AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i RP/RP_operons030_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944238759 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 RP053 300 ADP,ATP CARRIER PROTEIN (tlc1) #1 RP054 72 GLYCEROL-3-PHOSPHATE TRANSPORTER (glpT) #2 RP055 162 NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE (ndk) #3 RP121 98 unknown #4 RP221 300 THREONYL-TRNA SYNTHETASE (thrS) #5 RP492 300 PYRUVATE,PHOSPHATE DIKINASE PRECURSOR (ppdK) Motif 1 CTTGACGTTATATACTATTATATATATAATCACTT 3 36 0 ATTTATCTATTTTTCTATTTTATATATTAACGATA 4 265 0 AGTTATTTTCTTTATTAGTATATTTGAGTTATGGC 4 132 0 TTTTATAACCTTTATATATAATAAA 2 147 0 AATTTGTTTGACTTCTATCATATATTTTAGTATAA 0 243 1 TATAAAATCGAATCATAACTTATATCTATGTACTG 2 41 1 CTAAAACCTGAATCTTACTTTTTATAGTTGAGGAG 1 37 1 AAGTATTACAAATGTTAGTGTTTTTAGTTGTGTTC 4 183 1 TTAATTTAACATTGCTACTATTTTTTTCCTAATGT 5 226 1 AATCTCTGTGTTAAAATTTATATCTTGAGCC 2 6 1 TTGCTTTTTTATATTATTTTAAGATTAAG 3 4 1 TTTTATTCTAATTTATCTATTTTTCTAT 4 282 0 TTTTAGAAGCTTTTTTATATTTTTTTACAAATT 1 8 0 CCATTTAGATTATGGTAGCTTTTCTTAAATTAGTC 5 58 1 ATGCAGTAAATCTAATAATTTATTATATATAAAGG 2 129 1 ATAAAGATAGTGTACTAACCTTTAATGATAAAGTT 4 53 1 TAATTGAAATTCTTTTAACATATTATTGACTAATT 5 85 0 GTGATACAAGAGTATTAAAATTTATGAATGCCATA 4 103 1 TATGTTTTTAAGTACTACATTATTTATACATTAGG 5 253 0 TATGGGATGAAATTTTAATATTTTACCTTCAATAT 0 22 1 ATCAAAGTTTGCTAATAGTGTATATGTTTTTAAGT 5 275 0 CATTATGGAATTTGTTATTATAATTGTAATTATAT 5 168 0 CATTTTCAAGAATTATATCGTTAATATATAAAATA 4 250 1 * * ** * ***** MAP Score: 23.3159 Motif 2 ATTTTCTTTATTAGTATATTTGAGTTATGGC 4 132 0 TGGGATGAAATTTTAATATTTTACCTTCAAT 0 24 1 TTTAGAAGCTTTTTTATATTTTTTTACAAAT 1 11 0 ATCTAATAATTTATTATATATAAAGGTTATA 2 138 1 ATATAATAAATTATTAGATTTACTGCATAAA 2 126 0 TTAATTTTGATTTCTATATATTAACTGTTAA 0 142 0 ATGGAATTTGTTATTATAATTGTAATTATAT 5 168 0 TGTACAATAATTACAATAAATTTTCCCCTCA 5 133 0 CAATAATATGTTAAAAGAATTTCAATTAGCT 5 92 1 TTGCTTTTTTATATTATTTTAAGATT 3 5 1 ATTTTTCTATTTTATATATTAACGATATAAT 4 261 0 TACAAGAGTATTAAAATTTATGAATGCCATA 4 107 1 AATCTCTGTGTTAAAATTTATATCTTGAGCC 2 10 1 AATATTTTACCTTCAATATTTTGTATTGTCA 0 38 1 GATAGAGCATTTTCAAGAATTATATCGTTAA 4 243 1 GATATCTTTCTTTAAAGAATTGACATTATGG 5 195 0 AAACATTATACTAAAATATATGATAGAAGTC 0 252 0 TTTTATATTATTTTAAGATTAAGTGATTATA 3 16 1 ACGTTATATACTATTATATATATAATCACTT 3 36 0 AATTAAATTTTCTATTTATTTGAAGATAA 0 281 0 AATAGATAAATTAGAATAAAA 4 289 1 TCGGTAATAGTTAAAAGTATTACAAATGTTA 4 169 1 TTTAACATTGCTACTATTTTTTTCCTAATGT 5 230 1 GTACACTATCTTTATATTTTACATCAACTAC 4 37 0 