAAATTTATTTAT 3 15 1 TAAGCCAATTTTTAATATAAATCTAGAATTCTTATTTTA 5 234 0 TAGCTATAGTAATAAACGTAATTTAGAATAGAGGTTGCG 5 150 0 TTCTAGAAACTCGTACTTTTTTATATCATACCGTATAAT 0 30 1 AAAAATTATTTATTATATTTTGTAAGCACTCAATT 0 144 0 * ** ** * * *** MAP Score: 14.3102 Motif 5 TGAAAACGTAATTATTAATATTAATCAATAATTATTTCAAATAA 3 64 0 ACCAAATATTATGCCTGAATTTAATTAAAATGTAAAGGTAAAAT 5 196 1 ATTTTTTAGTAGTTTTTTCTTTAATGAATAGTTAGTGTGTGATT 3 160 0 TCATTTCAGCAAGTTTAAATATAATGAGTAAATAA 2 1 0 CATTTATTATAAGCCAATTTTTAATATAAATCTAGAATTCTTAT 5 238 0 AAAACAAAGAAACGCAAACGATAATCGTTATGTAGGTGTTCCAG 4 20 1 GGATTATATAAAATAATTCTAAACTAAAACCCTTGT 1 26 0 AATGACCTAAACTGCTTAACTTAAATTTCATCTACCTATTTTTT 4 259 1 GTGCTAATATAGCTATAGTAATAAACGTAATTTAGAATAGAGGT 5 154 0 TTGGCTTATAATAAATGTTTAGAATGCTCAATTAAAAACTTAAT 5 265 1 TAAAAAATAAAATATTTAATATGATCTAAAACTACTAGAACATA 3 196 1 ATATTTTGTAAGCACTCAATTAAATTCCTAGCTAAAATCTGCAT 0 121 0 ACTAGAACATATTATTACACATAATAATTACTAAAAATATATTA 3 229 1 ATTTTTAGAAAATTTATTTATTAATTTTGTTTTATTTGAAATAA 3 33 1 ACAAATTCTAAGTTTTATCTTTAAAATCTAATTT 3 276 1 TAGTTTTAAAATACCTATTTTAGATTGCAACATATATTACATTT 3 110 0 * * ***** * ** MAP Score: 13.1518 Motif 6 AAATGATAGCATGATGTATTATTTTGTAAACAAATAATC 2 39 1 ATAATTACTAAAAATATATTATGAACAAATTCTAAGTTT 3 252 1 CTATATTAGCACCAAATATTATGCCTGAATTTAATTAAA 5 186 1 GAGCATTCTAAACATTTATTATAAGCCAATTTTTAATAT 5 255 0 CTCACAGGACACAATATATTATACGGTATGATATAAAAA 0 47 0 ATATATTTTTAGTAATTATTATGTGTAATAATATGTTCT 3 232 0 TTGAGTGCTTACAAAATATAATAAATAATTTTT 0 146 1 TTAAATTTCATCTACCTATTTTTTACTAACT 4 279 1 GGTTTTAGTTTAGAATTATTTTATATAATCC 1 31 1 TTTCAGCAAGTTTAAATATAATGAGTAAATAA 2 3 0 TGCAATCTAAAATAGGTATTTTAAAACTATCCCTTAATC 3 125 1 ATTAATATTAATCAATAATTATTTCAAATAAAACAAAAT 3 56 0 TTTAGATCATATTAAATATTTTATTTTTTAGTAGTTTTT 3 187 0 ATGAACAAATTCTAAGTTTTATCTTTAAAATCTAATTT 3 272 1 TCTGCATCGAATAATCTTTAATGTCATATGGCAACTTTA 0 89 0 CATTGCAAATAAACACTATAATTTTGTAATTAAACAATT 4 224 0 ACAAAATTAATAAATAAATTTTCTAAAAATTAAGTAATA 3 24 0 * * ****** ** MAP Score: 12.2555 Motif 7 ACATCATGCTATCATTTCAGCAAGTTTAAATATAATGAGTAAA 2 13 0 ATACATGAATATTACTTAATTTTTAGAAAATTTATTTATTAAT 3 15 1 TTAATCAATAATTATTTCAAATAAAACAAAATTAATAAATAAA 3 45 0 ATTAATATTAATAATTACGTTTTCAATAAATGTAATATATGTT 3 83 1 ATCACACACTAACTATTCATTAAAGAAAAAACTACTAAAAAAT 3 161 1 TAAAAAATAAAATATTTAATATGATCTAAAACTACTAGAACAT 3 196 1 AATAATTACTAAAAATATATTATGAACAAATTCTAAGTTTTAT 3 251 1 GAAAAATCCCATACGTATACTAGTGTAAAAATTGTATTGCATA 4 112 1 CGCCTCCACCAATACTCGATGAACTTCAAAAATTTGCTGCGTC 5 87 0 GTTTATTACTATAGCTATATTAGCACCAAATATTATGCCTGAA 5 172 1 ACCAAATATTATGCCTGAATTTAATTAAAATGTAAAGGTAAAA 5 196 1 GTAAAATAAGAATTCTAGATTTATATTAAAAATTGGCTTATAA 5 233 1 ** * * * **** * MAP Score: 10.3552 Motif 8 AGTGCTTACAAAATATAATAAATAATTTTT 0 149 1 CATGATGTATTATTTTGTAAACAAATAATCGATAAAA 2 48 1 AATAGATACATGAATATTACTTAATTTTTAGAAAATTT 3 9 1 CAAATAAAACAAAATTAATAAATAAATTTTCTAAAAATT 3 32 0 ATTAATTTTGTTTTATTTGAAATAATTATTGATTAATAT 3 52 1 TATTAATAATTACGTTTTCAATAAATGTAATATATGTTG 3 88 1 AAATGTAATATATGTTGCAATCTAAAATAGGTATTTTAA 3 110 1 TATTTTTTAGTAGTTTTTTCTTTAATGAATAGTTAGTGT 3 166 0 AAATAAAATATTTAATATGATCTAAAACTACTAGAACAT 3 200 1 TACTAGAACATATTATTACACATAATAATTACTAAAAAT 3 228 1 TTACTAAAAATATATTATGAACAAATTCTAAGTTTTATC 3 256 1 ATAAACACTATAATTTTGTAATTAAACAATTTCAAAAAC 4 216 0 TTACTATAGCTATATTAGCACCAAATATTATGCCTGAAT 5 177 1 ATGCCTGAATTTAATTAAAATGTAAAGGTAAAATAAGAA 5 206 1 ATAAGAATTCTAGATTTATATTAAAAATTGGCTTATAAT 5 238 1 ** ** * **** * MAP Score: 4.90959 Motif 9 CCATATGACATTAAAGATTATTCGATGCAGA 0 97 1 AATTGAGTGCTTACAAAATATAATAAATAAT 0 144 1 GGATTATATAAAATAATTCTAAAC 1 38 0 TTATTTACTCATTATATTTAAACTT 2 4 1 GATTATTTGTTTACAAAATAATACATCATGC 2 47 0 TACATGAATATTACTTAATTTTTAGAAAATT 3 16 1 AACAAAATTAATAAATAAATTTTCTAAAAAT 3 33 0 TTATTTCAAATAAAACAAAATTAATAAATAA 3 46 0 ATTATTAATATTAATCAATAATTATTTCAAA 3 67 0 TAACTATTCATTAAAGAAAAAACTACTAAAA 3 170 1 GAAAAAACTACTAAAAAATAAAATATTTAAT 3 185 1 GAACATATTATTACACATAATAATTACTAAA 3 233 1 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