AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i RP/RP_operons030_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238741
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	RP055	162	NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE (ndk)
#1	RP121	98	unknown
#2	RP221	300	THREONYL-TRNA SYNTHETASE (thrS)
#3	RP492	300	PYRUVATE,PHOSPHATE DIKINASE PRECURSOR (ppdK)

Motif 1
CTTGACGTTATATACTATTATATATATAATCACTTAA	1	34	0
ATTTATCTATTTTTCTATTTTATATATTAACGATATA	2	263	0
          TTTTATAACCTTTATATATAATAAATT	0	145	0
    AATCTCTGTGTTAAAATTTATATCTTGAGCCTA	0	6	1
TATAAAATCGAATCATAACTTATATCTATGTACTGCA	0	41	1
TATGTTTTTAAGTACTACATTATTTATACATTAGGAA	3	251	0
TTAATTTAACATTGCTACTATTTTTTTCCTAATGTAT	3	226	1
       TTTTATTCTAATTTATCTATTTTTCTATTT	2	280	0
AGTTATTTTCTTTATTAGTATATTTGAGTTATGGCAT	2	130	0
      TTGCTTTTTTATATTATTTTAAGATTAAGTG	1	4	1
GTGATACAAGAGTATTAAAATTTATGAATGCCATAAC	2	103	1
ATCAAAGTTTGCTAATAGTGTATATGTTTTTAAGTAC	3	273	0
CCATTTAGATTATGGTAGCTTTTCTTAAATTAGTCAA	3	58	1
AAGTATTACAAATGTTAGTGTTTTTAGTTGTGTTCTA	2	183	1
TAATTGAAATTCTTTTAACATATTATTGACTAATTTA	3	83	0
CATTATGGAATTTGTTATTATAATTGTAATTATATTG	3	166	0
ATCATTAAAGGTTAGTACACTATCTTTATATTTTACA	2	45	0
GTAGCAATGTTAAATTAAGATATCTTTCTTTAAAGAA	3	207	0
          * *  **   ***** *
MAP Score: 19.4409

Motif 2
TTAGATTTACTGCATAAACTATCTTATAAAGAGGAATTT	0	105	0
TTATAACCTTTATATATAATAAATTATTAGATTTACTGC	0	131	0
     TTGCTTTTTTATATTATTTTAAGATTAAGTGATT	1	5	1
TAAGTGATTATATATATAATAGTATATAACGTCAAGTTA	1	35	1
CTTTATATTTTACATCAACTACTAAAGAATTACCATCTT	2	20	0
TCATTAAAGGTTAGTACACTATCTTTATATTTTACATCA	2	42	0
ATGAATGCCATAACTCAAATATACTAATAAAGAAAATAA	2	126	1
ATTTTTCTATTTTATATATTAACGATATAATTCTTGAAA	2	253	0
AATAGAAAAATAGATAAATTAGAATAAAA          	2	281	1
ATGGTAGCTTTTCTTAAATTAGTCAATAATATGTTAAAA	3	69	1
GTGTGTACAATAATTACAATAAATTTTCCCCTCAGAACC	3	128	0
GTAATTATTGTACACACAATATAATTACAATTATAATAA	3	150	1
TACTACATTATTTATACATTAGGAAAAAAATAGTAGCAA	3	237	0
          *   ** * **   *** *
MAP Score: 14.2938

Motif 3
ATCTTGAGCCTATAAAATCGAATCATAACTTATATCTATG	0	31	1
TAAACTATCTTATAAAGAGGAATTTGAATTGGAGACATCA	0	90	0
AACCTTTATATATAATAAATTATTAGATTTACTGCATAAA	0	126	0
CACTTAATCTTAAAATAATATAAAAAAGCAA         	1	1	0
AGTGATTATATATATAATAGTATATAACGTCAAGTTACCA	1	37	1
CTTAAAGAGCTTTAAAAAGGAAATTTAATT          	1	78	1
        TCTGAATTAAAAGATGGTAATTCTTTAGTAGT	2	2	1
ATGGTAATTCTTTAGTAGTTGATGTAAAATATAAAGATAG	2	23	1
AGATTTTAGTGATACAAGAGTATTAAAATTTATGAATGCC	2	95	1
AGTTATTTTCTTTATTAGTATATTTGAGTTATGGCATTCA	2	127	0
ATCGTTAATATATAAAATAGAAAAATAGATAAATTAGAAT	2	266	1
TAGCTTTTCTTAAATTAGTCAATAATATGTTAAAAGAATT	3	73	1
TAATTACAATTATAATAACAAATTCCATAATGTCAATTCT	3	171	1
GTCAATTCTTTAAAGAAAGATATCTTAATTTAACATTGCT	3	202	1
GTATAAATAATGTAGTACTTAAAAACATATACACTATTAG	3	259	1
          **** **    **   *  *
MAP Score: 13.6138

Motif 4
TGTACTGCAGTATGAGGTATGTGATGTCTCCAATTC	0	69	1
AATTCCTCTTTATAAGATAGTTTATGCAGTAAATCT	0	106	1
AATCTAATAATTTATTATATATAAAGGTTATAAAA 	0	137	1
   TTGCTTTTTTATATTATTTTAAGATTAAGTGAT	1	7	1
CGTTATATACTATTATATATATAATCACTTAATCTT	1	30	0
          TCTGAATTAAAAGATGGTAATTCTTT	2	0	1
AGATGGTAATTCTTTAGTAGTTGATGTAAAATATAA	2	21	1
TGTTTTTAGTTGTGTTCTATGTGACGTTGTTATGTT	2	201	1
TCTATTTTTCTATTTTATATATTAACGATATAATTC	2	259	0
         TTTTATTCTAATTTATCTATTTTTCTA	2	283	0
TTTAACATATTATTGACTAATTTAAGAAAAGCTACC	3	71	0
GAGGGGAAAATTTATTGTAATTATTGTACACACAAT	3	134	1
ACATTGCTACTATTTTTTTCCTAATGTATAAATAAT	3	234	1
          * * ** **  * ***
MAP Score: 8.17551