AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i RP/RP_operons028_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944238668 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 RP114 71 PROTEIN-EXPORT MEMBRANE PROTEIN SECF (secF) #1 RP115 163 NADH DEHYDROGENASE I CHAIN F (nuoF) #2 RP116 169 SIGNAL PEPTIDASE I (lepB) #3 RP119 52 CROSSOVER JUNCTION ENDODEOXYRIBONUCLEASE RUVC (ruvC) #4 RP366 75 APOLIPOPROTEIN N-ACYLTRANSFERASE (lnt) #5 RP571 300 SODIUM/PANTOTHENATE SYMPORTER (panF) #6 RP727 300 unknown #7 RP730 300 unknown Motif 1 TATTATAATTATGTTGAATAAAAGTTATAT 0 51 0 GCAGGTAAAGCAATACTTTGTTTAAACAGTAACT 1 100 0 AGTGCTTACAAAATATAATAAATAATTTTT 2 149 1 TTTAGTTTAGAATTATTTTATATAATCC 3 34 1 CAGCAAGTTTAAATATAATGAGTAAATAA 4 5 0 TAGCATGATGTATTATTTTGTAAACAAATAATCG 4 45 1 CAAAATTAATAAATAAATTTTCTAAAAATTAAGT 5 28 0 TAATATTAATAATTACGTTTTCAATAAATGTAAT 5 85 1 GATAGTTTTAAAATACCTATTTTAGATTGCAACA 5 122 0 AACTACTAAAAAATAAAATATTTAATATGATCTA 5 190 1 TATTTTTAGTAATTATTATGTGTAATAATATGTT 5 234 0 TAATTACTAAAAATATATTATGAACAAATTCTAA 5 253 1 AAATTAGATTTTAAAGATAAAACTT 5 285 0 AGTTTTTATGCAATACAATTTTTACACTAGTATA 6 127 0 TTAATTACAAAATTATAGTGTTTATTTGCAATGA 6 230 1 CTCTATTCTAAATTACGTTTATTACTATAGCTAT 7 156 1 GCCTGAATTTAATTAAAATGTAAAGGTAAAATAA 7 208 1 TGTAAAGGTAAAATAAGAATTCTAGATTTATATT 7 226 1 AATTAAGTTTTTAATTGAGCATTC 7 286 0 ***** ** * ** MAP Score: 22.6984 Motif 2 AATTTACAACTAATTATACCGTAATTTGTTCATTAGATTCAG 1 8 1 TTTTATTTGAAATAATTATTGATTAATATTAATAATTACGTTTT 5 62 1 TTATTTACTCATTATATTTAAACTTGCTGAAATGATAGCA 4 6 1 TATTAGCACCAAATATTATGCCTGAATTTAATTAAAATGTAAAG 7 189 1 ACAGGACACAATATATTATACGGTATGATATAAAAAAGTACGAG 2 39 0 AAAAATTATTTATTATATTTTGTAAGCACTCAAT 2 145 0 AACTACTAGAACATATTATTACACATAATAATTACTAAAAATAT 5 225 1 CATTCTAAACATTTATTATAAGCCAATTTTTAATATAAATCTAG 7 247 0 CACACTAACTATTCATTAAAGAAAAAACTACTAAAAAATAAAAT 5 165 1 ATACAAATATAACTTTTATTCAACATAATTATAATA 0 45 1 TAATTTTTAGAAAATTTATTTATTAATTTTGTTTTATTTGAAAT 5 31 1 AAATTAGATTTTAAAGATAAAACTTAGAATTTGTTCATA 5 271 0 AAAGTTATATTTGTATTATATAGTAAATTCAAAAAGGTTAAACG 0 17 0 TGATAGCATGATGTATTATTTTGTAAACAAATAATCGATAAAA 4 42 1 CGATACCAAGAGTTTTTATGCAATACAATTTTTACACTAGTATA 6 127 0 CTACTAAAAAATAAAATATTTAATATGATCTAAAACTACTAGAA 5 192 1 TGTTTTTGAAATTGTTTAATTACAAAATTATAGTGTTTATTTGC 6 215 1 AAAGCAATACTTTGTTTAAACAGTAACTTGTCCACGGTATCGAA 1 84 0 * ***** ** * * MAP Score: 20.6593 Motif 3 TTATTTTGTAAACAAATAATCGATAAAA 4 57 1 GAGTGCTTACAAAATATAATAAATAATTTTT 2 148 1 TCATTAAAGAAAAAACTACTAAAAAATAAAATATTTA 5 177 