AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i RP/RP_operons029_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238703
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	RP233	219	50S RIBOSOMAL PROTEIN L13 (rplM)
#1	RP303	89	RNA POLYMERASE SIGMA-32 FACTOR (rpoH)
#2	RP860	270	unknown

Motif 1
AAGTGTTTCTTGATTCTTTAATTTTAAATTCTA	0	179	1
TAATTGTGATTGACTGTATATTTTGTTGTATTG	2	140	1
GTGTTTCCCTAGATATAATAATTGTGATTGACT	2	122	1
TACTAAATCTATACAATATAATTT         	2	1	0
GCATAGGTAAATAAAGTTTAATTTTAAAAAGTA	0	16	1
TATATTGTATAGATTTAGTAATTTTAGTATACT	2	14	1
TTCTTTAATTTTAAATTCTAATTAAATAGAGAC	0	192	1
AAAATTATAGAAAAAGTTTATTTTAGATCATAT	1	28	1
TATTGATTTCAGCAAGTATATTTGTAATAGTTA	2	58	1
TTGTCAAATAAGCCTTTTTAATTATTTAGTGTT	2	94	1
CTGTAGTATGAGATAGTAAATTTCAATAAAACA	0	106	1
   AATAACCTGAAAAACTATTTTCGTTTATAC	1	69	0
         AATAGTCTCTATTTAATTAGAATT	0	205	0
TACAGGGAGCAGAGTATATCATTAATATATACG	0	63	1
ATAACAATTAAAATACTCAAATTTGTATTTTTA	2	187	1
          AAAATTACTAATTTATTGCTACA	2	257	0
AGTATATTTGTAATAGTTAAATTTGTCAAATAA	2	72	1
AATTTCAATAAAACAAGATATTTAGCTTGACAG	0	124	1
          *** * * *****
MAP Score: 18.9379

Motif 2
CTTTTTAAAATTAAACTTTATTTACCTATGCATA	0	13	0
AGCAGAGTATATCATTAATATATACGTCTACAGC	0	70	1
AATATCTTGTTTTATTGAAATTTACTATCTCATA	0	112	0
GATAGCTGGTATTAATGCTATTTAAGTGTTTCTT	0	156	1
TAGTCTCTATTTAATTAGAATTTAAAATTAAAGA	0	193	0
        TGTTTGATTTTATTTAAAAAAATTAT	1	2	1
AAAGTTTATTTTAGATCATATATATGTTAGTATA	1	40	1
       AAATTATATTGTATAGATTTAGTAATT	2	3	1
GTATACTATTTTCAATAATATTGATTTCAGCAAG	2	40	1
TTTGAGTATTTTAATTGTTATCTAGACACTTGCC	2	174	0
AAATTACTAATTTATTGCTACATACAGTTTTCAT	2	245	0
          ** ***  *** **
MAP Score: 11.2225

Motif 3
AGCTAATACTTTTTAAAATTAAACTTTATTTACCTATGC	0	16	0
TAGACGTATATATTAATGATATACTCTGCTCCCTGTATA	0	61	0
ATATCTTGTTTTATTGAAATTTACTATCTCATACTACAG	0	106	0
TAGCTGGTATTAATGCTATTTAAGTGTTTCTTGATTCTT	0	158	1
TGTTTCTTGATTCTTTAATTTTAAATTCTAATTAAATAG	0	182	1
ACTTTTTCTATAATTTTTTTAAATAAAATCAAACA    	1	6	0
AGAAAAAGTTTATTTTAGATCATATATATGTTAGTATAA	1	36	1
  AAATTATATTGTATAGATTTAGTAATTTTAGTATACT	2	8	1
ACAAATATACTTGCTGAAATCAATATTATTGAAAATAGT	2	44	0
GCAAGTATATTTGTAATAGTTAAATTTGTCAAATAAGCC	2	69	1
AAATAAGCCTTTTTAATTATTTAGTGTTTCCCTAGATAT	2	99	1
CTAGATATAATAATTGTGATTGACTGTATATTTTGTTGT	2	130	1
TTGAGTATTTTAATTGTTATCTAGACACTTGCCACAATA	2	168	0
ACAATTAAAATACTCAAATTTGTATTTTTACATGGATCT	2	190	1
CTACATACAGTTTTCATCATGTAATTTATTATGAGATCC	2	223	0
          ** *  * **  * * * *
MAP Score: 10.5684