AAATAAGCCTTTACAATTTAAAGTTCACTAA 0 95 1 TATTGAGTTCTTTCTAGAAAAAATCAATTTG 0 218 1 *** ******* MAP Score: 20.4706 Motif 3 TAACAGTTAATATATAGAAATCAAAATTAAGTAAAAA 0 143 1 TATCTTCAAATAAATAGAAAATTTAATT 0 282 1 TTGAGTTCTTTCTAGAAAAAATCAATTTGTTTGACTT 0 220 1 CATCCTATAGTTAATAAAATGTTTATTGAGTTCTTTC 0 195 1 CAATAATATGTTAAAAGAATTTCAATTAGCTTGTTAG 5 92 1 GATATCTTTCTTTAAAGAATTGACATTATGGAATTTG 5 189 0 TTATATTGTGTGTACAATAATTACAATAAATTTTCCC 5 137 0 AATTTGTAAAAAAATATAAAAAAGCTTCTAA 1 4 1 AACTATCTTATAAAGAGGAATTTGAATTGGAGACATC 2 91 0 TAAAGAGCTTTAAAAAGGAAATTTAATT 3 80 1 TCGGTAATAGTTAAAAGTATTACAAATGTTAGTGTTT 4 169 1 AATAATTTATTATATATAAAGGTTATAAAA 2 142 1 TCACTTAATCTTAAAATAATATAAAAAAGCAA 3 5 0 ATATCGTTAATATATAAAATAGAAAAATAGATAAATT 4 264 1 TCTATTTATTTGAAGATAAACATTATACTAAAATATA 0 263 0 CTATAGGATGTGAAAAAGAAAACAATTTTTACTTAAT 0 168 0 CTTAAAAACATATACACTATTAGCAAACTTTGAT 5 276 1 TAGTAGTTGATGTAAAATATAAAGATAGTGTACTAAC 4 35 1 TATTGTACACACAATATAATTACAATTATAATAACAA 5 155 1 TTTTAGTGATACAAGAGTATTAAAATTTATGAATGCC 4 98 1 TCTGAATTAAAAGATGGTAATTCTTTAGTAGT 4 5 1 * ** * *** *** MAP Score: 18.425 Motif 4 GTTTATCTTCAAATAAATAGAAAATTTAATT 0 279 1 ATTTGTAAAAAAATATAAAAAAGCTTCTAAAA 1 11 1 AGTTAACAGTTAATATATAGAAATCAAAATTA 0 140 1 ATTATATCGTTAATATATAAAATAGAAAAATA 4 261 1 AATCTTAAAATAATATAAAAAAGCAA 3 4 0 AACTTGTCGGTAATAGTTAAAAGTATTACAAA 4 163 1 GATTAAGTGATTATATATATAATAGTATATAA 3 32 1 TGTACACACAATATAATTACAATTATAATAAC 5 158 1 CATAACTCAAATATACTAATAAAGAAAATAAC 4 134 1 ATAATTACAATTATAATAACAAATTCCATAAT 5 170 1 TAAAATAGAAAAATAGATAAATTAGAATAAAA 4 278 1 AGTTGATGTAAAATATAAAGATAGTGTACTAA 4 39 1 ATAAATAATGTAGTACTTAAAAACATATACAC 5 261 1 ATTGAAGGTAAAATATTAAAATTTCATCCCAT 0 23 0 TTTTTTCCTAATGTATAAATAATGTAGTACTT 5 247 1 ATACTGCAGTACATAGATATAAGTTATGATTC 2 50 0 ATTGTGTGTACAATAATTACAATAAATTTTCC 5 138 0 AAGATAAACATTATACTAAAATATATGATAGA 0 256 0 ATTAGGAAAAAAATAGTAGCAATGTTAAATTA 5 227 0 ***** *** ** MAP Score: 16.4927 Motif 5 TACTGCATTGTATGGGATGAAATTTTAATATTTTACCT 0 12 1 GTCAATTCTTTAAAGAAAGATATCTTAATTTAACATTG 5 202 1 AATTTGTAAAAAAATATAAAAAAGCTTCTA 1 2 1 GTAAATCTAATAATTTATTATATATAAAGGTTATAAAA 2 134 1 TCTGAATTAAAAGATGGTAATTCTTTAGTA 4 2 1 TTTCTTAAATTAGTCAATAATATGTTAAAAGAATTTCA 5 78 1 TCACATCCTATAGTTAATAAAATGTTTATTGAGTTCTT 0 192 1 AATGATAAAGTTATGTAGAAGATTTTAGTGATACAAGA 4 76 1 TAGAGCATTTTCAAGAATTATATCGTTAATATATAAAA 4 245 1 ATTTTAAGATTAAGTGATTATATATATAATAGTATATA 3 25 1 ACATACCTCATACTGCAGTACATAGATATAAGTTATGA 2 53 0 TTTTATAGGCTCAAGATATAAATTTTAACACAGAGATT 2 10 0 TATTTATACATTAGGAAAAAAATAGTAGCAATGTTAAA 5 230 0 