1 AATATTAATCAATAATTATTTCAAATAAAACAAAATT 5 55 0 TATTACACATAATAATTACTAAAAATATATTATGAAC 5 241 1 ATAGTTTTAAAATACCTATTTTAGATTGCAACATATA 5 118 0 TAATTTTTAGAAAATTTATTTATTAATTTTGTTTTAT 5 31 1 ACATTTATTGAAAACGTAATTATTAATATTAATCAAT 5 79 0 GCTATAGTAATAAACGTAATTTAGAATAGAGGTTGCG 7 150 0 GGTTTTAGTTTAGAATTATTTTATATAATCC 3 31 1 ACTAGTGTAAAAATTGTATTGCATAAAAACTCTTGGT 6 130 1 CAAATTACGGTATAATTAGTTGTAAATT 1 1 0 GTATCGAAGGAAAAATAACTAAAAATACTAGTATTTT 1 55 0 TTTTGAATTTACTATATAATACAAATATAACTTTTAT 0 27 1 ATACAAATATAACTTTTATTCAACATAATTATAATA 0 45 1 GTAAAGGTAAAATAAGAATTCTAGATTTATATTAAAA 7 227 1 GTTAGTAAAAAATAGGTAGATGAAATTTAAGTTAAGC 6 272 0 ACCTGCACTAAACATGAACTTATTAAAGCAATAACGA 1 128 1 GATACCGTGGACAAGTTACTGTTTAAACAAAGTATTG 1 87 1 TTAATCACACACTAACTATTCATTAAAGAAAAAACTA 5 158 1 AAAAAGAACAATGAGTCAACAATACAAAGAGCA 7 6 1 TAAATTTTCTAAAAATTAAGTAATATTCATGTATCTA 5 12 0 TTTAATTACAAAATTATAGTGTTTATTTGCAATGACC 6 229 1 ** * ** * * *** MAP Score: 20.6182 Motif 4 TTTTGAATTTACTATATAATACAAATATAACTTTTATTCA 0 27 1 AATTTACAACTAATTATACCGTAATTTGTTCATT 1 4 1 GATACCGTGGACAAGTTACTGTTTAAACAAAGTATTGCTT 1 87 1 GCACTAAACATGAACTTATTAAAGCAATAACGAGAATTTT 1 132 1 AATTATTTATTATATTTTGTAAGCACTCAATTAAATTCCT 2 136 0 GGATTATATAAAATAATTCTAAACTAAAACCCTTGTA 3 25 0 TCAGCAAGTTTAAATATAATGAGTAAATAA 4 0 0 AGCATGATGTATTATTTTGTAAACAAATAATCGATAAAA 4 46 1 ATACATGAATATTACTTAATTTTTAGAAAATTTATTTATT 5 15 1 AATATTAATCAATAATTATTTCAAATAAAACAAAATTAAT 5 52 0 CAACATATATTACATTTATTGAAAACGTAATTATTAATAT 5 87 0 TTTTAAAACTATCCCTTAATCACACACTAACTATTCATTA 5 143 1 TCATTAAAGAAAAAACTACTAAAAAATAAAATATTTAATA 5 177 1 AACATATTATTACACATAATAATTACTAAAAATATATTAT 5 234 1 AAATTAGATTTTAAAGATAAAACTTAGAATTT 5 278 0 AATAAACACTATAATTTTGTAATTAAACAATTTCAAAAAC 6 216 0 AAAGAGCAACAGCAGTTACTGAACACATAAATACCACAGC 7 35 1 ATATTATGCCTGAATTTAATTAAAATGTAAAGGTAAAATA 7 201 1 TGAGCATTCTAAACATTTATTATAAGCCAATTTTTAATAT 7 255 0 * * *** * * * ** MAP Score: 18.9797 Motif 5 AAAAAAACGTTTAACCTTTTTGAATTTACTATATAATA 0 1 1 AACTAAAAATACTAGTATTTTGAACTGAATCTAATGAACAAATTACG 1 29 0 TTCGATACCGTGGACAAGTTACTGTTTAAACAAAGTATTGCTTTACC 1 84 1 CGTTATTGCTTTAATAAGTTCATGTTTAGTGCAGGTAAAGCAATACT 1 117 0 TATGACATTAAAGATTATTCGATGCAGATTTTAGCTAGGAATTTAAT 2 100 1 AGGAATTTAATTGAGTGCTTACAAAATATAATAAATAATTTTT 2 136 1 GATAGCATGATGTATTATTTTGTAAACAAATAATCGATAAAA 4 43 1 TAGATACATGAATATTACTTAATTTTTAGAAAATTTATTTATTAATT 5 12 1 AGAAAATTTATTTATTAATTTTGTTTTATTTGAAATAATTATTGATT 5 39 1 CAATAAATGTAATATATGTTGCAATCTAAAATAGGTATTTTAAAACT 5 106 1 TTTATTTTTTAGTAGTTTTTTCTTTAATGAATAGTTAGTGTGTGATT 