Motif 4
        AAATATGCATAGGTAAATAAAGTTTAATTTTAAAAAGTA	0	2	1
TATATCATTAATATATACGTCTACAGCATCTGTAGTATGAGATAGTA	0	77	1
TGTCAAGCTAAATATCTTGTTTTATTGAAATTTACTATCTCATACTA	0	109	0
TATTAATGCTATTTAAGTGTTTCTTGATTCTTTAATTTTAAATTCTA	0	165	1
AAAATTATAGAAAAAGTTTATTTTAGATCATATATATGTTAGTATAA	1	28	1
TAGTATACTAAAATTACTAAATCTATACAATATAATTT         	2	1	0
ACTATTTTCAATAATATTGATTTCAGCAAGTATATTTGTAATAGTTA	2	44	1
TGTAATAGTTAAATTTGTCAAATAAGCCTTTTTAATTATTTAGTGTT	2	80	1
TTCCCTAGATATAATAATTGTGATTGACTGTATATTTTGTTGTATTG	2	126	1
GATAACAATTAAAATACTCAAATTTGTATTTTTACATGGATCTCATA	2	186	1
TTATTGCTACATACAGTTTTCATCATGTAATTTATTATGAGATCCAT	2	221	0
          * *    *      **    * ** **
MAP Score: 10.0894

Motif 5
ATACTTTTTAAAATTAAACTTTATTTACCTATGCATATTT 	0	9	0
ATTTTAAAAAGTATTAGCTCTTAGATATACAGGGAGCAGAG	0	36	1
TACAGGGAGCAGAGTATATCATTAATATATACGTCTACAGC	0	63	1
GTAGTATGAGATAGTAAATTTCAATAAAACAAGATATTTAG	0	108	1
TGATTCTTTAATTTTAAATTCTAATTAAATAGAGACTATT 	0	189	1
GAAAAAGTTTATTTTAGATCATATATATGTTAGTATAAACG	1	37	1
          AAATTATATTGTATAGATTTAGTAATTTTAG	2	0	1
TTATTTGACAAATTTAACTATTACAAATATACTTGCTGAAA	2	64	0
AAATTTGAGTATTTTAATTGTTATCTAGACACTTGCCACAA	2	170	0
CATGATGAAAACTGTATGTAGCAATAAATTAGTAATTTT  	2	241	1
          *  ***  *  **   *  **
MAP Score: 9.1839

Motif 6
         AAATATGCATAGGTAAATAAAGTTTAATTTTAAAAA	0	1	1
CTGCTCCCTGTATATCTAAGAGCTAATACTTTTTAAAATTAAACT	0	30	0
GTCTACAGCATCTGTAGTATGAGATAGTAAATTTCAATAAAACAA	0	95	1
ATACCAGCTATCTGTCAAGCTAAATATCTTGTTTTATTGAAATTT	0	123	0
GTATTAATGCTATTTAAGTGTTTCTTGATTCTTTAATTTTAAATT	0	164	1
   AATAGTCTCTATTTAATTAGAATTTAAAATTAAAGAATCAAG	0	187	0
          TGTTTGATTTTATTTAAAAAAATTATAGAAAAAGT	1	0	1
TATACTAACATATATATGATCTAAAATAAACTTTTTCTATAATTT	1	29	0
      AAATTATATTGTATAGATTTAGTAATTTTAGTATACTAT	2	4	1
TATTTTCAATAATATTGATTTCAGCAAGTATATTTGTAATAGTTA	2	46	1
ACAATTATTATATCTAGGGAAACACTAAATAATTAAAAAGGCTTA	2	102	0
AATACAACAAAATATACAGTCAATCACAATTATTATATCTAGGGA	2	127	0
ATGAAAACTGTATGTAGCAATAAATTAGTAATTTT          	2	245	1
          *** *          *   * ****
MAP Score: 2.36725

Motif 7
TCTAAGAGCTAATACTTTTTAAAATTAAACTTTATTT	0	24	0
GCTGTAGACGTATATATTAATGATATACTCTGCTCCC	0	67	0
TTTAAGTGTTTCTTGATTCTTTAATTTTAAATTCTAA	0	176	1
TTTAAATTCTAATTAAATAGAGACTATT         	0	201	1
    TGTTTGATTTTATTTAAAAAAATTATAGAAAAA	1	6	1
        AAATTATATTGTATAGATTTAGTAATTTT	2	2	1
ATTTTAGTATACTATTTTCAATAATATTGATTTCAGC	2	34	1
GATTTCAGCAAGTATATTTGTAATAGTTAAATTTGTC	2	62	1
AAATAAGCCTTTTTAATTATTTAGTGTTTCCCTAGAT	2	99	1
CTAGATAACAATTAAAATACTCAAATTTGTATTTTTA	2	183	1
TGTATGTAGCAATAAATTAGTAATTTT          	2	253	1
          * ** ***  * * * *
MAP Score: 1.61918