AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i RP/RP_operons031_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238787
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	RP446	300	GLYCOSYL TRANSFERASE (lgtD)
#1	RP720	137	DNA LIGASE (lig)
#2	RP730	300	unknown
#3	RP733	125	SURFEIT LOCUS PROTEIN 1 (surf1)
#4	RP734	48	ATP-DEPENDENT NUCLEASE SUBUNIT A (addA)
#5	RP776	153	DNA POLYMERASE I (polA)

Motif 1
TTAACTACAAAACCAGAATCTTAAGATTACATAA	0	91	0
TAGACTATTTAAATAAACAATTAACTACAAAACC	0	111	0
TATTCCTATGAAAATAAGAATAAATAAAAAAGGT	0	152	0
CATAGGAATAAATCTAATATTTAAGACTTTTAAT	0	176	1
GATAATATTAAAGCAAAAATTAAAAAATTATATT	0	211	1
AAAATTAAAAAATTATATTTTAAATCTGAAAAAT	0	226	1
AAATCTGAAAAATTAGAATTTATAGTATAAATAG	0	247	1
TGTCAATGGTAATAAAACTATTTATACTATAAAT	0	264	0
AGTTTGTAACAAAGTAATTATAAAAAAATAACAA	1	102	1
ATTATAAAAAAATAACAATATTAATCATT     	1	118	1
GCCTGAATTTAATTAAAATGTAAAGGTAAAATAA	2	208	1
GCCAATTTTTAATATAAATCTAGAATTCTTATTT	2	236	0
TAGAATGCTCAATTAAAAACTTAATT        	2	284	1
         AGAGTAAAATCTAAAGCGTAATTAT	3	110	0
AAAATGGATTAAGCTAATAGTAAAAAATCAATAC	4	20	1
TGACCTATATAAATAAAATCTAAA          	5	139	1
          **  *** * ****
MAP Score: 17.618

Motif 2
TGGATTAAGCTAATAGTAAAAAATCAATACATAA   	4	24	1
AAGCCAATTTTTAATATAAATCTAGAATTCTTATTTT	2	235	0
TGTAACAAAGTAATTATAAAAAAATAACAATATTAAT	1	106	1
GATAGTGATGTTAGTATAAATAGTTATCGTTTATGTA	0	61	1
CCTATGAAAATAAGAATAAATAAAAAAGGTACCACTG	0	145	0
ATATGACCTATATAAATAAAATCTAAA          	5	136	1
TATGCCTGAATTTAATTAAAATGTAAAGGTAAAATAA	2	205	1
TTTTAATAGATAATATTAAAGCAAAAATTAAAAAATT	0	203	1
CTGTAGACTATTTAAATAAACAATTAACTACAAAACC	0	111	0
    GGTTTTACTGTGTAAAACATAAAACAGACTAGA	5	6	1
AAAACTATTTATACTATAAATTCTAATTTTTCAGATT	0	248	0
     AGAGTAAAATCTAAAGCGTAATTATTAGTGCA	3	103	0
TTTCAGATTTAAAATATAATTTTTTAATTTTTGCTTT	0	220	0
TTTAATATTATCTATTAAAAGTCTTAAATATTAGATT	0	186	0
TGGTCAAGATACAATATAATAGCTGAAATCTACAATG	5	93	1
TTTAGAATGCTCAATTAAAAACTTAATT         	2	282	1
AAAAATTGGCTTATAATAAATGTTTAGAATGCTCAAT	2	260	1
     ACTAATTAATAAAATGGATTAAGCTAATAGTA	4	5	1
TAATTCAATGTGAGTGAAATAAAACAAGTTATGCTAG	1	39	0
GCAACCATCTTGTGTCAAATCGATGAACTTGTTATAA	3	51	0
          * * * ****   * **
MAP Score: 15.6877