ATAATGTTTATCTTCAAATAAATAGAAAATTTAATT 0 274 1 ATGGTAATTCTTTAGTAGTTGATGTAAAATATAAAGAT 4 23 1 TTACTTAATTTTGATTTCTATATATTAACTGTTAACTA 0 139 0 TTGCTTTTTTATATTATTTTAAGATTAAGTGA 3 4 1 AATAATGTAGTACTTAAAAACATATACACTATTAGCAA 5 264 1 TATTAACTGTTAACTAACTAAATGAAAATTTAGTGAAC 0 117 0 ATTATGGAATTTGTTATTATAATTGTAATTATATTGTG 5 164 0 * * * * ** **** MAP Score: 16.401 Motif 6 TTTTATAACCTTTATATATAATAAATTATTAGATTTACT 2 133 0 ATTAAGTGATTATATATATAATAGTATATAACGTCAAGT 3 33 1 ACATTGCTACTATTTTTTTCCTAATGTATAAATAATGTA 5 234 1 CCGACAAGTTATTTTCTTTATTAGTATATTTGAGTTATG 4 134 0 AATCTCTGTGTTAAAATTTATATCTTGAGCC 2 2 1 AAAATCAATTTGTTTGACTTCTATCATATATTTTAGTAT 0 237 1 AGTGTATATGTTTTTAAGTACTACATTATTTATACATTA 5 255 0 TTTATCTATTTTTCTATTTTATATATTAACGATATAATT 4 260 0 TTCAAATTCCTCTTTATAAGATAGTTTATGCAGTAAATC 2 102 1 TAAAAATTGTTTTCTTTTTCACATCCTATAGTTAATAAA 0 174 1 GGAATTTGTTATTATAATTGTAATTATATTGTGTGTACA 5 158 0 TCATAACTTATATCTATGTACTGCAGTATGAGGTATGTG 2 53 1 CATAATGTCAATTCTTTAAAGAAAGATATCTTAATTTAA 5 196 1 GGCATTCATAAATTTTAATACTCTTGTATCACTAAAATC 4 96 0 TTGCTTTTTTATATTATTTTAAGATTAAGTGATTATAT 3 9 1 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AATCTAATAATTTATTATATATAAAGGTTATAAAA 2 137 1 ATATAAAGATAGTGTACTAACCTTTAATGATAAAGTTATGTAGAA 4 51 1 TTGAAGGTAAAATATTAAAATTTCATCCCATACAATGCAGTATT 0 9 0 * * * * * * * * ** MAP Score: 13.7638 Motif 8 AATACTGCATTGTATGGGATGAAATTTTAATATTTTACCTTCAAT 0 9 1 GTTAGTTAACAGTTAATATATAGAAATCAAAATTAAGTAAAAATTG 0 137 1 ATAAACATTTTATTAACTATAGGATGTGAAAAAGAAAACAATTTTT 0 175 0 CATTATACTAAAATATATGATAGAAGTCAAACAAATTGATTTTTTC 0 234 0 TCATATATTTTAGTATAATGTTTATCTTCAAATAAATAGAAAATTT 0 260 1 AATTTGTAAAAAAATATAAAAAAGCTTCTAAAACCT 1 0 1 TATGATTCGATTTTATAGGCTCAAGATATAAATTTTAACACAGAGA 2 12 0 ACATACCTCATACTGCAGTACATAGATATAAGTTATGATTCGATTT 2 45 0 AGTATGAGGTATGTGATGTCTCCAATTCAAATTCCTCTTTATAAGA 2 77 1 CTTTATAAGATAGTTTATGCAGTAAATCTAATAATTTATTATATAT 2 113 1 TATAATCACTTAATCTTAAAATAATATAAAAAAGCAA 3 1 0 ATAGTATATAACGTCAAGTTACCAGCTTAAAGAGCTTTAAAAAGGA 3 53 1 AGATGGTAATTCTTTAGTAGTTGATGTAAAATATAAAGATAGTGTA 4 21 1 TACTAACCTTTAATGATAAAGTTATGTAGAAGATTTTAGTGATACA 4 65 1 GTATTAAAATTTATGAATGCCATAACTCAAATATACTAATAAAGAA 4 114 1 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AAGAATTATATCGTTAATATATAAAATAGAAAAATAGATAAATT 4 257 1 AAATTCTTTTAACATATTATTGACTAATTTAAGAAAAGCTACCA 5 70 0 ACAAATTCCATAATGTCAATTCTTTAAAGAAAGATATCTTAATT 5 188 1 TGCTACTATTTTTTTCCTAATGTATAAATAATGTAGTACTTAAA 5 238 1 AATAATGTAGTACTTAAAAACATATACACTATTAGCAAACTTTG 5 264 1 * * ** *** ** * MAP Score: 2.85617