5 160 0 TACTAAAAAATAAAATATTTAATATGATCTAAAACTACTAGAACATA 5 193 1 TAAAACTACTAGAACATATTATTACACATAATAATTACTAAAAATAT 5 222 1 GTTTTTATGCAATACAATTTTTACACTAGTATACGTATGGGATTTTT 6 113 0 AAGCTCATAAAGTAGTGTTTTTGAAATTGTTTAATTACAAAATTATA 6 200 1 TGCAATGACCTAAACTGCTTAACTTAAATTTCATCTACCTATTTTTT 6 256 1 CTATATTAGCACCAAATATTATGCCTGAATTTAATTAAAATGTAAAG 7 186 1 CTAGATTTATATTAAAAATTGGCTTATAATAAATGTTTAGAATGCTC 7 247 1 * * * ** * * * ** MAP Score: 17.501 Motif 6 TACTTAATTTTTAGAAAATTTATTTATTAATTTTGTTTTAT 5 27 1 CTAGAACATATTATTACACATAATAATTACTAAAAATATAT 5 230 1 TAACTTAAATTTCATCTACCTATTTTTTACTAACT 6 275 1 TTTGTTTTATTTGAAATAATTATTGATTAATATTAATAATT 5 58 1 AATTGAGTGCTTACAAAATATAATAAATAATTTTT 2 144 1 ACGTTTAACCTTTTTGAATTTACTATATAATACAAATATAA 0 16 1 TTAGATCATATTAAATATTTTATTTTTTAGTAGTTTTTTCT 5 184 0 AGGGATAGTTTTAAAATACCTATTTTAGATTGCAACATATA 5 118 0 TCGTTATTGCTTTAATAAGTTCATGTTTAGTGCAGGTAAAG 1 124 0 TTAGTAGTTTTTTCTTTAATGAATAGTTAGTGTGTGATTAA 5 158 0 TATTACATTTATTGAAAACGTAATTATTAATATTAATCAAT 5 79 0 AAAGTACGAGTTTCTAGAAATGCTCTATAGTACCAGACC 2 8 0 GTAACTGCTGTTGCTCTTTGTATTGTTGACTCATTGTTCTT 7 13 0 ACTCGTACTTTTTTATATCATACCGTATAATATATTGTGTC 2 38 1 ATTGTTTAATTACAAAATTATAGTGTTTATTTGCAATGACC 6 225 1 ** * ** * *** * MAP Score: 13.8778 Motif 7 AATTATGTTGAATAAAAGTTATATTTGTATTATATAGTAAATTC 0 31 0 AATTTACAACTAATTATACCGTAATTTGTTCATTAGATTCAG 1 8 1 AAAAATTCTCGTTATTGCTTTAATAAGTTCATGT 1 139 0 ACAGGACACAATATATTATACGGTATGATATAAAAAAGTACGAG 2 39 0 AAAAATTATTTATTATATTTTGTAAGCACTCAAT 2 145 0 CATTATAAACTTTCATACAAGGGTTTTAGTTTAGAATT 3 4 1 TGATAGCATGATGTATTATTTTGTAAACAAATAATCGATAAAA 4 42 1 AAAATTAATAAATAAATTTTCTAAAAATTAAGTAATATTCATGT 5 17 0 AAATTTATTTATTAATTTTGTTTTATTTGAAATAATTATTGATT 5 42 1 ATTGATTAATATTAATAATTACGTTTTCAATAAATGTAATATAT 5 79 1 AATCTAAAATAGGTATTTTAAAACTATCCCTTAATCACACACTA 5 128 1 TTAATCACACACTAACTATTCATTAAAGAAAAAACTACTAAAAA 5 158 1 AACTACTAAAAAATAAAATATTTAATATGATCTAAAACTACTAG 5 190 1 AACTACTAGAACATATTATTACACATAATAATTACTAAAAATAT 5 225 1 TATATTATGAACAAATTCTAAGTTTTATCTTTAAAATCTAATTT 5 266 1 AAAATCCCATACGTATACTAGTGTAAAAATTGTATTGCATAAAA 6 114 1 CAAGCTCATAAAGTAGTGTTTTTGAAATTGTTTAATTACAAAAT 6 199 1 AAATAGGTAGATGAAATTTAAGTTAAGCAGTTTAGGTCATTGCA 6 256 0 AAAAAGAACAATGAGTCAACAATACAAAGAGCAACAG 7 3 1 CGACGCCTCCACCAATACTCGATGAACTTCAAAAATTTGCTGCG 7 89 0 TATTAGCACCAAATATTATGCCTGAATTTAATTAAAATGTAAAG 7 189 1 GTAAAGGTAAAATAAGAATTCTAGATTTATATTAAAAATTGGCT 7 227 1 ATTGGCTTATAATAAATGTTTAGAATGCTCAATTAAAAACTTAA 7 264 1 * ** * * ** * ** MAP Score: 12.2167