AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i RP/RP_operons029_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944238712 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 RP224 204 OUTER MEMBRANE PROTEIN TOLC PRECURSOR (tolC) #1 RP226 92 unknown #2 RP227 194 DNA GYRASE SUBUNIT B (gyrB1) #3 RP228 108 TAIL-SPECIFIC PROTEASE PRECURSOR (ctp) #4 RP229 205 HISTIDINE KINASE SENSOR PROTEIN (barA) #5 RP230 227 unknown #6 RP232 26 unknown #7 RP233 219 50S RIBOSOMAL PROTEIN L13 (rplM) #8 RP303 89 RNA POLYMERASE SIGMA-32 FACTOR (rpoH) #9 RP860 270 unknown Motif 1 TTTATCTAATAATAAGAAATAAATTTT 0 2 0 AAGATTTATAACTATAAAATATAGTTATCATTGCC 0 46 1 GTTAGCACGTAATATAACAAAAATTAATCTCAAGG 0 80 0 ACATAATATCACAATAAAATATTGTACATTATTGT 0 121 0 CATCGTATCAATTATTCAAAAAATTT 0 188 1 CAGTATTATTTAAGTAATTTCCATCCTAG 2 4 1 TAGGAGCGAAAATAATTAATTAACTCTAAATAT 2 171 1 TACAGATTATACCATGAAACAAAGTGGTCAAGCAA 3 27 0 ATTATAAAGTATAATTCAAGAAATTACATATATCA 4 81 0 GTATTATCAAAAATAATTGTTTAGAAT 5 2 1 GTAGTTTAACAGTATGTAACAACATTTATATCTGT 5 102 1 GTGATAATGATTTATTTAAGATTATGGAAATATAA 5 140 1 AGATTATGGAAATATAAAAAATTGTGTGGAATATT 5 158 1 AATTGTGTGGAATATTAAAAAATTTTCACTATTAT 5 177 1 AATACTTTTTAAAATTAAACTTTATTTACCTATGC 7 16 0 GTAAATTTCAATAAAACAAGATATTTAGCTTGACA 7 121 1 TGTTTGATTTTATTTAAAAAAATTATAGAAAAA 8 8 1 ATATGTTAGTATAAACGAAAATAGTTTTTCAGGTT 8 61 1 AATTACTAAATCTATACAATATAATTT 9 2 0 TGAAATCAATATTATTGAAAATAGTATACTAAAAT 9 34 0 GACACTTGCCACAATACAACAAAATATACAGTCAA 9 149 0 GTGTCTAGATAACAATTAAAATACTCAAATTTGTA 9 179 1 TACAGTTTTCATCATGTAATTTATTATGAGATCCA 9 222 0 * *** ** *** * MAP Score: 24.2984 Motif 2 GTGATAATGATTTATTTAAGATTATGGAAATATAA 5 140 1 AAATTATATTGTATAGATTTAGTAATTTT 9 4 1 AAAATTTATTTCTTATTATTAGATAAATT 0 4 1 TGTTTGATTTTATTTAAAAAAATTATAGAAAAA 8 8 1 TTTCAGCAAGTATATTTGTAATAGTTAAATTTGTC 9 64 1 ATCACAATAAAATATTGTACATTATTGTAGCAATG 0 114 0 AATTGTGTGGAATATTAAAAAATTTTCACTATTAT 5 177 1 TATGTAGCAATAAATTAGTAATTTT 9 255 1 TCTTGATTCTTTAATTTTAAATTCTAATTAAATAG 7 186 1 CATCGTATCAATTATTCAAAAAATTT 0 188 1 ATATTTAGAGTTAATTAATTATTTTCGCTCCTAAA 2 169 0 TAAATAAAGTTTAATTTTAAAAAGTATTAGCTCTT 7 23 1 TGCTGAAATCAATATTATTGAAAATAGTATACTAA 9 37 0 ATAAGCCTTTTTAATTATTTAGTGTTTCCCTAGAT 9 101 1 ATTCTAAACAATTATTTTTGATAATAC 5 2 0 TTTTAGATCATATATATGTTAGTATAAACGAAAAT 8 48 1 ATTTTTAAAAATTGATAACTTTTTTATAATAG 5 205 0 AGGATGCGTGTTTATATAATACAATAATACTAACA 2 91 1 ATTATAAAGTATAATTCAAGAAATTACATATATCA 4 81 0 AGATTATGGAAATATAAAAAATTGTGTGGAATATT 5 158 1 TTTTCTACGTTAAATAGTTTAGTTTAGGAGCGAAA 2 147 1 GTTAGCACGTAATATAACAAAAATTAATCTCAAGG 0 80 0 CACAGAATCTTATAGTACAGATTATACCATGAAAC 3 42 0 AACTATATTTTATAGTTATAAATCTTTAAGCTTAA 0 37 0 AGAATTCTTCTATATCATTAAGTATACATTTCAGT 5 37 1 ATTGCAGGCATATATCTTAAACAATGATTGCGCGC 1 14 1 ****** * * * * MAP Score: 20.0382 Motif 3 TCTTTAAGCTTAATTTATCTAATAATAAGAAATAAA 0 14 0 AATTAAGCTTAAAGATTTATAACTATAAAATATAGT 0 35 1 TGATATTATGTATCTTATTGAAAGATTAAATTAATC 0 145 1 AAATTTTTTGAATAATTGATACGATG 0 188 0 TATTGCAGGCATATATCTTAAACAATGATTGCGCGC 1 13 1 CGCGCAGCATTAGATTGTATAACAATTTCATGAAAT 1 44 1 ACTAGGATGGAAATTACTTAAATAATACTG 2 4 0 GATGCGTGTTTATATAATACAATAATACTAACAATT 2 93 1 GAAAATAATTAATTAACTCTAAATAT 2 178 1 CTGATATATGTAATTTCTTGAATTATACTTTATAAT 4 80 1 GAATTATACTTTATAATTACAACAATTCTTTTATTC 4 99 1 GTATTATCAAAAATAATTGTTTAGAAT 5 1 1 ATGTATACTTAATGATATAGAAGAATTCTATTCTAA 5 30 0 TGATTTATTTAAGATTATGGAAATATAAAAAATTGT 5 147 1 AAAAATTGTGTGGAATATTAAAAAATTTTCACTATT 5 174 1 TAAAAAAGTTATCAATTTTTAAAAAT 5 211 1 TAAGAGCTAATACTTTTTAAAATTAAACTTTATTTA 7 23 0 TTAATTAGAATTTAAAATTAAAGAATCAAGAAACAC 7 181 0 TGTTTGATTTTATTTAAAAAAATTATAGAAAAA 8 7 1 CTAACATATATATGATCTAAAATAAACTTTTTCTAT 8 34 0 AATTTTAGTATACTATTTTCAATAATATTGATTTCA 9 33 1 TTGACAAATTTAACTATTACAAATATACTTGCTGAA 9 65 0 ** ** * ** *** MAP Score: 19.4621 Motif 4 TTTATCTAATAATAAGAAATAAATTTT 0 0 0 TATTAGATAAATTAAGCTTAAAGATTTATAACTATAA 0 26 1 GGGCAATGATAACTATATTTTATAGTTATAAATCTTT 0 45 0 ACATTGCTACAATAATGTACAATATTTTATTGTGATA 0 113 1 TTAATCTTTCAATAAGATACATAATATCACAATAAAA 0 137 0 ACATCGTATCAATTATTCAAAAAATTT 0 187 1 CAGTATTATTTAAGTAATTTCCATCCTAGT 2 3 1 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