Motif 3
TGCATATTCAAATAATATTCAGTAACATAAATGATAGAT	0	25	1
TAGTGATGTTAGTATAAATAGTTATCGTTTATGTAATCT	0	63	1
TCGTTTATGTAATCTTAAGATTCTGGTTTTGTAGTTAAT	0	87	1
AAAAGTCTTAAATATTAGATTTATTCCTATGAAAATAAG	0	168	0
TTTTTGCTTTAATATTATCTATTAAAAGTCTTAAATATT	0	191	0
TCAGATTTAAAATATAATTTTTTAATTTTTGCTTTAATA	0	216	0
TTATATTTTAAATCTGAAAAATTAGAATTTATAGTATAA	0	238	1
TGTCAATGGTAATAAAACTATTTATACTATAAATTCTAA	0	259	0
         GAGTAAAAGTGTTTGTTTTATCGTGTGATC	1	1	1
ATGTGAGTGAAATAAAACAAGTTATGCTAGATCACACGA	1	30	0
ATTATAAAAAAATAACAATATTAATCATT          	1	118	1
ATTAGCACCAAATATTATGCCTGAATTTAATTAAAATGT	2	190	1
GTAAAGGTAAAATAAGAATTCTAGATTTATATTAAAAAT	2	227	1
TTAATTGAGCATTCTAAACATTTATTATAAGCCAATTTT	2	261	0
   AGAGTAAAATCTAAAGCGTAATTATTAGTGCATTAT	3	99	0
   ACTAATTAATAAAATGGATTAAGCTAATAGTAAAAA	4	7	1
GTCAAGATACAATATAATAGCTGAAATCTACAATGCAAA	5	95	1
          ***** *    * *   **
MAP Score: 14.3362

Motif 4
AATTAACTACAAAACCAGAATCTTAAGATTA	0	96	0
TAGACTATTTAAATAAACAATTAACTACAAA	0	114	0
TATTCCTATGAAAATAAGAATAAATAAAAAA	0	155	0
AGATAATATTAAAGCAAAAATTAAAAAATTA	0	210	1
TTAAATCTGAAAAATTAGAATTTATAGTATA	0	245	1
TAATTATAAAAAAATAACAATATTAATCATT	1	116	1
         AAAAAGAACAATGAGTCAACAA	2	1	1
ATTAAAATGTAAAGGTAAAATAAGAATTCTA	2	219	1
TTTTTAATATAAATCTAGAATTCTTATTTTA	2	234	0
TTCTAGATTTATATTAAAAATTGGCTTATAA	2	245	1
AGCTAATAGTAAAAAATCAATACATAA    	4	31	1
ATAATAGCTGAAATCTACAATGCAAATGATA	5	108	1
TATGACCTATATAAATAAAATCTAAA     	5	137	1
          **** ******
MAP Score: 14.2396

Motif 5
 CTTCTTGAAAAGATATGCATATTCAAATAATATTCAGTAACAT	0	9	1
CATAAACGATAACTATTTATACTAACATCACTATCTATCATTTA	0	52	0
TATTTAAATAAACAATTAACTACAAAACCAGAATCTTAAGATTA	0	96	0
TAAATATTAGATTTATTCCTATGAAAATAAGAATAAATAAAAAA	0	155	0
TAAGACTTTTAATAGATAATATTAAAGCAAAAATTAAAAAATTA	0	197	1
TATAAATTCTAATTTTTCAGATTTAAAATATAATTTTTTAATTT	0	227	0
GATCTAGCATAACTTGTTTTATTTCACTCACATTGAATTATTCT	1	36	1
ACTCACATTGAATTATTCTGTAGACCGGTAAAATCTACTGCAGT	1	61	1
GTTTGTAACAAAGTAATTATAAAAAAATAACAATATTAATCATT	1	103	1
ACGACGCAGCAAATTTTTGAAGTTCATCGAGTATTGGTGGAGGC	2	85	1
GCTATAGTAATAAACGTAATTTAGAATAGAGGTTGCGGACTCGG	2	143	0
CGTTTATTACTATAGCTATATTAGCACCAAATATTATGCCTGAA	2	171	1
GAATTTAATTAAAATGTAAAGGTAAAATAAGAATTCTAGATTTA	2	212	1
GATTTATATTAAAAATTGGCTTATAATAAATGTTTAGAATGCTC	2	250	1
TGGTTGCGTCAATTACTTATAATGCACTAATAATTACGCTTTAG	3	81	1
TATCCTCTTGAACACGTGGATTCAAACATAGCATCGCTATACAT	5	50	1
          ** *  *   *   **   *  **
MAP Score: 12.6742

Motif 6
CATAAACGATAACTATTTATACTAACATCACTATCTATCATTT	0	53	0
ATTAACTACAAAACCAGAATCTTAAGATTACATAAACGATAAC	0	83	0
CTATGAAAATAAGAATAAATAAAAAAGGTACCACTGTAGACTA	0	138	0
TAAGACTTTTAATAGATAATATTAAAGCAAAAATTAAAAAATT	0	197	1
AAAAATTAAAAAATTATATTTTAAATCTGAAAAATTAGAATTT	0	225	1
 GCACTTCTAACATGTCAATGGTAATAAAACTATTTATACTAT	0	268	0
GCAGTTTGTAACAAAGTAATTATAAAAAAATAACAATATTAAT	1	100	1
AAGAACAATGAGTCAACAATACAAAGAGCAACAGCAGTTACTG	2	13	1
GAATTTAATTAAAATGTAAAGGTAAAATAAGAATTCTAGATTT	2	212	1
TGAGCATTCTAAACATTTATTATAAGCCAATTTTTAATATAAA	2	252	0
AAATGTTTAGAATGCTCAATTAAAAACTTAATT          	2	277	1
          AGAGTAAAATCTAAAGCGTAATTATTAGTGCAT	3	102	0
TAATTAATAAAATGGATTAAGCTAATAGTAAAAAATCAATACA	4	12	1
TAATAGCTGAAATCTACAATGCAAATGATATGACCTATATAAA	5	109	1
          **     ***  ***    *  *
MAP Score: 11.5567

Motif 7
TAGATAGTGATGTTAGTATAAATAGTTATCGTT	0	59	1
TGTAGTTAATTGTTTATTTAAATAGTCTACAGT	0	116	1
AATTAAAAAATTATATTTTAAATCTGAAAAATT	0	228	1
AAATTAGAATTTATAGTATAAATAGTTTTATTA	0	256	1
TGTAACAAAGTAATTATAAAAAAATAACAATAT	1	106	1
TTATGCCTGAATTTAATTAAAATGTAAAGGTAA	2	204	1
AATTCTAGATTTATATTAAAAATTGGCTTATAA	2	243	1
        ACTAATTAATAAAATGGATTAAGCT	4	2	1
TGGATTAAGCTAATAGTAAAAAATCAATACATA	4	24	1
GATATGACCTATATAAATAAAATCTAAA     	5	135	1
          * *** * *****
MAP Score: 2.74851

Motif 8
ACCACTGTAGACTATTTAAATAAACAATTAA	0	121	0
TGAAAATAAGAATAAATAAAAAAGGTACCAC	0	147	0
TTCATAGGAATAAATCTAATATTTAAGACTT	0	174	1
ATATTAAAGCAAAAATTAAAAAATTATATTT	0	215	1
TTTCAGATTTAAAATATAATTTTTTAATTTT	0	226	0
TTTAAATCTGAAAAATTAGAATTTATAGTAT	0	244	1
GAATTTATAGTATAAATAGTTTTATTACCAT	0	262	1
TTACCGGTCTACAGAATAATTCAATGTGAGT	1	61	0
GCAGTTTGTAACAAAGTAATTATAAAAAAAT	1	100	1
AGTAATTATAAAAAAATAACAATATTAATCA	1	114	1
          AATGATTAATATTGTTATTTT	1	126	0
GCTATAGTAATAAACGTAATTTAGAATAGAG	2	156	0
TTTTACCTTTACATTTTAATTAAATTCAGGC	2	208	0
ATTTTTAATATAAATCTAGAATTCTTATTTT	2	235	0
ATTATAAGCCAATTTTTAATATAAATCTAGA	2	246	0
GCTTATAATAAATGTTTAGAATGCTCAATTA	2	268	1
TGCTCAATTAAAAACTTAATT          	2	289	1
ATTAGTGCATTATAAGTAATTGACGCAACCA	3	81	0
AGTAAAATCTAAAGCGTAATTATTAGTGCAT	3	102	0
          ACTAATTAATAAAATGGATTA	4	0	1
TTTATGTTTTACACAGTAAAACC        	5	2	0
TTTACTGTGTAAAACATAAAACAGACTAGAT	5	13	1
TGGTCAAGATACAATATAATAGCTGAAATCT	5	93	1
ATATGACCTATATAAATAAAATCTAAA    	5	136	1
          ***** *****
MAP Score: 2.52021

Motif 9
GCTCTTTGTATTGTTGACTCATTGTTCTTT	2	12	0
CTTCAAAAATTTGCTGCGTCGTCTTATTAA	2	77	0
CATCGAGTATTGGTGGAGGCGTCGGGTACT	2	109	1
AGAATAGAGGTTGCGGACTCGGGGGCAGTA	2	135	0
TGACACAAGATGGTTGCGTCAATTACTTAT	3	71	1
          **********
MAP Score: 0.322099